View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4627_low_14 (Length: 371)

Name: NF4627_low_14
Description: NF4627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4627_low_14
NF4627_low_14
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-349)||(23036178-23036526)
chr3 (1-349)||(23039049-23039397)
chr3 (1-344)||(23145928-23146271)
chr3 (1-346)||(23024280-23024625)
chr3 (1-344)||(23148766-23149109)
chr3 (1-349)||(23140054-23140402)
chr3 (1-338)||(23032722-23033044)
chr3 (1-349)||(23017070-23017418)
chr3 (1-177)||(22946412-22946588)
chr3 (1-204)||(22971959-22972162)
chr3 (1-200)||(22831843-22832042)
chr3 (65-200)||(22941367-22941502)
chr3 (48-123)||(22916741-22916816)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-349)||(21779821-21780169)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (1-342)||(6405-6746)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-333)||(12609913-12610245)
chr1 (1-258)||(15885697-15885954)
chr1 (1-138)||(12637009-12637146)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (1-123)||(62161-62283)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-200)||(5594023-5594222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 23036178 - 23036526
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036178 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 23036277  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036278 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 23036377  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036378 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagttcgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 23036477  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23036478 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 23036526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 23039049 - 23039397
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  23039049 accaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatctctctggataaaatctctccggctcagtccagtaatttgga 23039148  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||| |||||||| |||||||    
T  23039149 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatctcacatgtttgacgacattctcttggcagcaaaa 23039248  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23039249 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23039348  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 349  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  23039349 aacctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatccctt 23039397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 23145928 - 23146271
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  23145928 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctgtcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgga 23146027  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |   |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||| ||||| |||| |||||    
T  23146028 tctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggtatgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctcggtaacaaaa 23146127  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23146128 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23146227  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggat 344  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  23146228 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcatgattcttggat 23146271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 23024280 - 23024625
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  23024280 accaaaaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcggtccagtaatttgga 23024379  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||| | || |||| |||||| | ||||  ||||| |||| |||| ||||| ||||  ||||    
T  23024380 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattgagcacattctctcggtattaaaa 23024479  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  23024480 gtggtgccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaataattaagttcattgatacaattctcttcaacccttcctttcatattgaa 23024579  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattc 346  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23024580 aatctctcgcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattc 23024625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 23148766 - 23149109
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  23148766 accaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatatcgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgaa 23148865  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||| ||||||| || |||||||||||||||||  |||| ||||||  ||| ||||| |||| |||||    
T  23148866 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaatcggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctcggtaacaaaa 23148965  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    ||||||  |||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  23148966 gaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacctttcctttcattttgaa 23149065  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggat 344  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23149066 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcattattcttggat 23149109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 23140054 - 23140402
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | |  | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23140054 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 23140153  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |     |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23140154 tctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 23140253  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    ||||    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23140254 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23140353  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 349  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23140354 aacctctctcacctcatcttgcactttcttcattattcttggatccctt 23140402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 23032722 - 23033044
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23032722 accaaagggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatagcgctgtcgatgaatc---------------tctctggttcagtccagtagtttgga 23032806  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  23032807 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaattggtatgtgataaccatttatctcacatgcttgaccgcattctcttggtagcaaaa 23032906  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||  || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |  |||  |||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  23032907 gaggtactgtagggtggaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagatcggggatgtaattttcatcaacctttcctttcattttgaa 23033006  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattc 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23033007 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattc 23033044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 23017070 - 23017418
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23017070 accaaaaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaataccgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtccagtagtttgga 23017169  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| | |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  23017170 tctcttgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaactggtatgtgataaccatgtatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaa 23017269  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||  || ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||  || || || || || || |||| |||||||||||| |     
T  23017270 gaggtactgaaggatgtaatctaagggtttctttgacaactgatttcagataactgagttcatttatgcatttttcatcaacccgtcctttcatttttat 23017369  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 349  Q
    ||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017370 aacatccctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 23017418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 22946412 - 22946588
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||  || || || ||||| || ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||||    
T  22946412 accaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaacagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttgga 22946511  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttg 177  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  22946512 tcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgataaccatcaatctcacatgcttg 22946588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 22971959 - 22972162
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||  || || || ||||| || ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||||    
T  22971959 accaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaagagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttgga 22972058  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||| || || ||||||||||||||||  ||| |||| |||||  ||||| | |||||||  ||||    
T  22972059 tcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgataaccatcaatctcacaagcttgtccacacacccttggtactaaaa 22972158  T
Q  201 gagg 204  Q
    ||||    
T  22972159 gagg 22972162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 22831843 - 22832042
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||| | |   || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||   ||| | |||||||    
T  22831843 accaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttgga 22831942  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||   |||| |||||||| |||||||    
T  22831943 tctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaa 22832042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 22941502 - 22941367
Alignment:
Q  65 ggataaaatctctctggttcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccattta 164  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| |||||||    
T  22941502 ggataaaatctctctgggtcatcccaatgatttggatctcttccaatggcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccattta 22941403  T
Q  165 tcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |  ||||||||||  |||| |||||||| |||||||    
T  22941402 tttcacatgcttgtccacattctcttggaagcaaaa 22941367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 48 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 22916816 - 22916741
Alignment:
Q  48 tgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatt 123  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| ||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  22916816 tgtcgatgaacctttcaggataaaatctttctggatcatcccaattatttggatctcttccaatggcccaagcatt 22916741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 21779821 - 21780169
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  21779821 accaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgctatcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtccagtagtttgga 21779920  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||||  ||| ||||| |||| |||||    
T  21779921 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaatgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctcggtaacaaaa 21780020  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  21780021 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 21780120  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattcctt 349  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21780121 aacttctctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggatccctt 21780169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 6746 - 6405
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  6746 accaaaaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatagtgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagaagtttgga 6647  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  6646 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaacggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaa 6547  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| || || ||| |||| |||| | | ||    
T  6546 gaggtgctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagtttgctaatgtaattttcatcaacctttccattcaatgtaaa 6447  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttgg 342  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6446 aacttctcgcacctcagcttgtgctttcatcattattcttgg 6405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 109; Significance: 9e-55; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Original strand, 12609913 - 12610245
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  12609913 accaaagggaatgtactcaaaattattccctttgtagtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtccagtactttgga 12610012  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| | | | ||||| || || || |||||  |||| ||||  ||| ||||||||||  |||| |||||||| || ||||    
T  12610013 tctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctcttggaagtaaaa 12610112  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagtttgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 300  Q
    ||||   |||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| || |||||| ||||||  || |||||||| ||||| ||  |||||||||| |||||    
T  12610113 gaggacctggaggatgtaaccttaaggtctctttcacaactgactttaaataagtgagttcatttatacaattttcttcaacatttcctttcatgttgaa 12610212  T
Q  301 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcat 333  Q
     |  ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12610213 tatatctcttacctcatcttgtgctttcttcat 12610245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 15885954 - 15885697
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  15885954 accaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccaatactttgga 15885855  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| | | | ||||| || ||  | ||||| ||||||||||  ||| ||||||||||  |||| |||||||| || ||||    
T  15885854 tctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctcttggaagtaaaa 15885755  T
Q  201 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgag 258  Q
    |||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  15885754 gaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaataagtgag 15885697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 12637009 - 12637146
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||  | ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12637009 accaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgtagtcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtccagtactttgga 12637108  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttact 138  Q
    |||||  |||||| ||| ||||||| | | ||||||||    
T  12637109 tctctaccaattgtccatgcatttactatcaccttact 12637146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Original strand, 62161 - 62283
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||  ||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||    
T  62161 accaaaaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtcaatagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagtaccttgga 62260  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatt 123  Q
    |||||| | |||||||| |||||    
T  62261 tctcttccgattgcccatgcatt 62283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5594222 - 5594023
Alignment:
Q  1 accaaaaggaatgtactcaaaattactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||| | |   || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||   ||| | |||||||    
T  5594222 accaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttgga 5594123  T
Q  101 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 200  Q
    |||||| |||| ||||||||||| | | | || || || |||| |||||| | ||| ||||||||| |||||||||   |||| |||||||| |||||||    
T  5594122 tctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaa 5594023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University