View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4633-Insertion-1 (Length: 1054)

Name: NF4633-Insertion-1
Description: NF4633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4633-Insertion-1
NF4633-Insertion-1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (8-724)||(28922773-28923476)
chr3 (8-1044)||(28912998-28914072)
chr3 (86-861)||(28898848-28899634)
chr3 (115-789)||(28888959-28889654)
chr3 (164-726)||(28931652-28932227)
chr3 (861-1044)||(28922458-28922642)
chr3 (712-821)||(28922640-28922749)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (364-421)||(24383755-24383812)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 28923476 - 28922773
Alignment:
Q  8 atgtgaacatgggttatgaatcatgaaatttaaaaacggcacaaactctttctatttcccaacttacnnnnnnntgattatacatgcatagaatttacat 107  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  28923476 atgtgaacatgggctatgaatcatgaaatttaaaaacggcacaaactctttctatttcccaacgtacaaaaagatgattatacatgcatagaatttacat 28923377  T
Q  108 tcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacc 207  Q
    |||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923376 tcacataattg-------------agaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacc 28923290  T
Q  208 cattatccccataagttcatttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgt 307  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923289 ctttatccccataagttcatttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgt 28923190  T
Q  308 tactgatatttgtctcttctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggagg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28923189 tactgatatttgtctcttctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggagg 28923090  T
Q  408 agagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgcag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28923089 agagaatatcctttcatgatatatttagtaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaattgtattttgttacctaatttaatgctg 28922990  T
Q  508 acaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922989 acaatttgtgccttaaccattttttcatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaa 28922890  T
Q  608 attccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagaca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28922889 attccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcgccagaagattcttcaagaaaagatatgctagagaaaaaagatttgccagaattagaca 28922790  T
Q  708 ttggagagacttgtgac 724  Q
    |||||||||||||||||    
T  28922789 ttggagagacttgtgac 28922773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 28914072 - 28912998
Alignment:
Q  8 atgtgaacatgggttatgaatcatgaaatttaaaaacggcacaaactct--ttctatttcccaacttacnnnnnnntgattatacatgcatagaatttac 105  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||| ||        | ||||||||||||||||||||||    
T  28914072 atgtgaacatgggctatgaatcatgaaatttaaaaacggcaaaaactctctttctagttcccaacgtagaaaaaaattattatacatgcatagaatttac 28913973  T
Q  106 attcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctccca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28913972 attcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcagtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcctttaagttatccctccca 28913873  T
Q  206 cccattatccccataagttcatttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatatttt 305  Q
     || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28913872 tcctttatccccaatagttcatttgtctaatgcttattaacattattgaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatatttt 28913773  T
Q  306 gttactgatatttgtctc--ttctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatg 403  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28913772 gttactgatatttgtctcttttctgcgttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatg 28913673  T
Q  404 gaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt-gtattttgttacctaatttaa 502  Q
    ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||| |   | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  28913672 gaggagagaatatccttttgtgatgattttattaatgtcacctcctattaaaagctaaatggaaaaatgttgtgaattggtaatttgttccctaatttaa 28913573  T
Q  503 tgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaa 602  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28913572 tgccaacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcatccgaacaatcacgtttattaa 28913473  T
Q  603 gtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaatt 702  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||| ||||||| ||   |    
T  28913472 gtgaaattccgaaagtaattcctgaactggttggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagataagtttgaacaaaatgatttgcaagttgt 28913373  T
Q  703 agacattggagagacttgt---------------gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtgaggc 787  Q
    || ||||||||||||||||                ||||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||     
T  28913372 agccattggagagacttgtaactctggaggacagtactccacacataatggttttgctctatgtctggataagagaacagatgttgtaggtctgtcagga 28913273  T
Q  788 t------tctctactctctc----ttcatatatctattatgtgcttcaactacatccattttttaacaatctgtatataggatt---------gcatctg 868  Q
    |      ||| ||||| |||    |||||||||||||| ||||||| | |||| || | ||||||||| |||||| ||| ||||         ||||||     
T  28913272 tttcctatctatactccctcttctttcatatatctattgtgtgctttagctacttcgagtttttaacattctgtaaataagattcttgatatcgcatcta 28913173  T
Q  869 tcattttctttcacattgtcatgctgtgatttgtcattgaattaagattctgtctacagtgacgacttagaagccaaacatactgggctggtgttaataa 968  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  28913172 tacttttc-ttcacattgtcatgctgtgatttgtcattgcattgagattctctttacagtgacgacttagaagccaaatata-ttggctggtgttaataa 28913075  T
Q  969 tggcattcatgtgctgcttcttgcattcttccttttaatgttgtttgttt-catttctcaacgatgcactccgatat 1044  Q
       |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||| ||||||||||    
T  28913074 ccccattgatgtgttgcttcttgctttcttccttttaatgttgtttatttccatttcctaccgatgtactccgatat 28912998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 28899634 - 28898848
Alignment:
Q  86 tatacatgcatagaatttacattcacataattgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatctt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||| | |||||     
T  28899634 tatacatgcatagaatttacattcacataattgtgaaatttatttgagcatgtgccaggaggctgtaaatctataaatcaaactgaaaatttaaaatctg 28899535  T
Q  186 cccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaatgcttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaa 285  Q
    |||| | ||||||          |||    | ||| ||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||||||||||||    
T  28899534 ccctcatgttatca---------att----cgata-gttcatttgtctgtgacttattaacattattgaacatttctgcttccttaagagtataaaagaa 28899449  T
Q  286 cctctgatctatcatattttgttactgatatttgtct----cttctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattg 381  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||   |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||||||    
T  28899448 cctctgatctataatattttgttactgatatttgtctttccctttctctttatatggcagtggatctcaagggagatggcattgttacaacatcgtattg 28899349  T
Q  382 atcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt 481  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  28899348 atctggccaatgaaaagggacggagaagagaatatcctttcatgatatgtttgttaatgttacctcatattagaagctaaaggccaaaatattatgaatt 28899249  T
Q  482 gt-attttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgca 580  Q
    || | | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  28899248 gttaatctgtttcctaatttaacgctgacaatttgtgccttaaccatatttccatacgcttggccagtacatggaccgaaaacagaagcttgggtctcca 28899149  T
Q  581 gccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctag 680  Q
     | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  28899148 tctgaacaattgcgtttattaagtgaaattccaaaagtaattcctgaaatggttgataccaatctgtcaccggaagattcctcaagaaaagataagctag 28899049  T
Q  681 agcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgt---------------gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagc 765  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||                |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28899048 agcaaaaagatttgccagaatcagccattggagagacttgtaactcttttgcacaatactccacacatgatggtttttcccaatgtctggataagagagc 28898949  T
Q  766 agatgttgtaggtctgtgaggct------tctctactctctcttcatatatctattatgtgcttcaactacatccattttttaacaatctgtatatagga 859  Q
    |||||||||||||||||||||||      ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |  | |||||||||||||||||||||||    
T  28898948 agatgttgtaggtctgtgaggctttcctatccatactctctcttcatatatctattttgtgcttaaactagct-taatttttaacaatctgtatatagga 28898850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 115 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 28889654 - 28888959
Alignment:
Q  115 attgtgatatttacttgagaatgtgccaggaggcggtaaatctacaaaacaaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatc 214  Q
    ||||||| |||||||| ||   ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||   |||||||| ||||| | | || |||||    
T  28889654 attgtgaaatttacttaagtgcgtgtcaggaggcagtaaatctataaaacaaactgaaaatttaaaatctgtacttaagttgtcccttcaatcctttatc 28889555  T
Q  215 cccataagttcatttgtctaatg-cttattaacattatagaacatttctgtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactga 313  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| || |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |    
T  28889554 cccaatagttcatttgtctaatggcttattaacatcattgaccatttctgattcctttagagtataaaagaacatatgatctatcatattttgtaactaa 28889455  T
Q  314 tatttgtctct--tctgctttatatggcagtggatctcaagggagatagaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagag 411  Q
    |||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28889454 tatttgtctctcttctactttacatggcagtggatctcaagggagagagaattgttacgaaatcgtattgatcgggctaatgaaaagggatggaggagag 28889355  T
Q  412 aatatcctttcatgatatatttatt-aatgttatgacatattagaagctaaatgccaaaatgttgtgaatt-gtattttg-ttacctaatttaatgcaga 508  Q
    ||||||||||   ||| | |||||| |||| ||   ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||  |    
T  28889354 aatatccttttgcgatgtttttattaaatgatacctcatattaaaagctaaagggaaaaatgttgtgaattggtaatttgtttccctaatttaatgccaa 28889255  T
Q  509 caatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaa 608  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||| |||||||| |||||    
T  28889254 caatttgtgccttaaccatatttccatacacttgctcagtacatggaccaaaaacagaagcttgagtctccgtcagaacaatcacatttattaaatgaaa 28889155  T
Q  609 ttccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtcaccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacat 708  Q
    |||||||||||||||| ||| || | | ||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||| |||    
T  28889154 ttccaaaagtaattcctgaaatgattgataccagtctgtcaccagaaaattcctcaaaaagagataagcttgagcacaatgatttaccagaattagccat 28889055  T
Q  709 tggagagacttgt---------------gactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtgaggctt 789  Q
    ||| |||||||||                |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  28889054 tggtgagacttgtaactctgttggacagtactccacacatgatggttttgctcaatgtctggataagagaacagatgttttaggtctgtcaggctt 28888959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 164 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 28932227 - 28931652
Alignment:
Q  164 caaactggaaattaagaatcttcccttaagttatccctcccacccattatccccataagttcatttgtctaat-gcttattaacattatagaacatttct 262  Q
    ||||||| ||||| | ||||| | ||| ||||||| || | | || |||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||    
T  28932227 caaactgaaaatttaaaatctgctctttagttatcgcttcaatcctttatccccaatagctcatttgtctaatagcttattaacatcattgagcatttct 28932128  T
Q  263 gtttgctttggagtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatatttgtct----cttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 358  Q
    | || ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28932127 gctttctttatggtataaaagaacctctgatctatcatattttgttactgatattggtctttctcttctgctttatatggcagtggatctcaagggagat 28932028  T
Q  359 agaattgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatatttattaatgttatg-acatattagaag 457  Q
     |  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||    
T  28932027 tgcgttgttaagaaatcgtattgatctggccaatgaaaagggatggaggagagaatatcctttcatgatatttttattaatgttgtgttcatattagaag 28931928  T
Q  458 ctaaatgccaaaatgttgtgaatt--------gtattttgttacctaatttaatgcagacaatttgtgccttaaccatttttccatacacttgctcagta 549  Q
    ||||| ||||||||||||||||||         || |||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28931927 ctaaaggccaaaatgttgtgaattagcatttattaatttgtt-ccaaatttaatgctaacaatttgcgccttaaccatatttccatacacttgctcagta 28931829  T
Q  550 catggaccaaaaacagaagcttgagtctgcagccgaacaatcacgtttattaagtgaaattccaaaagtaattccggaactggtcggtaccaatctgtca 649  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||||||||| ||     
T  28931828 catggaccgaaaacagaagctcgagtctccatcagaacaatcacgtttattaggtgaaatcccagaagtaattcctgaaatggttgataccaatctttcc 28931729  T
Q  650 ccagaagattcctcaagaaaagatatgctagagcaaaaagatttgccagaattagacattggagagacttgtgactc 726  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  28931728 ccagaaaaatcctcaagaaaagataaggttgagcaaattgatttgccagatttagttattggagagacttgtaactc 28931652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 861 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 28922642 - 28922458
Alignment:
Q  861 tgcatctgtcattttctttcacattgtcatgctgtgatttgtcattgaattaagattctgtctacagtgacgacttagaagccaaacatactgggctggt 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28922642 tgcatctgtcattttctttcacattgtcatgctgtgatttgtcattgcattaagattctgtctacagtgacgacttagaagccaaacatact-ggctggt 28922544  T
Q  961 gttaataatggcattcatgtgctgcttcttgcattcttccttttaatgttgtttgttt--catttctcaacgatgcactccgatat 1044  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||    
T  28922543 gttaataatggcattcatgtgctgcttcttgcattcttccttttaatgttgtttgttttccatttctcagtgatgcactccgatat 28922458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 712 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 28922749 - 28922640
Alignment:
Q  712 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtgaggcttctctactctctcttcatatatc 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28922749 agagacttgtgactccacacatgatggttttacccaatgtccggataagagagcagatgttgtaggtctgtgaggcttctctactctctcttcatatatc 28922650  T
Q  812 tattatgtgc 821  Q
    ||||||||||    
T  28922649 tattatgtgc 28922640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 364 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 24383812 - 24383755
Alignment:
Q  364 tgttacgaaatcgtattgatcgggccaatgaaaagggatggaggagagaatatccttt 421  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  24383812 tgttacaaaatcttattgaccgggcaaatgaaaagggttggcgaagagaatatccttt 24383755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University