View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4657-Insertion-13 (Length: 332)

Name: NF4657-Insertion-13
Description: NF4657
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4657-Insertion-13
NF4657-Insertion-13
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (8-332)||(48949730-48950054)
chr1 (8-332)||(51113172-51113496)
chr1 (24-332)||(44527126-44527434)
chr1 (24-332)||(25682524-25682832)
chr1 (13-332)||(5609201-5609520)
chr1 (27-332)||(36733570-36733877)
chr1 (13-328)||(4395021-4395335)
chr1 (63-286)||(48166149-48166372)
chr1 (29-332)||(16816803-16817108)
chr1 (164-332)||(44602765-44602933)
chr1 (24-332)||(52109327-52109634)
chr1 (12-185)||(24538371-24538544)
chr1 (241-332)||(2885313-2885404)
chr1 (254-332)||(21031252-21031330)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (8-329)||(8387943-8388264)
chr5 (12-332)||(26597463-26597783)
chr5 (16-332)||(20204820-20205136)
chr5 (24-332)||(4267972-4268280)
chr5 (12-326)||(22767269-22767583)
chr5 (31-332)||(25730688-25730989)
chr5 (12-332)||(15988755-15989075)
chr5 (24-332)||(27292307-27292615)
chr5 (24-332)||(41940743-41941051)
chr5 (45-332)||(12660210-12660497)
chr5 (92-332)||(34652260-34652499)
chr5 (24-329)||(27532915-27533221)
chr5 (55-314)||(11375537-11375796)
chr5 (12-189)||(30222948-30223125)
chr5 (54-277)||(37448028-37448251)
chr5 (246-328)||(30222848-30222930)
chr5 (13-66)||(34653864-34653917)
chr5 (12-80)||(16074597-16074665)
chr5 (239-331)||(32632603-32632695)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (8-332)||(22289098-22289422)
chr7 (12-332)||(16731794-16732114)
chr7 (12-332)||(17709928-17710248)
chr7 (12-332)||(9328608-9328927)
chr7 (43-332)||(16098382-16098671)
chr7 (12-328)||(1581476-1581793)
chr7 (18-332)||(29200961-29201269)
chr7 (43-328)||(30493620-30493904)
chr7 (185-328)||(3275068-3275211)
chr7 (12-332)||(17877269-17877579)
chr7 (86-179)||(34578437-34578530)
chr7 (241-332)||(3601742-3601833)
chr7 (258-332)||(24139138-24139212)
chr7 (244-323)||(44480893-44480972)
chr7 (43-252)||(30824561-30824769)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (8-332)||(51259535-51259860)
chr4 (8-331)||(56065486-56065813)
chr4 (12-332)||(28537793-28538111)
chr4 (12-332)||(37245858-37246178)
chr4 (12-332)||(55734870-55735190)
chr4 (18-332)||(29655672-29655985)
chr4 (12-332)||(49951174-49951494)
chr4 (12-332)||(51734978-51735297)
chr4 (12-328)||(32577058-32577372)
chr4 (12-332)||(18442153-18442471)
chr4 (12-332)||(2064714-2065034)
chr4 (13-326)||(21321389-21321704)
chr4 (13-332)||(43840312-43840632)
chr4 (24-332)||(41835317-41835625)
chr4 (12-332)||(49119406-49119713)
chr4 (40-332)||(28426085-28426364)
chr4 (175-332)||(47226336-47226493)
chr4 (178-328)||(26422612-26422762)
chr4 (244-332)||(24989940-24990027)
chr4 (242-331)||(44936089-44936178)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (8-332)||(55199368-55199692)
chr3 (24-332)||(53496905-53497213)
chr3 (13-331)||(42340284-42340601)
chr3 (12-332)||(46007162-46007480)
chr3 (19-230)||(2615361-2615572)
chr3 (242-332)||(27608909-27608999)
chr3 (242-332)||(34497378-34497468)
chr3 (64-242)||(647307-647485)
chr3 (196-328)||(647173-647305)
chr3 (164-332)||(11020186-11020354)
chr3 (43-287)||(48227305-48227550)
chr3 (274-328)||(19117730-19117784)
chr3 (228-332)||(24176847-24176951)
chr3 (105-203)||(27941129-27941227)
chr3 (194-332)||(2121124-2121262)
chr3 (259-328)||(27747695-27747764)
chr3 (238-331)||(31341732-31341829)
chr3 (18-67)||(1070880-1070929)
chr3 (244-328)||(2615576-2615660)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (8-331)||(43-370)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (11-332)||(15606000-15606321)
chr6 (12-332)||(28107000-28107320)
chr6 (12-332)||(14680020-14680343)
chr6 (67-321)||(15053192-15053446)
chr6 (144-332)||(19690885-19691073)
chr6 (105-332)||(29368062-29368287)
chr6 (128-332)||(30801997-30802201)
chr6 (261-328)||(34104475-34104542)
chr6 (12-332)||(11731675-11731975)
chr6 (259-332)||(27443039-27443111)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (13-329)||(88421-88737)
chr2 (12-332)||(34695910-34696228)
chr2 (12-332)||(34718322-34718640)
chr2 (12-332)||(12130644-12130964)
chr2 (92-294)||(44017362-44017564)
chr2 (136-235)||(9709914-9710013)
chr2 (40-270)||(18345555-18345784)
chr2 (88-332)||(26198630-26198863)
chr2 (215-332)||(22845600-22845717)
chr2 (229-332)||(1417987-1418090)
chr2 (231-329)||(13109878-13109976)
chr2 (232-332)||(9710036-9710136)
chr2 (243-328)||(11292073-11292157)
chr2 (197-324)||(14827126-14827253)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (24-332)||(23853805-23854113)
chr8 (24-332)||(8451129-8451437)
chr8 (24-331)||(478063-478370)
chr8 (12-307)||(7127084-7127379)
chr8 (41-328)||(13414913-13415200)
chr8 (107-332)||(185597-185820)
chr8 (128-328)||(40588740-40588940)
chr8 (238-332)||(598243-598337)
chr8 (12-80)||(40588973-40589041)
chr8 (243-332)||(33642770-33642859)
chr8 (105-332)||(37712033-37712254)
chr8 (203-332)||(3606745-3606874)
chr8 (219-332)||(11870332-11870445)
chr8 (166-251)||(9496797-9496881)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (254-332)||(270-348)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (259-332)||(44250-44322)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 8 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 48950054 - 48949730
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  48950054 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtg 48949955  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48949954 ttgtgttagagactcccgttggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgaaagttttggagggggaggcagttgccttactcgat 48949855  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48949854 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcaactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgatt 48949755  T
Q  308 cgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  48949754 cggaattttatgctattgtttctag 48949730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 8 - 332
Target Start/End: Original strand, 51113172 - 51113496
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  51113172 aagctaacaactcagtttgggagaaatcgtgtgagacgtggttaaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtg 51113271  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51113272 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggactcaaacgaaatggcaacgagcaaatataaccgttttggagggggaggcagttgccttactcgat 51113371  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  51113372 gtcattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctctgggccatggtgatt 51113471  T
Q  308 cgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    || | ||||||||||||||||||||    
T  51113472 cggagttttatgctattgtttctag 51113496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 44527126 - 44527434
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||   ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||   ||||||||||||||||||     
T  44527126 ttgggagaaaccgaccgagtcatggttaaagtgcaatgtggacgccgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactct 44527225  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
     |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||  ||||||||| ||    
T  44527226 tgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctg 44527325  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  44527326 atgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctat 44527425  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  44527426 tgtttctag 44527434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 25682524 - 25682832
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || | ||| ||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  25682524 ttgggagaaaccgtgtgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgtttcatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactcc 25682623  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| |     
T  25682624 cgtgggcaatttatctgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcattcactttgcta 25682723  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||   |||| ||| ||||    
T  25682724 atgtgaacagatgggaccgggctgtcttcgagtttgactcagctactctagtacaagctctatcgtctccgggccacagtgatttagaattctatactat 25682823  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  25682824 tgtttctag 25682832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Original strand, 5609201 - 5609520
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||| |||||  ||| ||||    
T  5609201 aacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgttccatgactgtaaccatattacaactttcgcgtgctgtg 5609300  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgat 212  Q
     ||||||||| |  | |||||| ||||||||||||||   ||| || ||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |   |    
T  5609301 ctagagactcacacgagcaatttattcgggctcaaactctatgacagcggacaaatatgatagttttgaagggggaggcagtagccttactcgaggtcct 5609400  T
Q  213 tcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaa 312  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||  ||    
T  5609401 tcactttgatgttgcgaacagatgagatcgggttgtcttcgagttcgactcatctactctagtgcaaactctatcgtctcagggtcatggtgattcagaa 5609500  T
Q  313 ttttatgctattgtttctag 332  Q
    || |||||||||||||||||    
T  5609501 ttctatgctattgtttctag 5609520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 332
Target Start/End: Original strand, 36733570 - 36733877
Alignment:
Q  27 ggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaat--gtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactccc 124  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||| |    
T  36733570 ggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatatgtggatgccgcgtttcatgactataaccatcttacaccttttgtgtgttgtgttagagactctc 36733669  T
Q  125 gtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgt 224  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||| |||  |||||||||| ||     
T  36733670 gtggacaatttattcgggctcaaacaaaatgacaacgggtaaatatggcagttttggagggggaggcagtagtcttactcaatgttattcactttgctga 36733769  T
Q  225 tgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctatt 324  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||| ||||    
T  36733770 tgtgaacaaatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctataactctagtgcaagctatatcgtctccgggccatgatgattcataattctatgttatt 36733869  T
Q  325 gtttctag 332  Q
    ||||||||    
T  36733870 gtttctag 36733877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 328
Target Start/End: Original strand, 4395021 - 4395335
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| || | ||||| ||| ||||    || ||||    
T  4395021 aacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacgtggctgaagtgcaatgtggaagccgcgttccatgaccgtaaccatatcacaacttttgcatgctgtg 4395120  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgat 212  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||  |    
T  4395121 ttagagactctcgtgggcaatttatccgggctcaatcgaaatggcagcgggcaaatatgagagttttgaagggg-aggcactagccttactcgaggccct 4395219  T
Q  213 tcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaa 312  Q
    |||||||| || || ||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||  ||    
T  4395220 tcactttgctgatgcgaatagatgggaccaggttatcttcgagtccaactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaaggtcatggtgattcagaa 4395319  T
Q  313 ttttatgctattgttt 328  Q
    || ||| |||||||||    
T  4395320 ttctatcctattgttt 4395335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 63 - 286
Target Start/End: Original strand, 48166149 - 48166372
Alignment:
Q  63 ggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacga 162  Q
    ||||||| |||| |||||| || | ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  48166149 ggatgccacgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtggtcaatttattcgggctcaaatgaaatggcagcga 48166248  T
Q  163 gcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgact 262  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||  |||||||||| |  || ||| | |||||| |||||||||||| |||| || |    
T  48166249 gcaaatatgacagttttggagtgggagacaatagccttactcgatgtcattcactttgcttatgtgaatatatgggatcgggttgtcttcgagtctgatt 48166348  T
Q  263 cagctactctagtgcaagcgctat 286  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||    
T  48166349 cagctactctattgcaagctctat 48166372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 29 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 16817108 - 16816803
Alignment:
Q  29 agaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgg 128  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||| | ||||||||||||||  ||| |||| |||||||||| || |     
T  16817108 agaaaccgagtgagatgtggttgaagtgcaatgcggacgccgcgttccatgtctgtaaccatattacatcttttgtgtattgttttagagactctcgcgt 16817009  T
Q  129 gcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttggg 228  Q
    |||||| ||||| |||||| | ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||  |||| |||| || ||      
T  16817008 gcaatttattcgagctcaatcaaaatggcagtgggcaaatatgacaattttgga-ggggaggcagtagccttactcgaggcccttcattttgctgatgca 16816910  T
Q  229 aacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatg---gtgattcgaaattttatgctattg 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||  ||| | |||||| ||||||   |||||||| |||| || |||||||    
T  16816909 aacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcgtctactctagttcaagttctaccgtctccgagccatggacgtgattcggaattctacgctattg 16816810  T
Q  326 tttctag 332  Q
    |||||||    
T  16816809 tttctag 16816803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 164 - 332
Target Start/End: Original strand, 44602765 - 44602933
Alignment:
Q  164 caaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactc 263  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || | | |||||||||||  |||||||||  || || ||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||||    
T  44602765 caaatatgacaattttggagggggagacattagtcttactcgatgtcattcactttactgatgtgaacagatgagaccgggttgccttcgagtctaactc 44602864  T
Q  264 agctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44602865 cgctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcaaaattctatgctattgtttctag 44602933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 52109327 - 52109634
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||| |  | ||| |||||| || | ||| ||| ||||||    ||||||||||||||||||    
T  52109327 ttgggagaaaccgacaaagacgtggttgaagtgtaatgtggacgttgtgttccatgaccgtaatcatcttatatcttttgcatgttgtgttagagactcc 52109426  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
     |||| ||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||   ||||||||||||| ||| | ||||||||||| |   ||||||||| ||    
T  52109427 tgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgatcattttggagggggatgcagtagccttactcgaggtccttcactttgctg 52109526  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||||||  ||||||||||  |||  || ||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||    
T  52109527 atgctaacagatggga-tgggttgtctttgagtgtgattcatctactctagtacaagctctattgtctccggaccatggtgattcggaattctatgttat 52109625  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  52109626 tgtttctag 52109634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 185
Target Start/End: Original strand, 24538371 - 24538544
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  || || || | ||  ||| ||||||  ||||||||    
T  24538371 taacatctcagtttgagagaaaccaagtgagacctggtcgaaatgcaatgtggatgccgcgttctataaccgtaaccaagttagatcttttgtgtgttgt 24538470  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggaggg 185  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||||    
T  24538471 gttagagactcccgtggataatttattcgggctcaaacgaattggcagcaggcaaatacgacagttttggaggg 24538544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 332
Target Start/End: Original strand, 2885313 - 2885404
Alignment:
Q  241 cgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  2885313 cgggttgtcttcgagtcagactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggctatggtgattcggagttatatgctattgtttctag 2885404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 254 - 332
Target Start/End: Original strand, 21031252 - 21031330
Alignment:
Q  254 agtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  21031252 agtctgactcagctattctagtgcaagctctatcgtctccggactatggtgattcggaattttatgttatagtttctag 21031330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 8 - 329
Target Start/End: Original strand, 8387943 - 8388264
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||  |||    
T  8387943 aagctaacaactcagtctgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtacaatgtggatgccgcgtttcatgaccgttaaaatattacatctttcgcgtg 8388042  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8388043 ttgtgttagagactctcgtgggcaattcattcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgat 8388142  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  8388143 gccattcactttgcggttgggaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccaggccatggtgatt 8388242  T
Q  308 cgaaattttatgctattgtttc 329  Q
    |  |||||||||||||||||||    
T  8388243 cagaattttatgctattgtttc 8388264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 26597783 - 26597463
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||| ||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  |||||||    
T  26597783 taacaacacagtttgggagaaatcgtgtaagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgatcatcaacatattacatctttcgcgtgttgt 26597684  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  26597683 gttagagactcccgtggacaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacaattttggagggggaggcagttgccttactcgatgcca 26597584  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  26597583 ttcactttgcagttgggaatagatgagaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcgga 26597484  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  26597483 attttatgttattgtttctag 26597463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 332
Target Start/End: Original strand, 20204820 - 20205136
Alignment:
Q  16 aactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgtta 115  Q
    ||||||| ||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | | |||||||||||||| |  | ||||| ||    
T  20204820 aactcagtttgggagaaaccaaatgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccataaccatattacatcttttacattttgtgcta 20204919  T
Q  116 gagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattca 215  Q
    |||||||||| ||| |||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||    
T  20204920 gagactcccgcgggaaatttatccaggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccattca 20205019  T
Q  216 ctttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||     
T  20205020 ctttgttgttgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcctctccgggtcatggtgattcaaaattc 20205119  T
Q  316 tatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||    
T  20205120 tatgctattgtttctag 20205136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 4267972 - 4268280
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||   ||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||   ||||||||||||||||||     
T  4267972 ttgggagaaaccgaacgagtcatggttaaagtgcaacgtggacgccgcgtttcttgattgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactct 4268071  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||  ||||||||| ||    
T  4268072 cgtgggcaatttattcaggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctg 4268171  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4268172 atgctaacaggtgggaccgggttttcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcggaattctatgctat 4268271  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  4268272 tgtttctag 4268280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 12 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 22767583 - 22767269
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||||||   |||||||    
T  22767583 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgacagtaatcatcttacatcttttgcgtgttgt 22767484  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |    
T  22767483 gttagagattcccgggggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgcta 22767384  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||  |||| |||||| ||||  |    
T  22767383 ttcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcgagtttgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcaga 22767284  T
Q  312 attttatgctattgt 326  Q
    ||| ||||| |||||    
T  22767283 attctatgcgattgt 22767269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 31 - 332
Target Start/End: Original strand, 25730688 - 25730989
Alignment:
Q  31 aaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggc 130  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | |||||||||  ||||| |||||||||||||| ||| || |||     
T  25730688 aaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggattccgcgttccatgaccgtaaccatattacaattttcacgtgttgtgttagagtctcacgcggga 25730787  T
Q  131 aattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaa 230  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||| || || |||    
T  25730788 aatttattcgagctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgcgaa 25730887  T
Q  231 cagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttct 330  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||   |||| |||| ||||||||||    
T  25730888 cagatgggactgagttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcagggtcatggtgattaagaattctatgttattgtttct 25730987  T
Q  331 ag 332  Q
    ||    
T  25730988 ag 25730989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 15989075 - 15988755
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||| |  | ||||||||| ||||   ||||| |    
T  15989075 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacgttgttgaagtgaaatatggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttat 15988976  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    || |||||||  || | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||      
T  15988975 gtcagagactttcgcgagcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtaaccttactcgaggccc 15988876  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    || |||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||| | ||||||||||||||| |    
T  15988875 tttactttgctgatgcgaacatatgggaccgggttgtcttcaagtccgtctcagctactctagtgcaatctctatcgtcttcaggccatggtgattcgga 15988776  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||| ||||||||||||    
T  15988775 attctatgttattgtttctag 15988755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 27292307 - 27292615
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||   ||| | |||||||||||||||||||||| | |||| |||||  || | |||||||||| |||    |||||||||||||||||     
T  27292307 ttgggagaaaccgaacgagtcatggttgaagtgcaatgtggatgtcacgttccatgatagtaaccatattacatattttgcatgttgtgttagagactct 27292406  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||| |  |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| ||    
T  27292407 cgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcggacaaatattattgttttgaagggggaggcaatagccttactagatgcccttcactttgctg 27292506  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27292507 atgataacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgactcatctgctctagtgcaaactctatcgtctccaggccatggtgatttggaattttatgctat 27292606  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  27292607 tgtttctag 27292615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 41941051 - 41940743
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  || ||||||||||  ||||| |||||| |||||||    
T  41941051 ttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaactatcttacatcttttgtgtgtagtgttaaagactcc 41940952  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgag-caaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgtt 222  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||   ||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||  |||||||||| |    
T  41940951 cgtgggaaatttattcgagctcaaacgaaatgacatatagaaaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcaatgtcattcactttgct 41940852  T
Q  223 gttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgcta 322  Q
      || ||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| || |||| |||||||  |||| |||||||    
T  41940851 catgtgaaca-actggaccgggttgtcttcgagtccgactcaactactctagtgcaaactctatcgtctctggaccattgtgattcagaattctatgcta 41940753  T
Q  323 ttgtttctag 332  Q
    ||||||||||    
T  41940752 ttgtttctag 41940743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 332
Target Start/End: Original strand, 12660210 - 12660497
Alignment:
Q  45 gtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggct 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || | ||| ||||||||||   |||||||||||||||||  | ||| ||||| |||||||||    
T  12660210 gtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagactttcatggacaatttattcgggct 12660309  T
Q  145 caaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccggg 244  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||| | | |||||||||||  |||||||||| |  || ||||| ||| ||||| |    
T  12660310 caaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtgttagagcgggaggcagtagtcttactcgatgtcattcactttgctaatgtgaacaaatgagaccgtg 12660409  T
Q  245 ttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    || || || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  12660410 ttatcgtcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccacggtgattcagaattctatgatattgtttctag 12660497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 92 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34652499 - 34652260
Alignment:
Q  92 ttacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggc 191  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||      
T  34652499 ttacatcttttgtgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttatccggtctcaaacaaaa-ggcagcgagcaaatatgacagtgttgtaaggggagat 34652401  T
Q  192 aattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatct 291  Q
    |||  ||||||||||||| ||||||||||  | || |||||||||||| |||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||| | |||    
T  34652400 aataaccttactcgatgccattcactttgccgatgtgaacagatgggatcgggttgtcttcgagcccgactcgactactctagtgcaagctctaccgtct 34652301  T
Q  292 ccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    | |||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  34652300 ctgggccatggtgattcagaattatatgttattgtttctag 34652260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27533221 - 27532915
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcat-gtgttgtgttagagactc 122  Q
    |||||||||| |||| |||||| |  ||||||| |||||||||| |||||| |||||  || | ||  ||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  27533221 ttgggagaaatcgcgcgagacgcgactgaagtgtaatgtggatgtcgcgttccatgatcgtaaccagtttacatctttttgcgtgttgtgttagagactc 27533122  T
Q  123 ccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgtt 222  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |  | |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||  |||||||||| |    
T  27533121 ccgtgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggtagcaggaaaatataacagttttggagggggaggcaatagctttattcgatgtcattcactttgct 27533022  T
Q  223 gttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgcta 322  Q
    | || ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| || |||||||  |  |||| |||||||| |||||||||||  |||| | |||||    
T  27533021 gatgtgaatagatgggaccgggttgttttcgagtccgactttgcttctttagtgcagactttatcgtctccgggtcatggtgattcagaattctttgcta 27532922  T
Q  323 ttgtttc 329  Q
    |||||||    
T  27532921 ttgtttc 27532915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 55 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11375796 - 11375537
Alignment:
Q  55 tgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaat 154  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  || | ||||||||| ||||    ||||||||||||||||| ||  ||  ||| |||||| ||||||||||||    
T  11375796 tgcaatgtggatgctgcgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgcatgttgtgttagagactctcgcaggtgatttattcggactcaaacgaaat 11375697  T
Q  155 ggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaa 254  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||  |||| ||||  | ||  || | ||||||||||||||||||  |    
T  11375696 ggcagcgagtaaatatgacagttttggagggggagacagtagccttactcgaggcccttcattttgcggatgcaaatatatgggaccgggttgtctttga 11375597  T
Q  255 gtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaatt 314  Q
    ||| || ||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  11375596 gtctgattcatctattctagtgcaagctctatcgtctccggtccatggtgattcggaatt 11375537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 12 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 30223125 - 30222948
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||  |||| | |||||| ||||||||| | ||||||||||||||   |||||||    
T  30223125 taacaactctgtttgggagaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaacatggacgtcgcgttccatgactgtaaccatattacatcttttgcgtgttgt 30223026  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggag 189  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  30223025 gttagagacttccatgggcaatttattcgggctcaaacgaatttgcagcaagcgaatttgacagttttggagagggag 30222948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 54 - 277
Target Start/End: Original strand, 37448028 - 37448251
Alignment:
Q  54 gtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaa 153  Q
    |||| ||||||||| || ||| ||||||  | | ||| ||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||| ||||||| |||    
T  37448028 gtgcgatgtggatgtcgtgttccatgaccataaccatcttacatcgtttatatgttgtgttagagactctcgtggacaatgtattcggactcaaacaaaa 37448127  T
Q  154 tggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttca 253  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||||||  | |||||||||||||  |||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||     
T  37448128 tggcagcgtgcaaacatgacagtgttgaaaggggaggcggtagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatggaaccgggttgtcttcg 37448227  T
Q  254 agtccgactcagctactctagtgc 277  Q
    ||| | | ||| ||||||||||||    
T  37448228 agttcaattcaactactctagtgc 37448251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 246 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 30222930 - 30222848
Alignment:
Q  246 tgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  30222930 tgtcttcgaatctgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggtcacggtgattcggaattctatgctattgttt 30222848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 34653917 - 34653864
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggat 66  Q
    ||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  34653917 aacaactaagtttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgtggat 34653864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 80
Target Start/End: Original strand, 16074597 - 16074665
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatga 80  Q
    |||||||| || || |||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16074597 taacaacttagtttaggagaaaccgtgcgagacgtggtcaaagtgcaatgtggatgccgcgttccatga 16074665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 239 - 331
Target Start/End: Original strand, 32632603 - 32632695
Alignment:
Q  239 accgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
    |||||||||||||  |||| |||||| ||||| ||||| ||||  |||| |||||| ||||| |||||||  |||| ||||  ||||||||||    
T  32632603 accgggttgtctttgagtctgactcatctactttagtgtaagctttatcgtctccgagccatagtgattcagaattctatgacattgtttcta 32632695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 8 - 332
Target Start/End: Original strand, 22289098 - 22289422
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  22289098 aagctaacaactcagtttgggagaagccgcgtgagacgtggtttaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtg 22289197  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  22289198 ttgtgttagagattcccgtgggcaattcattcggactcagacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggtggttgccttactcgat 22289297  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    || ||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22289298 gccattcactttgccgttgggaacaaatgggaccgggctgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgatt 22289397  T
Q  308 cgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |  ||||||||||||||||||||||    
T  22289398 cagaattttatgctattgtttctag 22289422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 16731794 - 16732114
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |  | ||||||||||||||    ||||||    
T  16731794 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgt 16731893  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  16731894 gttagagattcccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcca 16731993  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    |||||| || || || |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |    
T  16731994 ttcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcaga 16732093  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  16732094 attctctgctattgtttctag 16732114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 17709928 - 17710248
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |  | ||||||||||||||    ||||||    
T  17709928 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgttgt 17710027  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  17710028 gttagagattcccgcgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcca 17710127  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    |||||| || || || |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |    
T  17710128 ttcactctgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctctatcatctccgggccatggtgattcaga 17710227  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  17710228 attctctgctattgtttctag 17710248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9328927 - 9328608
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||| ||   |||||||    
T  9328927 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcatttgcgtgttgt 9328828  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |    
T  9328827 gttagagattcccg-ggacaatttattcgagctcaaacgaaatggcaacgggaaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgcta 9328729  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||  |||| |||||| ||||  |    
T  9328728 ttcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttggagtctgactctgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcaga 9328629  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||  ||||||||||    
T  9328628 attctatgcgtttgtttctag 9328608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 332
Target Start/End: Original strand, 16098382 - 16098671
Alignment:
Q  43 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||| || | |||||||| |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  16098382 acgtggttgaagtgcaatgtggacgcatcgttccatgaccgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagactcccataggcaatttattcggg 16098481  T
Q  143 ctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccg 242  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| | | |||||||| || ||  |||| |||| || ||  |||| |||||||||    
T  16098482 ctcaaacgaaatggaaacgaacaaatatgacaattttggagggagaggtagtagccttactagaggcccttcaatttgctgatgctaacaaatgggaccg 16098581  T
Q  243 ggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  16098582 ggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtacaagctccatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgatattgtttctag 16098671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 328
Target Start/End: Original strand, 1581476 - 1581793
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | | ||||||||||||||   |||||||    
T  1581476 taacaactcagtttgggagaaactgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccataaccatattacatcttttgcgtgttgt 1581575  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttgga-gggggaggcaattgccttactcgatgcg 210  Q
    | |||||||||| | ||  | || || ||||||||||||||||||||  | |||||||| | |||||| || |||||| ||| | ||||||||||| ||     
T  1581576 gctagagactccagcggatagtttatccgggctcaaacgaaatggcagagggcaaatattatagtttttgaggggggatgcagtagccttactcgaggcc 1581675  T
Q  211 attcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcga 310  Q
     ||||||||| || || ||||||||| || |||||| | ||  ||||| ||||| |||| ||| ||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  1581676 cttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgggttctattggagtccaactcatctacactaatgcaaactctatcgtctccggaccatggtgattcga 1581775  T
Q  311 aattttatgctattgttt 328  Q
    |||| ||||| |||||||    
T  1581776 aattctatgccattgttt 1581793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 29201269 - 29200961
Alignment:
Q  18 ctcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttaga 117  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||         ||||||| ||||||    |||||| |||||    
T  29201269 ctcagtttgggagaaaccgcacgagacgtggttgaagtgcaatgttgatgccgctttccatc--------catattatatcttttgcatgttgtattaga 29201178  T
Q  118 gactcccgtggg--caattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattca 215  Q
    |||||  ||| |  || || |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||| |      ||||| ||||  |||||    
T  29201177 gactcatgtgtggccagtttattcgggctcaaacgaaatgacagcggacaaatatgacagttttggagggggaggtagcatgtttacttgatgtcattca 29201078  T
Q  216 ctttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattt 315  Q
    ||||| || || |||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||  ||||     
T  29201077 ctttgctgatgtgaacagatggaaacgggttgtcttcgagtctgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcagaattc 29200978  T
Q  316 tatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||    
T  29200977 tatgctattgtttctag 29200961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 30493904 - 30493620
Alignment:
Q  43 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggg 142  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||| || ||||||||| | ||  |||||| |||   ||||||||||||| | || | ||||||||| | || ||    
T  30493904 acgtggttaaagtgcaatatggatgtcgcattccatgactgtaaccaacttacatattttgcgtgttgtgttagaaattctcatgggcaatttactcagg 30493805  T
Q  143 ctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccg 242  Q
    |||||||||||||||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||   ||||||| | || |  ||||||||| ||||     
T  30493804 ctcaaacgaaatggcagcagacaagtatgacagttttggagggg-aggcagtagccttacttgatgtcgttcacttagctgatatgaacagatgagacca 30493706  T
Q  243 ggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30493705 ggttgtcttcgagtccgactcaattactctagtgcaagctctatcgtcttcgggccatggtgattcagaattttatgctattgttt 30493620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 185 - 328
Target Start/End: Original strand, 3275068 - 3275211
Alignment:
Q  185 gggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgct 284  Q
    |||||||| || | |||||| |||| |||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3275068 gggaggcagttactttactcaatgctattcactttgctgttgggaacatataggactgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgct 3275167  T
Q  285 atcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    ||||||||  ||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  3275168 atcatctctaggccacgatgattcataattttatgctattgttt 3275211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 17877269 - 17877579
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||||| | |   |||| |     
T  17877269 taacaactcaatttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaaatgcaatgtggatgtcgcgttccatgattgtaaccatattacatttgttgcgtgtggc 17877368  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||| | ||      
T  17877369 gttatagactcccatgggaagttcattcgtgctcaaacgaaatcgcagcggggaaatatgacagtattggagggggaggaagtagccttactcaaggccc 17877468  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||     || |||||||||| | |||||||||||| |||| |||||          |||||||| ||||| | |  ||| |||||||||||| |    
T  17877469 ttcactttacaaatgcgaacagatggaatcgggttgtcttcgagtctgactc----------gtgcaagctctatcgtttatgggtcatggtgattcgta 17877558  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  17877559 attctatgctattgtttctag 17877579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 34578530 - 34578437
Alignment:
Q  86 aacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagtttt 179  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34578530 aacatattacatcttttgcgtgttgtgttcgaaattcccgtgggcaatttattcgggctcagacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttt 34578437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 241 - 332
Target Start/End: Original strand, 3601742 - 3601833
Alignment:
Q  241 cgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  3601742 cgggttgttttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctttatcgtctctggaccatggtgattcagaattttatgctattgtttctag 3601833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 332
Target Start/End: Original strand, 24139138 - 24139212
Alignment:
Q  258 cgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24139138 cgactcagctactctagtgcaagctctgtcgtctccgggtcatgttgatttgaaattttatgctattgtttctag 24139212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 244 - 323
Target Start/End: Original strand, 44480893 - 44480972
Alignment:
Q  244 gttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  44480893 gttgtcttcgagtccgactccgctactctactgcaaacgttatcgtctccgggtcatggtgattcggaattttatgctat 44480972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30824769 - 30824561
Alignment:
Q  43 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggg 142  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||   ||||||||||||||    |||||||||||||||| ||| |   |||| |||||||    
T  30824769 acgtgattgaagtgcaatgtggatgctacatttcatgactgtagtcatattacatcttttgcatgttgtgttagagactgccgcgaataatttattcggg 30824670  T
Q  143 ct-caaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggacc 241  Q
    ||  |||  ||| | || ||   |||||||||||||||| |  |||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||  |  || |||||||||||| |    
T  30824669 ctaaaaaaaaaaagacagcggataaatatgacagttttgaa--gggaggcagtagccttactcgaggcccttcacttttctaatgcgaacagatgggatc 30824572  T
Q  242 gggttgtcttc 252  Q
     ||||||||||    
T  30824571 aggttgtcttc 30824561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 51259860 - 51259535
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  51259860 aagctaacaactcagtttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaactgcaatgtggatgccgcgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgtatg 51259761  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggag-ggggaggcaattgccttactcga 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  51259760 ttgtgttagagactctcgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggaggggggaggcagttgccttactcga 51259661  T
Q  207 tgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgat 306  Q
    ||  |||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  51259660 tgtcattcactttgctgttgggatcagttcggaccaggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtcttcgggccatggtgat 51259561  T
Q  307 tcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  51259560 tcagaattttatgttattgtttctag 51259535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Original strand, 56065486 - 56065813
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  56065486 aagctaacaactcagtttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatattacatctttcgcgtg 56065585  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  56065586 ttgttttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgat 56065685  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtg--- 304  Q
    || |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||       
T  56065686 gccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgatt 56065785  T
Q  305 -attcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||    
T  56065786 aattcggaattttatgctattgtttcta 56065813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 28538111 - 28537793
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    |||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || | |||||||||| |||   |||||||    
T  28538111 taacaattcagtttgggagaaaccgaacgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgatcgtaaccatattacatattttgcgtgttgt 28538012  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||      
T  28538011 gttagagactcccacgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggaaaatatgatagttt--gagggggaggcagtagccttactcgaggccc 28537914  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  28537913 ttcactttgttgatgcgaacagatgggaccgggttgtgttcaagtccgactcatctactttagtgcaagctctatcgtctctgggccatggtgattcaaa 28537814  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  28537813 attctatgctattgtttctag 28537793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37246178 - 37245858
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    |||||||| || ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | | | ||||||| |     ||||||    
T  37246178 taacaacttagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaatcgtcttacatcctctgcatgttgt 37246079  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |    
T  37246078 gttagagactcccgagggaaatttattcgggcacaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgcta 37245979  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||| || || |||| |||||||||||||||  |    
T  37245978 ttcactttgcttatgtgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctctgggccatggtgattcaga 37245879  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  37245878 attctatgctattgtttctag 37245858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 55734870 - 55735190
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaac-atattacatctttcatgtgttg 110  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| | ||||| |||||||||||||   ||||||    
T  55734870 taacaactcggtttgggagaaaccgagcgagatgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgcgctccatga-tctcaaccatattacatcttttgcgtgttg 55734968  T
Q  111 tgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcg 210  Q
    |||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||     
T  55734969 tgttagagactcccatgagcaatttgttcgggctcaaacgaaatggaagcgagcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggcc 55735068  T
Q  211 attcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcga 310  Q
     ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||      
T  55735069 cttcactttgttgttgcgaacacatggaaccgggttattttcgagtccgattcatctactctagtgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcag 55735168  T
Q  311 aattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  55735169 aattctatgctattgtttctag 55735190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 29655985 - 29655672
Alignment:
Q  18 ctcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttaga 117  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || | | | ||||||||||  | ||||||||||||    
T  29655985 ctcagtttggaagaaaccgagtgagacatggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgatcgtaaccctcttacatcttttgt-tgttgtgttaga 29655887  T
Q  118 gactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcact 217  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||  |||||||    
T  29655886 ggctcccgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgactgttttggagggagaggcagtagccttactcgatgtcattcact 29655787  T
Q  218 ttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaatttta 317  Q
    ||| || || |||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||    
T  29655786 ttgctgatgtgaacagatggaaccgtgttgtcttcgagtctgactacgctactctagtgcaagctctatcatcttcgggccatggtgattcagaattcta 29655687  T
Q  318 tgctattgtttctag 332  Q
    || ||||||||||||    
T  29655686 tgttattgtttctag 29655672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 49951174 - 49951494
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| || |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  | ||||||||||||||    || |||    
T  49951174 taacaactcagttttggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcattccatgaccgcaaccatattacatcttttgcatgctgt 49951273  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||      
T  49951274 gttagagattctcgcggccaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccc 49951373  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || || |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||  |    
T  49951374 ttcactttgctgatgcgaacagatggaaccgagttgtcttcgagtccgactcgtctactctagtgcaagctttatcatcttcgggccgtggtgattcaga 49951473  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  49951474 attctctgctattgtttctag 49951494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 51735297 - 51734978
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||||||||  ||||||||    
T  51735297 taacatctcagtttgggcgaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgttccatgattgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgt 51735198  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |    
T  51735197 gttagagacttccgttgacaatttattcgggcttaaacgaaatgacagcgtgcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgcca 51735098  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || || ||| |||| ||| || ||||||||| |||| | |||  |||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||  |    
T  51735097 ttcactttgctgatgtgaatagatagga-cgagttgtcttcgagtcaggctcctctactctagtgcaagctctatcgtctctggaccatggtgattcata 51734999  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||| ||||||||||||    
T  51734998 attctatgatattgtttctag 51734978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 32577372 - 32577058
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | | ||| ||||||||||   |||||||    
T  32577372 taacaactcagtttgggagaaaccgag-gagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccttaaccatcttacatcttttgcgtgttgt 32577274  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||| ||| |    
T  32577273 gttagagattcccg-gggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgactgttttggagggggaggtactagccttactcgctgcta 32577175  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    || |||||| || ||  |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||  |||| |||||||||||  |    
T  32577174 tttactttgctgatgtaaacatatgggactgggttgtcttcgagtctgactctgctactctagtgcaagctcaatcgtcagcgggacatggtgattcaga 32577075  T
Q  312 attttatgctattgttt 328  Q
    ||| ||||| |||||||    
T  32577074 attctatgcgattgttt 32577058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 18442471 - 18442153
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |  | ||||||||| ||||   |||||||    
T  18442471 taacaactctgtttgggagaaaccgagcgagacgtggttgaagtgcaatgcggatgtcgcgttccatgaccgcaaccatattacaacttttgcgtgttgt 18442372  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||      
T  18442371 gttagagactcccatgggcaatttattcgggctcaaacgaaatggaagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgaggccc 18442272  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||||| |||  |||||||||||  |||| |||  || ||||||||||||  |    
T  18442271 tacactttgctgttgcgaacagatggaaccgggttattttcgagtgcgactcatcta--ctagtgcaagctatatcgtctttggcccatggtgattcaga 18442174  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  18442173 attctatgctattgtttctag 18442153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 2064714 - 2065034
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| || | ||||||||||| |    |||||||    
T  2064714 taacaactcagtttgggagaaactgagcgagtcgtggttgaagtgcaatgtggacgccacgttccatgaccgtaaccatattacatcctctgcgtgttgt 2064813  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||| ||      
T  2064814 gttagagactcccgcggataatttattcgggctcaaacaaaatgacagcgggcaaatatgacagtattgaagggggaggcagtagccttactcgacgccc 2064913  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || || ||||||||||   |||||||||||  |||| |||||| |||||||||  ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  2064914 ttcactttgctgatgagaacagatggagtcgggttgtctttgagtcggactcatctactctagcccaagctctatcgtctccaggtcatggtgattcgaa 2065013  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  2065014 attatatgctattgtttctag 2065034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 326
Target Start/End: Original strand, 21321389 - 21321704
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    |||||| ||| |||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| || | ||||||||| ||||    ||||||     
T  21321389 aacaacacagtttgggagaaatcgagcgaaacgtggttgaagtgcaatgtggatgttgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgta 21321488  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgat 212  Q
    |||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||  |    
T  21321489 ttagagactctcgcgggaaatttattcgggctcaaacgaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggagacaatagccttactcgaggccct 21321588  T
Q  213 tcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaa--gcgctatcatctccgggccatggtgattcga 310  Q
    |||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  || ||||  |||| ||| |||||||||||      
T  21321589 tcacttttctgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaattgctctattgtctcagggtcatggtgattcag 21321688  T
Q  311 aattttatgctattgt 326  Q
    |||| |||| ||||||    
T  21321689 aattctatgttattgt 21321704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 43840632 - 43840312
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    ||||||| || |||||||| |||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||   | | ||| ||||||||||   || |||||    
T  43840632 aacaacttagtttgggagagaccgcacgagacgtggttgaagttcaacgtggatgccgcgttctatgagcataaccatcttacatcttttgcgttttgtg 43840533  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgcctt-actcgatgcga 211  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||| |||   |||| ||||||||| |    
T  43840532 ttagagactcccgtggacaatttattcggggtcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagtgttggagggggagacaacaacctttactcgatgcca 43840433  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || || ||||| ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||| |    
T  43840432 ttcactttgctgatgtgaacaaatgagaccggtttgtcttcgagttcgactcagctactctaatgcaagctctatcgtcttcggaccatggtgattcgga 43840333  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  43840332 attctatgctattgtttctag 43840312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 41835625 - 41835317
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||  || | ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||     
T  41835625 ttgggagaaatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccacgttccttgaacgtaaccatattacaacttttgcgtgttgtgttagagactct 41835526  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    ||  | ||||| |||||||||||||| ||||| || |  |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  |  |||| ||||  |    
T  41835525 cgcagacaatttattcgggctcaaacaaaatgacagctggcaaatatgacagttttggagggggatgcagtagccttactcgagacccttcattttgcgg 41835426  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  41835425 atgcaaacagatgggaccgggttgtcttcgagttcgattcatctactctagtgcaaacgctatcgtctccgggccatggtgattcggaatcctatgctat 41835326  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  41835325 tgtttctag 41835317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 49119713 - 49119406
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||||||  ||||||||    
T  49119713 taacaacccagtttgggataaaccaagcgagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgt 49119614  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||| |||             ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |    
T  49119613 gttagagattcc-------------ttcgggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgcta 49119527  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| ||||| ||  |||| |||||| |||   |    
T  49119526 ttcactttgctgatgtaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttaga 49119427  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| ||||| |||||||||||    
T  49119426 attatatgcgattgtttctag 49119406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 40 - 332
Target Start/End: Original strand, 28426085 - 28426364
Alignment:
Q  40 gagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattc 139  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||             |||    
T  28426085 gagacatggctgaagtgcaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccatcttacatcttttgtgtgttgtgttagagattcc-------------ttc 28426171  T
Q  140 gggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatggga 239  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||| || ||  |||||||||||    
T  28426172 gggctcaaacgaaatggcaacaggcaaatatgactgttttggagggggaggcagtagccttactcgctgctattcactttgctgatgtaaacagatggga 28426271  T
Q  240 ccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| ||||| ||  |||| |||||| |||   |||| ||||| |||||||||||    
T  28426272 ccgggttgtcttcaagtctgactctgatactctagtgccagctctatcgtcagcgggacatggtaatttagaattatatgcgattgtttctag 28426364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 175 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 47226493 - 47226336
Alignment:
Q  175 gttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctag 274  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||  ||||||||| || || ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||| ||||| |||    
T  47226493 gttttggagggggaggtaatagtcttactcgaggcttttcactttgctgatgcgaacagatgagatcgagttgtgttcgagtccgactcatctactttag 47226394  T
Q  275 tgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
     |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  | || |||||||||||||||||    
T  47226393 agcaagctctatcgtcttcaggccatggtgattcagatttatatgctattgtttctag 47226336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 178 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 26422762 - 26422612
Alignment:
Q  178 ttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgc 277  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  26422762 ttggagagggaggcagtagccttactcgatgctatttactttgctgatgtaaacagatgggatcgggttgtcttcgagtctgactctgatactctagtgc 26422663  T
Q  278 aagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||| ||||| ||  |||| ||| |||||||  |||| ||||| |||||||    
T  26422662 aagctctatcgtcagcgggacatagtgattcagaattctatgcgattgttt 26422612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 244 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 24990027 - 24989940
Alignment:
Q  244 gttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||| ||||| |||| || |||||||||    
T  24990027 gttgtctttgagtctgactcagctactctagtgcaagctctaccgtctctgggccacggtgattcaaaattctatgtta-tgtttctag 24989940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 44936178 - 44936089
Alignment:
Q  242 gggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
    ||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||| | | ||||||| |||||||   |||| |||| |||||||||||    
T  44936178 gggttgtgttcgagtccgactcatttactctagtgcaaactctatcgttttcgggccacggtgatttagaattctatgttattgtttcta 44936089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 332
Target Start/End: Original strand, 55199368 - 55199692
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||    
T  55199368 aagctaacaactcagtttgggagaaaccgcgtgagatgtggttgacgtgcaatgtggatgccacgtttcatgaccgtcaatatattacatctttcgcgtg 55199467  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  55199468 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacagctgataaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgat 55199567  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  55199568 gccattcactttgttgttggaaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctggtgcaagcgctatcgtctacgggtcatggtgatt 55199667  T
Q  308 cgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  55199668 cggaattttatgctattgtttctag 55199692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 53496905 - 53497213
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||   ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   ||||||||||||||||||     
T  53496905 ttgggagaaaccgaccgagtcatggttaaagtgcaatgtggacgccgcgttccatgaccgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagactct 53497004  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
     |||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||  ||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||| || ||  ||||||||| ||    
T  53497005 tgtgggcaatttattcgggctcaaacaaaatgacagcggacaaatgtgacagtttttgagggggaggcagtagccttactagaggcccttcactttgctg 53497104  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  53497105 atgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactcttgtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcggaattctatgctat 53497204  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  53497205 tgtttctag 53497213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 42340601 - 42340284
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  | |||  ||| | |  | ||| ||||||||||   ||||||||    
T  42340601 aacaactcagtttgagagaaaccgtgcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgttg-gttctatgtcggcaaccatcttacatcttttgcgtgttgtg 42340503  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgat 212  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||    
T  42340502 ttagagactctcgtggacaatttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggcagatatgacagtgttggagggggaggcaatagccctactcgatgtcat 42340403  T
Q  213 tcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaa 312  Q
    ||||||||  | || ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||    
T  42340402 tcactttgcagatgtgaacagatgggaccgagttgtcttcgagtcagactcagctactttagtgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaa 42340303  T
Q  313 ttttatgctattgtttcta 331  Q
    || ||||||||||||||||    
T  42340302 ttctatgctattgtttcta 42340284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 46007162 - 46007480
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| |||||| ||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| | ||| ||| ||||||   ||||| |    
T  46007162 taacaactcagtttgggaaaaacaaagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgtgttccattattgtaaccatcttatatcttttgcgtgtttt 46007261  T
Q  112 gtt-agagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcg 210  Q
    ||| |||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||  |||||||| || | |||||||| |||||     
T  46007262 gtttagagactctcgtggaaaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatacgacaattttttagggggagacagtagccttacttgatgcc 46007361  T
Q  211 attcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcga 310  Q
    ||||||||||| | |  |||||||||||  ||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| ||||||     
T  46007362 attcactttgtcgatatgaacagatggg--cgggt-gtcttcgagtccgattcaactactctagtgcaaactatatcgtctccgggccatggcgattcgg 46007458  T
Q  311 aattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  46007459 aattttatgctattgtttctag 46007480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 230
Target Start/End: Original strand, 2615361 - 2615572
Alignment:
Q  19 tcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagag 118  Q
    |||| |||||||||| || |  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||   | | |||||||||| |||  || ||||||||||||    
T  2615361 tcagtttgggagaaatcgtgcaagacgtggttgaaatgcaatgtggataccgcgtttcatgatcataaccatattacattttttgtgcgttgtgttagag 2615460  T
Q  119 actcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactt 218  Q
     ||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||||||    
T  2615461 gcttttgtgggcaattcattcgggctcaaacgaattggcagcgggcaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgtcgttcactt 2615560  T
Q  219 tgttgttgggaa 230  Q
    || || ||||||    
T  2615561 tgctgatgggaa 2615572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 242 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27608999 - 27608909
Alignment:
Q  242 gggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27608999 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgtttctag 27608909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 242 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34497468 - 34497378
Alignment:
Q  242 gggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  34497468 gggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgttcctag 34497378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 647485 - 647307
Alignment:
Q  64 gatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgag 163  Q
    ||||||||||| |||||  || | ||||||||||||||   ||||||||||||||||| |  | |||||||  | |||||||||||||||||||| || |    
T  647485 gatgccgcgttccatgagcgtaaccatattacatcttttgcgtgttgtgttagagacttctctaggcaatttttccgggctcaaacgaaatggcagcggg 647386  T
Q  164 caaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccg 242  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||  |||||||||| || || |||||||||||||||    
T  647385 ctaatatgacagttatggagggggaggcagcagccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgggaccg 647307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 196 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 647305 - 647173
Alignment:
Q  196 gccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgg 295  Q
    |||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||| ||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  647305 gccttactcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccgagttatcttcgagtctgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctccgg 647206  T
Q  296 gccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||||||||||||| |||| |||| | ||||||    
T  647205 gccatggtgattcggaattctatgttgttgttt 647173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 164 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 11020354 - 11020186
Alignment:
Q  164 caaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactc 263  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||   || ||||||||||| ||| |||||| || |||||||| |||| || ||||||||||| |||| ||||     
T  11020354 caaatatgacacttttggagggggagacatcagctttactcgatgctatttactttgctgatgggaacaaatggaactgggttgtcttcgagtctgactt 11020255  T
Q  264 agctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    | |||||| |||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||    
T  11020254 aactactccagtgtaaggtctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctgtgctattgtttctag 11020186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 287
Target Start/End: Original strand, 48227305 - 48227550
Alignment:
Q  43 acgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcggg 142  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || || | ||| ||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  48227305 acgtggttgaagtacaatgtggatgccgcatttcattaccgtaaccatgttacatcttttgcgtgttgtgttagagactctcgcgggcaatttattcggg 48227404  T
Q  143 ctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcga-tgcgattcactttgttgttgggaacagatgggacc 241  Q
    || ||||||||  |||  | | ||| ||||| || |||||| |||| ||| | |||||||||||   |   |||||||| || || |||  |||   |||    
T  48227405 cttaaacgaaacagcagtgggaaaacatgactgtattggagtgggatgcagtagccttactcgagaccccatcactttgctgatgtgaatggataaaacc 48227504  T
Q  242 gggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatc 287  Q
    | ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  48227505 gagttgtctttgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatc 48227550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 274 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19117784 - 19117730
Alignment:
Q  274 gtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19117784 gtgcaagcgctatcgtctccgggccatggtgattcggaattttatgctattgttt 19117730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 228 - 332
Target Start/End: Original strand, 24176847 - 24176951
Alignment:
Q  228 gaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtt 327  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| || ||||||||     
T  24176847 gaacagatgagattgggttgtcttcgagtctgacacaactactctagtgcaagctctatcgtctctgggtcatggtgattcggaattctaagctattgta 24176946  T
Q  328 tctag 332  Q
    |||||    
T  24176947 tctag 24176951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 27941227 - 27941129
Alignment:
Q  105 gtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttact 203  Q
    ||||||| ||||||| || || || ||||| |||||| ||||||| |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27941227 gtgttgtattagagattctcgaggacaatttattcggactcaaacaaaatggcagcggacaaatatgatagttttggagggggaggcagtagccttact 27941129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 332
Target Start/End: Original strand, 2121124 - 2121262
Alignment:
Q  194 ttgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctcc 293  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||| || |  ||| |||||||| || ||||| ||  ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||  ||||     
T  2121124 ttgctttactcgatgtcattcactttgctgatatgaatagatgggatcgtgttgtttttgagtccgacttaactactctaatgcaagctctattgtctct 2121223  T
Q  294 gggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
     ||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  2121224 aggccatgattattcataattttgtgctattgtttctag 2121262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27747764 - 27747695
Alignment:
Q  259 gactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    ||||| ||| || ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27747764 gactccgcttctttagtgcaggctttatcgtctccgggccatggtgattcaaaattctatgctattgttt 27747695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 31341829 - 31341732
Alignment:
Q  238 gaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcat----ctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
    ||||||||| ||||| | || |||||  |||||||||||||||| ||||| |    ||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  31341829 gaccgggttatcttcgaatctgactccactactctagtgcaagctctatcctacgtctccgggtcatggtgattcagaattttatactattgtttcta 31341732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 67
Target Start/End: Original strand, 1070880 - 1070929
Alignment:
Q  18 ctcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatg 67  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  1070880 ctcagtttaggagaaaccgcgcgagacatggttgaactgcaatgtggatg 1070929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 244 - 328
Target Start/End: Original strand, 2615576 - 2615660
Alignment:
Q  244 gttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    ||||||||  | ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||  | |||||||||||||  |||| |||| ||||||||    
T  2615576 gttgtctttcaatccgactcaactactctagtgcgagctctatcgtctttgtgccatggtgattcagaattctatgatattgttt 2615660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 331
Target Start/End: Original strand, 43 - 370
Alignment:
Q  8 aagctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtg 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||   |||||||  |||    
T  43 aagctaacaactcagtttgggagaaactgtgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgtttcatgaccgtcaacatatacnatctttcgcgtg 142  T
Q  108 ttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgat 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  143 ttgttttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatgacaacgagcaaatatgacagtttgggagggggaggcagttgccttactcgat 242  T
Q  208 gcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtg--- 304  Q
    || |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||       
T  243 gccattcactttgctgttgggaatatatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccagaccatggtgatt 342  T
Q  305 -attcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||    
T  343 aattcggaattttatgctattgtttcta 370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 15606321 - 15606000
Alignment:
Q  11 ctaacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttg 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || | ||||||||||||||   ||||||    
T  15606321 ctaacaactcagtttgggagaaaccgcacgagacatggttgaagtgcaatgtggatgccgcatttcacgatcgtaaccatattacatctttttcgtgttg 15606222  T
Q  111 tgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcg 210  Q
    |||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||     
T  15606221 tgttagagactcccatgggcaacttattcgggctcaaacaaaatggcagcgggaaaacatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgcc 15606122  T
Q  211 attcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcga 310  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||      
T  15606121 attcactttgttgatgggaacaaatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagctctatcgtctctaggtcatggtgattcag 15606022  T
Q  311 aattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||   |||||||||||||||||    
T  15606021 aacactatgctattgtttctag 15606000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 28107000 - 28107320
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    |||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| |||||  || | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  28107000 taacatctcagtttgggagaaaccaaacgagacgtggttgaagtgcaacgaggaagccacgttccatgatcgtaaccatcttacatctttcgtgtgttgt 28107099  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |    
T  28107100 gttagagactcccgtggacaatttattcaggctcaaacgaaatggcagcggacagatatgacagttttggagggggaggcagtagccttacttgatgcca 28107199  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    |||||||||    |  ||| |||||||| |  ||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  28107200 ttcactttgcaaatatgaatagatgggatcacgttgtcttcgagtctaactccgctactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcaga 28107299  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| |||| ||||||||||||    
T  28107300 attctatgttattgtttctag 28107320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Original strand, 14680020 - 14680343
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |  | || |||||||||||    ||||||    
T  14680020 taacaactcagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggataccgcgttccatgaccgcaaccacattacatcttttgcatgttgt 14680119  T
Q  112 gttagagactcccgtgg---gcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatg 208  Q
    |||||||||||||| ||   |||||| |||  |||||||| ||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  14680120 gttagagactcccgcggcgggcaatttattatggctcaaatgaaatggcagcgggaaaatatgacagtattggagggggaggcagtagccttactcgagg 14680219  T
Q  209 cgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattc 308  Q
    |  |||||| || || ||  ||||||||| |||| ||||||||  | ||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  14680220 cccttcactctgctgatgcaaacagatggaaccgagttgtctttgattccgactcgtctactctattgcaagctctatcatctccgggcagtggtgattc 14680319  T
Q  309 gaaattttatgctattgtttctag 332  Q
     ||||| | |||||||||||||||    
T  14680320 aaaattctctgctattgtttctag 14680343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15053446 - 15053192
Alignment:
Q  67 gccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaa 166  Q
    ||||||||||||| | || | ||| ||||||||||   ||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||| | ||| || || | ||    
T  15053446 gccgcgtttcatgtcggtaaccatcttacatcttttgcgtgttgtgttagagacttcagtggacaatttattcgggctcaaacaagatgacagcgggtaa 15053347  T
Q  167 atatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagc 266  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| | ||| ||  | ||| | ||| |||  |||||||||| |||||||||||||    
T  15053346 atatgatagtgttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcgccttgctgacgtgaaaaaatgagacaaggttgtcttcgagtccgactcagc 15053247  T
Q  267 tactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgct 321  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  15053246 tactctagtgcaaacgctatcgtcttcgggccatggtgattcggaattctatgct 15053192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 144 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 19691073 - 19690885
Alignment:
Q  144 tcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgg 243  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||| || || ||||||||| |||||     
T  19691073 tcaaacgaaatgacaacggacaaatatgaccgttttggaaggggaggcaatagccttattcgatgtcattcactttgctgatgtgaacagatgtgaccga 19690974  T
Q  244 gttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||| | | |||||||||| | |||| ||||  |||||||||||    
T  19690973 gttgtcttcgagtctgactcagctactttagtgcaagctctatcgtctctgagtcatggtgatttggaattctatgtcattgtttctag 19690885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 29368287 - 29368062
Alignment:
Q  105 gtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactc 204  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29368287 gtgttgtgtttgagactctcgtggacaatttattcg--ctcaaaagaaatggcagcggataaatatgacagttttggagggggaggcaatatccttactc 29368190  T
Q  205 gatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtg 304  Q
    || ||  ||||||||| || ||  || ||||||||||    ||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| |||    
T  29368189 gaggcccttcactttgctgatgctaatagatgggacctaactgttttcgagtccgactcatctactatagtgcaagctctatcgtctccgggtcatagtg 29368090  T
Q  305 attcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  29368089 attcgtaattctatgctattgcttctag 29368062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 128 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 30802201 - 30801997
Alignment:
Q  128 ggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgg 227  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||  | ||     
T  30802201 ggcaatttattcgggcttaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttggtgggggaggcagtagccttactagatgccatttactttgcagatgt 30802102  T
Q  228 gaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtt 327  Q
    ||| | |||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | |||| |||||||||| | | |||| |||| |||||||    
T  30802101 gaaaaaatgggactaggttgtcttcgagtccgattcagctactttagtgcaagctctatcgtttccgagccatggtgacttggaattctatgttattgtt 30802002  T
Q  328 tctag 332  Q
    |||||    
T  30802001 tctag 30801997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 34104542 - 34104475
Alignment:
Q  261 ctcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  34104542 ctcagctactctagtgcaagcgctatcgtctccggaccatggtgattcagaattttatgctattgttt 34104475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 11731975 - 11731675
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||| |||| ||| || ||||||||| |  ||||||||||||| | ||||       
T  11731975 taacaactcagcttgggagaaactgagcgagacgtggtggaagtgcaatgtagatgacgcattccatgactgtaacaatattacatcttttaagtgt--- 11731879  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
                  |||| |||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||   ||||  |||||  |      
T  11731878 --------------tggggaatttatccgggctcaaacaaaatggcagcgggcaaatatgacagttttgga-ggggaggcagcagcct--ctcgagactc 11731796  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || || ||||| || ||| | |||||||||| ||||||||||    | | |||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  11731795 ttcactttgctgatgagaacatataggaacaggttgtcttcgagtccgactctttcaatatagtgcaagctctattgtctccgggccatggtggttcgga 11731696  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
     || ||||||| |||||||||    
T  11731695 gttctatgctactgtttctag 11731675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 332
Target Start/End: Original strand, 27443039 - 27443111
Alignment:
Q  259 gactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27443039 gactcagctactctagtgca-gcgctatcgtctctaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctag 27443111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 88421 - 88737
Alignment:
Q  13 aacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtg 112  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | ||||||||| ||||    |||||||    
T  88421 aacaacacagtttgggagaaaccgagcgagacatggttgaagtgcaatgtggatgctgcgttccatgaccgtaaccatattacaacttttgcatgttgtg 88520  T
Q  113 ttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgat 212  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  |    
T  88521 ttagagactctcgcgggcaatttattcgggctcaaatgaaatggcaatgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggccct 88620  T
Q  213 tcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaa 312  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||  |  |||||||||||  ||    
T  88621 tcactttgttgatgctaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgtctcaagatcatggtgattcagaa 88720  T
Q  313 ttttatgctattgtttc 329  Q
    || ||||||||||||||    
T  88721 ttctatgctattgtttc 88737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34696228 - 34695910
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||  | | ||||||||||||||   ||||||     
T  34696228 taacaactcagtttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgc 34696129  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || |    
T  34696128 gttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggcca 34696031  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  |    
T  34696030 ttcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcaga 34695931  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  34695930 attttatgctattgtttctag 34695910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34718640 - 34718322
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||  | | ||||||||||||||   ||||||     
T  34718640 taacaactcagtttgggagaaactgcgcgagtcgtggttgaagtacaacgtggatgccacattccatgaccataagcatattacatcttttgcgtgttgc 34718541  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || |    
T  34718540 gttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaatcga--tggcagcgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcaaggcca 34718443  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  |    
T  34718442 ttcactttgctgatgtcaatagatgggaacgggttgtcttcgagtccgactccgctactctagtgcaagcgttatcgtctccgggtcatggtgattcaga 34718343  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  34718342 attttatgctattgtttctag 34718322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 12130964 - 12130644
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    ||||||||||  |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || | ||||||  ||||||   |||||||    
T  12130964 taacaactcaatttgggagaaatcgagcgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccccgttccatgaccgtaaccatattctatcttttgggtgttgt 12130865  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| || ||      
T  12130864 gttagagactcccgcgggcaaattattcgggctcaaacgaaatgacagcgagcaaatatgatagtgttggagggggaggcagtagccttacttgaggctc 12130765  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaa 311  Q
    ||||||||| || ||  || |||||| | |||||| ||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||  |    
T  12130764 ttcactttgctgatgcaaatagatggaatcgggttatcttcgagtctgactcatctactctagtccaagctctatcatcttcgggacatggtgattcaga 12130665  T
Q  312 attttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| ||||||||| |||||||    
T  12130664 attctatgctattatttctag 12130644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 44017564 - 44017362
Alignment:
Q  92 ttacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggc 191  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44017564 ttacatctttcgcgtgttgtgttagagactcccgtgggcaatttattcgggctcaaataaaatgacaccgtgcaaatatgacagttttggagggggagac 44017465  T
Q  192 aattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatct 291  Q
    ||   ||||||||||||| |||||| ||| |  || ||||| ||| ||||  ||||||||| |||| ||||| | |||| |||||||||| ||||| |||    
T  44017464 aacaaccttactcgatgccattcacgttgctaatgtgaacatatgagaccaagttgtcttcgagtctgactccgttactttagtgcaagctctatcgtct 44017365  T
Q  292 ccg 294  Q
    |||    
T  44017364 ccg 44017362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 136 - 235
Target Start/End: Original strand, 9709914 - 9710013
Alignment:
Q  136 attcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagat 235  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  9709914 attcaggctcaaacgaaatggcaacgaacaaatatgacagttttggagggggaggcagttgccttactcgatgccattcactttgcggttgggaacagat 9710013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 40 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18345784 - 18345555
Alignment:
Q  40 gagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattc 139  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||  || | |||||||| |||||   ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||     
T  18345784 gagacatggttgaagtgcaatgtggacgcaacgttccatgagcgtaaccatattacttcttttgcgtgttgtgttagagacttccgtgggtaatttattt 18345685  T
Q  140 gggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatggga 239  Q
    |  |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||| || ||  |||||||||||    
T  18345684 gaactcaaacgaaatggtaacggacaaatatgacagtttt-gagggggaggcagtagccttactcgaggcccttcactttgctgatgctaacagatggga 18345586  T
Q  240 ccgggttgtcttcaagtccgactcagctact 270  Q
     ||  |||||||| | ||||||||| |||||    
T  18345585 tcgaattgtcttcgaatccgactcatctact 18345555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 88 - 332
Target Start/End: Original strand, 26198630 - 26198863
Alignment:
Q  88 catattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggaggggg 187  Q
    |||||| |||||||  |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||  |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26198630 catattgcatcttttgtgtgctgtgttagagactcatgtgggcaatttattcgagctcaaataaaatggtagcgaacaaatatgacagttttggaggggg 26198729  T
Q  188 aggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatc 287  Q
    | ||| | ||||| || ||||| ||| |||||| |  || ||||        |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26198730 atgcagtagcctt-cttgatgccatttactttgctaatgtgaac--------ccggg--gtcttcgagtccgactcagctactctagtgcaagctctatc 26198818  T
Q  288 atctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
     ||||  || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  26198819 gtctctaggtcatggtgaattgaaattctatgctattgtttctag 26198863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 215 - 332
Target Start/End: Original strand, 22845600 - 22845717
Alignment:
Q  215 actttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaatt 314  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||||  ||||    
T  22845600 actttgctgatgcgaacagatgggaccgggttgtcttcgagtccaactaatctactctagtgcaagctctatcgtctccagatcatggtgattcagaatt 22845699  T
Q  315 ttatgctattgtttctag 332  Q
     || ||||||||||||||    
T  22845700 ctaggctattgtttctag 22845717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 229 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1418090 - 1417987
Alignment:
Q  229 aacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||  |||| || | ||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  1418090 aacagatgggactgggttgtcttcgagtctgactcatctactctagttcaagctctattgtctctggactatggtgattcagaattctatgctattgttt 1417991  T
Q  329 ctag 332  Q
    ||||    
T  1417990 ctag 1417987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 231 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 13109976 - 13109878
Alignment:
Q  231 cagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttc 329  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||| | |||| || |||||||||||    
T  13109976 cagatgggacatggttgtcttcgagtccgactcttctactctagtggaagctctatcgtcttcgggccatggtgatttggaattataagctattgtttc 13109878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 332
Target Start/End: Original strand, 9710036 - 9710136
Alignment:
Q  232 agatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttcta 331  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||| ||||| ||  |||| |||||| ||||  |||| ||||| ||||||||||    
T  9710036 agatgggaccgggttgtcttcgagtctgactttgatactctagtgcaagctctatcgtcagcgggacatggtaattcataattctatgcaattgtttcta 9710135  T
Q  332 g 332  Q
    |    
T  9710136 g 9710136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 11292157 - 11292073
Alignment:
Q  243 ggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | | | ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||    
T  11292157 ggttgtctttgagtccgactcatctactctagtgcaagctctatcgttttc-ggccatgatgattcaaaattttatgttattgttt 11292073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 324
Target Start/End: Original strand, 14827126 - 14827253
Alignment:
Q  197 ccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccggg 296  Q
    ||||||||||||  |||||||||  || |  ||| ||||| || || ||||||||  | || |||| |||||||||||||||||| ||||| | |  |||    
T  14827126 ccttactcgatgtcattcactttactgatatgaatagatgagatcgagttgtctttgaatctgacttagctactctagtgcaagctctatcgtgtttggg 14827225  T
Q  297 ccatggtgattcgaaattttatgctatt 324  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||    
T  14827226 tcatggtgattcgaaattctatgctatt 14827253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 23853805 - 23854113
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| || |  |||||||||||||   ||||| |||||||||||||    
T  23853805 ttgggagaaaccgaacgagacgtggttgaagtgcgatgtggacgccgcgttccatgaccgtaactatattacatcttttgcgtgttatgttagagactcc 23853904  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||   ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || || |||||||||||||    
T  23853905 cgtgggcaatttattcgggttcaaacgaaatgacagcggaaaaatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgaggccattcactttgttg 23854004  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     ||  |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  23854005 atgctaacagatgagactgagttgtcttcgagtccgactcatcaactctagtgcaagctctatcgtctccgggccatggtgattcagaattctatgctat 23854104  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    |||||||||    
T  23854105 tgtttctag 23854113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 8451437 - 8451129
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||||||    |||||||||||||||||     
T  8451437 ttgggagaaaccgtgcgagacgtggttgaagtgtaatgtggatgccgcgttccatgaccgtaaccattttacatcttttggatgttgtgttagagactct 8451338  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
     |||| ||||| |||||||||||||| ||| || | || |||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| | |||||||| | ||    
T  8451337 tgtggacaatttattcgggctcaaacaaaaaggaagcgggcaaatatgacagtgttggagggggaggcagtagctttactcgattccattcacttcgctg 8451238  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     || |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| |||    
T  8451237 atgtgaacggatgggaccgggttgtcttcgagtctgactcatctactttagtgcaagctttatcgtctccaggtcatggtgattcggaattttatgttat 8451138  T
Q  324 tgtttctag 332  Q
    ||| |||||    
T  8451137 tgtgtctag 8451129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 478370 - 478063
Alignment:
Q  24 ttgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcc 123  Q
    ||||||||||||  | |||| |||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||    | ||| | ||||||||  |||||||||||||||| | |    
T  478370 ttgggagaaaccaagcgagatgtggttgaagtgtaatgtggatgcaacgttccatgaccacaaccatctaacatcttttgtgtgttgtgttagagatttc 478271  T
Q  124 cgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttg 223  Q
    | ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |     
T  478270 catggtcaatttatccgggctcaaacaaaatggcaacgggcaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgatgccattcactttgcta 478171  T
Q  224 ttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctat 323  Q
     || ||| ||||||||||||||| ||||| | || |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||  |||||||| |||    
T  478170 atgtgaatagatgggaccgggttatcttcgaatctgactctactactctagtgcaagctctatcgtctccgggttatggtgattcggtattttatgatat 478071  T
Q  324 tgtttcta 331  Q
    ||||||||    
T  478070 tgtttcta 478063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Original strand, 7127084 - 7127379
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgt 111  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || | | | ||||||| |     ||||||    
T  7127084 taacaacttagtttgggagaagccgagcgagacatggttgaagtggaatgtggatgccgcgttccatgaacgtaaccgtcttacatcctctgcatgttgt 7127183  T
Q  112 gttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcga 211  Q
    ||||||||||| || ||| |||| ||||| || |||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |    
T  7127184 gttagagactctcgggggaaatttattcgtgcacaaatgaaatggaaacgggcaaatatgaaagttttggagggggaggtagtagccttactcgatgcta 7127283  T
Q  212 ttcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgatt 307  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||| |||| ||||  |||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  7127284 ttcactttgctgatgtgaacagatgggaccgggttgccttcgagtctgactatgctactttagtgcaagctctttcgtctccgggccatggtgatt 7127379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 328
Target Start/End: Original strand, 13414913 - 13415200
Alignment:
Q  41 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatgactgtcaacatattacatctttcatgtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||  || | ||||||||| ||||  |||||| | |||||||||  || |||||||| |||||    
T  13414913 agacgtggttgaagtgcaatgtggatgtcgtgttccatgaacgtaaccatattacaacttttgtgtgtttttttagagactttcgcgggcaatttattcg 13415012  T
Q  141 ggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggac 240  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  |||  ||||  | ||  |||||||||||     
T  13415013 ggctcaaacgaaatggcagcggacaaatatgacagttttggagggggaggcagtagccttactcgaggcccttccttttgcggatgcaaacagatgggat 13415112  T
Q  241 cgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgttt 328  Q
    || ||||||||  ||||||| ||  |||||||||||||||   |||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13415113 cgagttgtctttgagtccgattcttctactctagtgcaaggtatatcgtccccgggccatggtgattctgaattttatgctattgttt 13415200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 107 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 185820 - 185597
Alignment:
Q  107 gttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcga 206  Q
    ||||||| ||||||||| | ||| |||| ||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||    
T  185820 gttgtgtaagagactcc-gagggaaatttatctgggctcaaacgaaatggaaacgggcaaatatgacagttttggagggg-aggaagtagccttactcga 185723  T
Q  207 tgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgat 306  Q
    | | ||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||    
T  185722 tactattcactttgttgatgtgaatagatggaaccgggttgtctacgagtctgactctgctactttagtgcaagctctttcgtctccggaccatggtgat 185623  T
Q  307 tcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||  |||| |||||||||||||||||    
T  185622 tcagaattctatgctattgtttctag 185597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 128 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 40588940 - 40588740
Alignment:
Q  128 ggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgg 227  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||  |||  ||||  | ||     
T  40588940 ggcaatttattcgggctcaaacgaaatggcagcgggcaaatataacagttttggagggggaggcagtagccgtactcgaggcccttcgttttgcggatgc 40588841  T
Q  228 gaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtt 327  Q
     |||||||| ||||||||||||||  |||| || ||| ||||||||||| || | ||||| || |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||    
T  40588840 aaacagatgagaccgggttgtctttgagtctgattcatctactctagtgtaaactctatcgtccccgggccatgatgattctgaattctatgctattgtt 40588741  T
Q  328 t 328  Q
    |    
T  40588740 t 40588740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 238 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 598337 - 598243
Alignment:
Q  238 gaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||| | || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  598337 gaccgggttgtcttcaagtcggacttagctactctagtgcaagctctatcgtcttcaggtcatggtgattcgaagttctatgctattgtttctag 598243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 12 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 40589041 - 40588973
Alignment:
Q  12 taacaactcagattgggagaaaccgcgtgagacgtggttgaagtgcaatgtggatgccgcgtttcatga 80  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  40589041 taacaactcagtttgggagaaaccgagtgagacgtggttgaagtgcaacgtggatgccgcgttccatga 40588973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 33642859 - 33642770
Alignment:
Q  243 ggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||||  ||| ||||||||||||    
T  33642859 ggttgtcttcaagtccaactcatctactctaatgcaagctctgtcgtctccgggccatggtgattcagaattcaatgatattgtttctag 33642770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 332
Target Start/End: Original strand, 37712033 - 37712254
Alignment:
Q  105 gtgttgtgttagagactcccgtgggcaattcattcgggctcaaacgaaatggcaacgagcaaatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactc 204  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| | ||| |||||||||| || || | ||||||||||||||| || ||||||| | | || |||       
T  37712033 gtgttgtgttagaaactcgtgtgggcaatttatttgagctaaaacgaaatgacagcgggaaaatatgacagtttt-gaaggggaggtagtagcttta--- 37712128  T
Q  205 gatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtg 304  Q
     |||| ||||||||||||| || ||||||||| || | |||| ||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| ||||  ||| | || |||||||    
T  37712129 -atgccattcactttgttgatgtgaacagatgagatcaggttatcttctagtttgaccctgctactctagtgtaagctctattgtcttc-ggacatggtg 37712226  T
Q  305 attcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||  |||  |||||||||||||||||    
T  37712227 attcagaatactatgctattgtttctag 37712254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 203 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3606874 - 3606745
Alignment:
Q  203 tcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatgg 302  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| || |||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||| | ||| |||| ||| | ||||| |||| ||| |||||    
T  3606874 tcgatgccattcaatttcttgatgtgaacagatggaaccaagttgttttcaagtccgactcaacaactttagtacaaactctatcgtctcagggtcatgg 3606775  T
Q  303 tgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||| | | |||| |||||||||||||||||    
T  3606774 tgacttggaattctatgctattgtttctag 3606745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 219 - 332
Target Start/End: Original strand, 11870332 - 11870445
Alignment:
Q  219 tgttgttgggaacagatgggaccgggttgtcttcaagtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttat 318  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || ||  | || |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |||| | |||||||||||||| | || |||    
T  11870332 tgttgatgggaacagatgagactggatttccatcgagtctgactcagctactcttgtgcaagctctattgtctcggagccatggtgattcggatttctat 11870431  T
Q  319 gctattgtttctag 332  Q
    ||||||||||||||    
T  11870432 gctattgtttctag 11870445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 251
Target Start/End: Original strand, 9496797 - 9496881
Alignment:
Q  166 aatatgacagttttggagggggaggcaattgccttactcgatgcgattcactttgttgttgggaacagatgggaccgggttgtctt 251  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||  ||||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||||||    
T  9496797 aatatgacagttttggagggtgaggcagtagccttacttgatgacattcactttgttgatgtgaac-tatgggaccgtgttgtctt 9496881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 254 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 348 - 270
Alignment:
Q  254 agtccgactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  348 agtccgactcatctactctagtgcaagctctatcatctccaggtcatggtaattcagaattctatgctattgtttctag 270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 259 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 44322 - 44250
Alignment:
Q  259 gactcagctactctagtgcaagcgctatcatctccgggccatggtgattcgaaattttatgctattgtttctag 332  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  44322 gactcagctactctagtgca-gcgctatcgtctctaggccatggtgattcagaattttatgctattgtttctag 44250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University