View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4620-Insertion-6 (Length: 948)

Name: NF4620-Insertion-6
Description: NF4620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4620-Insertion-6
NF4620-Insertion-6
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (171-948)||(52578675-52579435)
chr1 (10-158)||(52579472-52579620)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 171 - 948
Target Start/End: Complemental strand, 52579435 - 52578675
Alignment:
Q  171 gtctgtctgtaacaatggctctcactctcagagttgtgaatgtaaacagtataggatttgagtcatgttcacgttgttcaacttttatttctcccaatcc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579435 gtctgtctgtaacaatggctctcactctcagagttgtgaatgtaaacagtataggatttgagtcatgttcacgttgttcaacttttatttctcccaatcc 52579336  T
Q  271 ctcaaattctcgctttgtgtctgctgggtgttctaaagttgagcaaatttcaatagttaccgaagaatctgaaaactcactcatccaagctcttgttggc 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579335 ctcaaattctcgctttgtgtctgctgggtgttctaaagttgagcaaatttcaatagttaccgaagaatctgaaaactcactcatccaagctcttgttggc 52579236  T
Q  371 atccaaggacgtggacgttcttcttctccacaacaactcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttactttcataattttatatcaatatatatgtt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579235 atccaaggacgtggacgttcttcttctccacaacaactcaatgtctctctctctctctctct--ttcttactttcataattttatatcaatatatatgtt 52579138  T
Q  471 ccttcctgaattttaccatctccctttcaggctattgagcgtgctattcaagtcctagaacatatagggggtgtgtctgatccggttcgtcttcgtcttc 570  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579137 ccttcctgaattttaccatctccttttcaggctattgagcgtgctattcaagtcctagaacatatagggggtgtgtctgatccggttcgtcttcgtcttc 52579038  T
Q  571 aatttcgctctctatgtttaactttttattatcctttttcatgacatggtcaatctctattctctactgttctgcagacaaattcaagtttgattgaggg 670  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579037 aatttcgctctctatgtttaactttttattatcctttttcatgacatggtcaatctctattctcttctgttctgcagacaaattcaagtttgattgaggg 52578938  T
Q  671 tcgatggcagctcattttcactacaagacctggaacagcatcacccattcaggttgttattattatgtcactgaaaagtaaatctctaatggaaagctgc 770  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578937 tcgatggcagctcattttcaccacaagacctggaacagcatcacccattcaggttgttattattatgtcactgaaaagtaaatctctaatggaaagctgc 52578838  T
Q  771 atatactatttttctcatctataaatttagaaatatacttccaacttgataatacctatctaacacaacaaggatcactcacctgttcaatagttcaaca 870  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578837 atatactatgtttctcatctataaatttagaaatatacttccaacttgataatacctatctaacacaacaaggatcactcacctgttcaatagttcaaca 52578738  T
Q  871 catgcttaatcatcatatcatatgactctcaatatggtattctatattgctctttcagagaacgtttgttggggttga 948  Q
    |||||||||| |               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52578737 catgcttaatga---------------ctcaatatggtattctatattgctctttcagagaacgtttgttggggttga 52578675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 52579620 - 52579472
Alignment:
Q  10 gagtaatttaaagggagaatcaaaattaatctcaataaacaactnnnnnnntaaaatacatgtggatattgtgtgatgaatgattggcaagagtgggaca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579620 gagtaatttaaagggagaatcaaaattaatctcaataaacaactaaaaaaataaaatccatgtggatattgtgtgatgaatgattggcaagagtgggaca 52579521  T
Q  110 gacataatcttggcgccagccacacataacataacagaaaaacagagaa 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52579520 gacataatcttggcgccagccacacataacataacagaaaaacagagaa 52579472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University