View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4654-Insertion-7 (Length: 798)

Name: NF4654-Insertion-7
Description: NF4654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4654-Insertion-7
NF4654-Insertion-7
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-798)||(39012815-39013609)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 39013609 - 39012815
Alignment:
Q  7 agaaatggatgaagagaaggtagaggagcatgaacatgaaagcatcagtagttgctcagatcatgaacttggtgattgtcaatcctcatcatcagcagac 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013609 agaaatggatgaagagaaggtagaggagcatgaacatgaaagcatcagtagtggctcagatcatgaacttggtgattgtcaatcctcatcatcagcagac 39013510  T
Q  107 acaccatcctcagcaacgtggagttatagagacactgatattggagatgattctgatagagttgcatttgtatcctcaccattgccttctcaatctcaat 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013509 acaccatcctcagcaacatggagttatagagacactgatattggagatgattctgatagagttgcatttgtatcctcaccattgccttctcaatctcaat 39013410  T
Q  207 cttgctatgaagatagtagagaaaactctccatctgcaaatcaacgttcgattgtgagtttcattatactcttacacctagatttaactatgtacatgtt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013409 cttgctatgaagatagtagagaaaactctccatccgcaaatcaacgttcaattgtgagtttcattatactcttacacctagatttaactatgtacatgtt 39013310  T
Q  307 tatatctctctatatagaatgacactatacttcaatggcttataggaaatggaaattatatacggtttgcgagggcaaatggaacaactttttcaagaga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013309 tatatctctctatatagaatgacactatacttcaatggcttataggaaatggaaattatatacggtttgcgagggcaaatggaacaactttttcaagaga 39013210  T
Q  407 tgtctgagctaaggaaaacaataaaaaactgtgcagacacacaaatgcagatgcaattacaacaatcccaaaaccaagaggttcacaaatgtatgtgatt 506  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013209 tttctgagctaaggaaaacaataaaaaactgtgcagacacacaaatgcagatgcaattacaacaatcccaaaaccaagaggttcacaaatgtatgtgatt 39013110  T
Q  507 atttctgcttaacagtagtgtttggtgtatccgataaatgtcgtctcgcttttttcctttgctcttttcaacaaaaacattatgcacctctcattttgta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013109 atttctgcttaacagtagtgtttggtgtatccgataaatttcgtctcgcttttttcctttgctcttttcaacaaaaacattatgcacctctcattttgta 39013010  T
Q  607 tatgaaacatgattgcagttaaagacaagaaatccagtaacaagacatcaaagaaaggcatgtgctgcatttgcaatgaaaataaagtaaactcagtttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39013009 tatgaaacatgattgcagttaaagacaagaaatccagtaacaagacatcaaagaaaggcatgtgctgcatttgcaatgaaaataaagtaaactcagtttt 39012910  T
Q  707 atacaggtacttaa---nnnnnnnnctttctactaataattttgttcaatatatttatttcatgtaagcacaatagtactcataatgtctctaca 798  Q
    ||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39012909 atacaggtacttaattttattttatttttctactaataattttgttcaatatatttatttcatgtaagcacaacagtactcataatgtctctaca 39012815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University