View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4686-Insertion-2 (Length: 1003)

Name: NF4686-Insertion-2
Description: NF4686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4686-Insertion-2
NF4686-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (44-958)||(23965260-23966173)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (44-958)||(129354-130268)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (44-906)||(26227125-26227986)
chr4 (44-958)||(33546691-33547613)
chr4 (451-729)||(4257966-4258244)
chr4 (911-958)||(26228034-26228081)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (451-729)||(20534499-20534777)
chr6 (398-601)||(22322264-22322467)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (451-729)||(21900936-21901214)
chr3 (398-664)||(1370648-1370914)
chr3 (575-705)||(23177648-23177778)
[»] scaffold0231 (1 HSPs)
scaffold0231 (398-472)||(9278-9352)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (567-693)||(22060869-22060995)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (567-660)||(114019-114112)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (565-687)||(19289933-19290055)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 23966173 - 23965260
Alignment:
Q  44 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtataacaattctgattatctacagcaaagagctatacttgcatcaaccatagatatggttgatacaa 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23966173 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtacaacaatcctgattatctacagcaaagacctatacttgcatcaaccatagatgcggttgatacaa 23966074  T
Q  144 tcaatgactgtgttctttcaattatttcaggtatgcacaatcctcatcattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacaa 243  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23966073 tcaatgactatgttctttcaattattccaggtatgcacaatcctcattattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacta 23965974  T
Q  244 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaacgccggtcttttcagttattc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  23965973 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagaatacttcagctctgattccatagataggtca-aagttaacgatcaatgccagtcttttcagttattc 23965875  T
Q  344 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatc 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23965874 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactgaaagttgggactcctataatgctattaagaaatttagatc 23965775  T
Q  444 aagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 543  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23965774 aagtagagggattatgcaacggtacttgactaattgttactaggatggctaatcatgtgattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 23965675  T
Q  544 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgact 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  23965674 aacatatataccaagaatgtccatgtcactttctcaatctccctggcctttttaacttatcagaagacagtttcctattattgtatcctatgcaatgact 23965575  T
Q  644 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgcattctgcagggtca 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  23965574 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatatttgccaagatcagtgttcagtcatggtcaattgtgcgttgcattctccaggatca 23965475  T
Q  744 ggactaaagctggtctaaaaatcttaattcatggtctagnnnnnnnnnccactttccaacaccacagatgtggtttacaaggaagtttttgataaccttt 843  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||         |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23965474 ggactaaagccggtctaaaaatcttgattcatgatctagaaaaaaaaaccactttccagcaccacaaatgtggtttacaaggaagtttttgataaccttt 23965375  T
Q  844 actgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatatggattgtttgtatcataac-aaaaatttcattttaat 942  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23965374 actgagtaaatttatttccatgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatat-gattgtttgtatcataacaaaaaatttcattttaat 23965276  T
Q  943 atcattaagttttcaa 958  Q
    ||||||||||||||||    
T  23965275 atcattaagttttcaa 23965260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 958
Target Start/End: Original strand, 129354 - 130268
Alignment:
Q  44 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtataacaattctgattatctacagcaaagagctatacttgcatcaaccatagatatggttgatacaa 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||    
T  129354 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtacaacaatcctgattatttacagcaaagagctatacttgcttca-ccatagatgtggttgataaaa 129452  T
Q  144 tcaatgactgtgttctttcaattatttcaggtatgcacaatcctcatcattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacaa 243  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  129453 tcaatgactacgttctttcaattattccaggtatgcacaatcctcattattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacta 129552  T
Q  244 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaacgccggtcttttcagttattc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  129553 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagagtacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaatgccagtcttttcagttattc 129652  T
Q  344 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatc 443  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  129653 actctagaattcttaagtaaattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactaaaagttagaactcctataatgctattaagaaatttagatc 129752  T
Q  444 aagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 543  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  129753 aagtagagggattatgcaacggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtgattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 129852  T
Q  544 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgact 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  129853 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacagtttcctattattgtatcctatgcaatgact 129952  T
Q  644 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgcattctgcagggtca 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  129953 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatatttgccaagatcagtgttcagtcatggtcaattgtgcgttgcattctccaggatca 130052  T
Q  744 ggactaaagctggtctaaaaatcttaattcatggtctag-nnnnnnnnnccactttccaacaccacagatgtggtttacaaggaagtttttgataacctt 842  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||          ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  130053 ggactaaagccggtctaaaaatcttgattcatgatctagaaaaaaaaaaccactttccaacaacacaaatgtggtttacaaggaagtttttgataacctt 130152  T
Q  843 tactgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatatggattgtttgtatcataac-aaaaatttcattttaa 941  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  130153 tactgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatat-gactgtttgtatcataacaaaaaatttcattttaa 130251  T
Q  942 tatcattaagttttcaa 958  Q
    |||||||||||||||||    
T  130252 tatcattaagttttcaa 130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 906
Target Start/End: Original strand, 26227125 - 26227986
Alignment:
Q  44 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtataacaattctgattatctacagcaaagagctatacttgcatcaaccatagatatggttgatacaa 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  26227125 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtacaacaatcctgattatctacagcaaagagctattcttgcatcaaccatagatgtggttgataaaa 26227224  T
Q  144 tcaatgactgtgttctttcaattatttcaggtatgcacaatcctcatcattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacaa 243  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  26227225 taaatgactatgttctttcaattattccaggtatgcacaatcctcattattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaactg 26227324  T
Q  244 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaacgccggtcttttcagttattc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26227325 attctgttttattcatgaaggagaggagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaatgccagtcttttcagttattc 26227424  T
Q  344 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatc 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26227425 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactaaaagttggaactcctataatgctattgagaaatttagatc 26227524  T
Q  444 aagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 543  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26227525 aagtagagggattatgcaacggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtgattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 26227624  T
Q  544 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgact 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26227625 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacagtttcctattattgtatcctatgcaatgact 26227724  T
Q  644 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgcattctgcagggtca 743  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26227725 ataaataagtcacaaggccagactcttgacagtgttggtctatatttgccaagatcagtgttcagtcatggtcaattgtacgttgcattctccagggtca 26227824  T
Q  744 ggactaaagctggtctaaaaatcttaattcatggtctagnnnnnnnnnccactttccaacaccacagatgtggtttacaaggaagtttttgataaccttt 843  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||         |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26227825 ggactaaagccggtctaaaaatcttgattcatgatctag-aaaaaaaaccactttccaacaccacaaatgtggtttacaaggaagtttttgataaccttt 26227923  T
Q  844 actgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatat 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26227924 actgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatat 26227986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 958
Target Start/End: Original strand, 33546691 - 33547613
Alignment:
Q  44 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtataacaattctgattatctacagcaaagagctatacttgcatcaaccatagatatggttgatacaa 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  33546691 atgaaaagtacttatccaaactttttgaatatgtacaacaatcctgattatctacagcaaagagctattcttgcatcaaccatagatgtggttgataaaa 33546790  T
Q  144 tcaatgactgtgttctttcaattatttcaggtatgcacaatcctcatcattgattgactctatgatatacattcaaaattactacatattcactaaacaa 243  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  33546791 taaatgactatgttctttcaattattccaggtatgcacaatcctcattattgattgactttatgatatacattcaaaattactacatattcactaaactg 33546890  T
Q  244 attctgttttattcatgaaggagaagagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgaccaacgccggtcttttcagttattc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  33546891 attctgttttattcatgaaggagaggagaaagaatacttcagctctgattccatagacaggtcagaagttaacgatcaatgccagtcttttcagttattc 33546990  T
Q  344 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatc 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  33546991 actccagaattcttaagtacattaagaacttcaggacttccaaaccataaaattaaactaaaagttggaactcctataatgctattgagaaatttagatc 33547090  T
Q  444 aagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 543  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33547091 aagtagagggattatgcaacggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtgattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacct 33547190  T
Q  544 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgact 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  33547191 aacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacagtttcctattattgtatcctatgcaatgact 33547290  T
Q  644 ataaataagtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgcattctgcagggtca 743  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33547291 ataaataagtcacaaggccagactcttgacagtgttggtctatatttgccaagatcagtgttcagtcatggtcaattgtacgttgcattctccagggtca 33547390  T
Q  744 ggactaaagctggtctaaaaatcttaattcatggtctagnnnnnnnnnccactttccaacaccacagatgtggtttacaaggaagtttttgataaccttt 843  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||         |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33547391 ggactaaagccggtctaaaaatcttgattcatgatctag-aaaaaaaaccactttccaacaccacaaatgtggtttacaaagaagtttttgataaccttt 33547489  T
Q  844 actgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatat---------ggattgtttgtatcataacaaaaatttc 934  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          || |||||||||||||||||||| ||     
T  33547490 actgagtaagtttatttccctgttttcattaactttattgtcaatattaacatcaatatatatatatatatatgactgtttgtatcataacaaaaaattt 33547589  T
Q  935 attttaatatcattaagttttcaa 958  Q
     |||||||||||| ||||||||||    
T  33547590 cttttaatatcatgaagttttcaa 33547613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 4258244 - 4257966
Alignment:
Q  451 gggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacctaacatat 550  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || |||||  ||||||| || ||||| ||||||| |||| | || | | | || ||     
T  4258244 gggattatgcaatggtactagacttattattactagaatggccaaccatgttcttgaagcgaaaatcatgtcaggtacaaatataggaagcatgacttac 4258145  T
Q  551 ataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaata 650  Q
    || |||||||||   ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||  | || || || |||||||| ||||    
T  4258144 attccaagaatggatatgtctccttcccaatccccatggccatttaagcttaccagaagacaatttcctattatagtttcttatgccatgactatcaata 4258045  T
Q  651 agtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgc 729  Q
    | || ||||| ||| | || |||||||| ||| ||||  | |||| ||| || || |||||  |||||||||| |||||    
T  4258044 aatctcaaggtcaatcactagacagtgtaggtttatatcttccaacatccgtatttagtcacggtcaattgtatgttgc 4257966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 911 - 958
Target Start/End: Original strand, 26228034 - 26228081
Alignment:
Q  911 tgtttgtatcataacaaaaatttcattttaatatcattaagttttcaa 958  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  26228034 tgtttgtatcataacaaaaaatttcttttaatatcattaagttttcaa 26228081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 4e-22; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 20534777 - 20534499
Alignment:
Q  451 gggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacctaacatat 550  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || |||||  ||||||| || ||||| ||||||| |||| | || | | | || ||     
T  20534777 gggattatgcaatggtactagacttattattactagaatggccaaccatgttcttgaagcgaaaatcatgtcaggtacaaatataggaagcatgacttac 20534678  T
Q  551 ataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaata 650  Q
    || |||||||||   ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||  | || || || |||||||| ||||    
T  20534677 attccaagaatggatatgtctccttcccaatccccatggccatttaagcttaccagaagacaatttcctattatagtttcttatgccatgactatcaata 20534578  T
Q  651 agtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgc 729  Q
    | || ||||| ||| | || |||||||| ||| ||||  | |||| ||| || || |||||  |||||||||| |||||    
T  20534577 aatctcaaggtcaatcactagacagtgtaggtttatatcttccaacatccgtatttagtcacggtcaattgtatgttgc 20534499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 398 - 601
Target Start/End: Original strand, 22322264 - 22322467
Alignment:
Q  398 aaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatcaagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatc 497  Q
    ||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||  || || ||| | |||||||    
T  22322264 aaactcaaagttggaacaccaataatgttgttaagaaatttagatcaagcagaaggcttatgcaatggaactcgattaacagtcacaaggcttgctaatc 22322363  T
Q  498 atgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacctaacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaa 597  Q
    |||| ||||| || ||||| ||  | || |||||| |||| |||     ||| || |||||||||||  | |||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  22322364 atgttattgaggccaagattataactggaaaaaatattggaaacaaggtatacattccaagaatgtcattatcaccttcacaatcaccgtggccatttaa 22322463  T
Q  598 actt 601  Q
    ||||    
T  22322464 actt 22322467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 4e-22; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 21901214 - 21900936
Alignment:
Q  451 gggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatcatgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacctaacatat 550  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| || |||||  ||||||| || ||||| ||||||| |||| | || | | | || ||     
T  21901214 gggattatgcaatggtactagacttattattactagaatggccaaccatgttcttgaagcgaaaatcatgtcaggtacaaatataggaagcatgacttac 21901115  T
Q  551 ataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaata 650  Q
    || |||||||||   ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||  | || || || |||||||| ||||    
T  21901114 attccaagaatggatatgtctccttcccaatccccatggccatttaagcttaccagaagacaatttcctattatagtttcttatgccatgactatcaata 21901015  T
Q  651 agtcacaaggccaaactcttgacagtgttggtctatacttgccaagatcagtgttcagtcatagtcaattgtacgttgc 729  Q
    | || ||||| ||| | || |||||||| ||| ||||  | |||| ||| || || |||||  |||||||||| |||||    
T  21901014 aatctcaaggtcaatcactagacagtgtaggtttatatcttccaacatccgtatttagtcacggtcaattgtatgttgc 21900936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 398 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 1370914 - 1370648
Alignment:
Q  398 aaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatcaagtagagggattatgcaatggtactcgactaattgttactaggatggctaatc 497  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||  || || || || ||||| |||||| |||| || || ||| | || ||||    
T  1370914 aaactcaaagttgggacaccaataatgttattaaggaatatagatcaagctgaaggtttgtgtaatggaactcgattaatagtcacaaggcttgcaaatc 1370815  T
Q  498 atgtaattgaagctaagatcatttcaggtaaaaatgttggcaacctaacatatataccaagaatgtccatgtcaccttctcaatctccctggccttttaa 597  Q
    |||| |||||||| || || ||  | || |||||| |||| || |    |||||| || |||||||| |||||||||||  |||| |||||||| || ||    
T  1370814 atgtcattgaagcaaaaattataactggaaaaaatattggaaatcgggtatatattccgagaatgtcaatgtcaccttcagaatcgccctggccgttcaa 1370715  T
Q  598 acttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaataagtcacaaggccaa 664  Q
    |||| |  |||| |||||||| ||| || |||| |  |||||||| || || || || |||||||||    
T  1370714 acttgtgcgaaggcaatttccaattgttgtatcttttgcaatgacaattaacaaatcgcaaggccaa 1370648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 575 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 23177778 - 23177648
Alignment:
Q  575 tctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaataagtcacaaggccaaactcttgaca 674  Q
    |||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||| |||||| ||| | || || || ||||| || ||||| |||||||||||| |||| |||     
T  23177778 tctcaatcaccatggccgttcaagcttattaggagacaatatcctataattgtctcatatgctatgacaattaataaatcacaaggccaatctctcgact 23177679  T
Q  675 gtgttggtctatacttgccaagatcagtgtt 705  Q
     |||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  23177678 atgttgggctatacttgcctagaccagtgtt 23177648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 398 - 472
Target Start/End: Original strand, 9278 - 9352
Alignment:
Q  398 aaactgaaagttgggactcctataatgttattaagaaatttagatcaagtagagggattatgcaatggtactcga 472  Q
    ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||    
T  9278 aaactcaaagttggaacaccaataatgttattaaggaatttagatcaagcagatggcttatgcaatggaactcga 9352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 567 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 22060995 - 22060869
Alignment:
Q  567 tgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaataagtcacaaggccaaac 666  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||| | || || || |||||||| |||||| | ||||| |||||||| || || || |||||||| ||  |    
T  22060995 tgtcaccttcacagtctccatggccttttaaattgattaggaggcaatttcccattattgtttcctatgcaatgaccattaacaaatcacaaggtcagtc 22060896  T
Q  667 tcttgacagtgttggtctatacttgcc 693  Q
    | | ||| ||||||||||||| |||||    
T  22060895 tttggactgtgttggtctatatttgcc 22060869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 567 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 114112 - 114019
Alignment:
Q  567 tgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaataagtcacaagg 660  Q
    ||||||| || || ||||| |||||||||||| | || || |||||||||||||||||| | || || |||||||| || || |||||||||||    
T  114112 tgtcaccatcacagtctccatggccttttaaattgattaggagacaatttcctattattgtttcttatgcaatgaccattaacaagtcacaagg 114019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 565 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 19290055 - 19289933
Alignment:
Q  565 catgtcaccttctcaatctccctggccttttaaacttatcagaagacaatttcctattattttatcctaggcaatgactataaataagtcacaaggccaa 664  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||||| || || |||||  ||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||     
T  19290055 catgtctccttctcaatcaccttggccatttaagcttacaagaagacagttcccaattatagtatcctatgcaatgactattaacaaatctcaaggtcag 19289956  T
Q  665 actcttgacagtgttggtctata 687  Q
     | ||||| ||||||||| ||||    
T  19289955 tcccttgatagtgttggtttata 19289933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University