View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4685-Insertion-5 (Length: 659)

Name: NF4685-Insertion-5
Description: NF4685
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4685-Insertion-5
NF4685-Insertion-5
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (6-659)||(15357728-15358381)
chr5 (8-651)||(15347461-15348104)
chr5 (6-651)||(15336086-15336728)
chr5 (6-651)||(16414451-16415096)
chr5 (6-648)||(16397126-16397768)
chr5 (71-651)||(15083469-15084047)
chr5 (76-458)||(17928119-17928507)
chr5 (94-645)||(15428607-15429158)
chr5 (76-537)||(15452557-15453018)
chr5 (6-650)||(15331634-15332279)
chr5 (76-573)||(16403788-16404291)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-650)||(8187559-8188203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 659
Target Start/End: Original strand, 15357728 - 15358381
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15357728 caagaggaactcccccacacttttttactatctccttccctatgaccacaagatcgggccgttcatcctcatttggtccaaatgctcgctgcttaatcaa 15357827  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357828 ttcccagcaatctgtgtcagatagcattgataaatcatgagagggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 15357927  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357928 gcacccttgcctccgcaagccaatacagatttcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 15358027  T
Q  306 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaa 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15358028 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatgccttttgtcattctcttcaa 15358127  T
Q  406 actgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15358128 actgaaatcttctgaaacacatacccaaattcttagctcaaagtgtttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 15358227  T
Q  506 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccat 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||     
T  15358228 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagtatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaatttgatccttatcttcatttcttccaa 15358327  T
Q  606 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaagaaccccgc 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15358328 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaagaaccccgc 15358381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 651
Target Start/End: Original strand, 15347461 - 15348104
Alignment:
Q  8 agaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaatt 107  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| |  |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15347461 agagggactcccctacacttttttactatctctttccctatgactgcaagatctgaccgttcagcctcagttggtccaaatgctcgttgtttaaacaatt 15347560  T
Q  108 cccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaagc 207  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  15347561 cccaacaatcagtctcagatagcattgatatatcatgaaagggcattgttcccatgattgctgcaacctttgaaagacgagtggttactaaaatcgaagc 15347660  T
Q  208 acccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttcgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  15347661 acccttgcctccacaagccaatacaaatctcaatctctgccaattctcttggtcgtcgtcccacacatcatccaacaccagcaaatatctttttctttgc 15347760  T
Q  308 agcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaaac 407  Q
    |||||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15347761 agcaaatttaaaagttttctttgcagcggctctagctctaaatcctcacaagcatgaccagatgtagattctatgatggcttttgtcattctcttcaaac 15347860  T
Q  408 tgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagtcc 507  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15347861 tgaaatcttctgaaacgcatacccaaattcttagctcaaagtagttgactaccttctcatgattgaacacaatttgggcaagtgttgttttcccaagtcc 15347960  T
Q  508 accaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccataa 607  Q
    ||| | ||| || | |||||| ||||||||||||||| ||  | | |||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||||| ||||||||||    
T  15347961 acctaaaccgacaattggataaactgataaatcctcaaaactagaagcatcatcaaccaaaaagtctacaattttactcttatcttcatctcttccataa 15348060  T
Q  608 acttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaag 651  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15348061 acttgaggttgagtaataattgaggtggtttgtcgccagtcaag 15348104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 6 - 651
Target Start/End: Original strand, 15336086 - 15336728
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||| | |||||| |  |  | ||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  15336086 caagaggcactcccacacactttttaactatctcgttccctataaccacaagctttgcacattcttcctcatttggtccaaaggctcgctgtttaaacaa 15336185  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
    ||||||||||||  ||||| |||   |||| |||| |||||    || |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  15336186 ttcccaacaatcactgtcacataattttgataaattatgagaaaacactgttcccatggttgctgctacctttggaaggcgagtggttactaaaatcgaa 15336285  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |   || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  15336286 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctttgccaattctctgatttgtcgtcccacacatcatccaacacaagcaaatatctttttcttt 15336385  T
Q  306 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaa 405  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15336386 gtagcaaatccaaaagctttctttgcaacggctctagatctaattcctcacaagcatgaccagatgcagattctatgatggcttttgtcattcttttcaa 15336485  T
Q  406 actgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| | || |||||  | ||||||||| |||| |    
T  15336486 actgaaatcttctgaaacacatacccaaattcttagatcaaactggttgactacactctcatgattgaagataagttgggtcaatgttgtttttccaatt 15336585  T
Q  506 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccat 605  Q
    ||||||| ||| || | |||||| || |||||||||||| ||   ||| ||| |  ||||||||| |||||||||  ||  |||||||||| ||||||||    
T  15336586 ccaccaacaccgacaattggataaacagataaatcctcaaaa--ctac-cattactaaccaaaaactctacaattttattcttatcttcatctcttccat 15336682  T
Q  606 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaag 651  Q
    |||||||| ||||| | ||  |||| |||||||| |||||||||||    
T  15336683 aaacttgacgttgattaatgattgaagtggtttgccgccagtcaag 15336728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 6 - 651
Target Start/End: Original strand, 16414451 - 16415096
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    ||||||| ||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||| || ||    ||||| || | |||||||||||| |||| |||||| | |||    
T  16414451 caagaggtactcccctacatttctttactatctctttccctatgaccacgagttcttcccgttcttcatcatttggtccaaaggctctttgtttcaacaa 16414550  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
     ||| |||| ||  |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  16414551 atccaaacagtcattgtcagatagcaatgataaatcatgaggtggcactgttcccattattgctgcaacctttggaagacgagtagtgaccaaaactgaa 16414650  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |     
T  16414651 gcacccttgcctccacaagccaatacatattttaacctctgccagttctcttgttcatcatcccatacatcatccagcactagcaaatacctttttcctt 16414750  T
Q  306 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaa 405  Q
     ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16414751 ttagcaaatctaaaagttttctctgcaacggctctagatctaggtcctcgcaagcatggccagaagccgattctatgatggcttttgtcattctcttcaa 16414850  T
Q  406 actgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 505  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |  | |||| |||||| |||||| || |      
T  16414851 actaaaatcttctgaaacacatacccaaattcttagctcaaagtggttgactaccctttcatgattaaagatcagttggacaagtgctgttttacccaaa 16414950  T
Q  506 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccat 605  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||  |  || || | |||||| |||||||||| || ||||||  ||  || ||||||| ||||||||    
T  16414951 ccacctagacctacaattggatagactggtaaatctactaaaacagaagcatcaccaaccaaaaattccacaattttattcttctcttcatctcttccat 16415050  T
Q  606 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaag 651  Q
    | | | | |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  16415051 agattcgtggttgagtaatgattgaggtggtttggcgccagtcaag 16415096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 648
Target Start/End: Original strand, 16397126 - 16397768
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    ||||||| | |||||||||| | |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||   | |||   ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  16397126 caagagggaatcccccacacttctttattatctccttccctacgatcacaagctctttttgttgtacctcatttggtccaaaggctcgttgtttaaacaa 16397225  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||| || |||||| | || |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| || || |||||||  |||    
T  16397226 ttcccaacaatcttcgtcagatagccttgataattcatgatgaggtattgttcccatgatttttgctacctttggaagacgggtagtgaccaaaattgaa 16397325  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    || || || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||| ||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  16397326 gcgccttttcctccacaagccaatacagatttcaatctttgccaattctcttgtttgtcattccacacgtcatccaaaacaagcaagtatctttttcttc 16397425  T
Q  306 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaa 405  Q
    | || | |||    ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| |  |    || |||  ||||||||||||||||||||||||| || |     
T  16397426 gaagtagatcttgaagttttctttgaagtagctctagatctaaatcctcacaggacttcttagttgccccttctatgatggcttttgtcattctttttag 16397525  T
Q  406 actgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 505  Q
    | |||||||||||||||| || ||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | ||| |||||||||||||| || |||    
T  16397526 agtgaaatcttctgaaacgcacacccaaatttttaactcaaagtggttgactatcttgtcatgattgaagacgagttgagcaagtgttgttttacctagt 16397625  T
Q  506 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccat 605  Q
    ||||| || || || | ||||||||| ||||| |||||     |  | |||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||    
T  16397626 ccacctagcccaacaattggatagacggataagtcctcttgttcggaagcatcaccaaccaaaaagtctacaattttatccttatcttcgtttcttccat 16397725  T
Q  606 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtc 648  Q
    | |||  ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  16397726 agactaaaggttgagtaacgattgaggtggtttgtcgccagtc 16397768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 71 - 651
Target Start/End: Original strand, 15083469 - 15084047
Alignment:
Q  71 tccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaattcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctg 170  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||   ||| |||| | | || | |||||| || || ||||||||||||||| |||    
T  15083469 tcctcatttgatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctg 15083568  T
Q  171 caacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatccca 270  Q
    | ||||||| ||||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  15083569 ctacctttgcaagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtttatcgtccca 15083668  T
Q  271 tacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttcgtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagat 370  Q
     || |||||||| || |||||| ||||||||| | |||| | ||     ||| ||||||| |  || |||||||| ||||| ||||| |  |    || |    
T  15083669 aacgtcatccaatacaagcaaaaatctttttccttgtagtagatgttgaagtcttctttgtagtggttctagatccaaatcttcacatgagttcttagtt 15083768  T
Q  371 gcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaaactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgat 470  Q
     | ||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||   |||  |||| | ||| ||| | |||||||    
T  15083769 tccgcttcgatgattgctttagtcattcgcttcaaactaaaatcttctgaaacacacacccacattctggactc--agtgttggaccaccctttcatgat 15083866  T
Q  471 tgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagtccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaa 570  Q
    |||| | || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || | |||| ||||  | |||||||||  | || | || ||   |||||||||    
T  15083867 tgaagataagttgggcaagtgttgttttcccaagtccgcctagacccacaattggacagacacacaaatcctcaagaccagaagcttccctaaccaaaaa 15083966  T
Q  571 gtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccataaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaag 651  Q
     |||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||| | |||||||||    
T  15083967 atctacaattttatccttatcttcatctcttccatagacttgaggttgagaaatgattgaggtggtttggcaccagtcaag 15084047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 76 - 458
Target Start/End: Original strand, 17928119 - 17928507
Alignment:
Q  76 atttggtccaaatgctcgttgtttaatcaattcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacc 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||  ||||||| | |||||| |  | |||||  ||||  |||||||||||| |||| |||    
T  17928119 atttggtccaaatgctcgttgtttaaacaactcccagcagtctttgtcagacaacattgaaagtttatgagcaggcaccgttcccatgatttctgctacc 17928218  T
Q  176 tttggaagacgagtggttaccaaaaccgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacat 275  Q
    |||||||| || || || ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||  || |||||||||||||| | |||||||| | ||    
T  17928219 tttggaagccgtgtagtgaccaaaatcgaagcaccttttcctccacaagccaatacagacttcaacttcagccaattctcttgttcctcatcccacaaat 17928318  T
Q  276 catccaacaccagcaaatatctttttcttcgtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatgg------ccaga 369  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || |  ||   |||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||| |      |||||    
T  17928319 catccaaaacaagcaaatatctttttcttcgaagtagctcttgcagtcttctttgtaggggctctagatctaaatcctcacagtcataggaatttccaga 17928418  T
Q  370 tgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaaactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgacta 458  Q
     |  | | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  17928419 agttgatcctatgataacttttgtcattctcttcagactgaaatcttctgaaacagacacccaaattcttagctaaaagtggttaacta 17928507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 94 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 15429158 - 15428607
Alignment:
Q  94 ttgtttaatcaattcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggtt 193  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||||||||| | || | |||||| || || ||||||| ||||||| |||| |||||   ||||||||| ||     
T  15429158 ttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagcttcgatatatcatgtggaggtattgttcgcatgatttctgctaccttcaaaagacgagtagtg 15429059  T
Q  194 accaaaaccgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaat 293  Q
    |||||||  |||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||| || ||||||     
T  15429058 accaaaattgaagaaccctttcctctacaagccaaaacagatctcaatttttgccaattctcttgtttaacgtcccatacatcgtccaatacaagcaaaa 15428959  T
Q  294 atctttttcttcgtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgt 393  Q
    ||||||||| | | ||||  ||    ||| || |||| |  | ||||||||| |||    |||| |  |    |||||  ||||| || || | ||| ||    
T  15428958 atctttttccttgaagcaggtcttgaagtcttgtttgtagtgtctctagatccaaaataccacatgacttcttagatgtcgcttcgattatcgttttagt 15428859  T
Q  394 cattctcttcaaactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgtt 493  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||| ||||| ||| |||| |||||||| | || |||||||||||||    
T  15428858 cattctcttcaaactaaaatcttctgaaacacaaacccaaattctcggctcaaagtgtttgaccaccctctcgtgattgaagataagttgggcaagtgtt 15428759  T
Q  494 gttttcccaagtccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatctt 593  Q
    ||||| ||||||||||| | ||| || | |||||| ||  | |||||||||  | || | || ||| |||||||||| |||||||||  |||  ||||||    
T  15428758 gtttttccaagtccacctataccaacaattggataaacacacaaatcctcaagaccagaagcttcaccaaccaaaaaatctacaattttatccatatctt 15428659  T
Q  594 catttcttccataaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgcca 645  Q
     || ||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||| ||||| |||||    
T  15428658 tatctcttccatagacttgaggttgagaaatgattgaggttgtttggcgcca 15428607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 76 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 15453018 - 15452557
Alignment:
Q  76 atttggtccaaatgctcgttgtttaatcaattcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacc 175  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||  | | |||    
T  15453018 atttggtccaaaagctcgttgtttaaacaatttccaacaatctttgtcagatagccttgataaatcatgaagaggcattgttcccatgatttgtcctacc 15452919  T
Q  176 tttggaagacgagtggttaccaaaaccgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacat 275  Q
    |||| |||||| || || |||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||| |||| ||||    | ||| |||||||||  ||||| ||| ||||    
T  15452918 tttgcaagacgggtagtgaccaaaactgaagaaccctttcctccacaaaccaatagagatttcaaatcataccatttctcttgtttatcattccacacat 15452819  T
Q  276 catccaacaccagcaaatatctttttcttcgtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagc 375  Q
    ||||||| |  ||||||||||||||| | || || |  |     |||||| |||| |  | ||||||||| ||||||| |||||  |    || ||| |     
T  15452818 catccaaaattagcaaatatctttttgtacgaagtaccttttgaagttttatttgtagtgtctctagatccaaatccttacaagacttcttagttgctgt 15452719  T
Q  376 ttctatgatggcttttgtcattctcttcaaactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaac 475  Q
    ||||| ||||| |||    |||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||     
T  15452718 ttctaggatggatttgacgattctcttcaaattgaactcttcggaaacatacacccaaattcttagctcaaagtggttgactatactctcatgattgaaa 15452619  T
Q  476 acaacttgggcaagtgttgttttcccaagtccaccaagacctactactggatagactgataa 537  Q
    |  | || ||| |||  |||||| || |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  15452618 attagtttggcgagtactgttttacctagtccaccgagacctactattggataaactgataa 15452557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 650
Target Start/End: Original strand, 15331634 - 15332279
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    ||||||| ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||| | |||||| ||   | ||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  15331634 caagaggtactccgccacacttctttagtatctctttccctattaccacaagctcatcttgttctacctcatttggcccaaaagctcgttgtttaaacaa 15331733  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
    ||||||||||||    ||||||||| |||| |  |||  ||| || ||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||| || ||||| || |||    
T  15331734 ttcccaacaatctacatcagatagctttgatacttcaaaaggaggaattgttcccatgatttctgctaccttttcaagacgagtagtgaccaatactgaa 15331833  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||  | ||||| |||||||||   |||| ||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||     
T  15331834 gcaccctttcctccacaagccaacaaagatttcaacttgtgccatttctcttgtttttcattccacacatcatctaaaacaagcaaatatttttttcttt 15331933  T
Q  306 gtagcaaatc-caacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttca 404  Q
    | |  | |||     ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||  |    || ||||||||| ||||||  | | |||||||| || |    
T  15331934 gcaatagatctttgaagttttctttgtagtggctcaagatccaaatcatcacaagatttcttagttgcagcttcaatgatgcttctagtcattcttttga 15332033  T
Q  405 aactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaag 504  Q
     ||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||    
T  15332034 tactaaaatcatctgaaacacacacccacattctcagatcaaagtgtttgacaacactttcatgattgaatataagttgggcaagtgttgtttttccaag 15332133  T
Q  505 tccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttcca 604  Q
    ||| || || || || | |||||| || || ||||||||| || || | ||| | | ||||||||  ||||| |||  |||  ||||  ||| ||||||     
T  15332134 tccgcctagtcccacaattggataaaccgacaaatcctcaaaaccagaagcaccgttaaccaaaatatctaccattttatccctatcaccatctcttccg 15332233  T
Q  605 taaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaa 650  Q
     | |||||||||||||  ||  ||||||| ||||| ||||||||||    
T  15332234 aagacttgaggttgagaaatgattgaggttgtttggcgccagtcaa 15332279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 573
Target Start/End: Original strand, 16403788 - 16404291
Alignment:
Q  76 atttggtccaaatgctcgttgtttaatcaattcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacc 175  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||| ||  | ||||||||| | || || |||||||| |||| ||| |||||||||   || ||     
T  16403788 atttggtccaaacgctcgttgcctaaacaattcccaacagtctttatcagatagcctagataattcatgaggaggcactgtccccatgattttggctaca 16403887  T
Q  176 tttggaagacgagtggttaccaaaaccgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacat 275  Q
    |||  ||||||||| || |||||||  |||| |||||| || ||||||||||||| | || |||||||| |||||| |||||||   |  | ||| |  |    
T  16403888 tttaaaagacgagtagtgaccaaaattgaagtaccctttccaccacaagccaatagaaatttcaatctcagccaatactcttgtttttggttccacaagt 16403987  T
Q  276 catccaacaccagcaaatatctttttcttcgtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatgg------ccaga 369  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || | | |    ||| || |||| |   |||||||||| ||||||||||   ||| |      |||||    
T  16403988 catccaaaacaagcaaatatctttttcttcgaagtagaacttgaagtcttttttgtagtagctctagatccaaatcctcacctccataggcctccccaga 16404087  T
Q  370 tgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaaactgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatga 469  Q
    |   |    |||||| ||||||| |||||| || | |||||||||||| ||||||   ||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||| | |    
T  16404088 tattgaagttatgatagcttttgccattcttttgagactgaaatcttcagaaacaatcacccaaattcttaattcaaagtggttgactaccctctcgtta 16404187  T
Q  470 ttgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagtccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaa 569  Q
    || || || | |||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||| ||||||||| ||||| |||||  |  |||| |||||| |||||||||    
T  16404188 ttaaagacgagttgggcaagtgttgttttacccagtccccctaggcctactattggatagacagataagtcctccaattcatatgcatcaccaaccaaaa 16404287  T
Q  570 agtc 573  Q
    ||||    
T  16404288 agtc 16404291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 6 - 650
Target Start/End: Original strand, 8187559 - 8188203
Alignment:
Q  6 caagaggcactcccccacacatttttactatctctttccctatgatcacaagatcgggtcgttcatccttatttggtccaaatgctcgttgtttaatcaa 105  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||| || |   ||||||||| || || |||||| ||||||| | ||| ||     
T  8187559 caagaggtacacccccacacttttttgctatctccttccctatgaccacaagctctgcatgttcatcctcatctgttccaaaggctcgttctctaaacat 8187658  T
Q  106 ttcccaacaatcggtgtcagatagcattgacaaatcatgagggggcattgttcccatgattgctgcaacctttggaagacgagtggttaccaaaaccgaa 205  Q
    |||||||||||| |||||| |||| || || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  8187659 ttcccaacaatcagtgtcacatagaatcgataaatcatgaggtggtcttgttcccatgattgctgcaacctttggaaggcgagtggtgaccaaaactgaa 8187758  T
Q  206 gcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatctctgccaattctcttgtccatcatcccatacatcatccaacaccagcaaatatctttttcttc 305  Q
    || || |  |  |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||     
T  8187759 gcgccttctctcccacaagccaatacagatttcaacctctgccagtttccttgttcatcatcccacacatcgtccaaaacgagcaaatatctttttcttt 8187858  T
Q  306 gtagcaaatccaacagttttctttgcaacggctctagatctaaatcctcacaagcatggccagatgcagcttctatgatggcttttgtcattctcttcaa 405  Q
    |||  |  || |  ||| ||||||| |  ||||| || ||||||||  || | ||||| |||||||| | ||||||||||| | || |||||||||||||    
T  8187859 gtaatatttctacaagtcttctttgtagtggctcaagttctaaatcagcagatgcatgtccagatgctgattctatgatggatcttatcattctcttcaa 8187958  T
Q  406 actgaaatcttctgaaacacatacccaaactcttagctcaaagtggttgactaccttctcatgattgaacacaacttgggcaagtgttgttttcccaagt 505  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  | |||||  ||||||||||| ||||||    
T  8187959 actgaaatcttcagaaacacatacccaaattcttagctcaaagtggtcgactatcttctcatgattgaagatgagttgggtcagtgttgtttttccaagt 8188058  T
Q  506 ccaccaagacctactactggatagactgataaatcctcacaagcatacgcatcatcaaccaaaaagtctacaattcgatcgttatcttcatttcttccat 605  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||  | | || || | |||||| |||| | |||||||| ||||  |||  ||||||||| ||||||||    
T  8188059 ccacctagaccaactattggatagacagataaattttgaaaaccagaagcatcaccaacaagaaagtctataattttatccctatcttcatctcttccat 8188158  T
Q  606 aaacttgaggttgagtgatatttgaggtggtttgtcgccagtcaa 650  Q
    |||||||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||    
T  8188159 aaacttgaggttgagaaatgattgacgtggtttggcgccagtcaa 8188203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University