View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4620-Insertion-4 (Length: 984)

Name: NF4620-Insertion-4
Description: NF4620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4620-Insertion-4
NF4620-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-968)||(38911204-38912160)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 38912160 - 38911204
Alignment:
Q  8 ctattgaccattgttctatgtaacagggttcgaatcatgatttttgcattatgggttaagtgaaactaccggtttcgaacttaggacattaatacttgtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38912160 ctattgaccattgttctatgtaacagggttcgaatcacgatttttgcattatgggttaagtgaaactaccggtttcgaacttaggacattaatacttgtt 38912061  T
Q  108 gcaagttaccttgccgctagaacgcttggcttatgtgtatattaactattaagaannnnnnnnnnnnnnnnnnn-aacaatgggaaggtcatggccttcc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||    
T  38912060 gcaagttaccttgccgctagaacgcttggcttatgtgtatattaactattaagaattttttttatttttttttttaacaatgggaaggtcatggccttcc 38911961  T
Q  207 tacgtctcctacagatccggtagtgcccccaccccagccactaaacgaaccttatatctctttatgttttatttataataatatcatatcagcaatctac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911960 tacgtctcctacagatccggtagtgcccccaccccagccactaaacgaaccttatatctctttatgttttatttataataatatcatatcagcaatctac 38911861  T
Q  307 taagaactaggatttgatgttatgccattagtacaaggtgaacagaaaagtttggttttatttaagtgtttggtgagttataagctgatattacattgtt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911860 taagaactaggatttgatgttatgccattagtacaaggtgaacagaaaagtttggttttatttaagtgtttggtgagttataagctgatattacattgtt 38911761  T
Q  407 gtcttttcttgaagcttcgattatgctgtattactttactttcctttttgccnnnnnnnngttgctaattaaaagattctgtaatgataattttgcaggt 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911760 gtcttttcttgaagcttcgattatgctgtatta-----ctttcctttttgccttttttttgttgctaattaaaagattctgtaatgataattttgcaggt 38911666  T
Q  507 gaggcttgtaaagatggtcaatgaggctactgcaaacatacctaattgggattcgttaaatagaagctaagggaaagattacaaactataactccttgtg 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38911665 gaggcttgtaaagatggtcaatgaggctactgcaaacatacctaattgggattcgttaaatagaagctaagggaaagattacgaactataactccttgtg 38911566  T
Q  607 ctgcctctatgccagtgctttaagatgagaatcacaaacactaaatatatgtcaaaatagattagttggcnnnnnnntacaaatggtcattttgtgctag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  38911565 ctgcctctatgccagtgctttaagatgagaatcacaaacactaaatatatgtcaaaatagattagttggcaaaaaaatacaaatggtcattttgtgctag 38911466  T
Q  707 ctctgaagatagannnnnnnnnnaaaataaaataaaatagccagttaattattttgcattaaaacatgtacaagacatttacaacctattctaaaatatt 806  Q
    |||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911465 ctctgaagataga-tttttttttaaaataaaataaaatagccagttaattattttgcattaaaacatgtacaagacatttacaacctattctaaaatatt 38911367  T
Q  807 tttgccaactgattgttgtcagagtgcaatcaacgataaaatatgcaacttttttcaccccaccaatttttcttggatgctgcatcttctcaaaagcact 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38911366 tttgccaactgattgttgtcagagtgcaatcaacgataaaatatgcaacttttttcaccccaccaatttttcttggatgctgcctcttctcaaaagcact 38911267  T
Q  907 tttccacaagttaaaagcaa-ttttcacaaggttatataaatgagtttaac-agctaagtccaa 968  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38911266 tttccacaagttaaaagcaatttttcacaa-gttatataaatgagtttaacaagctaagtccaa 38911204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University