View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4616-Insertion-2 (Length: 1022)

Name: NF4616-Insertion-2
Description: NF4616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4616-Insertion-2
NF4616-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1004)||(45381689-45382679)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 863; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 863; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1004
Target Start/End: Original strand, 45381689 - 45382679
Alignment:
8 cttgttaccaatgggagatttgttgaaggaaggtttgtgtttaggcaaatttttgttattaggtcctatgaaattggtccagatagaactgctaccatgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45381689 cttgttaccaatgggagatttgttgaaggaaggtttgtgtttaggcagatttttgttattaggtcctatgaaattggtccagatagaactgctaccatgg 45381788  T
108 agacactcatgaattttcttcaggttagcttcatagttttagtaccaacattaatgtctacaacaatattcaaacattgctttctttgccataagtataa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45381789 agacactcatgaattttcttcaggttagcttcatagttttagtaccaacattaatgtctacaacaatattcaaacattgctttctttgccataagtataa 45381888  T
208 catgaaacttgattcacatttggnnnnnnncataactactattacgatcacccacatgatcaatcgtcggatttgttgttttaagttctaactaacataa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45381889 catgaaacttgattcacatttggtttttttcataactactattaagatcacccacatgatcaatcgtcggatttgttgttttaagttctaactaacataa 45381988  T
308 agcatgtatgaactaaagaaatggaaaatattttttaggaaactgctctaaatcatgttacaagttctgggataggaggagatggatttggagctacccg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45381989 agcatgtatgaactaaagaaatggaaaatattttttaggaaactgctctaaatcatgttacaagttctgggataggaggagatggatttggagctacccg 45382088  T
408 cgagctgagcctaaggaaactcatttgggttgttactcgtattcaagttcaagtacagagatataacaaatggtaaacacatccatgagatgcttctagc 507  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||    
45382089 cgagatgagcctaaggaaactcatttgggttgttactcgtattcaagttcaagtacagagatataacaaatggtaaacacatccatg----------agc 45382178  T
508 ccctaccttgcataattatacataattgtttgtgagttgtaaacacaaaacgataaatttgacaggggagaagaaattgaaatcgatacttgggtggatg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45382179 ccctaccttgcataattatacataattgttagtgagttgtaaacacaaaacgataaatttgacaggggagaagaaattgaaatcgatacttgggtggatg 45382278  T
608 cagcaggaaagaatggaatgcgaagagattggataatccgagatcgttgtaccaaagagatcataactaaagccacaaggtgcattatttcatatacttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
45382279 cagcaggaaagaatggaatgcgaagagattggataatccgagatcgttgtaccaaagagatcataactaaagcaacaaggtgcattatttcatatacttt 45382378  T
708 tttatgcatccaaaatatgttatgatttataataccaaataatatgttaataggaaactttgtctttgatacagcacatgggtgataatgaatagagaaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45382379 tttatgcatccaaaatatgttatgatttataataccaaataatatgttaataggaaactttgtctttgatacagcacatgggtgataatgaatagagaaa 45382478  T
808 caagaagactatcaaagatacctgaagaagttag-aaagagcttactcc-ttttaccttcataagattgctgtagctagtgaagaaaggagattgtgaaa 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
45382479 caagaagactatcaaagatacctgaagaagttagaaaagagcttactcctttttaccttcataagattgctgtagctagtgaagaaa-gagattgtgaaa 45382577  T
906 agatagacaagctcactgatgacactgctgagaagaatac-atctggtttggctgtaagtttatttcatacctga-ttataag-ttattttt-cactcat 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
45382578 agatagacaagctcactgatgacactgctgag-agaatacaatctggtttggctgtaagtttatttcatacctgatttataagtttatttttccactcat 45382676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University