View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4616-Insertion-4 (Length: 943)

Name: NF4616-Insertion-4
Description: NF4616
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4616-Insertion-4
NF4616-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-943)||(517364-518299)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 943
Target Start/End: Complemental strand, 518299 - 517364
Alignment:
Q  8 aaaggaaataacagattgttgttttccaggaacctttaggtatgttccattgtcttcacctatcaaataccttgttccttgtaatccttgcatgaaaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  518299 aaaggaaataacagattgttgttttccaggaacctttaggtatgttccattgtcttcacctatcaaatagcttgttccttgtaatccttgcatgaaaata 518200  T
Q  108 gtgttgttgatttttgtaagcaatgacccattgaaagaatacactttctcaaaaccaagagaaacacttttcttaaattgcattgcagtgaaccaattct 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  518199 gtgttgttgaattttgtaagcaatgacccattgaaagaatacactttctcaaaaccaagagaaacacttttcttaaattgcattgcagtgaaccaattct 518100  T
Q  208 caaaagggaatggtttccaattgaacaaagtgattctagcactccatccacctttgtaatctgaaactatatgccaatttatgctaactccacaattatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  518099 caaaagggaatggtttccaattgaacaaagtgattctagcactccatccacctttgtaatctgaaactatatgccaatttatgctaactccacaattatc 518000  T
Q  308 accacatggtagtttcttaggtaccctaaaatgctttaattttgcccaagcaactgtcttcaatgttctattctcaaaaggtacaagaagagcttctgaa 407  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  517999 accacatggtaatttcttaggtaccctaaaatgctttaatttcgcccaagcaactgtcttcaatgttctattctcgaaaggtacaagaagagcttctgaa 517900  T
Q  408 ggtaaaagcattgctcttgcatttggattacaatgatgatttgtgccatcatcatcacaaccacatgcacacgtgttgcatggcacaatagaatcattgt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  517899 ggtaaaagcattgctcttgcatttggattacaatgacgatttgtgtcatcatcatcacaaccacatgcacacgtgttgcatggcacaatagaatcattgt 517800  T
Q  508 aataagaagagaaagagacacaacaacgtgtactcctatgttttggtttggttatattacaaactatttgccaactaacaatagaataagttgtagcatc 607  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  517799 aataagaagagaaagagacacagcaacgtgtactcctatgttttggtttggttatattacaaactatttgccaactaacaatagaataagttgtagcatc 517700  T
Q  608 aagtcctctagggtctggaaattttgtcggttcaactttcaatggtggtccacaagtataagctgagttaagaactcccattattttccatcttgctggt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  517699 aagtcctctagggtctggaaattttgtcggttcaactttcaatggtggtccacaagtataagctgagttaagaactcccattattttccatcttgctggt 517600  T
Q  708 gggaaaatagattttttatccaaatcaggtggacatttaaaaacttgcatttgaaaaattgacttggattggcttggatccataagtattggtaaaagag 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  517599 gggaaaatagattttttatccaaatcaggtggacatttaaaaacttgcatttgaaaaattgacttggattggcttggatccataagtattggtaaaagag 517500  T
Q  808 ttccatttctacaacaaaatggtattttaccaatttcagtgtcattatatttttctggaggcaaatcacttattacaggannnnnnngacaattaattac 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  517499 ttccatttctacaacaaaatggtattttaccaatttcagtgtcattatatttttctggaggcaaatcacttattacaggatttttttgacaattaattac 517400  T
Q  908 tttggagaaatccatgtccttgtagtattgtccagc 943  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  517399 tttggagaaatccatgtccttgtagtattgtccagc 517364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University