View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4630-Insertion-7 (Length: 985)

Name: NF4630-Insertion-7
Description: NF4630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4630-Insertion-7
NF4630-Insertion-7
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-837)||(16624372-16625201)
chr5 (871-972)||(16624233-16624335)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 16625201 - 16624372
Alignment:
Q  8 gtagcaaattctaatccaactccacaaggaattgctcccatgtcagtaatgtggctattcccacaattggtcttgatgggcttttgtgaagcattcaaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16625201 gtagcaaattctaatccaactccacaaggaattgctcctatgtcagtaatgtggctattcccacaattggtcttgatgggtttttgtgaagcattcaaca 16625102  T
Q  108 taattggattaattgagttcttcaatagacaattccctgatcatatgagaagcattgctaatgctttgttctcttgttcttttgctttggctaattatgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625101 taattggattaattgagttcttcaatagacaattccctgatcatatgagaagcattgctaatgctttgttctcttgttcttttgctttggctaattatgt 16625002  T
Q  208 tagtagcatattagtcatcactgttcatagtgttactaaaacacataaccatccagattggttaacaaataatatcaatgaaggaagactagattacttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16625001 tagtagcatattagtcatcactgttcatagtgttactaaaacacataaccatccagattggttaacaaataatatcaatgaaggaaggctagattacttt 16624902  T
Q  308 tactaccttctagctggggttggagttctcaacttggtttactttttgtatgtttctcaaagatatcattacaaaggaagtgttgatatccaagagaaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16624901 tactaccttctagctggggttggagttctcaacttggtttactttttgtatgtttctcaaagatatcattacaaaggaagtgttgatatccaagagaaac 16624802  T
Q  408 ctatggatgtggagttaggttcaaaaggagaagtagattattatcctaagaagtatgaagattctaaatagattatgtaggttatgtaaaaataataaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16624801 ctatggatgtggagttaggttcaaaaggagaactagattatcatccaaagaagtatgaagattctaaataggttatgtagattatgtaaaaataataaaa 16624702  T
Q  508 atcactgtctttttgtttcaatttgagccatgtattaattttatatcatcaattatcaatcagttttctagtcttagtgcaaattaaaataatctcacgt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16624701 atcactgtctttttgtttcaatttgagccatgtattaattttatatcatcaattatcaatcagttttctagtcttagtgcaaattaaaataatctcacgt 16624602  T
Q  608 tattataactaatggaaatactttctaaacattgtcttactttcttgtaagaataatcatttgttgatggttatagaacatgcaaaaaagtgtatagaat 707  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16624601 tattgtaactaatggaaatactttctaaacattgtcttactttcttgtaagaataatcatttgttgatggttatagaacatgcaaaaaagtgtatagaat 16624502  T
Q  708 atgataggctatcatatcatattataaatttattttaggggaatcatatttcaatttgttgtttagcaagtaaaccacaatataataagtaaatcttatt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16624501 atgataggctatcatatcatattataaatttattttaggggaatcatatttcaatttgttgtttagaaagtaaaccacaatataataagtagatcttatt 16624402  T
Q  808 tccctattaattcaattgtgtctttctagt 837  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16624401 tccctattaattcaattgtgtctttctagt 16624372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 871 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 16624335 - 16624233
Alignment:
Q  871 aaatcaaacttaatgagtgcgtttcaca-tacaacgtcaaaa-tgagactgagagactattttcattttcacaatacaggaaattttcttgtcgattatc 968  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||  || | ||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  16624335 aaatcaaacttaatgagttcgtttcacaatacaacgtcaaaaataagactcggaaattattt-cattttcacaatacaagaaaatatcttgtcgattatc 16624237  T
Q  969 ttta 972  Q
    ||||    
T  16624236 ttta 16624233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University