View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4640-Insertion-1 (Length: 1046)

Name: NF4640-Insertion-1
Description: NF4640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4640-Insertion-1
NF4640-Insertion-1
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (206-1046)||(9257420-9258263)
chr1 (489-1046)||(9299727-9300290)
chr1 (206-1027)||(9466665-9467486)
chr1 (523-1027)||(9364064-9364573)
chr1 (523-1027)||(9337205-9337714)
chr1 (529-1027)||(9242471-9242974)
chr1 (565-1016)||(8926660-8927116)
chr1 (565-978)||(8962013-8962430)
chr1 (565-1022)||(8939086-8939548)
chr1 (208-377)||(9299449-9299618)
chr1 (603-885)||(9437843-9438129)
chr1 (81-169)||(1848517-1848606)
chr1 (603-885)||(9420760-9421046)
chr1 (720-883)||(9377586-9377749)
chr1 (737-879)||(9236488-9236630)
chr1 (158-211)||(9258669-9258722)
chr1 (716-849)||(8979311-8979444)
chr1 (917-976)||(9420669-9420728)
chr1 (917-976)||(9437752-9437811)
chr1 (731-789)||(8861971-8862029)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (259-1027)||(9170902-9171679)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (537-1022)||(1287-1777)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (537-1022)||(15910329-15910819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 206 - 1046
Target Start/End: Complemental strand, 9258263 - 9257420
Alignment:
Q  206 tagtatactgcatccaagtgtttgatcgcgtttcctcatttgatgcatctactattcaatacaaccgtctctcattgacatggtcgggaacaaattttga 305  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9258263 tagtatactgcatcaaattgtttgatcacgtttcctcatttgatgcatctactattcaatacaaccgtctctcgttgacatggtcgggaacaaattttga 9258164  T
Q  306 cttagaatgcttgaaatgtgaacataaatcgaagaagaagattacattcgttattttattctctgcaggtgagactgagatgattttctcctgtccattc 405  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||  |||    
T  9258163 cataggatgcttgaaatgtgaacataaatcgaagaagaagattacattcgttattttatcctctgcagatgagactgcgatgattttttcctgtcatttc 9258064  T
Q  406 aatttcctctgtattataaatctgagatttttcagaatattgaatgttatacatgcaggtgttattgttggttcaacaatttactagtgcttgtacttgg 505  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  9258063 aatttcctttgtattataaatatgagatttttcagaatattgaatgttatacatgcatgtgttattattggttcaac--tttactagtgcttgtacttgg 9257966  T
Q  506 tgctattgttggaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccaga 605  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9257965 tgctattgttcgaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccaga 9257866  T
Q  606 ttctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaattatcaagtgaaat 705  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  9257865 ttctcctatgctgacatcaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcaaggagctgtttacaaaggcaattatcaagtcaaat 9257766  T
Q  706 tcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtc 802  Q
    || |||||||   |||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257765 tctagttgctgttaagatgatcaataacgcagaaggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggtaaaatccaccatctcaatgctgtc 9257666  T
Q  803 cgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaaca 902  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  9257665 cgcttgcttggcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatggttcgttgcagaaattcatttctcctcctagcaacg 9257566  T
Q  903 aagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcacc-aagttgtggatc-aagaattcttc 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  9257565 aagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaaagttgt-gatcaaagaattcttc 9257467  T
Q  1001 actttgacatcaatcctcataacgtc-tgatcgatgacaatttaacc 1046  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9257466 actttgacatcaatcctcataatgtcttgatcgatgacaatttaacc 9257420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 489 - 1046
Target Start/End: Original strand, 9299727 - 9300290
Alignment:
Q  489 ctagtgcttgtacttggtgctattgttggaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattataggg 588  Q
    ||||||||| | || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  9299727 ctagtgcttatgctcggtgctattattcgaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcgaaaactttttgaaggattataagg 9299826  T
Q  589 ctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaagg 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9299827 ctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaagg 9299926  T
Q  689 taa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatc 784  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  9299927 taaattatcaagtcaaattcaagttgctgttaagatgctcaataacgctgaaggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaacaatgggcaaaatc 9300026  T
Q  785 caccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattca 884  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9300027 caccatctcaatgttgtccgtttgcttggcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaagtggttcgttgcagaaattca 9300126  T
Q  885 tttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttg 983  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  9300127 tttctcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggataagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatagagtatcttcaccaaggttg 9300226  T
Q  984 tggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtc-tgatcgatgacaatttaacc 1046  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9300227 t-gatcaaagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtcttgatcgatgacaatttaacc 9300290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 206 - 1027
Target Start/End: Complemental strand, 9467486 - 9466665
Alignment:
Q  206 tagtatactgcatccaagtgtttgatcgcgtttcctcatttgatgcatctactattcaatacaaccgtctctcattgacatggtcgggaacaaattttga 305  Q
    |||||||||||| | || ||||||| || |||||  |||||  ||||| ||  |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  9467486 tagtatactgcaccaaactgtttgaccgtgtttctccattttctgcatatagcattcaagacaaccgtctcttattgacatggtcaggaacaaattttga 9467387  T
Q  306 cttagaatgcttgaaatgtgaacataaatcgaagaagaagattacattcgttattttattctctgcaggtgagactga-gatgattttctcctgtccatt 404  Q
    | ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||  |   |||| || |||||||||||||||||||||| ||| |    |||  |||||||| ||    
T  9467386 cataggatgcttgaaatgtaaacataaatcaaagaagacaa---cattagtaattttattctctgcaggtgagagtgaagcatctttattcctgtccctt 9467290  T
Q  405 caatttcctctgtattataaatctgagatttttcagaatattgaatgttatacatgcaggtgttattgttggttcaacaatttactagtgcttgtacttg 504  Q
     |||||| | | ||||| | | ||| |||   | || ||||||||||||  |  || |||||  ||  | ||||||||  ||| ||| | ||||| || |    
T  9467289 -aatttcatttttattaaataactgcgatgagttaggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaac--tttgctattacttgttctcg 9467193  T
Q  505 gtgctattgttggaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccag 604  Q
    |  | |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9467192 gcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccag 9467093  T
Q  605 attctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggt-aattatcaagtgaa 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||    
T  9467092 attctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaa 9466993  T
Q  704 attcaagttgc---taagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctg 800  Q
    ||||  |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||| ||    
T  9466992 attctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttg 9466893  T
Q  801 tccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaa 900  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||||||| | || | | ||||||| ||  | || |||| || ||| |||||||||||  ||| ||| || | |||    
T  9466892 tccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatttctttctccaccaaacaa 9466793  T
Q  901 caaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattct 998  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  9466792 caaagatgcttttcttggatgggacacgctgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaattgagtatcttcaccaaggttgt-gatcaaagaattct 9466694  T
Q  999 tcactttgacatcaatcctcataacgtct 1027  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9466693 tcactttgacatcaatcctcataatgtct 9466665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 523 - 1027
Target Start/End: Original strand, 9364064 - 9364573
Alignment:
Q  523 atcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacat 622  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |    
T  9364064 atcgctattttaagatgaaaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagactt 9364163  T
Q  623 aaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aag 718  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   |||||| ||| ||    |||    
T  9364164 aaagagaattacaaataaatttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaag 9364263  T
Q  719 atgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgctttt 818  Q
    || || ||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  || || |||||| |||| |    
T  9364264 attcttaataatacaaaggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttct 9364363  T
Q  819 gtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttgg 918  Q
    | || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  | | || |||||||  |||||||||    
T  9364364 gcgcagatggttttcgtcgtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttctcccgcgaacagcaaagatgatttccttgg 9364463  T
Q  919 atgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcc 1016  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  9364464 atgggataagttgcaaaaaattgctctaggcatagcaaatggtattgagtatctccaccaaggttgt-gatcaaagaattctacactttgacatcaatcc 9364562  T
Q  1017 tcataacgtct 1027  Q
    |||||| ||||    
T  9364563 tcataatgtct 9364573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 523 - 1027
Target Start/End: Original strand, 9337205 - 9337714
Alignment:
Q  523 atcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacat 622  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |    
T  9337205 atcgctattttaagatgaaaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagtgctttaaagccaactaggttctcttatgcagactt 9337304  T
Q  623 aaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aag 718  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   |||||| ||| ||    |||    
T  9337305 aaagagaattacaaataaatttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaag 9337404  T
Q  719 atgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgctttt 818  Q
    || || ||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  || || |||||  |||| |    
T  9337405 attcttaataatacataggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttct 9337504  T
Q  819 gtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttgg 918  Q
    | || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||  | | || |||||||  |||||||||    
T  9337505 gcgcagatggttttcgtcgtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttctcccgcgaacagcaaagatgatttccttgg 9337604  T
Q  919 atgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcc 1016  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  9337605 atgggataagttgcaaaaaattgctctaggcatagcaaatggtattgagtatctccaccaaggttgt-gatcaaagaattctacactttgacatcaatcc 9337703  T
Q  1017 tcataacgtct 1027  Q
    |||||| ||||    
T  9337704 tcataatgtct 9337714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 529 - 1027
Target Start/End: Complemental strand, 9242974 - 9242471
Alignment:
Q  529 atttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagag 628  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  9242974 attttaagatgaaaagtgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacataaagag 9242875  T
Q  629 aattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctc 724  Q
    ||||||||| |||||| | |||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| |   |||||| ||| ||    ||||| ||     
T  9242874 aattacaaataaatttgaagataagataggcgaagggactcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattctt 9242775  T
Q  725 aataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccg 824  Q
    |||||  |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| || || || ||||| ||||  || || |||||| |||  || || |    
T  9242774 aataatgcagaggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaagattcatcatctaaatgtcgttcgtttgcttggctactgcgcgg 9242675  T
Q  825 atggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatggga 924  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | | || | ||||||||||  |||||||||||||||    
T  9242674 atggatttcgccgtgctttagtctatgactttttcccaaatggttcgttgcagaaattcatttcttccccaaacaacaaagatgatttccttggatggga 9242575  T
Q  925 caagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcctcataa 1022  Q
     ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9242574 taagttgcaaaaaattgctctaggtatagccaatggcattgagtatctccaccaaggttgt-gatcaaagaattctacactttgacatcaatcctaataa 9242476  T
Q  1023 cgtct 1027  Q
     ||||    
T  9242475 tgtct 9242471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 565 - 1016
Target Start/End: Original strand, 8926660 - 8927116
Alignment:
Q  565 aaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaagg 664  Q
    ||||||||||||||||||||   || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||  |  | || || || ||| | || |||||    
T  8926660 aaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgcagatatcaagagaattacggatcagttcaaagaaaagctaggcgaagg 8926759  T
Q  665 agctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaat 760  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||| | | |||||   ||||||   |||||||| | ||| |||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  8926760 agctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgaatcaaattatggttgctgtgaagatgcttagtaatacagagggagatgggagtgagttcataaat 8926859  T
Q  761 gaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcc 860  Q
    || ||||||||| |||| |||||||| ||| | |||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||    
T  8926860 gaggtgggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgttcggttgcttggcttttgtgccgatggattttatcgtgctctggtttatgactttttcc 8926959  T
Q  861 caaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatgg 960  Q
    | |||| ||||||||| || ||||||| | | ||   |||||| |||  ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8926960 cgaatggttcgttgcaaaacttcatttcttcacccgacaacaaggatgttttccttggttgggacttattgcaacaaattgctctaggcattgccaatgg 8927059  T
Q  961 aatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatca-agaattcttcactttgacatcaatcc 1016  Q
     || ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8927060 gattgagtatcttcaccaaggttgt-gatcatagaattcttcactttgatatcaatcc 8927116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 565 - 978
Target Start/End: Original strand, 8962013 - 8962430
Alignment:
Q  565 aaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaagg 664  Q
    ||||||||||||||||||||   || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||  |  |||| ||||| ||| | || |||||    
T  8962013 aaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgccgatatcaagagaattactgatcaattcaaggaaaagctgggcgaagg 8962112  T
Q  665 agctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaat 760  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||||   |||||||| ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  8962113 agctcatggagctgtctacaaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgctgtgaagatgcttaataatacagaaggagatgggagagagttcataaat 8962212  T
Q  761 gaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcc 860  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||| ||| | |||| |||||| || ||| ||||||| || ||||||||| |||||||| | || |||||||| ||||    
T  8962213 gaagtaggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgtccggttacttggcttttgcgctgatggattttatcgtgctttggtttatgactttttcc 8962312  T
Q  861 caaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatgg 960  Q
    | |||| ||||||||| || ||||||| | | |||  |||||| |||  ||||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8962313 ctaatggttcgttgcaaaatttcatttcttcacctgacaacaaggatgttttccttggttgggacttattgcaacagattgctctaggcattgccaatgg 8962412  T
Q  961 aatcgagtatcttcacca 978  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  8962413 aattgagtatcttcacca 8962430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 565 - 1022
Target Start/End: Original strand, 8939086 - 8939548
Alignment:
Q  565 aaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaagg 664  Q
    |||||||||||||||||||    || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||| |  |||| || || ||| | || |||||    
T  8939086 aaaactttttgaaggattacgaagcgtcaaagccaacaagattttcttatgcagatatcaagagaattacagatcaattcaaagaaaagctaggggaagg 8939185  T
Q  665 agctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaat 760  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||  |||||    |||||||| | ||| || ||||||||||| |  ||||||||||||    
T  8939186 agctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgccgtgaagatgcttagtaataccgagggagatgggagagagttcataaat 8939285  T
Q  761 gaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcc 860  Q
    |||||||||||| |||| ||||| || ||| | |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||| ||||    
T  8939286 gaagtgggaactatgggaaaaattcatcatgttaatgttgtccggttgcttggcttttgtgccgatggattttatcgtgctttggtttatgactttttcc 8939385  T
Q  861 caaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatgg 960  Q
    |||||| ||| ||||| || ||||||| | | |||  |||||| |||  ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8939386 caaatggttcattgcaaaatttcatttcttcacctgacaacaaggatgttttccttggttgggacttattgcaacaaattgctcttggcattgccaatgg 8939485  T
Q  961 aatcgagtatcttcaccaagt-tgtggatca-agaattcttcactttgacatcaatcctcataa 1022  Q
     || ||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  8939486 gattgagtatcttcaccaaggctgtg-atcatagaattcttcacttcgatatcaatccacataa 8939548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 208 - 377
Target Start/End: Original strand, 9299449 - 9299618
Alignment:
Q  208 gtatactgcatccaagtgtttgatcgcgtttcctcatttgatgcatctactattcaatacaaccgtctctcattgacatggtcgggaacaaattttgact 307  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| | | ||||   |||||| | |||||||  |||   |||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  9299449 gtatactgcatcaaactgtttgatcgcgttgctttatttcccgcatcttccattcaatcaaacatactctcattgaaatggtatggaacaaattttgact 9299548  T
Q  308 tagaatgcttgaaatgtgaacataaatcgaagaagaagattacattcgttattttattctctgcaggtga 377  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||| | | ||| | |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9299549 taggatgcttgaaatgtgaacacaaagcaatgaaaaggattgcattcattattttatcctctgcaggtga 9299618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 603 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 9438129 - 9437843
Alignment:
Q  603 agattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggt-aattatcaagtg 701  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||| |||  || | || |||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||| | ||    
T  9438129 agattctcttatgctgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9438030  T
Q  702 aaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgc 798  Q
    ||||||  || |||   |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||  | || |||| ||||| || ||  ||||||     
T  9438029 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9437930  T
Q  799 tgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcat 885  Q
    ||| |||||| || | ||||| ||||||||||   | |||||||| || ||| | ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  9437929 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggatcctaccgtgctcttgtttataatttctttccaaatggttcgttacagaacttcat 9437843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 1848606 - 1848517
Alignment:
Q  81 tttgtggatggtatgaagggtaaaaaatgaccatgataacataacaaccccaaaaggaaaagtaggaaaga-aagagaagagagttattg 169  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  1848606 tttgtggatggtatgaatggtcaacgatgaccatgatatcataacaacccccaaagaaaaagtaagaaagataagagaagagagttattg 1848517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 603 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 9421046 - 9420760
Alignment:
Q  603 agattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggt-aattatcaagtg 701  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || |||| |||  || | || |||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||| | ||    
T  9421046 agattctcttatgttgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9420947  T
Q  702 aaattcaagttgct---aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgc 798  Q
    ||||||  || |||   |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||  | || |||| ||||| || ||  ||||||     
T  9420946 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9420847  T
Q  799 tgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcat 885  Q
    ||| |||||| || | ||||| ||||||||||   | |||||||| || ||| | ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  9420846 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggatcctaccgtgctcttgtttataatttctttccaaatggttcgttacagaacttcat 9420760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 720 - 883
Target Start/End: Original strand, 9377586 - 9377749
Alignment:
Q  720 tgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttg 819  Q
    |||||||| | ||| | ||||||||||| || ||||| ||||||||  ||||| |||| ||||| || ||| |||||| ||| ||||||||  | || ||    
T  9377586 tgctcaatgagacacaaggagatggaaacgatttcatcaatgaagtccgaactatgggaaaaattcatcatttcaatgttgttcgcttgctcggattctg 9377685  T
Q  820 tgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattc 883  Q
    ||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||  |||||||| ||||||    
T  9377686 tgctgatggattccaccgtgctcttgtctatgatttctttccaaatgggtcgttgcaaaaattc 9377749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 737 - 879
Target Start/End: Complemental strand, 9236630 - 9236488
Alignment:
Q  737 ggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatc 836  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||| |||||| ||| ||||| ||  | |||||||| |||||||| || |    
T  9236630 ggagatggaaacgatttcatcaacgaagtcggaactatgggaaaaattcatcatgtcaatgttgttcgcttactcggattttgtgctgatggattccacc 9236531  T
Q  837 gtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaa 879  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || ||||  || ||||||||    
T  9236530 gtgctcttgtctatgatttctttccgaatggctccttgcagaa 9236488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 158 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9258722 - 9258669
Alignment:
Q  158 agagagttattgtactgaaaggcaagggaaatgttattacagcacttatagtat 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  9258722 agagagttattgtaatgaaaggcaagggaagtcttattacaacacttatagtat 9258669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 716 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 8979444 - 8979311
Alignment:
Q  716 aagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgct 815  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| |  |||||||||| | |||| |||||||||||  |||||| ||| || |||||| |||    
T  8979444 aagattctcaacaatacagaaggagacgggaaagagttcattagcgaagtgggaattatgggaaaaatccaccacatcaatgttgttcgattgcttggct 8979345  T
Q  816 tttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtcta 849  Q
    | ||||| || ||| ||||||||| ||| |||||    
T  8979344 tctgtgcagagggaattcatcgtgttcttgtcta 8979311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 917 - 976
Target Start/End: Complemental strand, 9420728 - 9420669
Alignment:
Q  917 ggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcac 976  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  9420728 ggatgggagaagctacaacaaattgctcttggcatagccaaaggtattgagtatcttcac 9420669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 917 - 976
Target Start/End: Complemental strand, 9437811 - 9437752
Alignment:
Q  917 ggatgggacaagttgcaacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcac 976  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  9437811 ggatgggagaagctacaacaaattgctcttggcatagccaaaggtattgagtatcttcac 9437752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 731 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 8862029 - 8861971
Alignment:
Q  731 acagagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccacca 789  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  8862029 acagagggagaagggaaagagttcatcaatgaagtgggaattatgggcaaaatccacca 8861971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 259 - 1027
Target Start/End: Original strand, 9170902 - 9171679
Alignment:
Q  259 attcaatacaaccgtctctcattgacatggtcgggaacaaattttgacttagaatgcttgaaatgtgaacataaatcgaagaagaagattacattcgtta 358  Q
    ||||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  | ||| | ||||||| ||| ||| || |||    
T  9170902 attcaatacaaccatctcccgatgacatggtctggaacaaattttgacataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaagaagaggataacactcatta 9171001  T
Q  359 ttttattctctgcaggtgagactgagatga--ttttctcctgtccattcaatttcctctgtattataaatctgagatttttcagaatattgaatgttata 456  Q
     ||||  ||| ||||||||||  ||||  |  |||  || |||||  |||||||| | | ||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |    
T  9171002 ctttaacctcagcaggtgagagcgagacaacctttgttcgtgtcc--tcaatttcatttttattataaagctgaaatttttaaggatattgaatgttaaa 9171099  T
Q  457 catgcaggtgttattgttggttcaacaatttactagtgcttgtacttggtgctattgttggaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatga 556  Q
      ||||||||| ||  ||||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||||  | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9171100 tttgcaggtgtaataattggttcaac--tttgctagtgcttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcatcatttcaagatgaaaggcgaagatcataa 9171197  T
Q  557 aagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatc 656  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  9171198 aagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagtta 9171297  T
Q  657 ggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggt-aattatcaagtgaaattcaagt---tgctaagatgctcaataacacagagggagatggaaaggagt 752  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||   || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9171298 ggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagttggtgttaagatgctaaataacacagagggagatgggaaggagt 9171397  T
Q  753 tcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatga 852  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171398 tcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatga 9171497  T
Q  853 cttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatt----tgtcctccta--gcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgcaacaaattgctcta 946  Q
     || |||||||||| ||| |||||||||||||||    || |     |  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171498 ttttttcccaaatggttctttgcagaaattcatttcaatgacagaagagggagacaaagatagtttccttagatgggacaagttgcaacaaattgctcta 9171597  T
Q  947 ggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcctcataacgtct 1027  Q
    || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9171598 ggaatagccaatggaattgagtatctgcaccaaggttgt-gatcaaagaattcttcactttgacattaatcctcataacgtct 9171679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 537 - 1022
Target Start/End: Original strand, 1287 - 1777
Alignment:
Q  537 atgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaa 636  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||    
T  1287 atgaaaggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagaattacaa 1386  T
Q  637 acaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggt-aattatcaagtgaaattcaagttgc---taagatgctcaataacac 732  Q
    | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |   |||||| ||| ||    ||||| || |||||  |    
T  1387 ataaatttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgc 1486  T
Q  733 agagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggattt 832  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  || || |||||| ||||||| || ||||| |||    
T  1487 agagggagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttttgcgcagatggtttt 1586  T
Q  833 catcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgc 932  Q
    | ||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| | ||  |  | ||||||||||  ||||||||||||||| || ||||    
T  1587 cgtcgtgctttagtttatgacttttttccaaatggttcgttacagaaattcatatctcacctgaacaacaaagatgatttccttggatgggataaattgc 1686  T
Q  933 aacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcctcataa 1022  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  1687 aacaaattgctctaggcatagctaatggcattgagtatctccaccaaggttgt-gatcaaagaattttacactttgacatcaatcctcataa 1777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 537 - 1022
Target Start/End: Complemental strand, 15910819 - 15910329
Alignment:
Q  537 atgaaaggcgaagatcatgaaagaatcaaaaactttttgaaggattatagggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaa 636  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||| ||||||    
T  15910819 atgaaaggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagatttacaa 15910720  T
Q  637 acaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaa-ttatcaagtgaaattcaagttgct---aagatgctcaataacac 732  Q
    | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   |||||| ||| ||    ||||| || |||||  |    
T  15910719 ataaatttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgc 15910620  T
Q  733 agagggagatggaaaggagttcataaatgaagtgggaactgtgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgctttgcttttgtgccgatggattt 832  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  || || |||||  |||||||  | ||||| |||    
T  15910619 agagggagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttttgctcagatggtttt 15910520  T
Q  833 catcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatgattcgttgcagaaattcatttgtcctcctagcaacaaagatagtttccttggatgggacaagttgc 932  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||||| || |||||||| | ||  || | ||||||||||  ||||||||||||||| || ||||    
T  15910519 catcgtgctttagtttatgacttttttccaaatggttcgttacaaaaattcatatctcacccgaacaacaaagatgatttccttggatgggataaattgc 15910420  T
Q  933 aacaaattgctctaggcatagccaatggaatcgagtatcttcaccaa-gttgtggatc-aagaattcttcactttgacatcaatcctcataa 1022  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  15910419 aacaaattgctctaggcatagctaatggcattgagtatctccaccaaggttgt-gatcaaagaattttacactttgacatcaatcctcataa 15910329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University