View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4669-Insertion-1 (Length: 1080)

Name: NF4669-Insertion-1
Description: NF4669
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4669-Insertion-1
NF4669-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-1080)||(2259208-2260285)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 809; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 809; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1080
Target Start/End: Original strand, 2259208 - 2260285
Alignment:
Q  8 atattttccttcatggaatggtttaatatttgcagtgagagaaattgatggaactcttgtttggaaaaagaatttgacaaaattaactggtctagattca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2259208 atattttccttcatggaatggtttaatatttgcagtgagagaaattgatggaactcttgtttggaaaaagaatttgacaaaattaactggtctagattca 2259307  T
Q  108 ataggttttattgcaaatgttaattggacagtggctagggcaacaccaactatagcagttgatgaggatcttgtgattgtgggaatatatggaccagctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2259308 ataggttttattgcaaatgttaattggacagtggctagggcaacaccaactatagcagttgatgaggatcttgtgattgtgggaatatatggaccagctg 2259407  T
Q  208 ttgttattgctgtgaatagatcaactggtgatttaatttggcagactcgtttggatagcaacgatgctggtgttgtcactatgtctggtacatattacaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2259408 ttgttattgctgtgaatagatcaactggtgatttaatttggcagactcgtttggatagcaatgatgctggtgttgtcactatgtctggtacatattacaa 2259507  T
Q  308 agggttagtatatttttccttcttcacttaattttcatttcggattaacgtggttaataagcattcagttaaactaaaatcgtttgaaaaaatcgagttt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  2259508 agggttagtatatttttccttcttcacttaattttcatttcggattaacgtggttaataagcattcagttgaagtaaaatcgtttgaaaaaatcgagttt 2259607  T
Q  408 gaattgtaggagaaacaattattaatcatgttttacttatcttctaaccaaacttcaaactatcaagatcacctttccacgggagtccaaggtttaagaa 507  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2259608 gaatcgtaggagaattaattattaatcatgttttacttatcttctaaccaaacttcaaattatcaagatcacctttccacggtagtccaaggtttaagaa 2259707  T
Q  508 agaataaaaaggccaaatcgtcaacaaaagtttgtaatctaacttaggttaaacaagacttattttataggctaaggcggtgtcaatattttcgataaaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2259708 agaataaaaaggccaaatcgtcaacaaaagtttgtaaactaacttaggttaaacaagacttattttataggctaaggcggtgtcaatattttcgat-aaa 2259806  T
Q  608 aatcgatttgactacatcaagactttttaaaatttatggttaaaacaaacaagtcgaattacaccttcaaaaaggccatacatacgtgacctaaataaga 707  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2259807 aatcaatttgattacatcaagactttttaaaatttatggctaaaacaaacaagtctaattacaccttcaaaaaggtcatacatacgtgacctaaataaga 2259906  T
Q  708 atatgataggtaatatacaaga----nnnnnnnnnnnnnnnacaaaccattcctaatttagttaaggagttaaagatttatttaattttcacaaaggagt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  2259907 atatgataggtaatatacaagacttctatttttttttttttacaaaccattcctaatttagttaaggagttaaagatttatttatttttcacaaacgagt 2260006  T
Q  804 taaatgtttagagtttaaattatgcaaaagaagaaaatattatcgtacaacgtaactaaaaattatcattgattatatttgatgatattttacacataga 903  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |    
T  2260007 taaatgtttagagttcaaattatgccaaagaagaaaatattatcgtac-----aactaaaaattatccttgattatgtttgatgacattttacacataaa 2260101  T
Q  904 agcgaatataagttggttcaagttagacttcgc-aataaatctctatt-aaaaattc-aga-ccaaatatgtccactacttgccatatgtttactttata 999  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||   | |||||||||||||||||||||    
T  2260102 agcaaatataagttggttcaagttagacttcgcaaataaatctctattaaaaaattcaagacccaaatatgtcc---aattgccatatgtttactttata 2260198  T
Q  1000 tagg-ttgagctttttattggtgtg--cttttagaagtgtg-aatgatctattagcctcct--agaaaacagataaataagtttcta 1080  Q
    |||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  2260199 taggtttgagctttttattggtgtggctttttagaagtgtgaaatgatctattagcctccttaagaaaacagctaaataagtttcta 2260285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University