View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4635-Insertion-3 (Length: 1002)
Name: NF4635-Insertion-3
Description: NF4635
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4635-Insertion-3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 990
Target Start/End: Original strand, 8946067 - 8946986
Alignment:
| Q |
73 |
aatgtgatgccgttgtggatacctcaaatttcttaatatacgtccccgcaattgcagaccacaatttaaaccataatagatatgaattgtggtttcagaa |
172 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
8946067 |
aatgtgatgccgttgtggatacctcaaatttcttaatatacgtccccgcaattgcagaccacaatttaaaacataatagatatgaattgtggtttaagaa |
8946166 |
T |
|
| Q |
173 |
taggccgcaattgtccttttnnnnnnngaaagaataggtcgcaattgcggttgcataccacattttatatgtagggaaaaaaacaaaatgaacacatttt |
272 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8946167 |
taggccgcaattgtccttttaaaaaaagaaagaataggtcgcaattgcggttgcataccacattttatatgtagggaaaaaaacaaaatgaacacatttt |
8946266 |
T |
|
| Q |
273 |
ttgtttaagtttcttaacaannnnnnnnnnnnnn-cagcttcaaaatttggagtcaagaagcttttgccaccttatcttgatccgaatttacaacttgaa |
371 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8946267 |
ttgtttaagtttcttaacaattttttttttttgttcagcttcaaaatttggagtcaagaagcttttgccaccttatcttgatccgaatttacaacttgaa |
8946366 |
T |
|
| Q |
372 |
gatctcttaacaggtgtaagctttgcctctggtggtgcaggatatgatcctctaacttctcaattagcagtaaataactatgtctaatactgagtttgaa |
471 |
Q |
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| T |
8946367 |
gatctcttaacaggtgtaagctttgcctctggtggtgcaggatatgatcctctaacttctcaattagcagtaaataactatgtctaatactgagtttgaa |
8946466 |
T |
|
| Q |
472 |
ttttcaattgcatgcatatgttaaaactaactataatttacttttttgttttaagttagtgttatcattatcagatcaattgaacatgttcaaggagtac |
571 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8946467 |
ttttcaattgcatgcatatgttaaaactaactataatttacttttttgttttaagttagtgttatcattatcagatcaattgaacatgttcaaggagtac |
8946566 |
T |
|
| Q |
572 |
aagaataagataaaggaagcagttggagaaatgaaaatggaaatgataatatcaaagagtgtatacattatttgcataggggctgatgacattgccaata |
671 |
Q |
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| T |
8946567 |
aagaataagataaaggaagcagttggagaaatgagaatggaaatgataatatcaaagagtgtatacattatttgcataggggctgatgacattgccaata |
8946666 |
T |
|
| Q |
672 |
cttattctcaaacaccatttaggaaaccacaatatgatattccagcatacactaacttattgatttcatatgccttagacttcattcaggtattctgtta |
771 |
Q |
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|
| T |
8946667 |
cttattctcaaacaccatttaggaaaccacaatatgatattccagcatacactaacttattgatttcatatgccttagacttcattcaggtattctgtta |
8946766 |
T |
|
| Q |
772 |
tacaaacatggattcatagagttttgaataagaatgttgtttcttataacttcgttttctttgtccagtaatattagttattacctaaaataatgcagga |
871 |
Q |
| |
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| T |
8946767 |
tacaaacatggattcatagagttttgaataagaatgttgtttcttataacttcattttctttgtccagtaatattagttattacctaaaataatgcagga |
8946866 |
T |
|
| Q |
872 |
actttatggtttaggagctagaagaattggaggtaattgggatgccatatatagggtggtgttccctcacagagaac-attggagga-gaatgtatagat |
969 |
Q |
| |
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|
| T |
8946867 |
actttatggtttaggagctagaagaattgga-gtaattggcatgccatatatagggt-gtgttccctcacagagaacaattggaggaggaatgtatagac |
8946964 |
T |
|
| Q |
970 |
actgttca-gtttagaaaacga |
990 |
Q |
| |
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|
| T |
8946965 |
actgttcaggtttagaaaacga |
8946986 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 307 - 779
Target Start/End: Original strand, 8937936 - 8938418
Alignment:
| Q |
307 |
cagcttcaaaatttggagtcaagaagcttttgccaccttatcttgatccgaatttacaacttgaagatctcttaacaggtgtaagctttgcctctggtgg |
406 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
8937936 |
cagcctcaaaatttggagtcaagaagcttttgccagcttatcttgatccaaatttgcaacttcaagatcttctaacaggtgtaagctttgcttctggtgg |
8938035 |
T |
|
| Q |
407 |
tgcaggatatgatcctctaacttctcaattagcagtaaataa---ctatgtctaatactgagtttgaatt-ttcaattgcatgcata-----tgttaaaa |
497 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| | || |||| |||||||| | || ||| |
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|
| T |
8938036 |
tgcaggatatgatcctctaacttctaaatcagcagtaaataataactatgtctaacactgaatttgaaatctttaattacatgcatagcatatatttaaa |
8938135 |
T |
|
| Q |
498 |
ctaactataatttactttt-ttgttttaagttagtgttatcattatcagatcaattgaacatgttcaaggagtacaagaataagataaaggaagcagttg |
596 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8938136 |
ctaactataatt--cttttattgttgtaagtctgtgatatcattgtcagatcaattgaacatgttcaaggagtacaaaaataagataaaggaagcagttg |
8938233 |
T |
|
| Q |
597 |
gagaaatgaaaatggaaatgataatatcaaagagtgtatacattatttgcataggggctgatgacattgccaatacttattctcaaacaccatttaggaa |
696 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
8938234 |
gagaaatgagaatggaaatgataatatcaaagagtgtatacattatttgcataggaagtaatgacattgccaatacttatgctcaaacaccatataggag |
8938333 |
T |
|
| Q |
697 |
accacaatatgatattccagcatacactaacttattgatttcatatgccttagacttcattcaggta--ttctgttatacaaaca |
779 |
Q |
| |
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| | |||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||| | || ||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8938334 |
agtgaagtatgatattcgatcatacacagacttattggcttcatatgcctcaaacttcttgcaagtatgttctgttatacaaaca |
8938418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 68
Target Start/End: Original strand, 8945942 - 8946000
Alignment:
| Q |
10 |
tggtacaaaaatactacttgtttgtttattatgttatacaacggttttaaattgtggtt |
68 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8945942 |
tggtacaaaaatactacttgtttgtttattatgttttacaacggttttaaattgtggtt |
8946000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 867 - 958
Target Start/End: Original strand, 8939329 - 8939419
Alignment:
| Q |
867 |
caggaactttatggtttaggagctagaagaattggaggtaattgggatgccatatatagggtggtgttccctcacagagaac-attggaggag |
958 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
8939329 |
caggaactatatggtttaggagctagaaggattgga-gtaattggtatgccaaatatagggt-gtgtgccctcacagagaacaattggaggag |
8939419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 314 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 31797387 - 31797274
Alignment:
| Q |
314 |
aaaatttggagtcaagaagcttttgccaccttatcttgatccgaatttacaacttgaagatctcttaacaggtgtaagctttgcctctggtggtgcagga |
413 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||| |
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|
| T |
31797387 |
aaaatttggagtcaagaaatttttacctgcttatcttgatcctaatatacaacttcctgatctccttactggtgtaagctttgcctcaggtggttctgga |
31797288 |
T |
|
| Q |
414 |
tatgatcctctaac |
427 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |
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|
| T |
31797287 |
tatgatcctctaac |
31797274 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 535 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 31796866 - 31796710
Alignment:
| Q |
535 |
atcattatcagatcaattgaacatgttcaaggagtacaagaataagataaaggaagcagttggagaaatgaaaatggaaatgataatatcaaagagtgta |
634 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||| | |||||| ||||| | | ||| || | ||||| |||||||||| || |
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| T |
31796866 |
atcattatcagatcaattggacatgttcaagggatacatgaagaagatagatgaagcaattggaagagaggaaagggcattgatagtatcaaagagcata |
31796767 |
T |
|
| Q |
635 |
tacattatttgcataggggctgatgacattgccaatacttattctcaaacaccattt |
691 |
Q |
| |
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||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31796766 |
tacatagtgtgcataggaagtgatgacattgctaatacttatgctcaaacaccattt |
31796710 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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