View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4644-Insertion-1 (Length: 992)

Name: NF4644-Insertion-1
Description: NF4644
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4644-Insertion-1
NF4644-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-992)||(34259080-34260065)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (523-992)||(43111759-43112232)
chr4 (273-461)||(43111484-43111672)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 904; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 904; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Original strand, 34259080 - 34260065
Alignment:
Q  8 tcgctatggtagagaaaataaccggtcagaaacagacgtaagatagaaactaaatagagtatagacagcaaaacaacactcatggactgcagaaatatta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259080 tcgctatggtagagaaaataaccggtcagaaacagacgtaagatagaaactaaatagagtatagacagcgaaacaacactcatggactgcagaaatatta 34259179  T
Q  108 aacagactgtttattcagttaaagctaaacagaatatgctaaattatcatttaagcacttacaagtatatctagctaaacagaatatgctaaattatcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259180 aacagactgtttattcagttaaagctaaacagaatatgctaaattatcatttaagcacttacaagtatatctagctaaacagaatatgctaaattatcat 34259279  T
Q  208 ttaagcacttacaagtatatctactagaatatttacttctgtcttcatcaccgccattttcatcattcccagcaaggatgtccattatgagattcaccaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259280 ttaagcacttacaagtatatctactagaatatttacttctgacttcatcaccaccattttcatgattcccagcaaggatgtccattatgagattcaccaa 34259379  T
Q  308 ctgtgacacaagttgcaaaggatcgatccttgatctcatcagctcgcgagctcttataacagtatttgctgtgtcaggtgacaaagccagatcaagcaaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259380 ctgtgacacaagttgcaaaggatcgatccttgatctcatcagctcgcgagctcttataacagtatttgatgtgtcaggtgacaaagccagatcaagcaaa 34259479  T
Q  408 tcaagcaattcatcatctgaaacaatcccagtctgcataacaacaaaggacaaggttgatcactaggnnnnnnnnnnnnnngttttgaggaacaagtatg 507  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||    
T  34259480 tcaagcaattcatcgtctgaaacaatcccagtctgcataacaacaaaggacaaggttgatcactaggaaaaaattaaaaaagttttgaggaacaagtatg 34259579  T
Q  508 gaactaaagaactatacttacaagctcataaactaaggaaattttgatctttttaccaagcaaactgagctgatcaagcataatttctgcatccctgaca 607  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259580 gaactaaagcactatacttacaagctcataaactaaggaaattttgatctttttaccaagcaaactgagttgatcaagcataatttctgcatccctgaca 34259679  T
Q  608 gaaccacaggatcttgcagcaataaggtctaaagcagcctgttcaaaatcaagaccttcttctgtacaaattttttctaatttgcaagcaatgttagcat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259680 gaaccacaggatcttgcagcaataaggtctaaagcagcctgttcaaaatcaagaccttcttctgtacaaattttttctaatttgcaagcaatgttagcat 34259779  T
Q  708 cttgaaccttcggaaagtaatacttctgagcccgggaaactgcactttgtggaagcttatccaaatctgtagttatcatcacaaaaactgcatgttgaga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259780 cttgaaccttcggaaagtaatacttctgagcccgggaaactgcactttgtggaagcttatccaaatctgtagttatcatcacaaaaactgcatgttgaga 34259879  T
Q  808 aatgttatcttggttatttgaaaggcacgcccatgtctcggggttcaataactggcactcgtcaataatgaaaaccttaaaacgagaggaaacaggaggt 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259880 aatgttatcttggttatttgaaaggcacgcccatgtctcggggttcaataactggcactcgtcaataatgaaaaccttaaaacgagaggaaacaggaggt 34259979  T
Q  908 gtacacgcattcttaac-agggatttaacctggtctgtgtgattgattctcacagaatccacttccttaacatctttacttcttcc 992  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34259980 gtacacgcattcttaacaagggatttaacctggtctgtgtgattgattctcacagaatccacttccttaacatctttacttcttcc 34260065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 523 - 992
Target Start/End: Original strand, 43111759 - 43112232
Alignment:
Q  523 acttacaagctcataaactaaggaaattttgatctttttaccaagcaaactgagctgatcaagcataatttctgcatccctgacagaaccacaggatctt 622  Q
    ||||||||| || || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||| |     
T  43111759 acttacaagttcgtagactaaggaaattgtgatttttttaccaagcaaacttagctgatcaagcatcatttctgcgtccctaagagaaccacatgattta 43111858  T
Q  623 gcagcaataaggtctaaagcagcctgttcaaaatcaagaccttcttctgtacaaattttttctaatttgcaagcaatgttagcatcttgaaccttcggaa 722  Q
    |||||||| |  || |||||| | |||||  | ||||||||||||||    |||||| |||  | | ||| |||||||| |||||||| || ||| | ||    
T  43111859 gcagcaatgaaatccaaagcatcttgttcggactcaagaccttcttcaacgcaaattcttttgagtctgctagcaatgtcagcatctttaatctttgtaa 43111958  T
Q  723 agtaatacttctgagcccgggaaactgcactttgtggaagcttatccaaatctgtagttatcatcacaaaaactgcatgttgagaaatgttatcttggtt 822  Q
    ||| |||| | ||||| || ||||  ||||||  ||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||  ||||||||||||      || || |    
T  43111959 agtgatacctttgagctcgagaaatcgcacttcttggtagcttctccaaatcaggagtgatcatcacaaagaccacatgttgagaaaaaacccctaggct 43112058  T
Q  823 atttgaaaggcacgcccatgtctcggggttcaataactggcactcgtcaataatgaaaaccttaaaacgagaggaaacagga---ggtgtacacgcattc 919  Q
    |||   |||    |||||||| ||    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||| ||||   | ||| || ||||||    
T  43112059 attcagaagagtagcccatgtttccttattcaataactggcactcatcaataatgaacaccttataacgtgatgaaaaaggagctgttgtgcaagcattc 43112158  T
Q  920 ttaac-agggatttaacctggtctgtgtgattgattctcacagaatccacttccttaacatctttacttcttcc 992  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||| |   |||| || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  43112159 ttaacaagggatttagccttgtccggacgatttatcctcaaagagtcgacttccttaacatctttacttcttcc 43112232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 273 - 461
Target Start/End: Original strand, 43111484 - 43111672
Alignment:
Q  273 ttcccagcaaggatgtccattatgagattcaccaactgtgacacaagttgcaaaggatcgatccttgatctcatcagctcgcgagctcttataacagtat 372  Q
    ||||| ||||| |||||||| || |||||| | | ||| || | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||    
T  43111484 ttccctgcaagaatgtccataataagattcgctagctgagatataagttgtaaaggatctatccttgatctcaacagctcccgggctcttataaccgtat 43111583  T
Q  373 ttgctgtgtcaggtgacaaagccagatcaagcaaatcaagcaattcatcatctgaaacaatcccagtctgcataacaacaaaggacaag 461  Q
    |||  ||||| | |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  43111584 ttgaagtgtcggatgacaaagacaggtccagcaaatcaagcaattcatcatcagaaatgaccccagtctgcagaaaaacaaagggcaag 43111672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University