View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4653-Insertion-4 (Length: 901)

Name: NF4653-Insertion-4
Description: NF4653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4653-Insertion-4
NF4653-Insertion-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-901)||(32524580-32525458)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 901
Target Start/End: Original strand, 32524580 - 32525458
Alignment:
Q  8 tatttcacctaatgaatcaatgttgaggcattatcaaagatcattaaaaatagtatcgtgaggtttttcgaacgaaacattatcataggtttaaaatttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  32524580 tatttcacctaatgaatcaatgtcgaggcattaacaaagatcattaaaaatagtatcatgaggtttttcgaacgaaacattctcataggtttaaaatttc 32524679  T
Q  108 tctatgacctactattaattaaacaacacttcatcgttggataaacacaatcgcaacatggccttcaactaactaaatcaaaagataaaccatcaattta 207  Q
    |||||||||||   ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32524680 tctatgaccta---ttagttaaacgacacttcatctttggataaacacaatcgtaagatgcccttcagctaactaaatcaaaagataaaccatcaattta 32524776  T
Q  208 attcctaagctatctctcacatttcaatttaatcctttaattatgcaattacaacaagtagttcagaaacaacccatttgaactagtctagtggtgctgg 307  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  32524777 attcctgagctatctttcatatttcaatttaatccattaattatgcaattacaataagtagttcataaacaaccgatttaaactagtgtaatggtgctgg 32524876  T
Q  308 cttaaatctttggagtgaggtctcaattcaaatctccttattattaatttcaaccaattttacttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtaagttc 407  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||                      ||||||||||    
T  32524877 cttaaatctttggagtgagatctcaattcaaatctccttattatcaatttcaaccaatttcacttcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaac--tagtaagttc 32524974  T
Q  408 ctaaactatgtaaaatccgtcaacttaatccatattattaaggtggtattcatgaaattgacggtctttatatacttggatgatcaaattaatgaatttc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32524975 ctaaactatgtaaaatccgtcaatttaatccatattattaaggcgctattcatcaaattgatggtctttatatacttcgatgatcaaattaatgaatttc 32525074  T
Q  508 aactaaaaacaaacaaaaacaatggcaacatacccaaagttgaaacgatactagcgctgccagcataaaaatccttaaaccctacaaggcaagaaaaaca 607  Q
    ||||||||          |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32525075 aactaaaa----------acaatggcaacatacccaaacttgaaacgatactagcgctgccagcataaaaatccttaaaccctacaacgcaagaaaaaca 32525164  T
Q  608 acttcccttgtcttgcacgaaacaacatcgtatcccatttcatctccaacaacaaaaacaagatggacgttcgcgacctagcataccgttacttaacaca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32525165 acttcccttgtcttgcacgaaacaacatcgtatcccatttcatctccaacaacaaaaacaagatggacgttcgcgacctagcataccgttacttaacaca 32525264  T
Q  708 actaaaccacgcttccaccacacaaatcatcgcacgtgccgtccacgcacacatcctcacctccggtttcaaacccaacactttcatcctcaaccgtctc 807  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32525265 actaaaccacgtttccaccacacaaatcatcgcacgtgccgtccacgcacacatcctcacctccggtttcaagcccaacactttcatcctcaaccgtctc 32525364  T
Q  808 atcaatatctactgcaaatcctccaacatcacttacgcccgcaaactgtttgataaaattcccaaaccagatatcgtcgctcgaaccacccttc 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32525365 atcaatatctactgcaaatcctccaacatcacttacgcccgcaaactgtttgataaaattcccaaaccagatatcgtcgctcgaaccacccttc 32525458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University