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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4631-Insertion-3 (Length: 841)

Name: NF4631-Insertion-3
Description: NF4631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4631-Insertion-3
NF4631-Insertion-3
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (8-836)||(20386599-20387443)
chr3 (8-836)||(20386215-20387059)
chr3 (8-689)||(20385985-20386675)
chr3 (334-839)||(20386980-20387492)
chr3 (697-841)||(20387362-20387504)
chr3 (437-597)||(20387671-20387839)
chr3 (61-222)||(20387671-20387839)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 20387443 - 20386599
Alignment:
Q  8 cataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaa 107  Q
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T  20387443 cataaaagagaaataccctcagagagacccatttcaaatcacatatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaa 20387344  T
Q  108 tctgttgtgtattggggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatggattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggtta 207  Q
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T  20387343 tctgttgtgtattggg-atattccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcatacggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggtta 20387245  T
Q  208 tgtataaagcaaaaaaccatgcttcttcaatagaaagnnnnnnngaaaa-----------caccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaacat 296  Q
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T  20387244 tgtataaaacaaaaa-ccatgcttcttcgaaagaaagaaaaagaaaaaaaaaaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatat 20387146  T
Q  297 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttatccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccctagattatattcagtaaagcatcataaaagagaaa 396  Q
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T  20387145 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttgtc-aaaggtgtgacatatagtagtcataaccctaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaa 20387047  T
Q  397 taccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 496  Q
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T  20387046 taccctcagagagacccgtttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatcaaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 20386947  T
Q  497 gggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaa 596  Q
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T  20386946 gggatattccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcatacggtatcaaatcaattttcgggagatctcatccctgggttatgtataaagca-aa 20386848  T
Q  597 aaccatgcttcttcaatagaaag----------gaagnnnnnnnnncaccctagcaccacaaattagaacataaaattaggaacatcaagacacgagata 686  Q
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T  20386847 aaccatgcttcttcgaaagaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatatcaagacacgagata 20386748  T
Q  687 gcaaggaaacaaaactttgtccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccttaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcatagaga 786  Q
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T  20386747 gcaaggaaacaaaactttgt-caaagttgtgacatatagtagtcataaccctaaattatattctgtaaagcatcataaaagagaaataccctcagagaga 20386649  T
Q  787 cccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccg 836  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20386648 cccatttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccg 20386599  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 20387059 - 20386215
Alignment:
Q  8 cataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaa 107  Q
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T  20387059 cataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatcaaccaacaaactagtaccaa 20386960  T
Q  108 tctgttgtgtattggggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatggattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggtta 207  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20386959 tctgttgtgtattggg-atattccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcatacggtatcaaatcaattttcgggagatctcatccctgggtta 20386861  T
Q  208 tgtataaagcaaaaaaccatgcttcttcaatagaaagnnnnnnngaaaa-----------caccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaacat 296  Q
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T  20386860 tgtataaagcaaaaa-ccatgcttcttcgaaagaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatat 20386762  T
Q  297 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttatccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccctagattatattcagtaaagcatcataaaagagaaa 396  Q
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T  20386761 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttgtc-aaagttgtgacatatagtagtcataaccctaaattatattctgtaaagcatcataaaagagaaa 20386663  T
Q  397 taccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 496  Q
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T  20386662 taccctcagagagacccatttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccggtcaaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 20386563  T
Q  497 gggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaa 596  Q
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T  20386562 gggatattccattcttgaatcatcacagattataaatcatgcatactgtatcaaatcaattttcgggagatctcatccctgggttatgtataaagca-aa 20386464  T
Q  597 aaccatgcttcttcaatagaaag----------gaagnnnnnnnnncaccctagcaccacaaattagaacataaaattaggaacatcaagacacgagata 686  Q
    |||||||||||||| | ||||||           ||          |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  20386463 aaccatgcttcttcgaaagaaagaaaagaaaaaaaaaaaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatatcaagacacgagata 20386364  T
Q  687 gcaaggaaacaaaactttgtccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccttaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcatagaga 786  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20386363 gcaaggaaacaaaactttgt-caaaggtgtgacatatagtagtcataaccctaaattatattctgtaaagcatcataaaagagaaataccctcaaagaga 20386265  T
Q  787 cccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccg 836  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20386264 cccgtttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccg 20386215  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 20386675 - 20385985
Alignment:
Q  8 cataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  20386675 cataaaagagaaataccctcagagagacccatttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccggtcaaccaacaaactagtaccaa 20386576  T
Q  108 tctgttgtgtattggggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatggattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggtta 207  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20386575 tctgttgtgtattggg-atattccattcttgaatcatcacagattataaatcatgcatactgtatcaaatcaattttcgggagatctcatccctgggtta 20386477  T
Q  208 tgtataaagcaaaaaaccatgcttcttcaatagaaagnnnnnnngaaaa-----------caccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaacat 296  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||        ||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20386476 tgtataaagcaaaaa-ccatgcttcttcgaaagaaagaaaagaaaaaaaaaaaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatat 20386378  T
Q  297 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttatccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccctagattatattcagtaaagcatcataaaagagaaa 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20386377 caagacacgagatagcaaggaaacaaaactttgtc-aaaggtgtgacatatagtagtcataaccctaaattatattctgtaaagcatcataaaagagaaa 20386279  T
Q  397 taccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 496  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20386278 taccctcaaagagacccgtttcaaatcacaaatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccggtcaaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtatt 20386179  T
Q  497 gggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaatcatgcattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaa 596  Q
    |||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  20386178 gggatattccattcttgaatcatcacagattataaatcatgcatactgtatcaaatcaattttcgggagatcacatcactgggttatgtataaagca-aa 20386080  T
Q  597 aaccatgcttcttcaatagaaag--gaagnnnnnnnnncaccctagcaccacaaattagaacataaaattaggaacatcaagacacgagatagca 689  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||          |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  20386079 aaccatgcttcttcaatagaaagaaaaaaaaaagataacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaacatcaagacatgagatagca 20385985  T

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Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 334 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 20387492 - 20386980
Alignment:
Q  334 aaggtgtgacatatagtagtcataaccctagattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacagatacaa 433  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  20387492 aaggtgtgac-tatagtagtcataaccctaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcagagagacccatttcaaatcacatatacaa 20387394  T
Q  434 tccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtattgggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaat 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20387393 tccagttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtattgggatattccattcttgaatcgtcaccgattataaat 20387294  T
Q  534 catgcattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaaaaccatgcttcttc----------aatagaaaggaag 623  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||          || |||||  ||     
T  20387293 catgcatacggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaaac-aaaaaccatgcttcttcgaaagaaagaaaaagaaaaaaaa 20387195  T
Q  624 nnnnnnnnncaccctagcaccacaaattagaacataaaattaggaacatcaagacacgagatagcaaggaaacaaaactttgtccaaaggtgtgacatat 723  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20387194 aaaagcaaacaccctagcaccacaaattagaacataaaaataggaatatcaagacacgagatagcaaggaaacaaaactttgt-caaaggtgtgacatat 20387096  T
Q  724 agtagtcataaccttaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcatagagacccgtttcaaatcacagatacaatccagttccgaaca 823  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20387095 agtagtcataaccctaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcagagagacccgtttcaaatcacaaatacaatccagttccgaaca 20386996  T
Q  824 agaaatcaatccgatc 839  Q
    ||||||||||||||||    
T  20386995 agaaatcaatccgatc 20386980  T

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Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 697 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 20387504 - 20387362
Alignment:
Q  697 aaaactttgtccaaaggtgtgacatatagtagtcataaccttaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcatagagacccgtttcaa 796  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  20387504 aaaaatttgtccaa-ggtgtgac-tatagtagtcataaccctaaattatattcagtaaagcatcataaaagagaaataccctcagagagacccatttcaa 20387407  T
Q  797 atcacagatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatcta 841  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20387406 atcacatatacaatccagttccgaacaagaaatcaatccgatcta 20387362  T

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Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 437 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 20387839 - 20387671
Alignment:
Q  437 agttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtattgggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaa---- 532  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||  | |||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        
T  20387839 agttccaaacaagaaatttatccgataaaacaacaaacgagtatcaatttgttgtgtattgggat-atccattcttgaatcgtcaccgattataaatcat 20387741  T
Q  533 -----tcatgcattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaaa 597  Q
         |||||||| ||| ||| |||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  20387740 ataaatcatgcatacggcatccaatcaatttttgggatatctcattaatgggttatgtaaaaagcaaaaa 20387671  T

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Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20387839 - 20387671
Alignment:
Q  61 agttccgaacaagaaatcaatccgatctaccaacaaactagtaccaatctgttgtgtattggggatcatccattcttgaatcgtcaccgattataaa--- 157  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||  | |||||||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||       
T  20387839 agttccaaacaagaaatttatccgataaaacaacaaacgagtatcaatttgttgtgtattggg-at-atccattcttgaatcgtcaccgattataaatca 20387742  T
Q  158 ------tcatggattcggtatcaaatcaattttcgggagatctcatcactgggttatgtataaagcaaaaa 222  Q
          ||||| || ||| ||| |||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  20387741 tataaatcatgcatacggcatccaatcaatttttgggatatctcattaatgggttatgtaaaaagcaaaaa 20387671  T

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