View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4686_high_10 (Length: 437)

Name: NF4686_high_10
Description: NF4686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4686_high_10
NF4686_high_10
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (19-419)||(23602432-23602830)
chr8 (19-419)||(23593511-23593909)
chr8 (19-419)||(14337257-14337643)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (19-419)||(16281823-16282221)
chr7 (19-419)||(16296027-16296425)
chr7 (19-417)||(48296703-48297093)
chr7 (19-419)||(12593875-12594274)
chr7 (19-419)||(17463339-17463725)
chr7 (19-419)||(17589489-17589875)
chr7 (18-419)||(7343192-7343579)
chr7 (19-354)||(17453546-17453869)
chr7 (138-419)||(12584069-12584348)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (19-419)||(13553796-13554194)
chr3 (23-99)||(54624121-54624197)
chr3 (23-88)||(17530390-17530455)
chr3 (23-88)||(17535329-17535394)
chr3 (23-96)||(48978258-48978331)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-419)||(40817120-40817510)
chr4 (23-419)||(55789224-55789611)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-415)||(13459207-13459589)
chr5 (75-419)||(361474-361819)
chr5 (75-419)||(346826-347171)
chr5 (23-96)||(346477-346550)
chr5 (23-96)||(5600164-5600237)
chr5 (23-96)||(5609810-5609883)
chr5 (23-96)||(361125-361198)
chr5 (19-95)||(1694206-1694282)
chr5 (33-96)||(31151173-31151237)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-419)||(18867762-18868151)
[»] scaffold0508 (1 HSPs)
scaffold0508 (131-274)||(12249-12394)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (23-96)||(1790587-1790660)
chr2 (23-96)||(1800081-1800154)
chr2 (23-81)||(22632004-22632061)
[»] scaffold0281 (1 HSPs)
scaffold0281 (23-96)||(23644-23717)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 23602432 - 23602830
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23602432 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttg 23602531  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23602532 ttcatgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 23602631  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23602632 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 23602731  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23602732 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 23602829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 23593511 - 23593909
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  23593511 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaattagaaaaaagtgaattttg 23593610  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23593611 ttcatgcagaacgttctccagaacattctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 23593710  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23593711 ttttacagctgtttggcacttttttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 23593810  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23593811 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 23593908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 14337257 - 14337643
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14337257 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttg 14337356  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||            |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14337357 ttcatgcaga------------acgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 14337444  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14337445 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 14337544  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14337545 gttcttaagaacattcttgttgttcctttccttttttagacaaccacatgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 14337642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 16281823 - 16282221
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  16281823 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttg 16281922  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16281923 ttcatgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 16282022  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16282023 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 16282122  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16282123 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 16282220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 16296027 - 16296425
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  16296027 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttg 16296126  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16296127 ttcatgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 16296226  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16296227 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 16296326  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16296327 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 16296424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Original strand, 48296703 - 48297093
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48296703 cttcaaagacaaaaacagttgtgttttccttgctaaaaacagccc-tgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 48296801  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48296802 tccatgcaaaatgttctccagaacgttctggaact-------tgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 48296894  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48296895 ttttacaactgtttgacacttctttgacagctacaagtgttgtcctttgttgctttgaaagcaagaatgtccaagttgtaaagtttgccacatggagaat 48296994  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgat 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48296995 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgaaaaaaaatagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgat 48297093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 12594274 - 12593875
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  12594274 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtggttatgtttttgttgcttggagcgcaagaatgagaaaaaagtgaattttg 12594175  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12594174 ttcatgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 12594075  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| | ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12594074 ttttacagctgtttggcgcttctttaaaagctacaagtgctgtccttttttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccaaatggagaat 12593975  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcct-ttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgat 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12593974 gttcttaagaacattcttgttgttcctttccttttttgaggcaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgat 12593877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 17463725 - 17463339
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17463725 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcgcaagaatgagaaaaaagtgaattttg 17463626  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | |||||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17463625 ttcatgcagaa------------cgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 17463538  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17463537 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 17463438  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17463437 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 17463340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 17589489 - 17589875
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17589489 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcgcaagaatgagaaaaaagtgaattttg 17589588  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||            |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17589589 ttcatgcaga------------acgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 17589676  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17589677 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 17589776  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17589777 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 17589874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Original strand, 7343192 - 7343579
Alignment:
Q  18 acttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcatttt 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||    
T  7343192 acttcacagacaaaaacaactgtgttttccttgctaaaaacagcctatgtgcttatgtttttgttgcttggagtgcaagaatgagaaaaaagtgaatttt 7343291  T
Q  118 gtccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttg 217  Q
    || ||||||||            |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7343292 gttcatgcaga------------acgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaatgtggacgcgtaaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttg 7343379  T
Q  218 tttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaa 317  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7343380 tttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaaaagtatccaagttgtaaaatttgccacatggagaa 7343479  T
Q  318 tgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgat 417  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  7343480 tgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatttggtggcaacatgagggaacatgat 7343577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 354
Target Start/End: Original strand, 17453546 - 17453869
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17453546 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcgcaagaatgagaaaaaagtgaattttg 17453645  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||            |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17453646 ttcatgcaga------------acgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 17453733  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17453734 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 17453833  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttccttttt 354  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17453834 gttcttaagaacattcttgttgttcctttccttttt 17453869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 138 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 12584348 - 12584069
Alignment:
Q  138 agaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgtttttacagttgtttgacac 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  12584348 agaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgtttttacagctgtttggcac 12584249  T
Q  238 ttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttattaagaacattcttg 337  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12584248 ttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttcttaagaacattcttg 12584149  T
Q  338 ttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12584148 ttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatga 12584069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 13554194 - 13553796
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13554194 cttcacagacaaaaatagctgtgttttccttgttaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttg 13554095  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13554094 ttcatgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 13553995  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13553994 ttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 13553895  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13553894 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgatg 13553797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 54624197 - 54624121
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaat 99  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  54624197 acagacaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaagaat 54624121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 88
Target Start/End: Original strand, 17530390 - 17530455
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttgg 88  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  17530390 acagacaaatacagttgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgtagcttgg 17530455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 88
Target Start/End: Original strand, 17535329 - 17535394
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttgg 88  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  17535329 acagacaaatacagttgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgtagcttgg 17535394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 48978331 - 48978258
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  48978331 acagaaaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaag 48978258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Original strand, 40817120 - 40817510
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  40817120 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagcgcaagaatgagaaaaaagtgaattttg 40817219  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | |||||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40817220 ttcatgcagaa------------cgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacgcgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgt 40817307  T
Q  219 tttta----cagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatgga 314  Q
    ||||     ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40817308 ttttttttccagctgtttgacacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatgga 40817407  T
Q  315 gaatgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacat 414  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40817408 gaatgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacat 40817505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 23 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 55789611 - 55789224
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttgtcca 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  55789611 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggagtgcaagaatgagaaaaaagtgaattttgttca 55789512  T
Q  123 tgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaa-ggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttg---- 217  Q
    |||||||            ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        
T  55789511 tgcagaa------------cgttctggaacttccaattggcaaagagaaaaaggtggacgcgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgcttt 55789424  T
Q  218 tttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaa 317  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55789423 tttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgctttgagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatgaagaa 55789324  T
Q  318 tgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgat 417  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55789323 tgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatgat 55789226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13459589 - 13459207
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttg 118  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13459589 cttcacaaacaaaaatagttgtgttttccttgctaaaaacagctcatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgta-attttg 13459491  T
Q  119 tccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt 218  Q
    | |||||| ||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |    
T  13459490 ttcatgcataa------------cgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccgttt-t 13459404  T
Q  219 ttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 318  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13459403 ttttacaactgtttgacacttctttgaaagctacaagtgttttcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaat 13459304  T
Q  319 gttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatg 415  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13459303 gttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacgcgtgatgaaaaaaaaaagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatg 13459207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 75 - 419
Target Start/End: Original strand, 361474 - 361819
Alignment:
Q  75 tttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttgtccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaag 174  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  361474 tttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttgttcgtgcagaacgttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaag 361573  T
Q  175 gttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttg--tttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgct 272  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  361574 gtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgtttttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgct 361673  T
Q  273 ttg-agagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtga 371  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  361674 ttgaagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtga 361773  T
Q  372 tgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatga 419  Q
    ||        |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  361774 tg--aaaaaacagttgcgatctggtggcaacatgagggaacatgatga 361819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 75 - 419
Target Start/End: Original strand, 346826 - 347171
Alignment:
Q  75 tttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaatgtgcattttgtccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaag 174  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  346826 tttttgttgcttggagcacaagaatgagaaaaaagtgaattttgttcgtgcagaacgttctctagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaag 346925  T
Q  175 gttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttg--tttttacagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgct 272  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  346926 gtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgtttttttacagctgtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgct 347025  T
Q  273 ttg-agagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtga 371  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  347026 ttgaagagcaagagtgtccaagttgtaaaatttgccacatggagaatgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtga 347125  T
Q  372 tgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatgatga 419  Q
    ||        |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  347126 tg--aaaaaacagttgcgatctggtggcaacatgagggaacatgatga 347171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Original strand, 346477 - 346550
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||  | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  346477 acagacaaatacagctgtgttgtcctctccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggagcgcaag 346550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 5600237 - 5600164
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  5600237 acagaaaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaag 5600164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 5609883 - 5609810
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  5609883 acagaaaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaag 5609810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Original strand, 361125 - 361198
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||  | ||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  361125 acagacaaatacagctgtgttgtcctctccaaaaacagctcatgtgcttgtgtttttgtagcttggagcgcaag 361198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 95
Target Start/End: Original strand, 1694206 - 1694282
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaa 95  Q
    |||||| |||||| | || |||||| ||||| ||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1694206 cttcacggacaaagaaagatgtgttgtcctttctaaaaatatctcatgtgcttatgtttttgttgcttggcgcgcaa 1694282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 96
Target Start/End: Original strand, 31151173 - 31151237
Alignment:
Q  33 acagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatg-tttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| || ||||||| |||||| |||||||    
T  31151173 acagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgttttttgtagcttggcgcgcaag 31151237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 18868151 - 18867762
Alignment:
Q  19 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaa-cagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaat-gtgcattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||    
T  18868151 cttcacagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaaacagcccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaagaatgagaaaaaaagtgaactt 18868052  T
Q  117 tgtccatgcagaatgttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccactt 216  Q
    ||| ||    ||        ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18868051 tgttca----ga--------cagaacgttctggaatttccaacttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccactt 18867964  T
Q  217 gttttt-acagttgtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagcaagaatgtccaagttgtaaaatttgccacatggag 315  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  18867963 gttttttacagctgtttggcacttctttggaagctacaagtgttgtcctttgttgctttgagagaaagagtgtccaagttgcaaaattttcgacatggag 18867864  T
Q  316 aatgttattaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatgnnnnnnnncagttgtgatctggtggcaacatgaggggacatg 415  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18867863 aatgttcttaagaacattcttgttgttcctttcctttttgagacaaccacacgtgatg--aaaaaacagttgtgatctggtggcaacatgagggaacatg 18867766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0508 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0508
Description:

Target: scaffold0508; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 12394 - 12249
Alignment:
Q  131 gttctccagaacgttctggaacttccaacttgcaaagagaaaaggttgacacgtgaatgcaagccgtagaagtttggaggccacttgt--ttttacagtt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  12394 gttctccagaacgttctggaacttccaatttgcaaagagaaaaggtggacacgtgaatgcaagctgtagaagtttggaggccacttgtttttttacagct 12295  T
Q  229 gtttgacacttctttgatagctacaagtgttgtcctttgttgcttt 274  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12294 gtttggcacttctttgaaagctacaagtgctgtcctttgttgcttt 12249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 1790660 - 1790587
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  1790660 acagaaaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaag 1790587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 1800154 - 1800081
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  1800154 acagaaaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgtagcttggcgcgcaag 1800081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 22632061 - 22632004
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgt 81  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22632061 acagacaaatacagctgtgttgtccttgc-aaaaacagcccatgtgcttgtgtttttgt 22632004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0281 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0281
Description:

Target: scaffold0281; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 23717 - 23644
Alignment:
Q  23 acagacaaaaacagctgtgttttccttgctaaaaacagtccatgtgcttatgtttttgttgcttggtgcgcaag 96  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||   ||||||||| |||||| |||||||    
T  23717 acagacaaatacagctgtgttgtcctttccaaaaacagcccatgtgcaagtgtttttgtagcttggcgcgcaag 23644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University