View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4606-Insertion-2 (Length: 1021)

Name: NF4606-Insertion-2
Description: NF4606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4606-Insertion-2
NF4606-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-1021)||(32666372-32667390)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 939; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 939; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 32667390 - 32666372
Alignment:
Q  7 actatgttgtcaaaattacaaataatcacctcaaaaagtatcccagaactttagtggttgttggagcatacagtattggtaaagaatgtgtatatcttgc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667390 actatgttgtcaaaattacaaataatcacctcaaaaagtatcccagaactttagtggttgttggagcatacagtattggtaaagaatgtgtatatcttgc 32667291  T
Q  107 aatttctaaggcacttggggtatgtgcgattttttcctctaggaaatttctgtgtaaatagttactgggcctcttcatgggttgtaaattgttttttccc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667290 aatttctaaggcacttggggtatgtgcgattttttcctctaggaaatttctgtgtaaatagttactgggcctcttcatgggttgtaaattgttttttccc 32667191  T
Q  207 c-aaataatattaaaagtggctttcagtttttaggttgtcttctcctagactgtttgtttcattcacacatatatgtggcacttttctgattcaggtaaa 305  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667190 ccaaataatattaaaagtggctttcagtttttaggttgtcttctcctagactgtttgtttcattcacacatatatgtggcacttttctgattcaggtaaa 32667091  T
Q  306 aatccatgtgaatgcttcaagaagaaggatactgctagcttatgattgccccgactattcagatagactctgtacaaatggaaataatacacttctccat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32667090 aatccatgtgaatgcttcaagaagaaggatactgctagcttatgattgccctgattattcagatagactctgtacaaatggaaataacacacttctccat 32666991  T
Q  406 gttctgcccatgtcatctctgagaattgaggttaaattttgtgtcgatatattttcctctcaaaagtcnnnnnnn--cttacatttctattctgtcatct 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||    
T  32666990 gttctgcccatgtcatctctgagaattgaggttaaattttgtgccgatatattttcctctcaaaagtctctttttttcttacatttctattctgtcatct 32666891  T
Q  504 cttaaatcaccatccatgtttttcttgttacattagactttgaaggaatacttgaagacctacaaggaacaattcacatcagtattagcatttcgtccaa 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32666890 cttaaatcaccatccatgtttttcttgttacattagactttgaaggaatacttgaagacctacaaggaacaattcacatcagtattagcatttcgtccaa 32666791  T
Q  604 caggtattttaccagtactttttatgaaatttactttttgattatctttgtatattttcaagatgtctacaaagaagctatttgtgctgatagagtagtt 703  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32666790 caggtattttaccagtacttttaatgaaatttactttttgattatctttgtatattttcaagatgtctacagagaaggtatttgtgctgatagagtagtt 32666691  T
Q  704 ataaagtttgtgctatttatttcgtattatcaggttggactttcagtgagaagataggcaatgatctggcactaattaaacctgtttccaatggaaatat 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32666690 ataaagtttgtgctatttatttcgtattatcaggttggactttcagtgagaagataggcaatgatctggcactaattaaacctgtttccaatggaaatat 32666591  T
Q  804 cacaacatatggtaagattagctgcagttcaactgccacacttgatataaaatatgaacttaggtttagtgctttagtaatatatcaacaatgcataatt 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32666590 cacaacatatggtaagattagctgcagttcaactgccacacttgatataaaatatgaacttaggtttagtgctttagttatatatcaacaatgcataatt 32666491  T
Q  904 actgaactgcttggtaggtcatgtttctgactga-aaaagcttatctgttgtttactctctgctggtctttcagtacgtatttatctagctagcaaacta 1002  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32666490 actgaactgcttggtaggtcatgtttctgactgaaaaaagcttatctgttgtttactctctgctggtctttcagtacgtatttatctagctagcaaacta 32666391  T
Q  1003 ctaatattgcttatgagtc 1021  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32666390 ctaatattgcttatgagtc 32666372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University