View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4658-Insertion-2 (Length: 1010)

Name: NF4658-Insertion-2
Description: NF4658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4658-Insertion-2
NF4658-Insertion-2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-1010)||(16422727-16423721)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1010
Target Start/End: Complemental strand, 16423721 - 16422727
Alignment:
Q  8 aatctcataatggaatgagcatatgaaagtaaacaatgaattattaaactaaccatataattaaatttttgaactaaccatatacacacttattggcgat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16423721 aatctcataatggaatgagcatatgaaagtaaacaatgaattattaaactaaccatataattaaatttttgaactaaccatatacacacttattggtgat 16423622  T
Q  108 gcagtttaccgcatgaatggcctaaatcttttgctctaatcaattcaataccaatagatactaaaattaagggcaacaacccatatatatgtatcaccca 207  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  16423621 gcagtttaccacatgaatgccctaaatcttctgctctaatcaattcaataacagtagatactaaaattaagggcaacaacccatatatatgtatcccaca 16423522  T
Q  208 agattggtttagaatatcattttttgtattataacaatgatagtacattatcatacatattaatgcttaatcaatgaaggtctagttcttcgttaaccgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16423521 agattggtttagaatatcattttttgtattataacaatgacggtatattatcatgcatattaatgcttaatcaatgaaggtctagttcttcattaaccgt 16423422  T
Q  308 attgaataacatttggttgggcattgaatgtagnnnnnnnaacttgtgcatgcaccatttcatatatacttaaataaaaatgattcttggaaatcatttt 407  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  16423421 attgaataacatttggttgagcattgaatgtagtttttttaacttgtgcatgcaccatttgatatatacttaaataaaaatgattatgggtaatcatttt 16423322  T
Q  408 ttaatagttttctaatgttaggaaagccataacacgcaaacacaaagagcaatgcttcaattttaggacagacctttgaaagttgccaaaagacttcatc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16423321 ttaatagttttctaatgttaggaaagccataacacgcaaacacaaag-gcaatgcttcaattttaggacagaccattgaaagttgccaaaagacttcatc 16423223  T
Q  508 attaataaggatttaaaaggaatatgatgaaagtaccattcattaatttgtttaacctttgcatgtaccacttcaaatgcagtgaaggaaaaaggatttc 607  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16423222 attaataaggatttcaaaggaatatgatgaaagtaccattcattaatttgtttaacctttgcatgtaccacttcaaatgcagtgaaggaaaaatgatttc 16423123  T
Q  608 ttattatcattttttaatgttttcccaatgcttagaaagccatatctcttgcaaaataaaaaaggacattgattcaattttaggaaagacagtttaaagt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16423122 ttattatcattttttaatgttttcccaatgcttagaaagccata--tcttgcaaaat-aaaaaggacattgattcaattttaggaaagacagtttaaagt 16423026  T
Q  708 tggcacaacacttctacattaataaggacttgacaagactttcatgaaattagttgacatttgcatcagcaagattacacattagaaactaacatgacat 807  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16423025 tggcacaacaattctacattaataaggacttgacaagactttcatgaaattagttgacatttgcatcagcaaaattacacattagaaactaacatgacat 16422926  T
Q  808 aatcattacacataggtaacatattaccactgatatgatatcattctt-aaaataataatataacatagcatctagaagtcatgacaaaaaagttgaaac 906  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16422925 aaccattacacataggtaacatattaccactgatatgatatcattcttaaaaataataatataacatagcatctagaagtcatgac-aaaaagttgaaac 16422827  T
Q  907 aaaatgcacatgaatcacctttcttaaaataatatttcatatcataataatataaaaacaactaacaacgacgccaaaacataacacgtgcaactgaaga 1006  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  16422826 aaaatgcacatgaatcacc-ttcttaaaataata-ttcatatcataataatat-aaaacaact-acaacgacaccaaaacataacacatgcaactgaaga 16422731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University