View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4631_low_1 (Length: 613)

Name: NF4631_low_1
Description: NF4631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4631_low_1
NF4631_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-604)||(353158-353761)
chr7 (6-604)||(10579938-10580533)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-604)||(24578345-24578945)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 353761 - 353158
Alignment:
Q  1 acatataaagtttattcataagaaattcaattttctcaacagcttgatacatatttttctgtttgacttaatccaagagcaaacggcaagttttgtatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353761 acatataaagtttattcataagaaattcaattttctcaacagcttgatacatatttttctgtttgacttaatccaagagcaaacggcaagttttgtatct 353662  T
Q  101 aggcatgatatcctgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353661 aggcatgatatcctgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaa 353562  T
Q  201 aggtcaagaccaatatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353561 aggtcaagaccaatatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggt 353462  T
Q  301 gataatatgtctgaatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacataga 400  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353461 gataataagtctgaatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacataga 353362  T
Q  401 aatcattgagttataggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctcccc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353361 aatcattgagttataggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctcccc 353262  T
Q  501 atcgtataaatgaacgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcct 600  Q
    |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  353261 atcgtataaatgaacgaattgaaaaaaagtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcatcaaatttctctgcct 353162  T
Q  601 ttgc 604  Q
    ||||    
T  353161 ttgc 353158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 10580533 - 10579938
Alignment:
Q  6 taaagtttattcataagaaattcaattttctcaacagcttgatacatatttttctgtttgacttaatccaagagcaaacggcaagttttgtatctaggca 105  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10580533 taaagtttcttcataagaacatcaattttgtcaacagcttgatacatatttttctgtttgacttcatccaagagcaaacggcaagttttgtatctaggca 10580434  T
Q  106 tgatatcctgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtc 205  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10580433 cgatatcttgatcaaccatctcctcgaacagatcgaatgcccacttgcatctatctgctctgcaaagcccatgaattagcaatgaataggttgaaaggtc 10580334  T
Q  206 aagaccaatatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataa 305  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10580333 aagaccaatctgatatttatttaccatatcatttaatatatcattcaaccaagtatctatttctctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgaaaa 10580234  T
Q  306 tatgtctgaatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacatagaaatca 405  Q
       ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||    
T  10580233 ---gtctgaatatccggcttacaaagacctgatttttccatctccttcagtattccaaaagctctctcttcacgtgcatagtaacaaaacatagaaacca 10580137  T
Q  406 ttgagttataggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccatcgt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10580136 ttgagttataggtcgatgtatttggggccacattggccttcggcatcgcaaccttgaatacatatgtagcatcatctattctgcctgctctccccaacgt 10580037  T
Q  506 ataaatgaacgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgc 604  Q
    ||||||||||||||||       | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10580036 ataaatgaacgaattgaaaaagagcgtatcaggcctacatccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcttttgc 10579938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 24578945 - 24578345
Alignment:
Q  1 acatataaagtttattcataagaaattcaattttctcaacagcttgatacatatttttctgtttgacttaatccaagagcaaacggcaagttttgtatct 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578945 acatttaaagtttcttcataagaacctcaattttcacaacagcgagatgcatatttttctgtttgacttcatccaagagcaaacggcaagttttgtatct 24578846  T
Q  101 aggcatgatatcctgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaa 200  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578845 aggcacgatatcttgatcagccatctcctcgaacagatcgaatgcccacttgcatctatctgctctgtaaagcccatgaattagcaatgtataggttgaa 24578746  T
Q  201 aggtcaagaccaatatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578745 aggtcaagaccaatatgatatttatttaccatgtcatttaatatatcattcaaccaagtatctatttccctcattttaaagcatgacttgatcaatgggt 24578646  T
Q  301 gataatatgtctgaatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacataga 400  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24578645 gataa---gtctgaatatcaggcttacaaagacctgatttttccatctccttcagtatgccaaaagctctctcttcttgtgcatagtaacaaaacataga 24578549  T
Q  401 aatcattgagttataggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctcccc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578548 aatcattgagttataggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatacatgtgtagcatcatctattctgcctgctctcccc 24578449  T
Q  501 atcgtataaatgaacgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcct 600  Q
    |  |||||||||| |||||||       |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  24578448 aatgtataaatgagcgaattgaaaaagagtgtatcaggcctacatccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcttcaaatttttctgctt 24578349  T
Q  601 ttgc 604  Q
    ||||    
T  24578348 ttgc 24578345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University