View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4634-Insertion-5 (Length: 692)

Name: NF4634-Insertion-5
Description: NF4634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4634-Insertion-5
NF4634-Insertion-5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-692)||(41977246-41977931)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 41977931 - 41977246
Alignment:
Q  7 ataattacagcacctgcaacataggcattaaccaaaataaagataaattatagatctatgcaaaattgaaattttgttagtcttatataagctgacaagt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977931 ataattacagcacctgcaacataggcattaaccaaaataaagataaattatagatctatgcaaaattgaaattttgttagtcttatataagctgacaagt 41977832  T
Q  107 gcaaatgttgcagggcctattagcatggtgagacaacaacgaatgtttaatagcttaattaggaaaaataagaattaatgtgcgtgaaatgaaatatgaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977831 gcaaatgttgcagggcctattagcatggtgagacaacaacgaatgtttaatagcttaattaggaaaaataagaattaatgtgcgtgaaatgaaatatgaa 41977732  T
Q  207 tatataactgaaacatagcttgcaaaatctggaaaacactattgtcaaaggaaaactaacagagaaagaaccttatctatataactaacaaaaagcttac 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977731 tatataactgaaacatagcttgcaaaatctggaaaacactattgtcaaaggaaaacaaacagagaaagaaccttatctatataactaacaaaaagcttac 41977632  T
Q  307 aatccttacaagcatatgtataaaaaactttcacttaactttagattttcaaagcaatagagaaatattgatgatggatatattttttctgctatgctga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977631 aatccttacaagcatatgtataaaaaactttcacttaactttagattttcaaagcaatagagaaatattgatgatggatatattttttctgctatgctga 41977532  T
Q  407 aacttgaaaatttctaagcaatttatagggtgaaataaacaaataagtatagaacaaggaacataattcatgataacgtataaatcaagttcaaaataaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977531 aacttgaaaatttctaagcaatttatagggtgaaataaacaaataagtatataacaaggaacataattcatgataacgtataaatcaagttcaaaataaa 41977432  T
Q  507 acacgcatagataaattgaacggaaaggaagacggttacagatttttcagggttatcatgatcaacgcgcactcaattagttgttcgtaagacagaatat 606  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977431 acacgcatagataaattgatcggaaaggaagacggttacagatttttcagggttatcatgataaacgcgcactcaattagttgttcgtaagacagaatat 41977332  T
Q  607 ttgcataaagataaaaacgactcgcattttgcgtaactgtttaaacttagattcacgcaattaaaaatatgattcctttgaattca 692  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41977331 ttgcataaagataaaaacgactcgtattttgcgtaactgtttaaacttagattcacgcaattaaaaatatgattcctttgaattca 41977246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University