View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4640-Insertion-3 (Length: 846)

Name: NF4640-Insertion-3
Description: NF4640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4640-Insertion-3
NF4640-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-846)||(30903736-30904573)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 777; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 846
Target Start/End: Original strand, 30903736 - 30904573
Alignment:
Q  8 atagccatgaacattgtttcatttttcacgttgttcgttggcatagataacagaggcttaacaacttgtgtatgttaattgcaggggagcaattgggcag 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30903736 atagccatgaaccttgtttcatttttcacgttgttcattggcatagataacagaggcttaacaacttgtgtatgttaattgcaggggagcaattgggcag 30903835  T
Q  108 ccaagattactggttcctgttgtattggttatgatttataatagatggaatgcgtaagtcctcttatgatatgtgattgtagcaattactattccaataa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30903836 ccaagattactggttcctgttgtattggttatgatttataatagatggaatgcgtaagtcctcttatgatatgtgattgtagcaattactattccaataa 30903935  T
Q  208 tgaaggcgatagagagtagatatgaaccggtatcatgagagttaagaatggtaactcggattaaataaataggaatgagaattaaggatggtaattcaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30903936 tgaaggcgatagagagtagatatgaaccggtatcatgagagttaagaatggtaactcggatttaataaataggaatgagaattaaggatggtaattcaaa 30904035  T
Q  308 tttaataaatatataagagtggattcttttaaaatttgtttcaccaacctagctttagtttctccaaaacctagaatattggttaaactctgttttaact 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30904036 tttaataaatatataagagtggattcttttaaaatttgtttcactaacctagctttagtttctccaaaacctagaatattggttaaactctgttttaact 30904135  T
Q  408 gcttaacaaggctgtttcaatgcaggattcttgttccagaatatggaattatgcacttagaattgataccaatgctagttggttttttcacatacaagat 507  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30904136 gcttaacaaggttgtttcaatgcaggattcttgttccagaatatggaattatgcacttagaattgataccaatgctagttggttttttcacatacaagat 30904235  T
Q  508 ggcaacttttgcacaagctatagaggaggtgattactgttgcttcaaagaaggacctaaatatatcgaccaaggactaaatttggggtttctcttacatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30904236 ggcaacttttgcacaagctatagaggaggtgattactgttgcttcaaagaaggacctaaatatatcgaccaaggactaaatttggggtttctcttacatt 30904335  T
Q  608 aaacatgtattgatagcattctttttcatattaagaatcttaattacaacaagggacat-aaaattacattcatatgttccttttgtaataatgtctaaa 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30904336 aaacatgtattgatagcattctttttcatattaagaatcttaattacaacaagggacataaaaattacattcatatgttccttttgtaataatgtctaaa 30904435  T
Q  707 tatatctagtgtatttttcctcttggaagtgacaacacatgtttataannnnnnnnactttgatggacagtgtcatgtatattcatcacatattagttat 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  30904436 tatatctagtgtatttttcctcttggaagtgacaacacatgtttataatcttttttactttgatggacagtgtcatgtatattcat--catattagttat 30904533  T
Q  807 tctagttagtattttgtgtatgttagcaaacttcgttagt 846  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30904534 tctagttagtattttgtgtatgttagcaaacttcgttagt 30904573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University