View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4658-Insertion-3 (Length: 960)

Name: NF4658-Insertion-3
Description: NF4658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4658-Insertion-3
NF4658-Insertion-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-953)||(110362-111304)
chr3 (348-544)||(48772248-48772453)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-953)||(20646562-20647507)
chr6 (327-544)||(19328898-19329124)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (114-544)||(63559-63991)
chr8 (392-544)||(22638868-22639028)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (348-544)||(16080145-16080351)
[»] scaffold0072 (1 HSPs)
scaffold0072 (782-843)||(1415-1476)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (386-544)||(44886051-44886218)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 871; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 871; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 953
Target Start/End: Original strand, 110362 - 111304
Alignment:
Q  7 acaaagtcttatcaattctttgcaactctattctactggtttttcttagttatacagttatttacgtagaatatttttcttgtttataacatgtggcgtg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110362 acaaagtcttatcaattctttgcaactctattctactggtttttcttagttatacagttatttaagtagaatatttttcttgtttataacatgtggcgtg 110461  T
Q  107 attgttattctgtgcaagtataatacacatttataatggcatattatgtggtttttattttctctcttttcaagtgaatccgctattttaattatagata 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  110462 attgttattctgtgcaagtataatacacatttataatggcatattatgtggtttttattttctctcttttcaagtgaaaccgctattttaattatagata 110561  T
Q  207 tgttggtaggtaagaattctgatgtaatcacacttttacataacaggattgtgtgtgctgctagcagatcaagagatgacagatatgcatgaaaatacca 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110562 tgttggtaggtaacaattctgatgtcatcacactttcacataacaggattgtgtgtgctgctagcagatcaagagatgacagatatgcatgaaaatacca 110661  T
Q  307 ctatgcctggctgtgacgacgatatccttgaaagtgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaagg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110662 ctatgcctggctgtgacgacgatatccttgaaagtgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaagg 110761  T
Q  407 aatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatgggtaaatcaagaacaaatggt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110762 aatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatgggtaaatcaagaacaaatggt 110861  T
Q  507 atggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggagggattgttacaactgtgcacaggaaattatcggagaataatagcgattttcaacaagatcacag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110862 atggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggagggattgttacaactgtgcgcaggaaattatcggagaataatagcgattttcaacaagatcacag 110961  T
Q  607 tcatgatgcaatggaagttacctcacattggctacttggcttttctttagattataggatatcctattattgttttttagcttattttaatatttgtagt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110962 tcatgatgcaatggaagttacctcacattggctacttggcttttctttagattataggatatcctattattgttttttagcttattttaatatttgtagt 111061  T
Q  707 caatccaatgatactttgtacttatttaagatttatatgtaactctaaaacacttgttctggttttcaaatttgtttccatcaatggatttggtttcata 806  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111062 caatctaatgatactttgtacttatttaagatttatatgtaactctaaaacacttgttctggttttcaaatttgtttccatcaatggatttggtttcata 111161  T
Q  807 taaatcttaattttatgttattcttgaattgttatgatagtggattattttgtgtctttatgtggtggtgatgcttataattccttcggtgatgcaagtg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111162 taaatcttaattttatgttattcttgaatagttatgacagtggattattttgtgtctttatgtggtgatgatgcttataattccttcggtgatgcaagtg 111261  T
Q  907 ttcttgtaaaaatctgggaagatttataagggagcggctgtttggtg 953  Q
    || |||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  111262 tttttgt-aaaatctggg-aga-ttataa-ggagcggctgtttggtg 111304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 348 - 544
Target Start/End: Original strand, 48772248 - 48772453
Alignment:
Q  348 gatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||     
T  48772248 gatgcagatcctctcaatgatagactaccattggagctccccttagatccctttgaaggaatgaagtttacatcaattgaagatgtaaagaaatactaca 48772347  T
Q  448 taagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatggg---------taaatcaagaacaaatggtatggtaattggtcaagagattgtttgttcaaa 538  Q
     ||| || || | || |||||||||||||||||| |||||         ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  48772348 caaggtacgcgaggaataaaggttttagctttcgtatgggtcgtgttactaaatcaagaacggatggtagggtaattggtcaagagattctttgtttaaa 48772447  T
Q  539 ggaggg 544  Q
    ||||||    
T  48772448 ggaggg 48772453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 953
Target Start/End: Complemental strand, 20647507 - 20646562
Alignment:
Q  7 acaaagtcttatcaattctttgcaactctattctactggtttttcttagttatacagttatttacgtagaatatttttcttgtt------tataacatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||      ||||||||||    
T  20647507 acaaagtcttatcaattctttgaaactctattctactggtttttcttagttat--------ttaagtagaatatttttcttgttgatatttataacatgt 20647416  T
Q  101 ggcgtgattgttattctgtgcaagtataatacacatttataatggcatattatgtggtttttattttctctcttttcaagtgaatccgctattttaatta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20647415 ggcgtgattgttattctgtgcaagtataatacacatttataatggcatattatgtggtttttattttctctcttttcaagtgaaaccgctattttaatta 20647316  T
Q  201 tagatatgttggtaggtaagaattctgatgtaatcacacttttacataacaggattgtgtgtgctgctagcagatcaagagatgacagatatgcatgaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20647315 tagatatgttggtaggtaagaattctgatgtcattacacttttacataacatgattgtgtgtactgctagtagatcaagagatgacagatatgcatgaaa 20647216  T
Q  301 ataccactatgcctggctgtgacgacgatatccttgaaagtgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20647215 ataccactatgcctggctgtgacgacaatatccttgaaattgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctt 20647116  T
Q  401 tgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaag-----gttttagctttcgcatgggtaaatcaa 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  20647115 tgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtatagtataggttttagctttcgcatgggtaaatcaa 20647016  T
Q  496 gaacaaatggtatggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggagggattgttacaactgtgcacaggaaattatcggagaataatagcgattttcaa 595  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20647015 gaacaaatggtatgataattggtcaagagattgtttgttcaaaggagggattgttacaactgtgcgcaggaaattatcggaaaataatagcgattttcaa 20646916  T
Q  596 caagatcacagtcatgatgcaatggaagttacctcacattggctacttggcttttctttagattataggatatcctattattgttttttagcttatttta 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20646915 caagatcacagtcatgatgcaatggaagttacctcacattggctacttggcttttctttagattataggatatcctattattgttttttagcttatttta 20646816  T
Q  696 atatttgtagtcaatccaatgatactttgtacttatttaagatttatatgtaactctaaaacacttgttctggttttcaaatttgtttccatcaatggat 795  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20646815 atatttgtagtcaatctaatgatactttgtacttatttaagatttatatgtaactctaaaacgcttgttctggttttcaaatttgtttccatcaatggat 20646716  T
Q  796 ttggtttcatataaatcttaattttatgttattcttgaattgttatgatagtggattattttgtgtctttatgtggtggtgatgcttataattccttcgg 895  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20646715 ttggtttcatataaatcttaattttatgttattcttgaatagttatgacagtggattattttgtgtctttatgtggtgatgatgcttataattccttcgg 20646616  T
Q  896 tgatgcaagtgttcttgtaaaaatctgggaagatttataagggagcggctgtttggtg 953  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20646615 tgatgcaagtgtttttgt-aaaatctggg-aga-ttataa-ggagcggctgtttggtg 20646562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 327 - 544
Target Start/End: Original strand, 19328898 - 19329124
Alignment:
Q  327 gatatccttgaaagtgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaaggaatggactttgcatcaattg 426  Q
    ||||| ||||||| |||| | |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  19328898 gatatacttgaaaatgctattgatgcatattctctcaatgatagactaccatcatagctccccttagggccctttgaaggaattgagtttgtatcaattg 19328997  T
Q  427 aagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatggg---------taaatcaagaacaaatggtatggtaattgg 517  Q
    ||||| ||||| |||||||   ||| |||||   ||  ||||||||||| || || |||||         |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19328998 aagatttaaaggattactataaaaggtatgcggggaacaaaggttttagtttccgtatgggttgtgttactaaatcaagaacgaatggtatggtaattgg 19329097  T
Q  518 tcaagagattgtttgttcaaaggaggg 544  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||    
T  19329098 tcaagagattctttgttcaaaggaggg 19329124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 1e-59; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 114 - 544
Target Start/End: Original strand, 63559 - 63991
Alignment:
Q  114 ttctgtgcaagtataatacacatttataatggcatattat-gtgg-tttttattttctctcttttcaagtgaatccgctattttaattatagatatgttg 211  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||| || | |||||||||| |  ||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  63559 ttctgtgcaagtataataagcctttataatagcatattatagtagatttttattttgttgcttttcaagtgaaaccactattttacttatatatatgttg 63658  T
Q  212 gtaggtaagaattctgatgtaatcacacttttacataacaggattgtgtgtgctgctagca--gatcaagagatgacagatatgcatgaaaataccacta 309  Q
    |||  |        |||| | ||||||| | ||||||||||||||||  ||||| | |  |  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||      
T  63659 gtatat--------tgatttcatcacacatgtacataacaggattgtaggtgctacaatgactgatcaagaaatgacagatatgcatgaacataccacag 63750  T
Q  310 tgcctggctgtgacgacgatatccttgaaagtgctctcgatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaaggaat 409  Q
    ||  |||||  || || |   | |||| || || | ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  63751 tgaatggctcagatgatg---tacttgcaaatgttatcgatgcagattctctcaatgatagaccaccatcagagctccccttagagccctttgaaggaat 63847  T
Q  410 ggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatggg---------taaatcaagaaca 500  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||||||         ||||||||||||     
T  63848 ggagtttgcatcaattgaagatgtaaaggattactacgtaaggtacgccaagaaaaaaggttttagttttcgcatgggtcgggttactaaatcaagaacg 63947  T
Q  501 aatggtatggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggaggg 544  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  63948 aatggtattgtgattggtcaagaaattctttgttcaaaggaggg 63991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 392 - 544
Target Start/End: Original strand, 22638868 - 22639028
Alignment:
Q  392 agagccctttgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatggg---- 487  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||| ||||||||   ||| ||||| | ||  |||||||||||||||||| ||||        
T  22638868 agagccgtatgaaggaatggattttgcatcattcgaagatgcaaaaaattactatacaagttatgcaaggaagaaaggttttagctttcgcttgggcgta 22638967  T
Q  488 ----taaatcaagaacaaatggtatggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggaggg 544  Q
        ||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22638968 ttattaaatcaagaacaaatggattgataattggtcaggagattctttgttcaaaggaggg 22639028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 348 - 544
Target Start/End: Original strand, 16080145 - 16080351
Alignment:
Q  348 gatgcagatcctctcaatgatagactatcatcagagatcccctcagagccctttgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  |||| | ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||     
T  16080145 gatgcagatcctctcaatgatagactaccattggaactcccattagagccctttgaatgaatggagtttacatcaattgaagatgtaaagaaatactaca 16080244  T
Q  448 taagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatggg---------taaatcaagaacaaatggtatggt-aattggtcaagagattgtttgttcaa 537  Q
     ||| || || | || |||||||||||||||||| |||||         ||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  16080245 caaggtacgcgaggaataaaggttttagctttcgtatgggtcgtgttactaaatcaagaacggatggtagggtaaattggtcaagagattctttgttcta 16080344  T
Q  538 aggaggg 544  Q
    |||||||    
T  16080345 aggaggg 16080351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0072 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0072
Description:

Target: scaffold0072; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 782 - 843
Target Start/End: Original strand, 1415 - 1476
Alignment:
Q  782 ttccatcaatggatttggtttcatataaatcttaattttatgttattcttgaattgttatga 843  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  1415 ttccatcaatggatttggtttcatgtaaatcttaattttcttttattcttcaatagttatga 1476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 386 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 44886218 - 44886051
Alignment:
Q  386 cccctcagagccctttgaaggaatggactttgcatcaattgaagatgtaaagaattactacgtaagatatgccaagagtaaaggttttagctttcgcatg 485  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| |||  |||| ||||||| | ||||| |||||||  ||| || ||  |||  ||||||||||| || ||||||    
T  44886218 ccccttagagcccattgaaggaatggagtttaaatcatttgaagaggcaaagagttactacacaaggtacgctcagaacaaaggttttagtttccgcatg 44886119  T
Q  486 gg---------taaatcaagaacaaatggtatggtaattggtcaagagattgtttgttcaaaggaggg 544  Q
    ||         ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  44886118 ggccgtgttactaagtcaagaacaaacggtatgataattggtcaagaaattctttgttcaaaggaggg 44886051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University