View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4614-Insertion-3 (Length: 950)

Name: NF4614-Insertion-3
Description: NF4614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4614-Insertion-3
NF4614-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-942)||(7013203-7014138)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 823; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 823; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 942
Target Start/End: Complemental strand, 7014138 - 7013203
Alignment:
Q  8 attagaagaaaactaaggtacatgtattcaagaatactatttctactatggaagcgtccaaggtctaaagttgttatcaaaaggtttagaaaattgaatt 107  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7014138 attagaagaaaacttaggtacatttattcaagaatactatttctactatggaagcgtccaaggtctaaagttgttatcaaaaggtttagaaaattgaatt 7014039  T
Q  108 gtaacaacnnnnnnnccaaatcatcaaaaagcaactcaaatggtgctcatcatttagtggagtgtgattcaagaaagccaataaggattgctacattcaa 207  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7014038 gtaacaacaaaaaaaccaaatcatcaaaaagcaactcaaatggtgctcatcatttagtggagtgtgattcaagaaagccaataaggattgctacattcaa 7013939  T
Q  208 tgttgctatgttttcattagcaccagctatttcagaacatgatgattatgttatgtataatcaaaagaagaaaaattctaattctacaacaagtgctgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013938 tgttgctatgttttcattagcaccagctatttcagaaaatgatgattatgttatgtataatcaaaagaagaaaaattctaattctacaacaagtgctgat 7013839  T
Q  308 tttccaaagagtatattaaaacaatcaccattgcattcttctatgaatcttataaactcagataccaacattatgccaagatcaaatttgaagcaggttt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013838 tttccaaagagtatattaaaacaatcaccattgcattcttctatgaatctttcaaactcagataccaacattatgccaagatcaaatttgaagcaggttt 7013739  T
Q  408 caattaatctacctgataatgaaatttcattggcaaatagtaagattcttggttcaatagaagatattggaagtgtttcctctagaaggaatcaagtacc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013738 caattaatctacctgataatgaaatttcattggcaaatagtaagattcttggttcaatagaagatattggaagtgtttcctctagaaggaatcaagtacc 7013639  T
Q  508 agcaaggtctcctgtttgttttcctttccttatgaatatgaatatgaattactgtgaagaggtgaatgagaaatttagtagcagtagaagcattttggaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013638 agcaaggtctcctgtttgttttcctttccttatgaatatgaatatgaattactgtgaagaggtgaatgagaaatttagtagcagtagaagcattttggaa 7013539  T
Q  608 gttcttagagagattgatgctgatgtggtggcactgcaagatgtgaaggcagaggaagagaagtgtatgaggcctctttctgatttggctgctgctttag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013538 gttcttagagagattgatgctgatgtggtggcactgcaagatgtgaaagcagaggaagagaagtgtatgaggcctctttctgatttggctgctgctttag 7013439  T
Q  708 ggatgaaatatgtttttgctgagagttgggctcctgaatatggaaatgctatcttatctaaatggcctattaagaaatggagagttcagaaagattgcag 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  7013438 ggatgaaatatgtttttgctgagagttgggctcctgaatatggaaatgctatcttatctaaatggcctattaagaaatggaaagttcag-aagattgcag 7013340  T
Q  808 atgatgatgatttcaggnnnnnnnncttctttcttaactcccttatttgattgttcagaagattgatgtctaactttgcttgtctgtttaaggtaaatat 907  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7013339 atgatgatgatttcaggttttttttcttctttcttaactcccttatttgattgttcagaagattgatgtctaactttgcttgtctgtttaaggtaaaaat 7013240  T
Q  908 ---gacatattagacaaacccgtattaggaagaccatt 942  Q
       |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  7013239 atggacatattagacaaaccc-tattaagaaaaccatt 7013203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University