View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4618-Insertion-7 (Length: 308)

Name: NF4618-Insertion-7
Description: NF4618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4618-Insertion-7
NF4618-Insertion-7
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (8-307)||(20036363-20036663)
chr3 (32-307)||(19849048-19849324)
chr3 (13-307)||(19956142-19956437)
chr3 (22-307)||(26653210-26653493)
chr3 (8-307)||(19838451-19838751)
chr3 (22-307)||(20015975-20016261)
chr3 (25-307)||(19951182-19951462)
chr3 (27-307)||(26647062-26647340)
chr3 (30-307)||(19812338-19812613)
chr3 (33-307)||(19818615-19818887)
chr3 (22-307)||(20046181-20046464)
chr3 (25-266)||(19989621-19989863)
chr3 (11-178)||(17114900-17115068)
chr3 (142-307)||(24839869-24840034)
chr3 (16-114)||(19832120-19832219)
chr3 (142-307)||(19853570-19853735)
chr3 (131-293)||(19943790-19943950)
chr3 (131-307)||(19858130-19858306)
chr3 (35-307)||(30914701-30914974)
chr3 (141-295)||(19971681-19971835)
chr3 (22-91)||(19858343-19858413)
chr3 (22-91)||(24839751-24839821)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (22-267)||(26354701-26354947)
chr5 (22-267)||(9815132-9815378)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (30-307)||(1717272-1717547)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (135-266)||(22651781-22651912)
chr8 (125-307)||(22689533-22689715)
chr8 (146-295)||(11564033-11564182)
chr8 (208-307)||(22685644-22685740)
chr8 (22-91)||(22689450-22689520)
chr8 (135-180)||(22685596-22685641)
chr8 (22-91)||(11544344-11544414)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (22-267)||(6398356-6398605)
chr4 (63-235)||(6397555-6397727)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (122-307)||(12581450-12581632)
chr7 (22-305)||(12497269-12497549)
chr7 (22-305)||(12521134-12521414)
chr7 (155-307)||(12519704-12519852)
chr7 (218-307)||(12580056-12580141)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 307
Target Start/End: Original strand, 20036363 - 20036663
Alignment:
Q  8 tccccatggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttcta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20036363 tccccatggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttcta 20036462  T
Q  107 aagaaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgc 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20036463 aaggaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgc 20036562  T
Q  207 taaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20036563 taaagcaatacgatttcctctagcaagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaa 20036662  T
Q  307 g 307  Q
    |    
T  20036663 g 20036663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 32 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19849324 - 19849048
Alignment:
Q  32 tgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaacat 130  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  || || | || |||||||||||||||||    
T  19849324 tgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacat 19849225  T
Q  131 gacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagc 230  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849224 gacattttgacaaatcagtgattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagc 19849125  T
Q  231 aagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849124 aagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 19849048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 13 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19956437 - 19956142
Alignment:
Q  13 atggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |    
T  19956437 atggttcaacaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaagga 19956338  T
Q  112 agtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaag 211  Q
      |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||    
T  19956337 tatctatcaccacccacaggatattttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaag 19956238  T
Q  212 caatacgatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  19956237 caataggatttcctctagcaagatgaacaacaataggaaacaaataacttttcacggaagaatatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaag 19956142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 22 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 26653493 - 26653210
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||| || |||||||    
T  26653493 caacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctatca 26653394  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgat 220  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||    
T  26653393 ccaccaacataatattttgacaaaccaacaattgttttcttaaacaaagtcaagtccttatatatactagctaaaacagctggtgccaaagcaataggat 26653294  T
Q  221 ttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||  | | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26653293 ttcctctagcaagatgaacagcaatagaaaacaaagaacttttca-ctaat--tctatatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 26653210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19838751 - 19838451
Alignment:
Q  8 tccccatggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttcta 106  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19838751 tccccctggttcaacaacattggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttcta 19838652  T
Q  107 aagaaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgc 206  Q
    ||| |  | |||||| ||||||| ||  |||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||    
T  19838651 aaggatatgtatcacaaccaacaggatgttttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgc 19838552  T
Q  207 taaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaa 306  Q
     |||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | ||||||||  || ||| || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  19838551 caaagcaatagaatttcctctagcaagatgaacaacaattggaaacaaaaagcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaa 19838452  T
Q  307 g 307  Q
    |    
T  19838451 g 19838451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 22 - 307
Target Start/End: Original strand, 20015975 - 20016261
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||| |   ||||||    
T  20015975 caacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatca 20016074  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgat 220  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||    
T  20016075 ccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggat 20016174  T
Q  221 ttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  20016175 ttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaag 20016261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19951462 - 19951182
Alignment:
Q  25 catgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccaca-ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcacca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||    
T  19951462 catgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcacca 19951363  T
Q  124 ccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttc 223  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || || ||||||||| ||||||    
T  19951362 cccacatgatattttgacaaatcaacaattgcttttttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaataggatttc 19951263  T
Q  224 ctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| | | || ||||  ||||| |||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19951262 ctctagcaagatgaatagcaataggtagcgaataactcctcacc-aat--ttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 19951182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 27 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 26647340 - 26647062
Alignment:
Q  27 tgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccacc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |  ||||||||||||    
T  26647340 tgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctatcaccacc 26647241  T
Q  126 aacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcct 225  Q
    | ||  |  ||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||    
T  26647240 atcagaaatttttttcaaatcaacaagtgttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattggattccct 26647141  T
Q  226 ctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||  ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  26647140 ctagcaagatgaacagcaataggaaacaaacaacttttcaccaaa---tttagatgaggaaaaacataaactgacaaccaag 26647062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19812613 - 19812338
Alignment:
Q  30 gttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaac 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || || | || |||||||||||||||    
T  19812613 gttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaac 19812514  T
Q  129 atgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctcta 228  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||  ||||||    
T  19812513 aggatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggataccctcta 19812414  T
Q  229 gcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||| | | ||| || |||||||||||  |||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19812413 gcaagaagaatagcgatcggaaacaaagactttttcaccaaata---tttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 19812338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 33 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19818887 - 19818615
Alignment:
Q  33 gtggttgtaaatttttgaacccctcccacaccaa-atttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaacatg 131  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||      
T  19818887 gtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcaccaccaacaga 19818788  T
Q  132 acattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagca 231  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |   |||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  19818787 atattttgacaaatcaactatttttttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctctagca 19818688  T
Q  232 agatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||  ||||||| |||||||| | || |||||||| ||   || ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  19818687 agattaacagcaacaggaaacagataatttttcaccaaa---ttcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaag 19818615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 20046464 - 20046181
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||  || ||||| ||| | || || |||||||    
T  20046464 caacatgggttgtggtggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatca 20046365  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgat 220  Q
    ||||||||  || ||||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||  |||    
T  20046364 ccaccaaccggatattttaacagatcaataattgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattggat 20046265  T
Q  221 ttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||||||||||||  | |||||||| ||||||| || ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20046264 ttcctctagcaagattaatagcaatagaaaacaaacaatttttcacc--ata-tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 20046181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 19989863 - 19989621
Alignment:
Q  25 catgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcacca 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || | || |  | |||||||||||||    
T  19989863 catgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcacca 19989764  T
Q  124 ccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttc 223  Q
    |||||| ||  ||||||||||| ||| | | | |||||||  |||  |||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  19989763 ccaacaggaagttttgacaaattaactaatatgttcttaagtaaacctaaatccttatacaaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttc 19989664  T
Q  224 ctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcac 266  Q
    ||||||||||||| | ||||| | |||| |||||||| |||||    
T  19989663 ctctagcaagatgaatagcaacacgaaagaaagaactattcac 19989621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 17115068 - 17114900
Alignment:
Q  11 ccatggttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccaca-ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaa-gagtaacttctaaa 108  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||    
T  17115068 ccatggttgatcaacatggattgtggttgtaaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaagggc-attcgacgagcaacttctaaa 17114970  T
Q  109 gaaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatcct 178  Q
    | || ||||||||||  |||| ||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17114969 ggaaatctatcaccataaacaggattttttgacaaatcaataatagttttcttaaacaaagtcaaatcct 17114900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 142 - 307
Target Start/End: Original strand, 24839869 - 24840034
Alignment:
Q  142 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacag 241  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  24839869 aaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 24839968  T
Q  242 caataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||   | ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  24839969 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaag 24840034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 19832219 - 19832120
Alignment:
Q  16 gttcaacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19832219 gttcaacaacatgggttgtggatgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggaagt 19832120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 142 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19853735 - 19853570
Alignment:
Q  142 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacag 241  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||| | | ||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  242 caataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||||||||||||| ||||||||   | ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaag 19853570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 131 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 19943950 - 19943790
Alignment:
Q  131 gacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagc 230  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||||    
T  19943950 gacattttttcaaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagc 19943851  T
Q  231 aagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaa 293  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||  || || | ||||||||||||||||    
T  19943850 aagatgaacagcaataggaaac--agaacttttcaccacattgtatctatgaggaaaaacaaa 19943790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 131 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19858306 - 19858130
Alignment:
Q  131 gacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagc 230  Q
    ||||||||  ||| |||||||||  ||||||||||||| | ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||    
T  19858306 gacattttttcaattcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagc 19858207  T
Q  231 aagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||   | |||||||||||||||||| ||||||||   | ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  19858206 aagaccaatagcaataggaaacaaagatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 19858130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 30914974 - 30914701
Alignment:
Q  35 ggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaacatgac 133  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||| || | || |  ||||||||||||||| |||     
T  30914974 ggttgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtgagtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgat 30914875  T
Q  134 attttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaag 233  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||| ||       |||||||| |||| |   || |||||||||||    
T  30914874 attttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaacttaaatctttgtatatgctagccaatttttttggtgctaatgcaacaatgttccctctagcaag 30914775  T
Q  234 atgtaca---gcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||| | |   ||||||||||||||| ||||||||||| ||   | ||| ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  30914774 atgaataggcgcaataggaaacaaaaaacttttcaccaaa---tctttgtgagggaaaacaaaaattgacaaccaag 30914701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19971835 - 19971681
Alignment:
Q  141 caaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatgtaca 240  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||| |||||||  ||||| |||||||||  ||| |||||| | | ||| | |    
T  19971835 caaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagcaatagtattgcctctaaccaaatgaata 19971736  T
Q  241 gcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaa 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   | ||| | |||||| |||||||||||    
T  19971735 gcaataggaaacaaagaacttttcactataaagtatctatgagaaaaaacaaaaa 19971681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 19858413 - 19858343
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccaca-ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 91  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  19858413 caacatgggttgtggctctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgatt 19858343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 91
Target Start/End: Original strand, 24839751 - 24839821
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 91  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  24839751 caacttgggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgatt 24839821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 267
Target Start/End: Original strand, 26354701 - 26354947
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||    
T  26354701 caacatgggttgcggttgtaattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatca 26354800  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgat 220  Q
    |||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||  ||    
T  26354801 ccaccaacagataattttgacaaatcaacaatggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagaat 26354900  T
Q  221 ttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcacc 267  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26354901 ttcctctagcaagatgaatagcaataggaaacaaagaacttttcacc 26354947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9815378 - 9815132
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||    
T  9815378 caacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatca 9815279  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgat 220  Q
    |||||||||    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||    
T  9815278 ccaccaacagataattttgacaaattaactattgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaat 9815179  T
Q  221 ttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcacc 267  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  9815178 ttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcacc 9815132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 129; Significance: 9e-67; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1717547 - 1717272
Alignment:
Q  30 gttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaac 128  Q
    |||||| ||||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||   ||||| |||||| ||||||||    
T  1717547 gttgtgattgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaaatctatcgccaccaac 1717448  T
Q  129 atgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctcta 228  Q
    | || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  1717447 aggatattttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaataggatttcctcta 1717348  T
Q  229 gcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||     |||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  1717347 gcaagatgaacagcaataggaaacaaagattttttcaccaaa---gctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaag 1717272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 135 - 266
Target Start/End: Original strand, 22651781 - 22651912
Alignment:
Q  135 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaaga 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  22651781 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaaga 22651880  T
Q  235 tgtacagcaataggaaacaaagaacttttcac 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22651881 tgaacagcaataggaaacaaacaacttttcac 22651912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 125 - 307
Target Start/End: Original strand, 22689533 - 22689715
Alignment:
Q  125 caacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcc 224  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||| ||    
T  22689533 caacaggacattttttgaaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcc 22689632  T
Q  225 tctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccga-atagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||| ||||| | || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22689633 tctagccagatgaatagaaatagtaaacaaagaacttttgaccgacata-tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 22689715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 146 - 295
Target Start/End: Original strand, 11564033 - 11564182
Alignment:
Q  146 caacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacagcaat 245  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||||  | ||| | ||| |  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  11564033 caacaattgtctccttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagcaagatgaacagcaat 11564132  T
Q  246 aggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaa 295  Q
    |||||||||||||||||| | | |  || |||||||||||||||||||||    
T  11564133 aggaaacaaagaacttttgatcaacaagcttttatgaggaaaaacaaaaa 11564182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 208 - 307
Target Start/End: Original strand, 22685644 - 22685740
Alignment:
Q  208 aaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||| ||||||| |||| |||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22685644 aaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaa---ttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 22685740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 91
Target Start/End: Original strand, 22689450 - 22689520
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccaca-ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 91  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22689450 caacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 22689520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 180
Target Start/End: Original strand, 22685596 - 22685641
Alignment:
Q  135 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatcctta 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22685596 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaaaaaacttaaatcctta 22685641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 11544414 - 11544344
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccaca-ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 91  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11544414 caacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgatt 11544344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 6398605 - 6398356
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacacc-aaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatca 120  Q
    ||||||| |||||||||| || ||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||    ||||||| ||| | || || |||||||    
T  6398605 caacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatctatca 6398506  T
Q  121 ccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgtttt-cttaaacaaagttaaatccttatataga--ctagctaaaacagcaggtgctaaagcaatac 217  Q
     || |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||| | ||      
T  6398505 tcatcaacatgatattttgacatatcaataattttttttcttaaataaagttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaaccgattg 6398406  T
Q  218 gatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcacc 267  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6398405 gatttcctctagcgagattaacagcaatagaaaacaaacaacttttcacc 6398356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 235
Target Start/End: Original strand, 6397555 - 6397727
Alignment:
Q  63 ccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttctta 162  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||| | |  || | ||||| |||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  6397555 ccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagatatttcgacaaatcaataattgttttctta 6397654  T
Q  163 aacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagat 235  Q
    || |||| ||||||||||||||   |||| |||||||  ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  6397655 aataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaagat 6397727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12581632 - 12581450
Alignment:
Q  122 caccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatt 221  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||| |||||||   | |  |||| ||| |||||    
T  12581632 caccaacaagatattttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacagtttgcggcaaagtaattcgatt 12581533  T
Q  222 tcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    || |||||||||||  | |||||||| ||||||| |||||||||||  ||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  12581532 tcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttttcacc--at-ttttctacgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 12581450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12497549 - 12497269
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacaccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcac 121  Q
    ||||||| |||||||||| || |||  || || ||||||  |||||  |||||||||||||| |||||   || ||||| ||| | ||||| | ||| |     
T  12497549 caacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctcccaacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattat 12497450  T
Q  122 caccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatt 221  Q
    |||||| | ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||| || |  |||| |||  ||||    
T  12497449 caccaataagatgttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatt 12497350  T
Q  222 tcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaacca 305  Q
    || |||||||||||  | |||||||| ||||||| ||||| |||||  ||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12497349 tcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttatcacc--at-ttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaacca 12497269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12521414 - 12521134
Alignment:
Q  22 caacatgggttgtggttgtaaatttttgaacccctcccacaccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaagaaagtctatcac 121  Q
    ||||||| |||||||||| || |||  || || ||||||  |||||  |||||||||||||| |||||   || ||||| ||| | ||||| | ||| |     
T  12521414 caacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctcccaacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattat 12521315  T
Q  122 caccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatt 221  Q
    |||||| | ||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||| || |  |||| |||  ||||    
T  12521314 caccaataagatgttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatt 12521215  T
Q  222 tcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaacca 305  Q
    || |||||||||||  | |||||||| ||||||| ||||| |||||  ||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12521214 tcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttatcacc--at-ttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaacca 12521134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 307
Target Start/End: Original strand, 12519704 - 12519852
Alignment:
Q  155 ttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaa 254  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| | |   | ||||||||  |||||| |||||||||||  ||| ||| || ||||||    
T  12519704 ttttcttaaataaagttaagtccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttctagcaagattaacaccaacagaaaacaa 12519803  T
Q  255 agaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    | || || |||||    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12519804 acaatttgtcacc----attttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 12519852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 307
Target Start/End: Original strand, 12580056 - 12580141
Alignment:
Q  218 gatttcctctagcaagatgtacagcaataggaaacaaagaacttttcaccgaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaag 307  Q
    |||||| |||||||||||  ||| ||| || ||||||| ||||| |||||    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12580056 gatttcttctagcaagattaacaccaacagaaaacaaacaacttgtcacc----attttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaag 12580141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University