View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4675-Insertion-3 (Length: 967)

Name: NF4675-Insertion-3
Description: NF4675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4675-Insertion-3
NF4675-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-967)||(41284127-41285089)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 916; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 916; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 41285089 - 41284127
Alignment:
Q  8 acattgacaaatgagcatcatgaactaaacatcctggcatacgatacgataaaggtgcaggtgactatatgctatgaccacttaatttgttttataacat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41285089 acattgacaaatgagcatcatgaactaaacatcctggcatacgatacgataaaggtgcaggtgactatatgctatgaccacttaatttgttttataacat 41284990  T
Q  108 gctacaagtaaaaatttctctgaagctttatcttgcatgcatggggaagaccaaacagtctcattgataagatgagggatttatttttgttaggtatctc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284989 gctacaagtaaaaatttctctgaagctttatcttgcatgcatggggaagaccaaacagtctcattgataagatgagggatttatttttgttaggtatctc 41284890  T
Q  208 agaatcacttttatctgttccttcttatcagagtacaatccattcaactgacaagagagtccaaaatcatgatcagcctaggtgtaaatcacacaacaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284889 agaatcacttttatctgttccttcttatcagagtacaatccattcaactgacaagagagtccaaaatcatgatcagcctaggtgtaaatcacacaacaga 41284790  T
Q  308 tatgaaggaagaaaaagaaaacagaagtattctctctggttatttcccacaaaataggaggtgacaataaatagtgccatctaccaggcaaagcatgaag 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284789 tatgaaggaagaaaaagaaaacagaagtattctctctggttatttcccacaaaataggaggtggcaataaatagtgccatctaccaggcaaagcatgaag 41284690  T
Q  408 acattgagtctaaaactagtttcacacaaaggtttgcgcagctattctttctaccagag-ttgacagaaggcttaaatactgataatcatagaggaatca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284689 acattgagtctaaaactagtttcacacaaaggtttgcgcatctattctttctaccagagtttgacagaaggcttaaatactgataatcatagaggaatca 41284590  T
Q  507 tatagagacgatcgtgagaaggttaaaaggtgacacaccatgtatatagtctgccgtttcctccactgtggaaaaatatcatcttcaagtatgctcaact 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284589 tatagagacgatcgtgagaaggttaaaaggtgacacaccatgtatatagtctgccgtttcctccactgtggaaaaatatcatcttcaagtatgctcaact 41284490  T
Q  607 gatgcagatgtaattcgtaattgtcttgtccggtcttgctctccgttcctcttccagaaagcccttctccaccaaacttcaaaccctctttgaatatttg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284489 gatgcagatgtaattcgtaattgtcttgtccggtcttgctctccgttcctcttccagaaagcccttctccaccaaacttcaaaccctctttgaatatttg 41284390  T
Q  707 ggcaatcttcaccggaattcaagaagcgattaaaccaagcaagcaaaatttcctgttgccaggagagtggtaaggtgagaattgtgttactaagaccatc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284389 ggcaatcttcaccggaattcaagaagcgattaaaccaagcaagcaaaatttcctgttgccaggagagtggtaaggtgagaattgtgttactaagaccatc 41284290  T
Q  807 ctcaattatatgcctatcaaggcccttggatgctctcctcatccaaccaaaatcatcataaaatgggaacaagccacgttttgagaagtaaacacctagc 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41284289 ctcaattatatgcctatcaaggcccttggatgctctcctcatccaaccaaaatcatcataaaat-ggaacaagccacgttttgagaagtaaacacctagc 41284191  T
Q  907 ctctttagtagccaacaattgtccc-ttccaat-ccaacaaac-acctagcggtaactctgcta 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41284190 ctctttagtagccaacaattgtccctttccaatcccaacaaacaacctagcggtaactctgcta 41284127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University