View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4622-Insertion-5 (Length: 795)

Name: NF4622-Insertion-5
Description: NF4622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4622-Insertion-5
NF4622-Insertion-5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (112-795)||(11881344-11882039)
chr4 (7-106)||(11883068-11883167)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 112 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 11882039 - 11881344
Alignment:
Q  112 aacttcaactgccttcatattgcttaaaaacttcaaaccacctatcttaaattcatgtcgacaataaagctatttt--ttatt---atttataata---t 203  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||   |    
T  11882039 aacttcaactgccttcatattccttaaaaacttcaaaccacctatcttaaattcatgtcgacaataaagctattttaattatttatatttataataatat 11881940  T
Q  204 acacataagagagtaatgctaatgttactgttaaaatggaaggaaacaatataggtttgaattgactcgtacgtgtcattgaaatatcttggataatgga 303  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881939 acacgtaagagaataatgctaatgttactgttaaaatggaaggaaacagtataggtttga-ttgactcgtacgtgtcattgaaatatcttggataatgga 11881841  T
Q  304 caaataaaattgtttgtaaatcaaagagatcatgcaaagtgtgagtaaaggataaacacaactaattgtttagtaattggtagttggcatggaccctcaa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  11881840 caaataaaattgtttgtaaatcaaagagatcatgcaaagtgtgagtaaaggataaacacaactaattgtttactaattggtagttggcttggaccctcaa 11881741  T
Q  404 agatgcctctatcaccaaattaggtggggcaatttttctaccctctttccattatcaatgatgagttgtaataacttgtaatactcaccaaaactaaaga 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881740 agatgcctctatcaccaaattaggtggggcaatttttctaccctctttccattatcaatgatgagttgtaataacttgtaatactcaccaaaactaaaga 11881641  T
Q  504 aagtatttgtttattttattttagcaaaaatcatactcatactatgattttatatgttaaacaaattaagacaatgtaacaagccagggtgccggaccag 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881640 aagtatttgtttattttattttagcaaaaatcatactcatactatgattttatatgctaaacaaattaagacaatgtaacaagccagggtgccggaccag 11881541  T
Q  604 tttgcgttggttggttg----gttgctcatttaattttccactcattttga-ttttttcatacttattgaaatagacttattgcataaagaattccttat 698  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881540 tttgcgttggttggttggttggttgctcatttaattttccactcattttgatttttttcatacttattgaaatagacttattgcataaagaattccttat 11881441  T
Q  699 tatagcaatagaacaaacattttatttctagattgattcataggttaatatttgagttagaaactaaattattttcattttatgtttccaagtttta 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11881440 tatagcaatagaacaaacattttatttctagattgattcataggttaatatttgagttagaaactaaattattttcattttatgtttccaagtttta 11881344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 11883167 - 11883068
Alignment:
Q  7 agatttaagtttggctgatctatgattttgtgtggattgatcatatgaaaatgcattaaataattttagagggcctaggccccaatacttagagttttat 106  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  11883167 agatttaagtttggttgatctatgattttgtgtggatagatcatatgaaaatgcattaaataattttagagggcctaggacccaatacttagggttttat 11883068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University