View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4633-Insertion-7 (Length: 880)

Name: NF4633-Insertion-7
Description: NF4633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4633-Insertion-7
NF4633-Insertion-7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-880)||(52786422-52787293)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 880
Target Start/End: Original strand, 52786422 - 52787293
Alignment:
Q  8 aaagattgattctttggatgacaacttcgatgcactactagtactatctttggttggagaagtattgtatgtatgaaggaatgctaaaagtgcaatcata 107  Q
    ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52786422 aaagattgattctttgggtgaaaaattcgatgcactactagtactatctttggttggagaagtattgtatgtatgaaggaatgctaaaagtgcaatcata 52786521  T
Q  108 aatgtgtattttatgggtattagtgcaccgtttaaacaaatatccttttgtgcttgcatgagctcatttcatggtggcatatatgcttacttcaaccttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52786522 aatgtgtattttatgggtattagtgcaccgtttaaacaaatatccttttgtgcttgcatgagctcatttcatggtggtatatatgcttacttcaaccttt 52786621  T
Q  208 ggaaaagttgaaagtctggtttttcaaggcccccnnnnnnnnngcttgctttctactcaaagttcgtttgatctccttttcctcatggaaagactaccac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52786622 ggaaaagttgaaagtctggtttttcaaggccccctttttttttgcttgctttctactcaaagttcgcttgatctccttttcctcatggaaagactagcac 52786721  T
Q  308 ttccccttcttgtggcgtgagaaagagggattagtcacagtagatacaaataaatatatcggtgtcataaatctcaaatagaatacatgcatagaagttc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52786722 ttccccttcttgtggcgtgagaaagagggattagtcacagtagatacaaataaatatatcggtgtcataaatctcaaatagaatacatgcatagaagttc 52786821  T
Q  408 tctcatggttaagaagaaaaagaagagaactnnnnnnnnnnnnnntgaacaattgtaacataactttatataaagtgcatccaattgtgtctaactggag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52786822 tctcatggttaagaagaaaaagaagagaactaaaaattaaaaaaatgaacaattgtaacataactttatataaagtgcatccaattgtgtctaactggag 52786921  T
Q  508 atcattcttccagtatcgttttccaactcatctatactagtacaatacaaataaatacacactattttttgttttgtttaattcctagtttctgaatctt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52786922 atcattcttccagtatcgttttccaactcatctatactagtacaatacaaataaatacacactattttttgttttgtttaattcctagtttctgaatctt 52787021  T
Q  608 caactttgtaaatccttctctcctatttctgctgctatttggaatacgcctacctaagcagacaactcatgaggaacaagaaagcatgcatacacctggt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52787022 caactttgtaaatccttctctcctatttctgctgctatttggaatacgcctacctaagcagacaactcatgaggaacaagaaagcatgcatacacctggt 52787121  T
Q  708 cgatatgcccatgctgggggtaagcgagcatacttttccattcctggctgctcatcaaaaggatgttccactaatttaagtaacctacgaacttctccaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52787122 cgatatgcccatgctgggggtaagcgagcatacttttccattcctggctgctcatcaaaaggatgttccactaatttaagtaacctacgaacttctccaa 52787221  T
Q  808 aatcaccgatttctgcagcatcaattgcagtctggcaaagatagttcctgagaatatatttagggatttacca 880  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52787222 aatcaccgatttctgcagcatcaattgcagtctggcaaagatagttcctgagaatatattta-ggatttacca 52787293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University