View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4646-Insertion-2 (Length: 810)

Name: NF4646-Insertion-2
Description: NF4646
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4646-Insertion-2
NF4646-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-796)||(45513998-45514783)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 705; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 705; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 796
Target Start/End: Original strand, 45513998 - 45514783
Alignment:
Q  7 acatggcacatggctgatgttatctcccgccatgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513998 acatggcacatggctgatgttatctcccgccatgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgt 45514097  T
Q  107 tctctatttacagaactgcgcatcctaaattttgtacatatcgtacaattatatggatagaaacagttgaattaaatgtatgtatatgatataaaatatt 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45514098 tctctatttacagaactgcacatcctaaattttgtacatatcatacaattatatggatagaaacagttgaattaaatatatgtatatgatataaaatatt 45514197  T
Q  207 ttatcctggtgccttgatggataagtgataccttaaaactcataagagaattaggaaattcaaagatcggtggtattttggacattgcaaaatatgagca 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514198 ttatcctgatgccttgatggataagtgataccttaaaactcataagagaattaggaaattcaaagatcggtggtattttggacattgcaaaatatgagca 45514297  T
Q  307 gtggtcggagttcgaaccaaagacacccccacttatatcataagtagtcgataagttacttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaactggatggatcat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||    
T  45514298 gtggtcggagttcgaaccaaagacacccccacttatatcataagtagtcgataagttacttggaaaaaaaaaaaaaaaa----gtaactggatggatcat 45514393  T
Q  407 ctcagaacatctccccttaatctaatgattccaaatatttaccatttttctcagccctttaaacctttcaatattcaaaaaggtttatgaatgttggtta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514394 ctcagaacatctccccttaatctaatgattccaaatatttaccatttttctcaaccctttaaacctttcaatattcaaaaaggtttatgaatgttggtta 45514493  T
Q  507 cgggctcttctacaaaaaggggaattttttaaattttcaagcaactggacactgcaaacaatacagctctcaaaaaatcaagttcaacatgggaaaagta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514494 cgggctcttctacaaaaaggggaattttttaaattttcaagcaactggacactgcaaacaatacagctctcaaaaaatcaagttcaacatgggaaaagta 45514593  T
Q  607 gcatatagatcaaaagaatcatttcttaagagattattctcattaaggatgaagtagtttacttgtttttatgcaggagtgaagaatatgcagttgatat 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514594 gcatatagatcaaaagaatcatttcttaagagattattctcattaaggatgaagtagtttacttgtttttatgcaggagtgaagaatatgcagttgatat 45514693  T
Q  707 attcaccaaacacatcaaattgcattcgtttatgaagttaagacaatcctttggcatttgtatttctctagtactctagtaaaagatgta 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514694 attcaccaaacacatcaaattgcattcgtttatgaagttaagacaatcctttggcatttgtatttctctagtactctagtaaaagatgta 45514783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University