View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4613-Insertion-2 (Length: 838)

Name: NF4613-Insertion-2
Description: NF4613
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4613-Insertion-2
NF4613-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (41-838)||(1067020-1067829)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 1067829 - 1067020
Alignment:
Q  41 agaggttagagagagagaaagagtttcatggtgctgtttgtaacagaacagaacagaacaatgggtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgttt 140  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067829 agaggttagagaaagagaaagagtttcacggtgctgtttgtaacagaacagaacagaacaatgagtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgttt 1067730  T
Q  141 atagcagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttgcaaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtct 240  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067729 atagtagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttgcaaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtct 1067630  T
Q  241 cagttttatagtgtgattggttagtgtccattgtctggctatttttcatgaaatttcaggtgtaccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggt 340  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067629 cagttttatagtgtgattggttactgtccattgtctggctatttttcatgaaatttcaggtgtaccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggt 1067530  T
Q  341 ttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaatatacttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaact 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067529 ttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaacatacttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaact 1067430  T
Q  441 gattccgagactcagcaagttaaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaaccgatacgacactgacagtgtgacacattaggtcacaagcaactatgtc 540  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1067429 gattccgagactcagcaagttgaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaac-----cgacactgacagtctgacacattgggtcacaagcaactatgtc 1067335  T
Q  541 attttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgtatctatattagtgtttcatagtgattgagtttagtttt 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067334 attttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgtatctatattagtgtttcatagtgattgagtttagtttt 1067235  T
Q  641 gttactgtccattgtctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaatttactccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcg 740  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067234 gttactgtccattatctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaatttattccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcg 1067135  T
Q  741 ttttggcga-----------------tgtcgagacatgatggttttaatagcttggtgtcactttgtgatttggagtctgctatataatgtatctatgtt 823  Q
    |||||||||                 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067134 ttttggcgatggtttgtagcaaccattgtcgagacatgatggttttaatagtttggtgtcactttgtgatttggagtctgctatataatgtatctatgtt 1067035  T
Q  824 gcttgagaccttgag 838  Q
    |||||||||||||||    
T  1067034 gcttgagaccttgag 1067020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University