View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4605-Insertion-6 (Length: 820)

Name: NF4605-Insertion-6
Description: NF4605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4605-Insertion-6
NF4605-Insertion-6
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (8-805)||(3033684-3034472)
chr8 (8-664)||(3041863-3042514)
chr8 (8-640)||(3054710-3055334)
chr8 (26-541)||(3067993-3068516)
chr8 (11-612)||(3063960-3064563)
chr8 (32-591)||(3071677-3072237)
chr8 (8-200)||(3040111-3040303)
chr8 (675-790)||(25125464-25125578)
chr8 (457-567)||(3066445-3066555)
chr8 (675-769)||(3041354-3041447)
chr8 (8-168)||(3066251-3066410)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 3034472 - 3033684
Alignment:
Q  8 catagtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaa 107  Q
    ||||||||||||||||  ||  | |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  3034472 catagtagttttcattagcactaccagatggtaaattaatagaatgaataacaagattaccatcattttgtaaaacaagctcaaaccttcctttactgaa 3034373  T
Q  108 atttgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgactt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||      
T  3034372 atttgactccttaagccttgaagaaaggcttccacctttttgaagaaactgagaaggcaacaaggtgtcactaggatacttgaaagtctccca---ac-- 3034278  T
Q  208 ttgaattcaccatcctcaagcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactccaacag--agtccctcagta---ttccataactggtcac 302  Q
           ||||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||  | ||   ||| ||||||||   |||||||||  | |||    
T  3034277 -------caccaccctcgagcacaaagttaccagtatcgttgaacacaccatgggaaactttagcactaagttcctcagtagtattccataacccgacac 3034185  T
Q  303 catttggagaagttagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagtttt 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034184 catttggagaagttagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagtttt 3034085  T
Q  403 ttcaggaatttttgcataccaaatggaaagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccat 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034084 ttcaggaatttttgcataccaaatggaaagcaaaaaaaggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccat 3033985  T
Q  503 gtagagttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcagcgagtatagga 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3033984 gtagagttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcagcgagtatagga 3033885  T
Q  603 gaaaggaaaggagtagagaggaaagccatgtttagattttgtaatcaattcgatccatatag-nnnnnnnnnnatagtattatagctattgtctgtttcc 701  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||    
T  3033884 gaaaggaaaggagtagagagg-aagccatgtttagattttgtaatcaattcgatccatatagtttttttttttatagtattatagctattgtctgtttcc 3033786  T
Q  702 ataaaaattccagcacttattcattagtctttctatcattttgaataatatttttgtagacttggaccttgatcaagttttatgccacaattatagtttt 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3033785 ataaaaattccagcacttattcattagtctttctatc-gtttgaataatatttttgtagacttggaccttgatcaagttttatgccac-attatagtttt 3033688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 3042514 - 3041863
Alignment:
Q  8 catagtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaa 107  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3042514 catagtagttttcattagcaaaaccagatggtaaattaatagaatgcataacaagattaccatcatcttgtaaaagaagctcaaaccttcctttactgaa 3042415  T
Q  108 atttgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgactt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||   |||     
T  3042414 atttgactccttaagccttgaagaaagcttttgacctttttgaagaaactgagaaggcaacaaggtttccctaggaaacttgaaagtttctca---act- 3042319  T
Q  208 ttgaattcaccatcctcaagcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactccaacag--agtccctcagta---ttccataactggtcac 302  Q
            | || |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||||  | ||   ||| ||||||||   |||||||||  | |||    
T  3042318 --------agcaccctcgagcacaaagttaccagtatcgttgaacacaccacgagaaactttagcactaagtacctcagtagtattccataacccgacac 3042227  T
Q  303 catttggagaagtta--gcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagtt 400  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042226 catttggagaagttatagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagtt 3042127  T
Q  401 ttttcaggaatttttgcataccaaatggaaagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaacc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042126 ttttcaggaatttttgcataccaaatggaaagcaaaaaaaggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaacc 3042027  T
Q  501 atgtagagttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcagcgagtatag 600  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3042026 atgtagagttgctggtgtcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgatggattgaagaatcagcgagtatag 3041927  T
Q  601 gag-aaaggaaaggagtagagaggaaagccatgtttagattttgtaatcaattcgatccatatag 664  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3041926 gagaaaaggaaaggagtagagagg-aagcgatgtttagattttgtaatcaatttcatccatatag 3041863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 8 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 3055334 - 3054710
Alignment:
Q  8 catagtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaa 107  Q
    ||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  3055334 catagtagttttcattagcattaccagatggtaaattaatagaatgcataacaagatcaccattttcttgtaaaagaagctcaaaccttcctttactaaa 3055235  T
Q  108 atttgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgactt 207  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||      
T  3055234 atttgactgcttaagccttgaagaaagctttccacctttttgaagaaattgagatggcaacaaggtgtcactaggatacttgaaagtctccca---ac-- 3055140  T
Q  208 ttgaattcaccatcctcaagcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactccaacag--agtccctcagta---ttccataactggtcac 302  Q
           ||||| |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||||  | ||   ||| ||||||||   |||||||||  | |||    
T  3055139 -------caccaccctcgagcacaaagttaccagtatcgttgaacacaccacgagaaactttagcactaagtacctcagtagtattccataacccgacac 3055047  T
Q  303 catttggagaagttagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagtttt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3055046 catttggagaagttagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgatccttctggtgcaggactttctctattagcataccacacaacagtttt 3054947  T
Q  403 ttcaggaatttttgcataccaaatggaaagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccat 502  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3054946 gtcaggaatttttgcataccaaatggaaagcaaaaaaaggtcagtgtcttgaattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggggaaagcaaccat 3054847  T
Q  503 gtagagttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcagcgagtatagga 602  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||| ||  | || |    
T  3054846 gtagagttgcttgtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtgtttttggtttgagctagaacatggatggattgaagaatcagtgacaagagaa 3054747  T
Q  603 gaaaggaaaggagtagagaggaaagccatgtttagatt 640  Q
    |||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  3054746 gaaagggaagcagtagagtgg-aagccatgtttagatt 3054710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 26 - 541
Target Start/End: Original strand, 3067993 - 3068516
Alignment:
Q  26 cataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaaatttgactcctttagcct 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  3067993 cataaccagatggtaaattaatagaatgcataacaagactaccattattttgtaaaaggagctcaaaccttcctttactgaaatttgtctccttaagtct 3068092  T
Q  126 tgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgacttttgaattcaccatcctca 225  Q
    |||||||||  ||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3068093 tgaagaaaggcttccacctttacgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaagttgaaagtttcccaccgacttttgaattcaccatcctca 3068192  T
Q  226 agcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactccaaca-----gagtccctc---agtattccataactggtcaccatttggagaagtta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      ||||||||   |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3068193 agcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgcgagaaactccaacactgctcagtccctcagtagtattccataacttgtaaccatttggagaagtta 3068292  T
Q  318 gcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagttttttcaggaatttttgc 417  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||    
T  3068293 gcaccaacccatcattagcagtgagttccacttttgatccttttggtgcaggacagtctccattagcataccacacaacagttttctcataaatgttggc 3068392  T
Q  418 ataccaaatggaaagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccatgtagagttgctggtt 517  Q
    ||||||||||||||||       | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||     
T  3068393 ataccaaatggaaagcaaaaaatgatcagtgtcttggattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagcaaccatggagagttgccggta 3068492  T
Q  518 tcagcagtaaaagaatcaccaatg 541  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  3068493 tctgcagtaaaagaatcaccaatg 3068516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 612
Target Start/End: Original strand, 3063960 - 3064563
Alignment:
Q  11 agtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaaatt 110  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||   || ||||||||||||||||||||||     
T  3063960 agtagttttcattaacataaccagatggtaaattaatagaatgcataacaagattaccatcactttgtaaaatgagttcaaaccttcctttactgaaatc 3064059  T
Q  111 tgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgacttttg 210  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||   | || |  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||    
T  3064060 tgtctccttaagccttgaagaaagctttcttcctttatccacaacctgagaaggcaataacgtgtcactaggaaacttgaaagtctcccacagactgttg 3064159  T
Q  211 aattcaccatcctcaagcacaaagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactccaaca--gagtccctcagtattccataactggtcaccatttg 308  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||  | |||||||||    
T  3064160 aatttaccatcctgaagcacaaagttgccagtgtcattcaacacaccgcgagaaactttaacattgagtccttcagtattccataacctgacaccatttg 3064259  T
Q  309 gagaagttagcaccaacccatcatcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagttttttcagg 408  Q
    | ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  3064260 gggaagttagcaccagcccatcattggcagtgagttccacttttgatccttttggtgcaggactgtctccattagcataccacacaacagttttctcaga 3064359  T
Q  409 aatttttgcataccaaatggaaagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccatgtagag 508  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||       | | ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3064360 aattttgggataccaaatagaaagcaaaaaaagattagtgtctttgagtggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagcaaccatggagag 3064459  T
Q  509 ttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcagcgagtataggagaaagg 608  Q
     | |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||| | |||| |||||    
T  3064460 gtactggtttgtgcagtaaaagaatcaccaatgactatggtacttttggtttgagctacaacacagatggattgcagaatcagtgagcagaggacaaagg 3064559  T
Q  609 aaag 612  Q
    ||||    
T  3064560 aaag 3064563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 32 - 591
Target Start/End: Original strand, 3071677 - 3072237
Alignment:
Q  32 cagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaaatttgactcctttagccttgaaga 131  Q
    ||||||||||  |||||||||  |||||||||| || || || || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3071677 cagatggtaagataatagaatgaataacaagattactatcattttttaaaacaagctcaaaccttcctttactgaaatttgactccttaagccttgaaga 3071776  T
Q  132 aagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttcccactgacttttgaattcaccatcctcaagcaca 231  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||| | |||  || | |||||  | | | |  ||||||||    
T  3071777 aagctttccatcttttagaataacctgagaaggcaacaaggtgtcacagggaaagtcgaaagtctgccaaagagtgttgaaagcgcgacctccaagcaca 3071876  T
Q  232 aagttgccagtgtcattgaacacaccgtgagaaactcca--acagagtccctcagtattccataactggtcaccatttggagaagttagcaccaacccat 329  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| |  | ||||  ||  || ||||  |||| |||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3071877 aagttccccgtgtcattgagcacactggaaaaaacatcactactgagttgctcattattccataaccttacaccattcggagaagttagcaccaacccat 3071976  T
Q  330 catcggcattgagttccacttttgaaccttttggtgcaggaatttctctattagcataccacacaacagttttttcaggaatttttgcataccaaatgga 429  Q
    ||  |  | | || ||||||||||| ||| ||| | ||||| |  ||| ||||| |||||||||||||||||| ||   ||  ||||||||||| |||||    
T  3071977 cagtgaaagttagctccacttttgaccctattgttacaggactgactccattaggataccacacaacagttttctctaaaaaatttgcataccagatgga 3072076  T
Q  430 aagcnnnnnnnggtcagtgtcttgtattggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccatgtagagttgctggtttcagcagtaaaa 529  Q
    ||||       | ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||| | | ||  |    
T  3072077 aagcaaaaaatgatcagtgttttg-attgaaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagcaaccatggagaggtgttggtttctgaaatatga 3072175  T
Q  530 gaatcaccaatggctatagtactattggtttgagctacaacaccgacggattgaagaatcag 591  Q
     ||||||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  3072176 aaatcaccagctgctatggtacttttggtttgagctacaacactgatggattgaagaatcag 3072237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 3040303 - 3040111
Alignment:
Q  8 catagtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaa 107  Q
    ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  3040303 catagtagacttcattagcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccagtatcttctaaaagaagctcaaaccttccttcactgaa 3040204  T
Q  108 atttgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtttccca 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3040203 atttgactcccttagccttgaagaaagctttccatctttttgaagaacctgagaaggcaacaaggtgtcactaggaaacttgaaagtctccca 3040111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 675 - 790
Target Start/End: Original strand, 25125464 - 25125578
Alignment:
Q  675 atagtattatagctattgtctgtttccataaaaattccagcacttattcattagtctttctatcattttgaataatatttttgtagacttggaccttgat 774  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25125464 atagtattgtagctattgtttgtttccataaattttcaagcacttattcattagtctttctatca-tttgaataatctttttgtagacttggaccttgat 25125562  T
Q  775 caagttttatgccaca 790  Q
    ||||||||||||||||    
T  25125563 caagttttatgccaca 25125578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 457 - 567
Target Start/End: Original strand, 3066445 - 3066555
Alignment:
Q  457 tggaagaaaaccaaaggcaaagtcaccagaaggtgaaagtaaccatgtagagttgctggtttcagcagtaaaagaatcaccaatggctatagtactattg 556  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3066445 tggaagaaaacctaaggaaaagtcaccagaaggtgaaaacaaccatgaagaggtgttggtttgtgcagtaaaagaatcaccaatggctatagtacttttg 3066544  T
Q  557 gtttgagctac 567  Q
    |||||||||||    
T  3066545 gtttgagctac 3066555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 675 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 3041447 - 3041354
Alignment:
Q  675 atagtattatagctattgtctgtttccataaaaattccagcacttattcattagtctttctatcattttgaataatatttttgtagacttggacc 769  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3041447 atagtattgtagctattgtttgtttccataaattttccagcacttattcattagtcttgctatca-tttgaataatctttttgtagacttggacc 3041354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 3066251 - 3066410
Alignment:
Q  8 catagtagttttcattttcataatcagatggtaaattaatagaatacataacaagatcaccattatcttgtaaatgaagctcaaaccttcctttactgaa 107  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||||| | |||  |||||||||| || || || ||||| | | || ||||||||||||||||||||    
T  3066251 catagcagttttcattaacataaccaaatggtaaattaacaaaatttataacaagattacaatcattttgtagaaggagttcaaaccttcctttactgaa 3066350  T
Q  108 atttgactcctttagccttgaagaaagctttccatcgttttgaagaacctgagaaggcaac 168  Q
    ||||  |||| | ||||||||||| | | ||||| |  ||| |||||||||||||||||||    
T  3066351 atttttctccataagccttgaagagaac-ttccacctatttcaagaacctgagaaggcaac 3066410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University