View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4614-Insertion-8 (Length: 561)

Name: NF4614-Insertion-8
Description: NF4614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4614-Insertion-8
NF4614-Insertion-8
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (8-561)||(38299517-38300070)
chr8 (48-334)||(38305663-38305949)
chr8 (8-293)||(38313023-38313311)
chr8 (8-348)||(38320475-38320815)
chr8 (8-346)||(38316379-38316720)
chr8 (10-319)||(38325251-38325563)
chr8 (8-345)||(38308385-38308717)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-346)||(38850625-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 38300070 - 38299517
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300070 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 38299971  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299970 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaa 38299871  T
Q  208 tccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagcca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299870 tccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagcca 38299771  T
Q  308 gctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgacataaccactc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  38299770 gctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggaggcaaaacaatatcttgacttaaccattc 38299671  T
Q  408 catgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcagatgaaaggatcatggatgcacaagtttttactaaccgtgatatcttttgc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  38299670 catgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcagatgaaaggatcatggatgcacaagtttttactaaccgtgattccttttgc 38299571  T
Q  508 tccattgtctcgttatcagagtccagtaaatctaccgcgcaatcggattccata 561  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38299570 tccattgtctcgtcatcagagtccagtaaatctacctcgcaatcggattccata 38299517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 48 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 38305949 - 38305663
Alignment:
Q  48 ttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacac 147  Q
    |||||||||||| || | ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  38305949 ttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacac 38305850  T
Q  148 atctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtct 247  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  38305849 atctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtct 38305750  T
Q  248 cagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctctt 334  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||  || ||||||||||    
T  38305749 cagcagtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttcagtttctctt 38305663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 38313311 - 38313023
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38313311 ataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctc 38313212  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaactt 203  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  38313211 tattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacagaagttgagaactttactatttaactt 38313113  T
Q  204 ccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctatt 293  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38313112 ccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctatt 38313023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 38320815 - 38320475
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  38320815 ataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctc 38320716  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaa 207  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||  ||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  38320715 tattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaatttccaa 38320616  T
Q  208 tccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagcca 307  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38320615 ttcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatatcctattaggaatggtagcca 38320516  T
Q  308 gctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcc 348  Q
      |  |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  38320515 aatcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatcc 38320475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 38316720 - 38316379
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||||||||  |||| |||| ||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38316720 ataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctc 38316621  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaactt 203  Q
    |||||||||||||||||| || |||| |||||||||  | ||||| | | || |    ||||||| ||||||  || || |||||||||||||| |||||    
T  38316620 tattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggtaaa-caagacgaaagttgagaaccttactattcaactt 38316522  T
Q  204 ccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagta 303  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  38316521 ccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatgcta 38316422  T
Q  304 gccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 346  Q
    ||||  | ||||||||  || ||||||||||  ||||||||||    
T  38316421 gccaattcttgtttaagctttagtttctctttcgtgtacaaat 38316379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38325563 - 38325251
Alignment:
Q  10 aacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctcta 109  Q
    ||||||||||| |||||| |||| |||  ||  |||| |||||| | ||  |||||||  | |||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  38325563 aacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctcta 38325464  T
Q  110 ttccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtg---ggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttcca 206  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||    |||||   ||  | |||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38325463 ttccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaaattgagaaccttactatttaccttcca 38325364  T
Q  207 atccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagcc 306  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |  || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  38325363 attcgcgtcaacaaaatgagcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtgcaagattcccacaaatcaaaagttaaagataccctattaggaatggtagcc 38325264  T
Q  307 agctgttgtttaa 319  Q
    |  ||||||||||    
T  38325263 aattgttgtttaa 38325251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 38308717 - 38308385
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||| | |  |||| || ||||| ||  ||||||| ||||||||| |||||||| |  || |||||||||| |||    
T  38308717 ataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctc 38308618  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggt---aaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttc 204  Q
    || |||||||||||||||        |||||||||||||||| |  | | |||| ||    ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  38308617 tactccccaatcattcaa--------ccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaaaagcttactatttaacttc 38308526  T
Q  205 caatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtag 304  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||  ||| |||   |||||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  38308525 caatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagtgccagtagtacaagattcccacaactcaaaggttaaagatatcttataaggaatggtag 38308426  T
Q  305 ccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaa 345  Q
    |||| |||||||| |  ||  |||||||||| |||||||||    
T  38308425 ccagttgttgtttgagcttatgtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 346
Target Start/End: Original strand, 38850625 - 38850966
Alignment:
Q  8 ataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctc 107  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||||| |||    
T  38850625 ataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctc 38850724  T
Q  108 tattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggta---aaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttc 204  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||      ||| ||     ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  38850725 tattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttc 38850824  T
Q  205 caatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtag 304  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38850825 caattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtag 38850924  T
Q  305 ccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 346  Q
      |  ||||||||||  ||  |||||||||  ||||||||||    
T  38850925 ttaattgttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaat 38850966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University