View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4650-Insertion-3 (Length: 1022)

Name: NF4650-Insertion-3
Description: NF4650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4650-Insertion-3
NF4650-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-1022)||(46461000-46462015)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 992; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 992; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1022
Target Start/End: Complemental strand, 46462015 - 46461000
Alignment:
Q  7 atgctcctatggtgaggcagaaccgggttactcctaatacaatggcaacaaaactaaatgaggacaggttggcatctccccttcagggaaatgctttaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46462015 atgctcctatggtgaggcagaaccgggttactcctaatacaatggcaacaaaactaaatgaggacaggttggcatctccccttcagggaaatgctttaga 46461916  T
Q  107 tgacaggacctttaaggtattacgtttgttcgaagattataatatagacctgannnnnnnnatatgatttctatcacaacatgatattgtttctacttta 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461915 tgacaggacctttaaggtattacgtttgttcgaagattataatatagacctgattttttttatatgatttctatcacaacatgatattgtttctacttta 46461816  T
Q  207 taccatttaatatacagataatgaatgcttatacccgcggtcagcttccaatggaggattgtgccatgttgttcaacgaaataacaccaataactggtgg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461815 taccatttaatatacagataatgaatgcttatacccgcggtcagcttccaatggaggattgtgccatgttgttcaacgaaataacaccaataactggtgg 46461716  T
Q  307 acaaccttcagggtgcctactaatcatttgtctttgatgaaattattagttattcatgtcattttgttcttgatgatacttatctcattttgggctgaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461715 acaaccttcagggtgcctactaatcatttgtctttgatgaaattattagttattcatgtcattttgttcttgatgatacttatctcattttgggctgaat 46461616  T
Q  407 ttgcaagttgtaaaattctgtttgcagacaaacattggccagtgcacttagcattttacaagagaaacttcgacaggatcaaaatcagaaccagcaactt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461615 ttgcaagttgtaaaattctgtttgcagacaaacattggccagtgcacttagcattttacaagagaaacttcgacaggatcaaaatcagaaccagcaactt 46461516  T
Q  507 ccagggtttacacaagtaatcatgaacataacttttttcttgatttgcgtgttacccgcatataaattcacaacgatctgctgtatttaccatcttttgt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461515 ccagggtttacacaagtaatcatgaacataacttttttcttgatttgcgtgttacccgcatataaattcacaacgatctgctgtatttaccatcttttgt 46461416  T
Q  607 tttgaatcaggccatgcacagtggcatgagtgcaatgatgaggtctcgagctgttgtttcagaaggatccagttacagtgttcatcatggtactggtttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461415 tttgaatcaggccatgcacagtggcatgagtgcaatgatgaggtctcgagctgttgtttcagaaggatccagttacagtgttcatcatggtactggtttt 46461316  T
Q  707 gttgtttcatgttgaatttaacattacctagtttacgttttcttgttagtctttcaatagaggactcggtatgttcaataagggacctttaaagatattc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461315 gttgtttcatgttgaatttaacattacctagtttacgttttcttgttagtctttcaatagaggactcggtatgttcaataagggacctttaaagatattc 46461216  T
Q  807 actctctgtattactgtaaactggcttcaatatttttaattcccaactaattttcagccccttttttggaaagtgtatgctactggatttatttgttgtt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461215 actctctgtattactgtaaactggcttcaatatttttaattcccaactaattttcagccccttttttggaaagtgtatgctactggatttatttgttgtt 46461116  T
Q  907 gttgcctgaaaggctgaaagtcatcattcatactatcttaggttgtaaatagttatgttgtagtagttgttctgcaaaattataaattggacatggttac 1006  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461115 gttgcctgaaaggctgaaagtcatcattcatactatcttaggttgtaaatagttatgttgtagtagttgttctgcaaaattataaattggacatggttac 46461016  T
Q  1007 ttgcaaaatacttcta 1022  Q
    ||||||||||||||||    
T  46461015 ttgcaaaatacttcta 46461000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University