View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4634-Insertion-1 (Length: 1025)

Name: NF4634-Insertion-1
Description: NF4634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4634-Insertion-1
NF4634-Insertion-1
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (37-1009)||(48361250-48362226)
chr7 (398-875)||(35779937-35780400)
chr7 (154-226)||(35779688-35779760)
chr7 (891-933)||(35780431-35780473)
[»] chr5 (28 HSPs)
chr5 (39-933)||(8535238-8536146)
chr5 (37-933)||(1599761-1600654)
chr5 (107-933)||(9074199-9075020)
chr5 (135-933)||(8528778-8529582)
chr5 (398-788)||(8641480-8641880)
chr5 (125-857)||(8644034-8644787)
chr5 (127-869)||(8636691-8637454)
chr5 (388-861)||(2856420-2856897)
chr5 (388-861)||(2844593-2845070)
chr5 (388-861)||(2874030-2874507)
chr5 (125-757)||(8677627-8678289)
chr5 (560-855)||(9003734-9004028)
chr5 (398-860)||(2904537-2904995)
chr5 (431-755)||(8547750-8548073)
chr5 (40-227)||(8548273-8548463)
chr5 (123-226)||(8641198-8641297)
chr5 (138-226)||(9003305-9003393)
chr5 (44-114)||(8528704-8528774)
chr5 (812-869)||(8678348-8678405)
chr5 (128-211)||(2845222-2845305)
chr5 (128-211)||(2857043-2857126)
chr5 (124-226)||(2905127-2905232)
chr5 (296-343)||(8548146-8548193)
chr5 (476-514)||(9003647-9003685)
chr5 (812-850)||(11354043-11354081)
chr5 (812-850)||(11373312-11373350)
chr5 (128-211)||(2874653-2874736)
chr5 (811-858)||(8547634-8547681)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (135-933)||(9442939-9443743)
chr4 (44-114)||(9442865-9442935)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (483-853)||(5130964-5131331)
chr1 (376-466)||(26324199-26324289)
chr1 (134-345)||(5130637-5130860)
chr1 (715-770)||(26324131-26324187)
[»] scaffold0627 (3 HSPs)
scaffold0627 (131-228)||(4488-4585)
scaffold0627 (378-522)||(4736-4880)
scaffold0627 (569-753)||(4948-5130)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (131-228)||(16716175-16716272)
chr6 (398-522)||(16716455-16716579)
chr6 (569-859)||(16716647-16716941)
chr6 (296-338)||(16716363-16716405)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 48362226 - 48361250
Alignment:
Q  37 ttgtcttatgattaaaattgattactatgacttgtatgagaacatcaaccatcagattcaattgtcaataaaaataaagtataatggaagctacattctt 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48362226 ttgtcttatgattaaaattgattactatgacttgtatgagaacatcaaccatcagattcaattgccaataaaaataaagtattatggaagctacattctt 48362127  T
Q  137 accttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaatta-----gacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48362126 accttgagtggacattcaacacctccatattatctcctttcaagacatccttcaatgaaattaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa 48362027  T
Q  232 cc-----------cgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcac 320  Q
    ||           ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48362026 cctgaacgactcccgtgaatatgaaaagctttgcatctatatttctcaggttcataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcac 48361927  T
Q  321 cttcttcaaagtgttttatcggccataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatga 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48361926 cttcttcaaagtgttttatcggccataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgcagtattgatgttgtaaaccttagtctatga 48361827  T
Q  421 ttcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaata 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48361826 ttcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaata 48361727  T
Q  521 tgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattg 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48361726 tgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattg 48361627  T
Q  621 acctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacatt 720  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  48361626 acctttgctgaccctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgggatactcgagactcgaaaaagaaatgtgaggatccacttcaacatt 48361527  T
Q  721 cctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcacc 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48361526 cctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggatcacacgctcaaactcccacgcattggcacgtttaacatgtctcacccacatgtttatcacc 48361427  T
Q  820 ttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactccc 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48361426 ttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactccc 48361327  T
Q  920 ctgtgactgggttgtgtgactgggttgcagatcactaaccgggtttcccaaggatggatcctac-aacaaagtaaaccattgcaggaattc 1009  Q
    |             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  48361326 c-------------tgtgactgggttgcagatcactaa-cgggtttcccaaagatggatcagacaaacaaagtaaaccattgcaagaattc 48361250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 398 - 875
Target Start/End: Original strand, 35779937 - 35780400
Alignment:
Q  398 atgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatc 497  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||     |||  || |||||||||||||||||||||    
T  35779937 atgttgtaaaccttagtccacgattcttcaatgccatgctcattcataacccacattgtaacatcaacaaaaaaattcaagtcacaaatgtaaagaaatc 35780036  T
Q  498 cctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcact 597  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||               ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  35780037 cctttaattctcccatgctaatacgcct---------------attatcatgaattccaaacacatgtggaggagaaggaaatggctgcaacctctcacc 35780121  T
Q  598 ttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaa 697  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||  |||||||| | ||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||  || || |||| ||||    
T  35780122 ttcaaaacaaaaacataatattgacttttgttgcccctcaaatttgatccagtgaagcacaccattcacacaagtgggatacttaaggcttgaaatagaa 35780221  T
Q  698 atttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacat 796  Q
    ||  |||| |||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||| ||||  |||||||||||| |||||    
T  35780222 atacgaggatccacttcaacagttctccatgatggtgctccaagtgtgtttatttcgaggataacacgatcaaacacccaatcattggcacgttgaacat 35780321  T
Q  797 gtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttac 875  Q
    ||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35780322 gtcttatccatatttttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttac 35780400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 226
Target Start/End: Original strand, 35779688 - 35779760
Alignment:
Q  154 aacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaa 226  Q
    ||||| || |||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35779688 aacacttcaatattgtctccttttacaacatccttcaatgatattagacttggaatatgtggaattacttcaa 35779760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 891 - 933
Target Start/End: Original strand, 35780431 - 35780473
Alignment:
Q  891 agtagattcaggaagtcttatgaactcccctgtgactgggttg 933  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35780431 agtagcttcaggaagtcttatgaactcccccgtgactgggttg 35780473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 933
Target Start/End: Original strand, 8535238 - 8536146
Alignment:
Q  39 gtcttatgattaaaattgattactatgactt-gtatgagaacatcaaccatcagattcaattgtcaataaaaataaagtataatggaagctacattctta 137  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | | |  |||||||||||||||    
T  8535238 gtcttatgattaaaatcaattactatgactttgtaagggagcatcaaccatcagattcaattgcaaataaaaataaaatctta--gaagctacattctta 8535335  T
Q  138 ccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa------ 231  Q
    ||||||||||| |||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          
T  8535336 ccttgagtggatattcagaacctcaatattgtcacctttcaaaacatccttcaatgaaattagacttggaatgtgtgggattacttcaaaaaaatttgaa 8535435  T
Q  232 -----cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcaccttctt 326  Q
         ||||| |||| ||||| ||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8535436 ctactcccgtaaattcgaaaaacttcgaatccatatttctcaggttcatagtagataaaacaattgcaggaatgatataacaatatggcagcaccttctt 8535535  T
Q  327 caaagtgttttatcggcca---taaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattc 423  Q
    ||||||||||||| |||||   |||| |  |   ||  | | ||  |||   |||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  8535536 caaagtgttttattggccagcttaaaccatatctccgtggaacacgactttccgaaggattgaatgaagtatcaatgttgtaaatcttagtccatgattc 8535635  T
Q  424 ttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgc 523  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8535636 tccaatgccatattcattcataacccacattgaaacatcagataaaaaggtcgaatcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgt 8535735  T
Q  524 ctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacc 623  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  8535736 ctattactaagaaatccattattatgatttccaaacatctgtggaggagaaggaaatgacttcagcgtctcactttcaaagcagaaaatcaatattgacc 8535835  T
Q  624 tttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcct 723  Q
    ||||| || | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  8535836 tttgcagaccatcaaatcttagccaatgtagtgcaccattcacacaagtgggatactttagactcgaaaaagaaatttgaggatccacttcaacatttct 8535935  T
Q  724 ccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaa-ggtcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcacctta 822  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8535936 ccaggatggggttccaagtgtgtttatctcaagggtcaaacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcacccacatgtttatcacctta 8536035  T
Q  823 tattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactcccctg 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  8536036 tattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtcctagccttcttacccgattttgatccgcaatagattcaggaagtcttataaactccccag 8536135  T
Q  923 tgactgggttg 933  Q
    |||||||||||    
T  8536136 tgactgggttg 8536146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 1600654 - 1599761
Alignment:
Q  37 ttgtcttatgattaaaattgattactatgacttgtatgagaacatcaaccatca----gattcaattgtcaataaaaataaagtataatggaagctacat 132  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    |||||||  | ||||||||||||| |||  | ||||||||||    
T  1600654 ttgtcttatgattaaaattaattactatgacttgtatgggaacatcgaccatcaatcagattcaaacgccaataaaaataaaatat--ttgaagctacat 1600557  T
Q  133 tcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa- 231  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||     
T  1600556 tcttaccttgagtggatattcagcacctcaatattgtcccctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgcgggattatttcaaaacaat 1600457  T
Q  232 ----------cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcacc 321  Q
              ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  | |||   || |||||||||||||||||||||    
T  1600456 ctgaacgactcccatgaatttcaaaagctttgcatcgatatttcgcaggttcataatagattaaacaattgta---atcatataacaatatggcagcacc 1600360  T
Q  322 ttcttcaaagtgttttatcggccataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgat 421  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||  ||| |||             |||||||||| ||||||| |   |||||||||||||||||||||    
T  1600359 ttcttcaaagtgttgtatcggccataaacccgaacaccatgaaa------------aaggattgaatgaagtatcgtacttgtaaaccttagtccatgat 1600272  T
Q  422 tcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatat 521  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1600271 tcttcaatgccatattccttcataacccacattggaacatcagataaaaaggt--agtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaacat 1600174  T
Q  522 gcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattga 621  Q
    | |||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1600173 ggctgttaccacaagttccattattatgatttccaaactcatgtggaggagaaggaaatgactgcaacctctcactttcaaaacagaaaaccaatattga 1600074  T
Q  622 cctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattc 721  Q
    | |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||  || |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  1600073 catttgctcaccctcatatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgggattcttaagcatccaaaaagaaatttgaggatccacttcaacattt 1599974  T
Q  722 ctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcacct 820  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  1599973 ctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggatcacaatcttaaactccaacgcattggcacgtttaacatatctcaccctcatgtttatcacct 1599874  T
Q  821 tatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactcccc 920  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1599873 tatattcattagttttaggttggaaaccaaaagcagctcgtccttgccttcctacccgagtttgattcgcggtagattcaggaagtcttatgaactcccc 1599774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 9075020 - 9074199
Alignment:
Q  107 aaaataaagtataatggaagctacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttgg 206  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9075020 aaaataaagtatta--gaagctacattcttaccttgagtggatattcagcacctcgatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttgg 9074923  T
Q  207 aatatgtgggattacttcaaaa------gaa-----cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtag 295  Q
    ||||||||||||||||||||||      |||     ||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||  |||| ||||  | ||||    
T  9074922 aatatgtgggattacttcaaaaaactttgaatgactcccatgaattcgaaaaactttgaatccatatttctcaggttcatagaagataaaacaattgtag 9074823  T
Q  296 gaatgatataacaatatggcagcaccttcttcaaagtgttttatcggccataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtat 395  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |  || || || ||||||||||||||||||||    
T  9074822 caatgatataacaatatggcagcaccttcttcaaagtgttttatcggccataaacctgaaccccatgtaataagacagcccgaaggattgaacgaagtat 9074723  T
Q  396 tgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaa 495  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  9074722 caatgttgtaaactttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacactgaaacatcagataaaaatgtccagtcacaaatgtaaagaaa 9074623  T
Q  496 tccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctca 595  Q
    |||||||||||||||||||   ||||| |||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9074622 tccctttaattctcccatg---atatgtctgttatcaacaattccactattatggtttccaaacacatgcggaggagaaggaaatgactgcaacctctca 9074526  T
Q  596 ctttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaag 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9074525 ctttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgattttcatatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgggatactcgagactcaaaaaag 9074426  T
Q  696 aaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaac 794  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| |   || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |            |||||||||||||| |    
T  9074425 aaatttgaggatccacttcaacatttctcaatattgttgttccaagtgtgtttatctgaaggatcacacggt------------cattggcacgtttacc 9074338  T
Q  795 atgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagta 894  Q
    ||||||   ||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||  |||    
T  9074337 atgtcttatccacattcttattaccttatattcattagtattaggttggaatccaaaaccaacttgtcctaccattcttacccgagttcgattcgtggta 9074238  T
Q  895 gattcaggaagtcttatgaactcccctgtgactgggttg 933  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9074237 gcttcaggaagtcttatgaactcccctgtgactgggttg 9074199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 135 - 933
Target Start/End: Original strand, 8528778 - 8529582
Alignment:
Q  135 ttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa--- 231  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||       
T  8528778 ttaccttgagtggatattcagaacctcaatattgactcctttcaaaacatccttcaatgaaattagacttggaatgtgtgggattacttcaaaataattt 8528877  T
Q  232 --------cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcacctt 323  Q
            ||| |||||| ||||| ||||| | | |||||| |||||| | || ||| | ||||  | | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8528878 atccgactcccatgaattcgaaaaactttgaacccatatttttcaggttcgtagtaggtaaaacaattggaggaatgatatgacaatatggcagcacctt 8528977  T
Q  324 cttcaaagtgttttatcggcca---taaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatga 420  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| |  ||  ||  | | ||  |     | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  8528978 cttcaaagtgttttatcggccagcttaaaccataaccccgtggaacacgatc---caaaggattgaacgaagtatcgatgttgtaaatcttagtccatga 8529074  T
Q  421 ttcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaata 520  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8529075 ttctccaatgccatattcattcataacccacattgaaacattagatataaaggtcggatcacaaatgtatagaaatccctttaattctcccatgctaata 8529174  T
Q  521 tgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattg 620  Q
     ||||   || || ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  8529175 ggcctacaacaaaaaac------attatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaacgactgcaacctctcattttcaaagcagaaaaccaatattg 8529268  T
Q  621 acctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacatt 720  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8529269 acctttgctgaccctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgggatactttagactcgaaaaagaaatttgaggatccacttcaacatt 8529368  T
Q  721 cctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcacc 819  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||   ||||| | |||| |||    
T  8529369 tctccaggatgttgttccaagtgtgtttatctcaaggatcacacgctcaaacacccactgattggcatgtttaacatgtcttatccacacgcttattacc 8529468  T
Q  820 ttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactccc 919  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8529469 ttatattcattagttttaggttggaatccaaaaccagcttgaccttgcattcttactcgagttcgatttgtagtagattcaggaagtcttatgaactccc 8529568  T
Q  920 ctgtgactgggttg 933  Q
    | ||||||||||||    
T  8529569 ccgtgactgggttg 8529582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 398 - 788
Target Start/End: Original strand, 8641480 - 8641880
Alignment:
Q  398 atgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcac------aaatgtaaa 491  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||| |   ||||||||||||||      ||||||||     
T  8641480 atgttgtaagccttagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacactgtgacatcaaagaaaaaggtcgagtcacgatcacaaatgtaag 8641579  T
Q  492 gaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccatta---ttatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcac 588  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||     
T  8641580 gaaatccctttaactctcccatgctaataagcctgttaccatgaattccattattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaataacttcaa 8641679  T
Q  589 cctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactc 688  Q
     ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||   |||||||| | || ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  8641680 tctctcactttccaaacagaaacataatattgacctttgctccccctcaaatttgattcaatgaagaacactattcacacaagtgggatacttaagactc 8641779  T
Q  689 gaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcac 787  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||    
T  8641780 gaaatagaaatctgaggatccacttcaacatttctccatgatggtgctccaagtgtgtttatctcaaggatcacacgctcaaacacctagccattggcac 8641879  T
Q  788 g 788  Q
    |    
T  8641880 g 8641880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 125 - 857
Target Start/End: Original strand, 8644034 - 8644787
Alignment:
Q  125 agctacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttc 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||  |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||    
T  8644034 agctacattcttaccttgagtggatattcagcatctcagtattgtctcctttcacaacatccttcaatgagattagacttggaacatgtggaattatttc 8644133  T
Q  225 aa---------aagaac--ccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatg 313  Q
    ||         |||||   ||||||||| ||||| ||||| |   || |||||  ||| |||| ||||| | ||  | | ||||||||||||||||||||    
T  8644134 aacaaattcggaagaaatgccgtgaattcgaaaaactttgaaagcatgtttcttgggttcatagtagataagacaattgcaggaatgatataacaatatg 8644233  T
Q  314 gcagcaccttcttcaaagtgttttatcggcca---taaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaacct 410  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| ||||||   |||| |  || ||   ||| ||   |||| | ||||| ||| | ||||||  |||||||||||||    
T  8644234 gcagccccctcttcaaagttttttaccggccaacataaaccataacgctgcgaatcaggtctgcccaaaggactgatcaaagtatcaatgttgtaaacct 8644333  T
Q  411 tagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatca-gatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctc 509  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    ||  |  | || ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  8644334 tagtccatgattctccaatgtcatattcattcataacccacattgcaacatcacgaaaagaatatgta-tcgcaaatgtaaagtaatccccttaattctc 8644432  T
Q  510 ccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaa 609  Q
    |||||| |||| ||  ||||| | ||| ||||||||| ||||||  ||||||   |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8644433 ccatgcgaatacgctcgttacgacgaaatccattattttgattttgaaacac---tggaggagaaggaaatgattgcaacctctcactttcaaaacagaa 8644529  T
Q  610 aaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcga---------aaaagaaatt 700  Q
    | ||||||| |||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||| |  |||||| |         || |||||||    
T  8644530 acacaatatagacctttcttcatcctcaaatctgatccaatgaagcgcaccattaacataagtgggataatgaagactcaaacctgatccaatagaaatt 8644629  T
Q  701 tgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggtc-acacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtc 799  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |||||| ||||  ||||| | ||| |||||| |     
T  8644630 tgaggatctacttcagcatttctccatgatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggacaatatgatcaaacacccagccattgcctcgtctaacatatt 8644729  T
Q  800 tcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagc 857  Q
    |  |||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8644730 tgtcccaaatatacatcaccttatattcattagttttaggttggaagccaaaagcagc 8644787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 127 - 869
Target Start/End: Original strand, 8636691 - 8637454
Alignment:
Q  127 ctacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaa 226  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  8636691 ctacattctaaccttgagtggatattcagcacctcgatattgtctcctttcacgacatccttcaatgagattagacttggaacatgtggaattatttcaa 8636790  T
Q  227 ---------aagaa--cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggc 315  Q
             |||||   || ||||||  |||| ||||| | | |  |||||| ||| |||| ||||| | ||  | | ||||||||||||||||||||||    
T  8636791 caaactcggaagaagtgccttgaattctaaaaactttgaaaccaagtttctcgggttcatagtagataagacaattgcaggaatgatataacaatatggc 8636890  T
Q  316 agcaccttcttcaaagtgttttatcggc---cataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaacctta 412  Q
    ||| || |||||||||||||||| ||||   |||| | |  || ||   ||| ||   |||| | ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  8636891 agccccctcttcaaagtgttttaccggccatcatataccataacgctgcgaatcaggtctgcccaaaggactgaccaaagtatcgatgttgtaaacctta 8636990  T
Q  413 gtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctccca 512  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||     ||| |  |  |||||||| ||||| |||||| |||||||||| |    
T  8636991 gtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgcaacatcacggaaaaaagatgtatcacaaatataaagtaatccccttaattctccaa 8637090  T
Q  513 tgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaa 612  Q
    ||| ||||  |  ||||  | ||| ||||||||| ||||||   |||||   |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| |    
T  8637091 tgcgaatacactcgttatgacgaaatccattattttgattttgtaacac---tggaggagaaggaaatgattgcaacctctcattttctaaacagaaaca 8637187  T
Q  613 caatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagata------ctcgagactcga---aaaagaaatttga 703  Q
    |||||| |||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||| ||||      |   | | | ||   || |||||||||     
T  8637188 caatatagacctttcttgacccttaaatctgatccaatgaatcgtaccattcacacaagtgggataacgaagccatatatttgatccaatagaaatttgg 8637287  T
Q  704 gggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcg 802  Q
    || ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||| |||||| ||||   |||| | ||||||||||  ||      
T  8637288 ggatccacttcagcatttctccatgatggtgttccaagtgtatatatctcaaggaccatacgatcaaacacccaacgattgcctcgtttaacatcactgc 8637387  T
Q  803 cccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcat 869  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8637388 cccatattcttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccaacttgtcctcgcat 8637454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 388 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 2856897 - 2856420
Alignment:
Q  388 cgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacat-cagatgcaaaggtcgagtcacaaat 486  Q
    ||||||||  |||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |    |  | | || | | ||||||    
T  2856897 cgaagtatcaatgttgtaaacaatagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgtaacattctcgagagacgatcta-tgacaaat 2856799  T
Q  487 gtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgc 586  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| || || ||    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2856798 gtaaagaaatcccttcaattctcccaatctaataggcatgctatggggaaatccattatcatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaacgactgc 2856699  T
Q  587 accctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctg---atcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcga 683  Q
    | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| ||   | | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||| |   |    
T  2856698 aacctctcactttcaaaattgaaacacaatattgacttttgttgccaagcttcaaatataatccaatgaagtgcgccattcacacatgttggattcaaaa 2856599  T
Q  684 gactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggtc-acacgctcaaactcccacacatt 782  Q
    |  || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||| || |||| |||||| ||  | |||||||||||| || |   |||    
T  2856598 gcttcaaaaaagaaatttgaggatccacttcaacatttctccatgatgatgttccgagcgtgtgtatctcgagcactacacgctcaaacaccaaacgatt 2856499  T
Q  783 ggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgt 861  Q
    | | ||| |||||| | |   ||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2856498 gtctcgtctaacatatttgttccacattatgatcaccttatattcattagttttgggttggaaaccaaaaccagcttgt 2856420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 388 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 2845070 - 2844593
Alignment:
Q  388 cgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacat-cagatgcaaaggtcgagtcacaaat 486  Q
    ||||||||  ||| |||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |  | |  | | |  | | ||||||    
T  2845070 cgaagtatcaatgctgtaaacaatagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgtaacattctcaagagacgatata-tgacaaat 2844972  T
Q  487 gtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgc 586  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| || || ||    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2844971 gtaaagaaatcccttcaattctcccaatctaataggcatgctaaggggaaatccattatcatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaacgactgc 2844872  T
Q  587 accctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcc---tcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcga 683  Q
    | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| ||  ||   |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||| |   |    
T  2844871 aacctctcactttcaaaattgaaacacaatattgacttttgttgccccgtttcaaatataatccaatgaagtgcgccattcacacatgttggattcaaaa 2844772  T
Q  684 gactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggtc-acacgctcaaactcccacacatt 782  Q
    |  || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||  | |||||||||||| || |   |||    
T  2844771 gcttcaaaaaagaaatttgaggatccacttcaacctttctccatgatggtgttccaagcgtgtgtatctcgagcactacacgctcaaacaccaaacgatt 2844672  T
Q  783 ggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgt 861  Q
    |   ||| |||||| | |   ||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2844671 gtttcgtctaacatatttgttccacattatgatcaccttatattcattagttttgggttggaaaccaaaaccagcttgt 2844593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 388 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 2874507 - 2874030
Alignment:
Q  388 cgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacat-cagatgcaaaggtcgagtcacaaat 486  Q
    ||||||||  |||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |    |  | | || | | ||||||    
T  2874507 cgaagtatcaatgttgtaaacaatagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgtaacattctcgagagacgatcta-tgacaaat 2874409  T
Q  487 gtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgc 586  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| || || ||    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2874408 gtaaagaaatcccttcaattctcccaatctaataggcatgctatggggaaatccattatcatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaacgactgc 2874309  T
Q  587 accctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctg---atcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcga 683  Q
    | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| ||   | | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||| |   |    
T  2874308 aacctctcactttcaaaattgaaacacaatattgacttttgttgccaagcttcaaatataatccaatgaagtgcgccattcacacatgttggattcaaaa 2874209  T
Q  684 gactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggtc-acacgctcaaactcccacacatt 782  Q
    |  || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| |||||| ||  | |||||||||||| || |   |||    
T  2874208 gcttcaaaaaagaaatttgaggatccacttcaacatttctccatgatggtgttccgagcgtgtgtatctcgagcactacacgctcaaacaccaaacgatt 2874109  T
Q  783 ggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgt 861  Q
    | | ||| |||||| | |   ||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2874108 gtctcgtctaacatatttgttccatattatgatcaccttatattcattagttttgggttggaaactaaaaccagcttgt 2874030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 125 - 757
Target Start/End: Original strand, 8677627 - 8678289
Alignment:
Q  125 agctacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttc 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||    
T  8677627 agctacattcttaccttgagtggatattcagcacctcaatattgtctcctttcacaacatccttcaatgagattagacttggaacatgtggaattatttc 8677726  T
Q  225 aa---------aagaac--ccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatg 313  Q
    ||         |||||   ||||||||| ||||| ||||| | | || |||||| ||| |||| ||||| | ||  | | ||||||||||||||||||||    
T  8677727 aacaaattcggaagaagtgccgtgaattcgaaaaactttgaaaccatgtttctcgggttcatagtagataagacaattgcaggaatgatataacaatatg 8677826  T
Q  314 gcagcaccttcttcaaagtgttttatcggcc---ataaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattga--------acga-agtattgatgt 401  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||   ||||| |  ||||||  ||| ||   |||| | ||||| |||        || | | |||  ||||    
T  8677827 gcagcaccctcttcaaagtgttttaccggccaacataaaccataatgccgcgaatcaggtctgcccaaaggactgacaggacggaccacaatatcaatgt 8677926  T
Q  402 tgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagt--cacaaatgtaaagaaatccc 499  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||   | |||||    ||  | ||||||||||| |||||     
T  8677927 tgtaaaccttagtccatgattctccaatgccatattcattcatatcccacattgcaacatcac--ggaaaggatatgtatcgcaaatgtaaagtaatcct 8678024  T
Q  500 tttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcacttt 599  Q
     |||||| |||||||  |||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||  ||| ||   |||||||||||||||||| |||| | ||||| |||    
T  8678025 cttaattttcccatgtgaatacgcttgttacaacgaaatccattattatgattttgaaatac---tggaggagaaggaaatgattgcaacttctcagttt 8678121  T
Q  600 caaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcga--------- 690  Q
    | ||||||||| ||||||| ||| |||  ||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||   ||| ||| |             
T  8678122 ctaaacagaaacacaatatagacatttcttgaccctcaaatccgatccaatgaagcgcaccattaatacaagtgggataacggagcctcaaatctgatcc 8678221  T
Q  691 aaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtg-ttccaagtgtgtttatctcaagg 757  Q
    || |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8678222 aatagaaatttgaggatccacttcagcatttctccatgatggtgtttccaattgtgtttatctcaagg 8678289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 560 - 855
Target Start/End: Original strand, 9003734 - 9004028
Alignment:
Q  560 acatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcac 659  Q
    ||||||||||| |||||||| || || | ||||||| |||| |||  |||| ||||||||||| ||||| ||   |||||||| |||||||||||||| |    
T  9003734 acatgtggaggggaaggaaaagattggaacctctcattttccaaattgaaacacaatattgacatttgcagaaaatcaaatctgatccaatgaagtgcgc 9003833  T
Q  660 cattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-t 758  Q
    |||||||||||||  |||| |  |||||| ||| ||| | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| |    
T  9003834 cattcacacaagtcggataattaagactccaaatagacagttgaggatccacttcaacatttctccatgatggtgttcccagtgtg--tatctcaaggat 9003931  T
Q  759 cacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaacca 855  Q
    | ||||||||||| |  |   |||| ||| | |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  9003932 cgcacgctcaaacacaaagttattgtcacctctaacatgtctcgtccatatttttatcaccttataatcattagttttaggttgataaccaaaacca 9004028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 398 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 2904995 - 2904537
Alignment:
Q  398 atgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaaca---tcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaa 494  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||   || || |  | | || | ||||||||||||||||    
T  2904995 atgttgtaaatcttagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgttacattctcggaag--acgatcta-tcacaaatgtaaagaa 2904899  T
Q  495 atccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctc 594  Q
    ||||||| |||||||||        | || |||||    | | | | |||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  2904898 atcccttcaattctccc--------aagcatgttatgggggaattctttattccgatatccaaacatatgtggaggagaaggaaatgattgcatcctctc 2904807  T
Q  595 actttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctg---atcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaa 691  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||   ||| |||| | | |||||||| | | | ||||||||||| ||| ||| |   ||  || ||    
T  2904806 actttcaaaactgaaacacaatattgacttttgttgaccatcttcaactatgatccaatgtaatccgccattcacacatgtgggattcaaaagcttcaaa 2904707  T
Q  692 aaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaaggtc-acacgctcaaactcccacacattggcacgtt 790  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||| |||||| || |||| |||||||||  | | |||||| ||| || |  | ||||| |||     
T  2904706 aaagaaatttgaggatccacttcaagatttctccatgatgttgttccgagcgtgtgtatctcaagcactagacgctcgaacaccaaatcgttggcccgtc 2904607  T
Q  791 taacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttg 860  Q
    |||||||| |   ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2904606 taacatgtttattccacattattatcaccttatattcattagttttgggttggaaaccaaaaccagcttg 2904537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 431 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 8548073 - 8547750
Alignment:
Q  431 ccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgtt-- 528  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||   | || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||  |      
T  8548073 ccatattcgttcataacccacattgtaacataagagagatagttccagtcacaaatgtaaagacatccctttaattctcccaagctaatacgtcttctca 8547974  T
Q  529 -accaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttg 627  Q
     |||| ||| | |  ||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| |      
T  8547973 caccacgaacttcggtattatgattttcaaacacagatgaaggagaaggaaatgattgaaacctctctctttcaaaacaaaaacacaatatagaccctcc 8547874  T
Q  628 ctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccag 727  Q
    |   |||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||   ||| ||||||||||||| |||||||    ||| |||||     
T  8547873 cctttccttaaatcggatccaatgaagtgcacgattcacacaagtgggatacataagataagaagaagaaatttgaggatccactt----atttctccat 8547778  T
Q  728 gatggtgttccaagtgtgtttatctcaa 755  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  8547777 gttggtgttccgagtgtgtgtatctcaa 8547750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 40 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8548463 - 8548273
Alignment:
Q  40 tcttatgattaaaattgattactatgacttgtatgagaacatcaaccatcagattcaattgtc-aataaaaataaagtataatggaagctaca---ttct 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || |||| || ||||||||||||||||  |||| | |||   || | | || | | |||||||||   ||||    
T  8548463 tcttatgattaaaattaattactatgatttttatgggagcatcaaccatcagattagattgcccaatctgaa-atattaaattagaagctacaatattct 8548365  T
Q  136 taccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaa 227  Q
    ||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  8548364 tactttgagtggatattcagcacctcaatattgtctcctttcatgacatccttcaatgagattagacttggaatatgttgaattacttcaaa 8548273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 123 - 226
Target Start/End: Original strand, 8641198 - 8641297
Alignment:
Q  123 gaagctacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattact 222  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||| ||||| || |||||    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  8641198 gaagcaacattcttgccttgagtgaatatttaacacttcaatatt----cctttcacgacatccttcaatgagattagacttggaatatgtggaattact 8641293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 138 - 226
Target Start/End: Original strand, 9003305 - 9003393
Alignment:
Q  138 ccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaa 226  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |   | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9003305 ccttgagtagacattcaacacctcaacattgtctccatttacagcctccttcaatgagattagacttggaatatgtggaattacttcaa 9003393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 114
Target Start/End: Original strand, 8528704 - 8528774
Alignment:
Q  44 atgattaaaattgattactatgacttgtatgagaacatcaaccatcagattcaattgtcaataaaaataaa 114  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8528704 atgattacaatcaattactatgacttgtaaggaagcatcaaccatcagattcaattgccaataaaaataaa 8528774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 812 - 869
Target Start/End: Original strand, 8678348 - 8678405
Alignment:
Q  812 ttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcat 869  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||    
T  8678348 ttatcaccttgtattcattagttttaggttggaaacctaagccaacttgtcctagcat 8678405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2845305 - 2845222
Alignment:
Q  128 tacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatat 211  Q
    ||||||| |||| |||||||   |||||| | || | |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2845305 tacattcgtaccatgagtgggtgttcaacgcttcaacattgtctcctttcacgacatcgttcaatgatattagacttggaatat 2845222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2857126 - 2857043
Alignment:
Q  128 tacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatat 211  Q
    ||||||| |||| |||||||   |||||| | || | |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2857126 tacattcgtaccatgagtgggtgttcaacgcttcaacattgtctcctttcacgacatcgttcaatgatattagacttggaatat 2857043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2905232 - 2905127
Alignment:
Q  124 aagctacattcttaccttgagtggacattcaacacctcc---atattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggatta 220  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||   | ||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |    
T  2905232 aagctacattactaccttgagtagatgttcagcacctcctcaacattgtctccattcacgacatctttcaatgatattagacttggaatatgttgaataa 2905133  T
Q  221 cttcaa 226  Q
    ||||||    
T  2905132 cttcaa 2905127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 8548193 - 8548146
Alignment:
Q  296 gaatgatataacaatatggcagcaccttcttcaaagtgttttatcggc 343  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  8548193 gaatgatataacaatacggcagcaccctcttcaaagtgttttaccggc 8548146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 476 - 514
Target Start/End: Original strand, 9003647 - 9003685
Alignment:
Q  476 gagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatg 514  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9003647 gagtcacaaatgtaaagaaatccccttaattctcccatg 9003685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 812 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 11354081 - 11354043
Alignment:
Q  812 ttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaa 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11354081 ttatcaccttatattcattagttttaggttggaagccaa 11354043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 812 - 850
Target Start/End: Original strand, 11373312 - 11373350
Alignment:
Q  812 ttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaa 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11373312 ttatcaccttatattcattagttttaggttggaagccaa 11373350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2874736 - 2874653
Alignment:
Q  128 tacattcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatat 211  Q
    ||||||| |||| |||||||   |||||| | || | |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  2874736 tacattcgtaccatgagtgggtgttcaacgcttcaacattgtctcctttcacgacatcgttcaatgatattagactttgaatat 2874653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 811 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 8547681 - 8547634
Alignment:
Q  811 tttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagct 858  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  8547681 tttatcactttatattcattagttttaggatagaaaccacaaccagct 8547634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 135 - 933
Target Start/End: Original strand, 9442939 - 9443743
Alignment:
Q  135 ttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaagaa--- 231  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||       
T  9442939 ttaccttgagtggatattcagaacctcaatattgactcctttcaaaacatccttcaatgaaattagacttggaatgtgttggattacttcaaaataattt 9443038  T
Q  232 --------cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataatagattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcacctt 323  Q
            ||| |||||| ||||| ||||| | | |||||| |||||| | || ||| | ||||  | | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9443039 ttccgactcccatgaattcgaaaaactttgaacccatatttttcaggttcgtagtaggtaaaacaattgaaggaatgatatgacaatatggcagcacctt 9443138  T
Q  324 cttcaaagtgttttatcggcca---taaagctgaatgccaagaagcaaaactgctcgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatga 420  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| |  ||  ||  | | ||  |     | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  9443139 cttcaaagtgttttatcggccagcttaaaccataaccccgtggaacacgatc---caaaggattgaacgaagtatcgatgttgtaaatcttagtccatga 9443235  T
Q  421 ttcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcgagtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaata 520  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443236 ttctccaatgccatattcattcataacccacattgaaacattagatataaaggtcggatcacaaatgtatagaaatccctttaattctcccatgctaata 9443335  T
Q  521 tgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattg 620  Q
     ||||  ||| |  ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9443336 ggcctactacaataaac------attatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatgactgcaacctctcactttcaaagcagaaaaccaatattg 9443429  T
Q  621 acctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacatt 720  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9443430 acctttgctcatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgggatactttagactcgaaaaagaaatttgaggatccacttcaacatt 9443529  T
Q  721 cctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcacc 819  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||  |||||||||||||   ||||| | |||| |||    
T  9443530 tctccaggatgttgttccaagtgtgtttatctcaaggatcacacgctcaaacacccactgattggcttgtttaacatgtcttatccacacgcttattacc 9443629  T
Q  820 ttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagcttgtccttgcattcttacccgagttcgatacgcagtagattcaggaagtcttatgaactccc 919  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443630 ttatattcattagttttaggttggaatccaaaaccagcttgaccttgcattcttactcgagttcgatttgtagtagattcaggaagtcttatgaactccc 9443729  T
Q  920 ctgtgactgggttg 933  Q
    | ||||||||||||    
T  9443730 ccgtgactgggttg 9443743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 114
Target Start/End: Original strand, 9442865 - 9442935
Alignment:
Q  44 atgattaaaattgattactatgacttgtatgagaa-catcaaccatcagattcaattgtcaataaaaataaa 114  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9442865 atgattacaatcaattactatgacttgtaa-agaagcatcaaccatcagattcaattgccaataaaaataaa 9442935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 102; Significance: 4e-50; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 483 - 853
Target Start/End: Original strand, 5130964 - 5131331
Alignment:
Q  483 aaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatgcctgttaccaagaattccattattatgatttccaaacacatgtggaggagaaggaaatga 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | |||  ||    || |||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5130964 aaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgccgatatgctcggtgccataaaa---atcattatgattttcaaacacgtgtggaggagaagggaatga 5131060  T
Q  583 ctgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacacaagtgagatactcg 682  Q
     ||||  |||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||    |   ||| || | |||||||||||||   |||||||||||||  || ||||     
T  5131061 ttgcaatctctcactttcaaaactgaaacacaacaatgacctttttctaagatcatatatgatccaatgaagtgtgtcattcacacaagtaggacactca 5131160  T
Q  683 agactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaactcccacacat 781  Q
    || ||||||| |||||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||   |     
T  5131161 agcctcgaaatagaaatctgaagatccacttcaacatttctccatgacaatgttccaagagtgtgtatctcaaggatcacacgctcaaactcccaacgaa 5131260  T
Q  782 tggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaac 853  Q
     ||||||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  5131261 cggcacgtttaacatgccttacccatatttttatcaccttatattcattagtttta-attggaaaccaaaac 5131331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 376 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 26324289 - 26324199
Alignment:
Q  376 cgaaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagat 466  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26324289 cgaaggattgaacgaagcatcgatgttgtaaatcttagtccatgattctccagtgccatattcattcataacccacattgaaacatcagat 26324199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 345
Target Start/End: Original strand, 5130637 - 5130860
Alignment:
Q  134 cttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaa------- 226  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||           
T  5130637 cttaccttgagtgaatattcagcacctcaatattgtctcctttcacaatatcctttagtgaaattagacttgaaatatgtggaattacttcaatcttttt 5130736  T
Q  227 --aagaa--cccgtgaatttgaaaagctttgcatctatatttctcaggtacataat-agattaaacggtcgtaggaatgatataacaatatggcagcacc 321  Q
      || ||  ||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||  | |||  |||| || | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  5130737 tgaacaagtcccatgaattcgaaaaactttgtatctatatttctccggttcatggtaagacaaaacagttgcaggaatgatatagcaatatggcagcacc 5130836  T
Q  322 ttcttcaaagtgttttatcggcca 345  Q
     |||||||||||||||| ||||||    
T  5130837 ctcttcaaagtgttttaccggcca 5130860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 715 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 26324187 - 26324131
Alignment:
Q  715 aacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaagg-tcacacgctcaaa 770  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  26324187 aacatttctccaggacggtgttccaagtgtgttcatcccaaggatcacacgctcaaa 26324131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 3)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 131 - 228
Target Start/End: Original strand, 4488 - 4585
Alignment:
Q  131 attcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaa 228  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4488 attcttaccttgagtggatattcaacacctcaatattgtctcctttcacggcatccttcaatgagattagacttggaatatgtggaattacttcaaaa 4585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 378 - 522
Target Start/End: Original strand, 4736 - 4880
Alignment:
Q  378 aaggattgaacgaagtattgatgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgcaaaggtcga 477  Q
    |||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    |    || | ||    
T  4736 aaggattgtacaaagtattaatgtggtaaaccttagtccatgattcaccaatgccatattcattcataacccacattgtaacatattttaaggagtttga 4835  T
Q  478 gtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatg 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4836 gtcacaaatgtaaagaaatccctttaattctcccatgctaatatg 4880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 569 - 753
Target Start/End: Original strand, 4948 - 5130
Alignment:
Q  569 ggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacac 668  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||  ||| ||| ||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4948 ggagagggaaatgattgcaacctctcactgtcaaaacaaaaacacaata--gacgtttcctttccctcaaatctgatccaatgaagtgcaccattcacac 5045  T
Q  669 aagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctc 753  Q
    ||||| ||| |   ||||  ||||| ||||||||||| ||||| |  | ||| ||||| | || |||||| ||||||| ||||||    
T  5046 aagtgggattcataagacatgaaaatgaaatttgaggatccacattgatatttctccatgttgatgttccgagtgtgtgtatctc 5130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 131 - 228
Target Start/End: Original strand, 16716175 - 16716272
Alignment:
Q  131 attcttaccttgagtggacattcaacacctccatattgtctcctttcaagacatccttcaatgaaattagacttggaatatgtgggattacttcaaaa 228  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  16716175 attcttaccttgagtggatattcaacacctcaatattctctcctttcacggcatccttcaatgagattagacttggaatatgtggaattactttaaaa 16716272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 398 - 522
Target Start/End: Original strand, 16716455 - 16716579
Alignment:
Q  398 atgttgtaaaccttagtccatgattcttcaataccatattcattcataacccacattgaaacatcagatgca-aaggtcgagtcacaaatgtaaagaaat 496  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |   | | ||| | |||||| ||||||| ||||||    
T  16716455 atgtggtaaaccttagtccatgattctccaatgccatattcattcataacccacattgtaacat-attcgaagaagtttgagtcagaaatgtatagaaat 16716553  T
Q  497 ccctttaattctcccatgctaatatg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16716554 ccctttaattctcccatgctaatatg 16716579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 569 - 859
Target Start/End: Original strand, 16716647 - 16716941
Alignment:
Q  569 ggagaaggaaatgactgcaccctctcactttcaaaacagaaaaacaatattgacctttgctgatcctcaaatcttatccaatgaagtgcaccattcacac 668  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||| |    |||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  16716647 ggagaaggaaatgaatgcaacttctcactttcaaaacaaaaacacaatatagacatttcccttccctcaaatgtgaaccaatgaagtgcaccattcacac 16716746  T
Q  669 aagtgagatactcgagactcgaaaaagaaatttgagggtccacttcaacattcctccaggatggtgttccaagtgtgtttatctcaa----ggtcacacg 764  Q
    ||||| ||| |   ||||  ||||| ||||||||||| ||||| |  | ||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||    |  |||| |    
T  16716747 aagtgggattcataagacatgaaaatgaaatttgaggatccacattgatatttctccatgttggtgttccgagtgtgtgtatctcaacaaggaacacatg 16716846  T
Q  765 ctcaaactcccacacattggcacgtttaacatgtctcgcccacatgtttatcaccttatattcattagttttaggttggaaaccaaaaccagctt 859  Q
     ||||| ||| |   |||| || || |||||  ||||  ||| || | |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  16716847 ttcaaagtccgaggaattgacatgtataacacttctcctccaaatatgtatcactttatattcattagttttaggatagaaaccaaaaccagctt 16716941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 296 - 338
Target Start/End: Original strand, 16716363 - 16716405
Alignment:
Q  296 gaatgatataacaatatggcagcaccttcttcaaagtgtttta 338  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||    
T  16716363 gaatgatataacaatacgccagcaccctcttcaaagtgtttta 16716405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University