View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4620-Insertion-3 (Length: 995)

Name: NF4620-Insertion-3
Description: NF4620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4620-Insertion-3
NF4620-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-995)||(5394243-5395226)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 995
Target Start/End: Complemental strand, 5395226 - 5394243
Alignment:
Q  8 atttttgggttagtgatatcaagtttgtggttacatctccttgccttcaccaattttgtatttattaatgacataagtcgagttttctttactaacaagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5395226 atttttgggttagtgatatcaagtttgtggttacatctccttgccttcaccaattttgtatttattaatgacataagtcgagttttctttagtaacaagg 5395127  T
Q  108 aaagtgtaaatgattatttcaatatatgaatcttatacattttattggggtgagtttagtgtattttgatgatgaataagtggttaaaataagttattta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  5395126 aaagtgtaaatgattatttcaatacatgaatcttatgcatttcattggggtgagtttagtgtattttgatgatgaataaatggttaaaataaattattta 5395027  T
Q  208 gatgagcaaaaataattggttaagagaaagatattaaaattatcaaactccaaaattacgaattttttattcaaatgaatacattgttgtgatattaaat 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5395026 gatgagcaaaaataattagttaa-agaaagatatcaaaattatcaaacttcaaaatcacgaattttttattcaaatgaatacattgttgtgatattaaat 5394928  T
Q  308 attaattttcaaatatatcatacgagacatacaatatttccatccttcgagacacaaaacaatgtgacacagagacacagagttgttggatgaatgagat 407  Q
    |||||||||||||      ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  5394927 attaattttcaaa------atatgagacatacaatatttccacccttcgagacacaaaacaatgtaagacagagacacatagttgttgggtgaatgagat 5394834  T
Q  408 gtccacaaatcttttctcgaccaaaattataggaaattatttgttaataattttaatgatatgttaactaaaagaagataaatttgaagaccaaactaac 507  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394833 gtccacagagcttttctcgaccaaaattataggaaattatttgttaataattttaatgatatgttaactaaaagaagataaatttgaagaccaaactaac 5394734  T
Q  508 taactaaaaacacacccaaaaattatattgattaacaaaatacacatttagataatttttgtattttttattaaagtgatcactcactctaaaaaatcat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394733 taactaaaaacacacccaaaaattatattgattaacaaaatacacatttagataatttttgtattttttattaaagtgatcactcactctaaaaaatcat 5394634  T
Q  608 gaatgnnnnnnntggagataaacttaatgtcgtttaagaactaattggttaattaattaagagnnnnnnncgaaccacataaacgacacattacataccg 707  Q
    |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394633 gaatgaaaaaaatggagataaacttaatgtcgtttaagaactaattggttaattaattaagagaaaaaaacgaaccacataaacgacacattacataccg 5394534  T
Q  708 aagcacgaacttcgttacatttacaaaactatacctaaccggagcagtcacaaacatccatctccggccaccgtcatcaccgccacaaacgacttacctc 807  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394533 aaacacgaacttcgtttcatttacaaaactatacctaaccggagcagtcacaaacctccatctccggccaccgtcatcaccgccacaaacgacttacctc 5394434  T
Q  808 accctttcatcttcaccagcgcaaccctcggaatggctatgcaacaatctgatcagtattaccattaccaacaagacgaacggagcaacatc-acacact 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5394433 accctttcatcttcaccagcgcaaccctcggaatggctatgcaacaatttgatcagtattaccactaccaacaagacgaacggagcaacatcaacacact 5394334  T
Q  907 cttcgtct-cggtctcccagacgacgtgaaagcgcgtgagattcacaacctctt-cgccgtcgccctggcttcgactcttgtcaactcaag 995  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394333 cttcgtctccggtctcccagacgacgtgaaagcgcgtgagattcacaacctcttccgccgtcgccctggcttcgactcttgtcaactcaag 5394243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University