View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4648-Insertion-4 (Length: 904)

Name: NF4648-Insertion-4
Description: NF4648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4648-Insertion-4
NF4648-Insertion-4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (230-904)||(36220065-36220739)
chr1 (7-228)||(36219786-36220007)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 230 - 904
Target Start/End: Original strand, 36220065 - 36220739
Alignment:
Q  230 tgttatgatagaaaatcaatttgattccaagatttaaatcacacgttctgataatggcccttaatgttctcttacacaattttatcaatccaaatgttca 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36220065 tgttatgatagaaaatcaatttgattccaagatttaaatcacacgttccgataatggcccttaatgttctcttacacaattttatcaatccaaatgttca 36220164  T
Q  330 tcatacattttatgtttgcaaagcccttttatttcattatcagcttccaccttcattttggtcttatgttgtatcacatgcaacagatatcattaataca 429  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36220165 tcgtacattttatgtttgcaaagcccttttatttcattatcagcttccaccttcattttggtcttatgttgtatcacatgcaacacatatcattaataca 36220264  T
Q  430 atttccattcctttacttcataataagtctccttaccaacttttgtatgataatattcctgatttacacactttaaaagttttggttcttcatgtgattc 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36220265 atttccattcctttacttcataataagtctccttaccaacttttgtatgataatattcctgatttacacactttgaaagttttggttcttcatgtgattc 36220364  T
Q  530 ttcaactcttgctgcacatagaacaaatcttcaacctagaactagaaaatgtttatttcttggtaacaagtctggcgtcaaagactttgttctttttgac 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36220365 ttcaactcttgctgcacatagaacaaatcttcaacctagagctagaaaatgtttatttcttggtaacaagtctggcgtcaaagactttgttctttttgac 36220464  T
Q  630 attcaccctagagagatttttatctnnnnnnntgttgcttttcatgataacattagtacaacaagtgacacaaacaagactgaacactagtacaactatg 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36220465 attcaccctagagagatttttatctaaaaaaatgttgcttttcatgataacattagtacaacaagtgacacaaacaagactgaacactagtacaactatg 36220564  T
Q  730 ttcgcaattatgcaggatttggagcatagccgtcaagctattttggcatgcattctttggcatgtatggaagcaaaggaacactgtattctggcaaaacg 829  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36220565 ttcgcaattatgcaggatttggagcatagccgtcaagctattttggcatgcattctttggcatgtatggaagcaaaggaacactgtattctggcaaaatg 36220664  T
Q  830 aaaccttgacccgagcaacagtttttaagagaggtctgaacctcctagtgagttggcaaaatgcctaggaaagct 904  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36220665 aaactttgacccgagcaacagtttttaagagaggtctgaacctcctagtgagttggcaaaatgcctaggaaagct 36220739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 7 - 228
Target Start/End: Original strand, 36219786 - 36220007
Alignment:
Q  7 aagaattatgttaatgaacaaattctttaccnnnnnnnctagtcatgatcacatgcttgtttgtgatacctgccatttttctaaacacaagaagcttcct 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36219786 aagaattatgttaatgaacaaattctttacctttttttctagtcatgatcacatgcttgtttgtgatacctgccatttttctaaacacaagaagcttcct 36219885  T
Q  107 tatacgacaattcatagcagagctactttaatgcgttgttatatttggggtcccttgtctgttatctctattcattgtcatagatgtgttctcacaatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36219886 tatacgacaattcatagcagagctactttaatgcgttgttatatttggggtcccttgtctgttatcgctattcatggtcatagatgtgttctcacaatct 36219985  T
Q  207 tagatgattattatagatttgt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  36219986 tagatgattattatagatttgt 36220007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University