View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4654_high_1 (Length: 835)

Name: NF4654_high_1
Description: NF4654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4654_high_1
NF4654_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-820)||(33998235-33999045)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 820
Target Start/End: Original strand, 33998235 - 33999045
Alignment:
Q  13 tcatcaaagcttcatttaaaggaatcaattttcaatctgtc-aagatgaagttaggaagcacaatagcactattgtaagtgaatctgtccagaaaaagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33998235 tcatcaaagcttcatttaaaggaatcaattttgaatctgtccaagatgaagttaggaagcacaatagcactattgtaagtgaatctgtccagaaaaagta 33998334  T
Q  112 aaaccaattggtgccaatgaaataaggcatctcaacaagaataatctctatatctatgattgaatcttgagttaattaggtgaacgatatgcactccact 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33998335 aaaccaattggtgccaatgaaataaggcatctcaacaagaatgatctctatatctatgattgaatcttgagttaattaggtgaacgatatgcactccact 33998434  T
Q  212 ctaacttgctacaagaattcaccacaatctcttatattgacaaatcatgacttttcaaatcaaattatacacatattcttcaaaaggaattatattttaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  33998435 ctaacttgctacaagaattcaccacaatctcttatattgacaaatcatgacttttcaaatcaaattatacacatattcttcacaaggaatgatgttttaa 33998534  T
Q  312 gtagttaactgaaaacaatgcaaagataagatctgaagaaaataaatgaggaatttacaaatctggataaagaggtaaactgtttggaaagtgnnnnnnn 411  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           
T  33998535 ttagttaactgaaaacaatgcaacgataagatctgaagaaaataaatgaggaatttacaaatctggataaagaggtaaacagtttggaaagtgaaaaaaa 33998634  T
Q  412 tagtatcgtgaaaacaagagagaaatcactaataattttcactcacttgttgtaacagtttctcccttatttccgc--gtcttattattttttggcatgt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  33998635 tagtatcgtgaaaacaagagagaaatcactaataattttcactcacttgttctaacagtttctcccttatttccgcaagacttattattttttggcatgt 33998734  T
Q  510 ctcttttcttttatatcttgttcaacatttgatagtctatccaaggtgagacttataatttacaacacttcaacaatgttttgtttggttcaaaggtttc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33998735 ctcttttcttttatatcttgttcaacatttgatggtctatccaaggtgggacttataatttacaacacttcaacaatgttttgtttggttcaaaggtttc 33998834  T
Q  610 tatacttacttgcacactgtattgattgcattattgcatttcaacctagtgagtggctggtctgcaagaggattttacctcctaaattaggacaaaaaat 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33998835 tatacttacttgcacactgtattgattgcattattgcatttcaacctagggagtggctggtctgcaagaggattttacctcctaaattaggacaaaaaac 33998934  T
Q  710 acctctttctatcttttccattctcatgtagggtatggtggctggatatatgggcgattcatgagtttattttaagtgatattataaatattttatacaa 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33998935 acctctttctatcttttccattctcatttagggtatggtggctggatatatgggcgattcatgagtttattttaagcgatattataaatattttatacaa 33999034  T
Q  810 catgtggatcc 820  Q
    |||||||||||    
T  33999035 catgtggatcc 33999045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University