View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4681-Insertion-1 (Length: 791)

Name: NF4681-Insertion-1
Description: NF4681
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4681-Insertion-1
NF4681-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-791)||(11261737-11262496)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 11262496 - 11261737
Alignment:
Q  16 ttaccccacaaaaaagaattcatgannnnnnncctattccatcccctaatgaagaagggactaaaatgatacttatgaagtaaggttgaatagcttgaag 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11262496 ttaccccaccaaaaagaattcatgattttttacctattacatcccctaatgaagaagggactaaaatgatacttatgaagtaaggttgaatagcttgaag 11262397  T
Q  116 cacggacttgatcattacctctttactcgctttggataatgagcgaccacctcacgaattaatcttcctctacacgtgatccttgttgaatttggacttg 215  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11262396 cacggacttaatcattacctctttactcgctttggataatgagcgaccacctcacgaattaatcttcctctacacgtgatccttgttgaatttggacttg 11262297  T
Q  216 tcattcttactcttacatatcaaagatgggagacccaagtacttgtcaatgtccaatgcattattaaattggaaaatattttctacatttgatctaacct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11262296 tcattcttactcttacatatcaaagatgggagacccaagtacttgtcaatgaccattgcattattaacttggaaaatattttctacatttgatctaacct 11262197  T
Q  316 ccatgaagaagatctcgaatttttgaaagtttacttgttgacccaatgcttcttcatagatagataacatatgcttcaaattagtctcttttctaatagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                |||||||    
T  11262196 ccatgaagaagatctcgaatttttgaaagtttacttgttgacccaatgcttcttcatagatagataacatacgcttc----------------taatagt 11262113  T
Q  416 ggtcgtgcaaaacaaaaagagtcatcggcaaataaaagatgtgtgaatctttgtgccccctacacacccgaatatcatgcaagtttttcctcccttccgc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11262112 ggtcgtgcaaaacaaaaagagtcattggcaaataaaagatgtgtgaatctttgtgccccctacacacccgaatatcatgcaagtttttcctcccttccgc 11262013  T
Q  516 cttatcaataagagtagtcaatcgttgtgcacacaaaataaacaagtataacccttgtctaagatccctcctcagagtgactggtcctttcggctcttgg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11262012 cttatcaataagagtagtcaatcattgtgcacacaaaataaataagtataacccttgtctaagatccctcctcagagtgactggtcctttcggctcctgg 11261913  T
Q  616 ttaaccaacactttgtacttcatcgactctacacacatcataatacaccttacccattttccattaaatctcaacctcatcataaccccttaggatagcc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11261912 ttaaccaacactttgtacttcattgactctacacacatcataatacaccttacccattttccattaaatctcaacctcatcataaccccttaggatagcc 11261813  T
Q  716 tccaatcaattctatcacacgccttactcatatcaattttgagggtcatgtatcatactcttccactagtcttact 791  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11261812 tccaatcaattctatcacacgccctactcatatcaattttgagggtcatgtatcatactcttccactagtcttact 11261737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University