View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4618-Insertion-1 (Length: 1068)

Name: NF4618-Insertion-1
Description: NF4618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4618-Insertion-1
NF4618-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-1068)||(28482468-28483534)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 962; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 962; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1068
Target Start/End: Complemental strand, 28483534 - 28482468
Alignment:
Q  7 attaataactcaaatatgtgacagaaaataatttactttagttttgtccataattcaagttactatgatttatgatttaagactatagtaagtctataat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28483534 attaataactcaaatatgtgacagaaaataatttactttagttttgtccataattcaagttactatgatttatgatttaagactatagtaagtctataat 28483435  T
Q  107 atgtaccaaaaacaaaactatagcctataatattaccattttcacccgttggagatgccacagatactgtggtggtaattttctcattaaactgtggtat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28483434 atgtaccaaaaacaaaactatagcctataatattaccattttcaccctttggagatgccacagatactgtggtggtaattttctcattaaactgtggtat 28483335  T
Q  207 ggttcgaaatatacgaaacatgccacctacatgagtatcgtcttcggtgaaggaaggaacagaccgggaacgatgaattggtaattgcagttctttctcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28483334 ggttcgaaatatacgaaacatgccacctacatgagtatcgtcttcggtgaaggaaggaacagaccgggaacgatgaattggtaattgcagttctttctcc 28483235  T
Q  307 tgtaaaatgagggaagttcaaattaaatagaagtaagagtcccacattttgtttttatacaatgattttagaacttgataactatatactgacaacgtga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28483234 tgtaaaatgagggaagttcaaattaaatagaagtaagagtcccacattttgtttttatacaatgattttagaacttgattactatatactgacaacgtga 28483135  T
Q  407 aaagttttacacagacgttcaaccatatctaatcatatagatattactataatatgatttgctaccaaggttaaatctgattagacattgtgtaaaattg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28483134 aaagttttacacagacgttcaaccatatctaatcatatagatattactataacatgatttgctaccaaggttaaatctgattagacattgtgtaaaattg 28483035  T
Q  507 tttatatcgtcggtgcatatttatcaaaccgatgatttaaccattaatg---ataactacaatgtaacatactgcaaatgctgctaaaatacttacacta 603  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28483034 tttatatcgtcggtgcatatttattaaaccgatgatttaaccattaatgataataactacaatgtaacatactgcaaatgctgctaaaatacttacacta 28482935  T
Q  604 cccattgctggaaaacctttccctccatgtacatacactggatttgaacgaggaaccggcgatacaggcaatgaagatgttttcctccctctcgatttca 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28482934 cccattgctggaaaacctttccctccatgtacatacactggatttgaacgaggaaccggcgatacaggcaatgaagatgttttcctccctctcgatttca 28482835  T
Q  704 ttcgagacaatgtcctcgaaagaaaaggctttttcgacggcaatgtggacgagccttcaagtgcaagggaaagcagctttttcaatctcagaagttgtgt 803  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28482834 ttcgagacaatgtcctcgaaagaaaaggctttttcgacggcaatgtggacgagccttcaagtgcaa-ggaaagcagctttttcaatctcagaagttgtgt 28482736  T
Q  804 tcttaaatttaaaactgagtttaggaataaaagnnnnnnnaagagtggatctatttttagaactagagggacttggggaatcattggtttcaacgaaata 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28482735 tcttaaatttaaaactgagtttaggaataaaagtttttttaagagtggatctatttttagaactagagggacttggggaatcattggtttcaacgaaata 28482636  T
Q  904 accaggacttgtacaa-gggaaaatatcactcttcttggtgatggagttaatggtatatttattctc-aaaaatcttcttttgtttc-tcatgtgttttt 1000  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28482635 accaggacttgtacaaggggaaaatatcactcttcttggtgatggagttaatggtatatttattctcaaaaaatcttcttttgtttcttcatgtgttttt 28482536  T
Q  1001 attggtggtctctataccaagg-tttgccttgtcctttgttgtccacttgggagttcctcagttatttc 1068  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28482535 atttgt-gtctctataccaaggttttgccttgttctttgttgtccacttgggagttcctcagttatttc 28482468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University