View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4627-Insertion-1 (Length: 1097)
Name: NF4627-Insertion-1
Description: NF4627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4627-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 908
Target Start/End: Original strand, 21372193 - 21373093
Alignment:
| Q |
8 |
gcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgacaggttagttgagatgcttaaactcaatt |
107 |
Q |
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| T |
21372193 |
gcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgacaggttagttgagatgcttaaactcaatt |
21372292 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
21372293 |
aagtcctcaagattgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttctaacaaatctttaatgaatggataaaaaa |
21372392 |
T |
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| Q |
208 |
ncaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcgtccattcggaggatatgcatcagatgt |
307 |
Q |
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| T |
21372393 |
acaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcgtccattcggaggatatgcatcagatgt |
21372492 |
T |
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| Q |
308 |
tgcagcaagactattcggcatgcgaggaagattatggacactctggatcctccaaaccctaggaggggttttctgcatatggttaggacgtgcgaataca |
407 |
Q |
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| T |
21372493 |
tgcagcaagattattcggaatgcgaggaagaatatggacactctggatcctccaaaccctaggaggagttttctgcatatggttaggacgtgcgaataca |
21372592 |
T |
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| Q |
408 |
cttccgatcgcagtactatccatgattctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaatcattccattcatatcaagaagatcat |
507 |
Q |
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| T |
21372593 |
cttccgatcgcagtactatccatgatcctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaatcattccattcatatcaagaagatcat |
21372692 |
T |
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| Q |
508 |
tgggaattatatcaggtttaacaggtgcaggtggaaactttggttcaggattaacacagttgataattttttcaagctcaaaattttcaacagcttcagg |
607 |
Q |
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| T |
21372693 |
tgggaattatatcaggtttaacaggtgcaggtggaaactttggttctggattaacacagttgatatttttttcaagctcaaaattttcaacagcttcagg |
21372792 |
T |
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| Q |
608 |
tctttcatggatgggtgcaatgattgttggttgtacacttccggttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccaccttcaaaagag |
707 |
Q |
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| T |
21372793 |
tctttcatggatgggtgcaatgattgttggttgtacacttccagttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccagcttcaaaagag |
21372892 |
T |
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| Q |
708 |
atcaatgaagaacactattacacttctgaatggaatgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctg |
807 |
Q |
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| T |
21372893 |
atcaatgaagaacactattacacttctgaatggaatgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctg |
21372992 |
T |
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| Q |
808 |
agagaggtaagcgtgtggcttctgcagcaacaccaccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccactttatttgtttaaagttta |
907 |
Q |
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| T |
21372993 |
agagaggaaagcgtgtggcttctgcagcaacaccaccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccactttatttgtttaaagttta |
21373092 |
T |
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| Q |
908 |
a |
908 |
Q |
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| T |
21373093 |
a |
21373093 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 21385364 - 21384465
Alignment:
| Q |
8 |
gcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgacaggttagttgagatgcttaaactcaatt |
107 |
Q |
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| T |
21385364 |
gcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgacaggttagttgagatgcttaaactcaatt |
21385265 |
T |
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| Q |
108 |
aagtcctcaagagtgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttctaacaaatctttaatgaatggatnnnnnn |
207 |
Q |
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| T |
21385264 |
aagtcctcaagattgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttctaacaaatctttaatgaatggataaaaaa |
21385165 |
T |
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| Q |
208 |
ncaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcgtccattcggaggatatgcatcagatgt |
307 |
Q |
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| T |
21385164 |
acaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcgtccattcggtggatatgcatcagatgt |
21385065 |
T |
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| Q |
308 |
tgcagcaagactattcggcatgcgaggaagattatggacactctggatcctccaaaccctaggaggggttttctgcatatggttaggacgtgcgaataca |
407 |
Q |
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| T |
21385064 |
tgcagcaagattattcggtatgcgaggaagattatggacactctggatcctccaaaccctaggaggagttttctgcatatggttaggacgtgcgaataca |
21384965 |
T |
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| Q |
408 |
cttccgatcgcagtactatccatgattctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaatcattccattcatatcaagaagatcat |
507 |
Q |
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| T |
21384964 |
cttccgatcgcagtactatccatgatcctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaatcattccattcatatcaagaagatctt |
21384865 |
T |
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| Q |
508 |
tgggaattatatcaggtttaacaggtgcaggtggaaactttggttcaggattaacacagttgataattttttcaagctcaaaattttcaacagcttcagg |
607 |
Q |
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| T |
21384864 |
tgggaattatatcaggtttaacaggtgcaggtggaaactttggttctggattaacacagttgatatttttttcaagctcaaaattttcaacagcttcagg |
21384765 |
T |
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| Q |
608 |
tctttcatggatgggtgcaatgattgttggttgtacacttccggttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccaccttcaaaagag |
707 |
Q |
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21384764 |
tctttcatggatgggtgcaatgattgttggttgtacacttccagttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccagcttcaaaagag |
21384665 |
T |
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| Q |
708 |
atcaatgaagaacactattacacttctgaatggaatgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctg |
807 |
Q |
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| T |
21384664 |
atcaatgaagaacactattacacttctgaatggaatgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctg |
21384565 |
T |
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| Q |
808 |
agagaggtaagcgtgtggcttctgcagcaacaccaccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccacttta-tttgtttaaagttt |
906 |
Q |
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| T |
21384564 |
agagaggaaagcgtgtggcttctgcagcaacaccaccaaatacaactcctacccactagtagtacaagt--tatgccccactttattttgtttaaagttt |
21384467 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 904 - 1016
Target Start/End: Original strand, 21373614 - 21373726
Alignment:
| Q |
904 |
tttaaaaccatgagatttcgctttaaagtttaatctaccatacaaaatgaattttgactttgtcaac-atattcgtcacattgagctcttttctaggcaa |
1002 |
Q |
| |
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| T |
21373614 |
tttaaaaccatgagatttcgctttaaagtttaatctaccatacaaaatgaattttgactttgtcaacaatattcgtcacattgagctc-tttctaggcaa |
21373712 |
T |
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| Q |
1003 |
aattactttaagca |
1016 |
Q |
| |
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| T |
21373713 |
aattactttaagca |
21373726 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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