View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4647-Insertion-5 (Length: 1015)

Name: NF4647-Insertion-5
Description: NF4647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4647-Insertion-5
NF4647-Insertion-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1014)||(43876640-43877653)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 917; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 917; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 43877653 - 43876640
Alignment:
Q  8 aaaactcgaagatccatacccacgagggcttgatgcattggaattacttaaagaagcattatctcccaaagaattcatcaaacttttcgctctgagtatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877653 aaaactcgaagatccatacccacgagggcttgatgcattggaattacttaaagaagcattatctcccaaagaattcatcaaacttttcgctctgagtatt 43877554  T
Q  108 aaaagacaatccacaacaggcttcatagatccctaaacaacaaaagagacagtggcaacccaacaaggagcgtgcaataagctcgtgaagatcttaaatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877553 aaaagacaatccacaacaggcttcatagatccctaaacaacaaaagagacagtggcaacccaacaaggagcgtgcaataagctcgtgaagatcttaaatt 43877454  T
Q  208 atcaacagatacaataatgctatgcataaaatcacggtacnnnnnnntaggtgctaggtatcttataccttctctaggtctgatatttcaaaccttggca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877453 atcaacagatacaataatgctatgcataaaatcacggtacaaaaaaatagatgctaggtatcttataccttctctaggtctgatatttcaaaccttggca 43877354  T
Q  308 atcctaatccatccaaagctttcagaaatgttttaacattttctgattgtgatggcagagaatgatcagattcactgacctacaaaaaataatccagatt 407  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877353 atcccaatccatccaaagctttcagaaatgttttaacattttctgattgtgatggcagagaatgatcagattcactgacctacaaaaaataatccagatt 43877254  T
Q  408 gaagggtatacctgaattctgaaagtaaaattgtaaaatttattgctgaagttaactgaaactctgaaagttaagaaagtattaccatagttacgggacc 507  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877253 gaaaggtatacctgaattctgaaagtaaaattgtcaaatttattgctgaagttaactgaaactctgaaagttaagaaagtattaccatagttacgggacc 43877154  T
Q  508 aggtcgtagtttgtttagtatctggcacaaaactgtaccactgctcaagcatgctcttaattcaccatctgtgacatttgttgagaagtccaatgaagga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877153 aggtcgtagtttgtttagtatctggcacaaaactgtaccactgctcaagcatgctcttaattcaccatctgtgacatttgttgagaagtccaatgaagga 43877054  T
Q  608 agaagactatttaaccattgaaccaaaaccgatcgatgtttagctgaaaatattcataaagaagattaattcaaattcaacacataaatgaataacatgc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43877053 agaagactatttaaccattgaaccaaaaccgatcgatgtttagctgaaaatattcataaagaagattaattcaaattcaacacataaatgaataacatgc 43876954  T
Q  708 aaattacaaagagagtttaagtccaatgatctccataccttccacctcacattgagtgtttactacatgcccaactctatcaattccattgaaaatgtcc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43876953 aaattacaaagagagtttaagtccaatgatctccataccttccacctcacattgagtgtttactacatgcccaactctatcaattccattgaaaatgtcc 43876854  T
Q  808 tttggactacccaattctctgggtactgtaatctttataccagatgggggattcattactaggttcctagt-ggacaagcaacctaagatttccac-aag 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  43876853 tttggactacccaattctctgggtactgtaatctttataccagatgggggattcattactaggttcctagtgggacaagcaacctaagatttccacaaag 43876754  T
Q  906 atacatttc-aagaaattccctttgtgtcatatcacccaaagaactcttcaaagcctg-aattcatatcaattcac-gtactctg-atcagtttcttcaa 1001  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  43876753 atacatttcaaagaaattccctttgtgtcatatcacccaaagaactcttcaaagcctgaaattcatatcaattcacggtactctgaatcagtttcttcaa 43876654  T
Q  1002 -tgcgtatgttcaa 1014  Q
     || ||||||||||    
T  43876653 ttgtgtatgttcaa 43876640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University