View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4679_high_2 (Length: 663)

Name: NF4679_high_2
Description: NF4679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4679_high_2
NF4679_high_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-646)||(24811636-24812271)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 24812271 - 24811636
Alignment:
Q  11 caaaggaaactacatggaatcgcgtccaatatgatgcgattagataagcttaagttccatttcatgaatgatatacaaaatgtcatgatccaaactttga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24812271 caaaggaaactacatggaatcgcgtccaatatgatgcgattagataagcttaagttccatttcatgaatgatatacaaaatgtcatgatccaaactttga 24812172  T
Q  111 gcaatttcaaaaaccaacaagtaattcttctccaagatgtttgtagaaaggtaacgatccatttactttctaacaacatttttattttcaattatgagaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24812171 gcaatttcaaaaaccaacaagtaattcttctccaagatgtttgtagaaaggtaacgatccatttactttctaacaacattttcattttcaattatgagaa 24812072  T
Q  211 atttatcgcggaacatgatttaatgcaggtagctataaatttaatggttaatcaactattaggggtttcaagtgagtctcaagtcaatgaaatggctcag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24812071 atttatcgcggaacatgatttaatgcaggtagctataaatttaatggttaatcaactattaggggtttcaagtgagtctcaagtcaatgaaatggctcag 24811972  T
Q  311 ttgttttccgatttcgttgatggctgtctatccgttccgatcaacatccctggatcttcataccacactgctatgaaggtacgatgagtaaacttttaga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24811971 ttgttttccgatttcgttgatggctgtctatctgttccgatcaacatccctggctcttcataccacactgctatgaaggtacgatgagtaaacttttaga 24811872  T
Q  411 ccaaagatatataaagagaatagaattgcaaaaagaaaataaaagagcgttaagaagttggtannnnnnnagctacataacgttgaactacatttcaaag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24811871 ccaaagatatataaagagaatagaattgcaaaaagaaaacaaaagagcgttaagaagttggtatttttttagctacataacgttgaactacatttcaaag 24811772  T
Q  511 aaattagtttattgttctcatgatcatatccttcaagaaccatcttatatgaagtacttgaaatggtacatttcaaataatactgctagccataattagg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24811771 aaattagtttattgttctcatgatcatatccttcaagaaccatcttatatgaagtacttgaaatggtacatttcaaataatactgctagccgtaattagg 24811672  T
Q  611 tgcaaatttttctcgtctggtttattgattgttatg 646  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24811671 cgcaaatttttctcgtctggtttattgattgttatg 24811636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University