View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4618-Insertion-4 (Length: 848)

Name: NF4618-Insertion-4
Description: NF4618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4618-Insertion-4
NF4618-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-848)||(5499662-5500501)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 848
Target Start/End: Original strand, 5499662 - 5500501
Alignment:
Q  8 ctcattactcggaatacaacataattaagcaagtataagggtcatacatgtaataataatttaaggaaaagtgactcatggggtcataactcataacgtc 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5499662 ctcattactcggaatacaacgtaattaagcaagtataagggtcatacatgtaataataatttaaggaaaagtgactcatggggtcataactcataacgtc 5499761  T
Q  108 ttcttcttcttgatttctttatgctttctttcacatttttattagtcactcactagctaggaggttgattcattcaccgacctttcttatgctatgtagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5499762 ttcttcttcttgatttctttatgctttctttcacatttttattagtcactcacgagctaggaggttgattcattcaccgacctttcttatgctatgtagg 5499861  T
Q  208 ggacatcctcacgcgcccaattttgatgctttatcacttttgtatactcctttttctcttttggacccttccactacacaaagacaatgttatcctctct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5499862 ggacatcctcacgcgcccaattttgatgctttatcacttttgtatactcctttttctcttttggacccttccactacacaaagacaatgttatcctctct 5499961  T
Q  308 ttgtccactcttcattcataatgctcttttcacaaaacgggatgattaaagttatgcttttcttctaaactatgcgttttgccacttagattctacaggt 407  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5499962 ttgtccactcttcattaataatgctcttttcacaaaacgggatgattaaagttatgcttttcttctaaactatgcgttttgccacttagattctacaggt 5500061  T
Q  408 ttcaggtttgcctttagttaaacatacgtgttatttactttttaaaactggagaatttccatttattaatttcctttaaagtacaaataaacgttttatc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5500062 ttcaggtttgcctttagttaaacatacgtgttatttactttttaaaactggagaatttccatttattaatttcctttaaagtacaaataaacgttttatc 5500161  T
Q  508 ttttcataatgggggatgcacaaagataaaagatattccatctataaacaagtaattcagttataaatttaaaagataccgtaaaagaagtagtaattca 607  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5500162 ttttcataat-ggggatgcacaaagataaaagatattccatctataaacaagtaattcagttataaatttaaaaaataccgtaaaagaagtagtaattca 5500260  T
Q  608 gtattaaactcattattagtttgtaactcccgtttgtggggacactgaagtagtagaaaagaaaagctcatttataatttctatgcccgtttgagttgtt 707  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  5500261 gtattaaactcattgttagtttgtaactcccgtttgtggggacactgaagtagtagaaaagaaaagctcatttataatttctatgcccgtttgaattctt 5500360  T
Q  708 gacaatgtcataaattatgtcaaattactactatgtactagatcagattagaggaggtatgaaagattttgaattaaatattagttgtgaaatgtgatgt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5500361 gacaatgtcataaattatgtcaaattactactatgtactaaatcagattagaggaggtatgaaagattttgaattaaatattagttgtgaaatgtgatgt 5500460  T
Q  808 aattaacttattttaaaagaaaaatttagttgccctattca 848  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5500461 aattaacttattttaaaagaaaaatttagttgccctattca 5500501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University