View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4607-Insertion-22 (Length: 882)

Name: NF4607-Insertion-22
Description: NF4607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4607-Insertion-22
NF4607-Insertion-22
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-882)||(975067-975944)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 831; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 831; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 882
Target Start/End: Original strand, 975067 - 975944
Alignment:
Q  8 aaaggttgatcaatgattgttgaatcatagtttgaactaaagtttatcaaccacttgagttcaatattgctacaaattacatatttt-ttgtcttagttt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  975067 aaaggttgatcaatgattgttgaatcatagtttgaactaaagtttatcaaccacttgagttcaatattgctacaaattacatatttttttgtcttagttt 975166  T
Q  107 gcaagaaaagagtcgtgatatataattcactattcgttcgagagaagtaagtaaaggctgactagtgattgtttaatcatagtttgaactcattttttct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  975167 gcaagaaaagagtcgtgatatataattcactattcgttcgagagaagtaagtaaaggctgactagtgattgtttaatcatagtttgaactcatgttttct 975266  T
Q  207 catacgattcatcattatctaaagtttattaaccacttgaattcaatattgctactaattacatatatgataattgatatcgtggatcatgcatatccta 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975267 catacgattcatcattatctaaagtttattaaccacatgaattcaatattgctactaattacatatataataattgatatcgtggatcatgcatatccta 975366  T
Q  307 tgatcggtaagcaacatggatatatttagcatgtgttcaacttgtgagtcatgcatatgaacatttttcatctaaaagagatgatccttatatatccttt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975367 tgatcggtaagcaacatggatatatttagcatgtgttcaacttgtgagtcatgcatatgaacatttttcatctaaaagagatgatccttatatatccttt 975466  T
Q  407 atatcttcaaaattttaattaatctcatagttgtgcacggagaatatcctgaaaaaactaattaaagaagtttttgaatgcatggtaacacatctaagtt 506  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975467 atatctttaaaattttaattaatctcatagttgtgcacggagaatatcctgaaaaaactaattaaagaagtttttgaatgcatggtaacacatctaagtt 975566  T
Q  507 tgtggcaaaaggattaagtttgattcctaaaaaacatgcaaccggaaggaggtggtgagctta--tagtgtacaacaaagttttggacggggattaatct 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975567 tgtggcaaaaggattaagtttgattcctaaaaaacatgcaaccggaaagaggtggtgagcttaactagtgtacaacaaagttttggacggggattaatct 975666  T
Q  605 cataattgattcaaataatcaagttatgggatacataaaggatttattaaggacttaactatagcataatggggggatcctccaaagaataagtatctta 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975667 cataattgattcaaataatcaagttatgggatacataaaggatttattaaggacttaactatagcataatggggggatcctccaaagaataagtatctta 975766  T
Q  705 tggtgtagattatgagaatacgatattttagattggcataatgttgaaccaaagattcaaggagggctacgaaattatgttctctccttgtatttagata 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  975767 tggtgtagattatgagaatacgatattttagattggcataatgttgaaccaaagattcaaggagggctacgaaattatgtttactccttgtatttagata 975866  T
Q  805 gagttgtgtaatttctttagcttagtgaaaattcttatactcatgttatgcgatttatttcttcttatttattgaagg 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  975867 gagttgtgtaatttctttagcttagtgaaaattcttatactcatgttatgcgatttatttcttcttatttattgaagg 975944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University