View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4636-Insertion-2 (Length: 1096)

Name: NF4636-Insertion-2
Description: NF4636
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4636-Insertion-2
NF4636-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-1002)||(55117472-55118467)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 827; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 827; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1002
Target Start/End: Original strand, 55117472 - 55118467
Alignment:
Q  7 acaaagagtaatccttcaaaatatggtaggacaaattaacaatcaataacaaagttttctatcaaacaacataacgttgctgcattgtcattttaaatga 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55117472 acaaagagtaatccttcaaaatatggtaggacaaattaacaatcaataacaaagttttctatcaaacaacttaacgttgctgcattgtcattttaaatga 55117571  T
Q  107 gatatgtctttgtttactgcacgatgataaataatatctcatacaaaattactttccgtcaataaaatcatcaacaacaaaatttggtagaatagtattc 206  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55117572 gatatgtctttgtttggtgcacgatgataaataatatctcatacaaaattactttccgtcaataaaatcatcaacaacaaaatttggtagaatagtattc 55117671  T
Q  207 aaaatagttttgtgttttttctgatacgaaccatgtcccacttcagcaataatgaaagcaccactcatatctcttttttgacaccattagcaccactcat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55117672 aaaatagttttgtgttttttctgatacgatccatgtcccacttcagcaataatgaaagcaccactcatatctcttttttgacaccattagcaccactcat 55117771  T
Q  307 atcaaaagtaagatatgcacttatcatattttataaaatgaataaatgatgaattcaaatatatttttaatcaatgatgaattaaaacagctttttagac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  55117772 atcaaaagtaagatatgcacttatcatattttataaaatgaataaatgatgaattcaaatatatttttaatcaatgatgacctaaaacagctttttagac 55117871  T
Q  407 aaattttggttattatatgttagtaatactagttaaacatgcttgttttagattactaattgcacagttacactataatttttagatagtttttgtgaag 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55117872 aaattttggttattatatgttagtaatactagttaaacatgcttgttttagattactaattacacagttacactataatttttagatagtttttgtgaag 55117971  T
Q  507 aaatcaagatatactaaaaaagtttatgtttgtgaggacatgctgctagccttagcaacgaaggacttgatataaaacagaactttcaccagtgttttgc 606  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55117972 aaatcaaaatatactaaaaaagtttatgtttgtgaggacatgctgctagccttagcaacgaaggacttgatataaaacagaactttcaccggtgttttgc 55118071  T
Q  607 tggtttgctaacaatacaccacatatttgactattttgtttggactacttcataaaatatgactatga-nnnnnnnnnagagaaataaaatatgactacg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||    
T  55118072 tggtttgctaacaatacaccacatatttgactattttgtttggacta---cataaaatatgactatgattttttttttagagaaataaaatatgactacg 55118168  T
Q  706 atttgtaagttgattttgtgataaattaatttataacttatttaaatgtg--nnnnnnnnnnnactggaaggtgttgttacaaaatcttgttaaagtact 803  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55118169 atttgtaagttcattttgtgataaattaatttataacttatttaaatgtgtttttttttttttactggaaggtgttgttacaaaatcttgttaaagtact 55118268  T
Q  804 ttgtgcaatttgcagataaaacacatatgtgtatacattgataagtactcaagtgcttttcatccgtaggatttcatctttatttagaacgtaggtctac 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55118269 ttgtgcaatttgcagataaaacacat-tgtgtagacattgataagtactcaagtgctttttatccgtaggatttcatctttatttagaacgtaggtctac 55118367  T
Q  904 tgttgtatttagaccttatgtcaaataagctttgctagatatagttagagtttgttaa-ggtgttggtaatgccaacaaattagctaataggaaatagcg 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  55118368 tgttgtatttagaccttatgtcaaatatgctttgctagatatagttagagtttgttaagggtgttggtaatgccaacaaattagcttatggaaaatagcg 55118467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University