View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4687_low_1 (Length: 700)

Name: NF4687_low_1
Description: NF4687
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4687_low_1
NF4687_low_1
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (6-697)||(5571199-5571890)
chr4 (1-700)||(5539331-5540030)
chr4 (1-697)||(5583401-5584097)
chr4 (1-618)||(5558528-5559145)
chr4 (159-656)||(5895274-5895771)
chr4 (159-632)||(5613109-5613582)
chr4 (159-656)||(5886429-5886926)
chr4 (159-456)||(5848210-5848507)
chr4 (504-656)||(5857617-5857769)
chr4 (504-688)||(252909-253093)
chr4 (1-316)||(5553032-5553347)
chr4 (1-164)||(5564773-5564936)
chr4 (15-175)||(252422-252581)
chr4 (416-656)||(5604967-5605207)
chr4 (1-353)||(5853077-5853429)
chr4 (289-697)||(3748428-3748836)
chr4 (505-684)||(5564253-5564432)
chr4 (270-319)||(5564618-5564667)
chr4 (504-624)||(5853580-5853700)
chr4 (504-656)||(5552692-5552844)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (158-322)||(1483017-1483181)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 697
Target Start/End: Original strand, 5571199 - 5571890
Alignment:
Q  6 ggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactttgaag 105  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5571199 ggtccaatgccatcatttggcatgtccaaatatcttatccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactttgaag 5571298  T
Q  106 gactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagct 205  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  5571299 gactacacagtcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatctctttttgcactcccctcactgctggagattcagct 5571398  T
Q  206 ttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggcctttt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5571399 ttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacatgtcttcctctgtaattaacacccttgatttaagtagcaataatctatcagggcctttt 5571498  T
Q  306 ccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaacaggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagta 405  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5571499 ccaacatctatcttccagttcagatcactttatgtcctcgatctttccattaacaggttgaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagta 5571598  T
Q  406 gtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactctaatgtt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  5571599 gtttaactgccctagacctttcatacaacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttcgttttccaatattagtactttaaagtt 5571698  T
Q  506 ggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgccc 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| |||    
T  5571699 ggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccagattgagcattctagacctctcacataatcagattcaaggaatagttccc 5571798  T
Q  606 aactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgcaaaacctcacttc 697  Q
    |||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  5571799 aactggatttggaggattcaaaatcttcaaagccttaatgtttctcataatatgctcactgatttggaaggccctctgcaaaacctcacttc 5571890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 700
Target Start/End: Original strand, 5539331 - 5540030
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||  |||||| || ||    
T  5539331 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaaccttgcacacttagacctttcccataatcgcttaagtggtgccattccatcatcttcccattt 5539430  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatatt 200  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  || ||  | |||    
T  5539431 tgaaggactgcatagtcttgtcagcattaacttgcgtgataattccatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcacgttgctacaagagatt 5539530  T
Q  201 cagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5539531 cagctttcatccaatcggtttagtaaatttgacgaattcataaatgtgtcttcctctgtaattaacacccttgatttaagtagcaataatctatcagggt 5539630  T
Q  301 cttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaacaggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | | ||||| |||||||||||||| ||||    
T  5539631 cttttccaacatctatcttccagcttcgttcactttctgtcctcgatctttcctttaacaggttgaatggattgctgcagttagatgagcttttgaagct 5539730  T
Q  401 aagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactcta 500  Q
    ||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5539731 aagaaatttaactgcactagacctttcatacaacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactcta 5539830  T
Q  501 atgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5539831 atgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccagattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcatggaacag 5539930  T
Q  601 tgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgcaaaacctcacttcaaa 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  5539931 tgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaaaccttaatgtttctcacaatatgctcactgattttgaaggccctttgcaaaacatcacttcaaa 5540030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 697
Target Start/End: Original strand, 5583401 - 5584097
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||   ||||||    
T  5583401 tcacaggtcaaatgccaccatttgggatggccaaaaaccttacccgtctaaacctttctcataatcgtttaagtggtgaaatttcatcatccaatcactt 5583500  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatatt 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||  || |||    
T  5583501 tgaaggactgcacaatcttgtcagtgttgacttgcgtgataatttcatcaatgggagcattccttcatctctttttgcactcactttactgctaaacatt 5583600  T
Q  201 cagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggc 300  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||| | ||| |||||| |||||||| | || | |||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  5583601 cagctttcactcaaccagtttagtaaatttgacaaattgataaatgtgtctacctctgtactcaaaacccttgatttaagcaacaatgatctatcagggc 5583700  T
Q  301 cttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaacaggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagct 400  Q
    | |||||||  ||||||||  |  ||   || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  5583701 catttccaatgtctatctttaaactccattcgctttctgtcctcgatctttcctttaacaggttgaatgggtcgctgcagctagatgagcttatggagct 5583800  T
Q  401 aagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactcta 500  Q
     ||   |||| || | |||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||  |||| || || ||||||||||| |||||||||| || ||     
T  5583801 tagagatttatctacactagacctttcatacaacaacatatcagtaaatgtaaatgtttcaaatcctaattatacttcctttcccaatattagcacactc 5583900  T
Q  501 atgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaag 600  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   || | |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||    
T  5583901 attttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaactaatcctgttttagcattctagacctctcacataatcagattcaaggaatag 5584000  T
Q  601 tgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgcaaaacctcacttc 697  Q
    | ||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||  |||||||||| |||||||||||    
T  5584001 ttcccaactggatttggaggattcaaaatcttcaaagccttaatatttctcacaatatgctcactggttttgatggacctttgcataacctcacttc 5584097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 5559145 - 5558528
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||  |||||||||||     
T  5559145 tcacaggtccaatgccatcattttgcaaggccaaaagtcttatccacctagacctttctcataatcaattaagtggtacaattccatcatcttctcactc 5559046  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatatt 200  Q
    ||||  ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||| |  ||||| ||||| |||||||||||| ||||| | | |||||| || |||    
T  5559045 tgaaaaactacaccatcttgtcagcattgacttgagttataattttataatagggagtattccgtcatccctttttacactcgcgttactgcaaaagatt 5558946  T
Q  201 cagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggc 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||     
T  5558945 cagctttcatgcaaccggtttagtaaatttgacgaattcataaatgtgtcttcctctgtaattaacacccttgatttaagtagaaataatctagcagggt 5558846  T
Q  301 cttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaacaggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagct 400  Q
    || |||||||||||||||||| | |  | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |   |||| |||||| | |||||||||||    
T  5558845 ctgttccaacatctatcttcctgcttcgttcactttctgtcctcgatctttcctctaacaggttgaatgggtcactgcatctagataaacttttggagct 5558746  T
Q  401 aagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactcta 500  Q
     || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||| |||| ||||  |||    ||||    
T  5558745 tagaaatttaactgcactaaacctttcatataacaacatatcaatcaatgtaagtgatgcaaatgttgatcatactttctttcccaaatttacacgtcta 5558646  T
Q  501 atgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaag 600  Q
       |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||  ||   |  |||||||||||||  ||| |||||||| |||  ||    
T  5558645 gaattggcaacctgcaacttgaaaactttccctaatttcttgatgaaccaatccatgttattccatctagacctttcagctaaccaaattcacggagtag 5558546  T
Q  601 tgcccaactggatatgga 618  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  5558545 tgcccaattggatttgga 5558528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 159 - 656
Target Start/End: Original strand, 5895274 - 5895771
Alignment:
Q  159 attccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctg 258  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| ||| || || | ||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||    
T  5895274 attccatcatacctttttacactcccatcattggaggagatttatcttgcatccaaccagtttagtaaatttgacgaattcataaatgtgtcttccaatg 5895373  T
Q  259 taattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaa 358  Q
    | ||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||  |||    
T  5895374 tgatggaattccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagctccgttcactttctttcctctatctttcctctaa 5895473  T
Q  359 caggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgtt 458  Q
     ||||| ||||| |   | || ||||||||||||||| |||| |||| ||||   |  |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |    
T  5895474 taggttgaatgggtcactacaactagatgagcttttgaagcttagtaatttattaggactagacctttcatacaacaacatatcaataaatgagaatgat 5895573  T
Q  459 gaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtac-tctaatgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaa 557  Q
    | ||||||||| || ||| ||||| ||||| || | || |||    ||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||| | |    
T  5895574 gcaaatgctgaccagactgcctttcccaat-tttgaacttctttatttatcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaaca 5895672  T
Q  558 ttgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaat 656  Q
    |||     ||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||   |||||| |||| ||||||    
T  5895673 ttgctatctctagacctttcacataaccaaattcaaggagcagtgcccaattggatttggaaactacagagtcttcaacaacttaatatttcacacaat 5895771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 159 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 5613582 - 5613109
Alignment:
Q  159 attccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctg 258  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| || || | |||  ||||  ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| | |  |||||||||||     
T  5613582 attccttcatacctttttacacttccatcattggaggaaatttggcttgaatctaaccagtttagtaaatttaacgaattcatagatatgtcttcctctt 5613483  T
Q  259 taattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaa 358  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||| ||||| ||||||||  |||    
T  5613482 taattaacaccctcgatttacgtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccaactccgttcactttctatcctccatctttcctctaa 5613383  T
Q  359 caggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgtt 458  Q
     ||||| ||||| |   | || ||||||||||||||| |||| |||| ||||   |  |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |    
T  5613382 taggttgaatgggtcactacaactagatgagcttttgaagcttagtaatttattaggactagacctttcatacaacaacatatcaataaatgagaatgat 5613283  T
Q  459 gaaaatgctgatcatacttccttttccaatatt-agtactctaatgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaa 557  Q
    | |||||||||||| ||| ||||| ||||| || | || |||    |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |||| | |    
T  5613282 gcaaatgctgatcagactgcctttcccaattttgaata-tcttcatttggcatcctgcaacctgaaaacttttcctatattcttgagaaatcaatcaaca 5613184  T
Q  558 ttgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgcccaactggatatggaagctacaaaatctt 632  Q
    ||| | | |||||||||||||   || ||||||||||||   ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||    
T  5613183 ttggaaaatctagacctttcagccaaccaaattcaaggagttgtgccaaattggatttggaaactacaaagtctt 5613109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 159 - 656
Target Start/End: Original strand, 5886429 - 5886926
Alignment:
Q  159 attccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctg 258  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||| || |||| |||   |||  ||||||||  |||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||    
T  5886429 attccttcatacctttttacactcccatcattggagaagatttgtcttgaatccaaccattttagtgaatttaacgaattcataaatgtgtcttcctctg 5886528  T
Q  259 taattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaa 358  Q
    |  |  |   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||  |||||||  |||    
T  5886529 tgttggagttccttgatttaagtagcaataatatatcagggccttttccaacatctatcttccagctcaattcactttctgtcctcagtctttcctctaa 5886628  T
Q  359 caggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgtt 458  Q
    || ||| ||||| | | | |||| ||||||||||||| |||| || | ||||  |    || |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| |    
T  5886629 caagttgaatggattgcttcagcaagatgagcttttgaagcttagaaatttacatagtttacacctttcatacaacaacatatcaatcattgagaatgat 5886728  T
Q  459 gaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtac-tctaatgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaa 557  Q
    | |||||||||||| ||  ||||| ||||| || | || |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||| | |    
T  5886729 gcaaatgctgatcagacaacctttcccaat-tttgaacgtctttttttggcatcctgcaacttgaaaactttccctagattcttgagaaatcaatcaaca 5886827  T
Q  558 ttgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaat 656  Q
    || | || ||||||||| |||||||| ||||||||||||    ||||||||||||| | ||  ||||||  |||||||  ||||||| |||| ||||||    
T  5886828 ttaatcaatctagacctgtcaaataaccaaattcaaggagttctgcccaactggattttgacactacaagttcttcaataccttaatatttcacacaat 5886926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 159 - 456
Target Start/End: Original strand, 5848210 - 5848507
Alignment:
Q  159 attccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctg 258  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||| || |||  |||   ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||    
T  5848210 attccttcatacctttttacactcccatcattggagagaatttctcttgcatccaaccagtttagtaaatttgacgaattcataaatgtgtcttccaatg 5848309  T
Q  259 taattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaa 358  Q
    | ||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||   |||    
T  5848310 tgatggaattccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctctcttccagttccgttcactttttttcctcgatctttcatctaa 5848409  T
Q  359 caggttaaatggttgggtgcagctagatgagcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatg 456  Q
     ||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  5848410 taggttgaatgggtcaatgcagctagatgagcttttggagcttagaaatttaactgacctaaccctttcatacaacaacatatcaatcattgagaatg 5848507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 504 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 5857769 - 5857617
Alignment:
Q  504 ttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgc 603  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| |    
T  5857769 ttggcatcctgcaacttgaaaactatccctagtttcttgataaaccaatccagattgaccattctagacctttcagataaccagattcatggaatagtac 5857670  T
Q  604 ccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaat 656  Q
    | || ||||| ||||| |||| | ||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  5857669 caaattggatttggaaactaccatatcttcaagtccttaatatttctcacaat 5857617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 504 - 688
Target Start/End: Original strand, 252909 - 253093
Alignment:
Q  504 ttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgc 603  Q
    |||||||| |||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||| ||||  | |||||||||| ||| |    
T  252909 ttggcatcgtgcaatttgaacactttccgtggtttcttgagaaacaaaaccacatcgaaccttctagatctttcacataacgagattcaaggaatagttc 253008  T
Q  604 ccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgcaaaa 688  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| |  ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  253009 ccaactgggtttggaaactacaaaatcttggaagccttaatatctctcacaattttctcactaatttgtaaggacctttgcaaaa 253093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 5553347 - 5553032
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||  || ||   |||| |||| |    
T  5553347 tcacaggtccgataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctttcttataatagtttaagtggtgaggtttcatcttcttttcacgt 5553248  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatatt 200  Q
    ||||||||| |  |||||||| | | |||||||| || |||||||||||||||| |||||| | ||   ||||||| ||||||| |  ||| | | |||     
T  5553247 tgaaggacttctgaatcttgttaaccttgacttgagttataattctatcaatggtagcatttcatcggtcctttttacactcccgtatctgaaaagtatc 5553148  T
Q  201 cagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggc 300  Q
    |  ||||||| |||||  || |||||| |||| ||||||| || | | ||||||||| || |  |   |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||    
T  5553147 cgactttcattcaaccacttcagtaaacttgaagaattcacaatcatatcttcctctatattagaatcccttgaattaagaagcaatgatcaatcagggc 5553048  T
Q  301 cttttccaacatctat 316  Q
    ||||||||| ||||||    
T  5553047 cttttccaaaatctat 5553032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 5564936 - 5564773
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  5564936 tcacaggtccaatgccaccatttggcatggtcaaaaaccttatccacctagacctttcagataatagtttaagtggcgaaattccattatcttctaactt 5564837  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattcct 164  Q
    |||||||||  | |||||||  | |||||||||  || ||||||||||| |||| || ||||||    
T  5564836 tgaaggactggagaatcttgaaatcattgacttaagttataattctatcgatggcagaattcct 5564773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 175
Target Start/End: Original strand, 252422 - 252581
Alignment:
Q  15 ccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactttgaaggactacaca 114  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||| | || |    
T  252422 ccatcatttggcatggccaaaaaactcacccacctacacctttttcaaaatggtttaagtggtgcaattccaccctcttctcactttgaaggattgcaaa 252521  T
Q  115 atcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttt 175  Q
    ||| | | ||||||||||||  | ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || |||||    
T  252522 atcatttgagcattgacttgaataatagttcaatccatgg-agcattccttcgtctctttt 252581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 416 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 5605207 - 5604967
Alignment:
Q  416 cctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaatattagtactctaat-gttggcatcctg 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| || ||||| |||||| | ||||||| |||||| ||  ||| | ||  |||||||||||    
T  5605207 cctagacctttcatacaacaacatgtcaatcaatgggaatgatgcaaatgttgatcagatttcctttcccaata-taaaacttttatatttggcatcctg 5605109  T
Q  515 caacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgcccaactggata 614  Q
    |||| |  ||| ||||||||| |||||||  ||  |||| | |||||    ||||||||||||| ||||  | |||||||||  |||||| || |||||     
T  5605108 caacatacaaagtttccctagattcttgatgaatcaatcaacattgatatctctagacctttcagataacaacattcaaggagtagtgccgaattggatt 5605009  T
Q  615 tggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaat 656  Q
    ||||| ||||||| ||||||| | |||||| |||| ||||||    
T  5605008 tggaaactacaaagtcttcaatggcttaatatttcacacaat 5604967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 5853077 - 5853429
Alignment:
Q  1 tcacaggtccaataccatcatttggcatggcaaaaaatcttacccacctagacctttctcataatcgtttaagtggtgaaattccaaaatcttctcactt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||  || ||   |||| ||||      
T  5853077 tcacaggtccgataccatcatttagtatggccaaaaaccttaaccacatagacctatcttataatagtttaagtggtgaggtttcatcctcttttcacag 5853176  T
Q  101 tgaaggactacacaatcttgtcagcattgacttgcgtgataattctatcaatgggagcattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatatt 200  Q
    ||||||||| |  |||||||| |   |||||||| ||  ||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||| ||||||| |  ||| | | | |     
T  5853177 tgaaggactgctgaatcttgttaaacttgacttgagttttaattctatcaatggtagcatttcatcattcctttttacactcccatatctgtaaagtctc 5853276  T
Q  201 cagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctctgtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggc 300  Q
    |  |||||||||||||  ||||  ||  | || ||||||| || | | | |||||| ||| |  |   |||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  5853277 cgactttcatccaaccactttaacaatctagaagaattcacaatcatatattcctccgtattagaatcccttgatttaagaagcaatgatctatcagggc 5853376  T
Q  301 cttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttcc 353  Q
    ||||||||| |||||| || ||| | || ||||||| |  ||| |||||||||    
T  5853377 cttttccaaaatctatattgcagcttggttcactttatcgccttgatctttcc 5853429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 289 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 3748836 - 3748428
Alignment:
Q  289 atctatcagggccttttccaacatctatcttccagttcggatcactttctgtcctcgatctttccattaacaggttaaatggttgggtgcagctagatga 388  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||| | | |||||||||| ||    
T  3748836 atctatcaggaccttttccaatatctgtcttgcagctcaagtcactttctgtcctcgatctttccactaacaagatcactggatcgctgcagctagacga 3748737  T
Q  389 gcttttggagctaagtagtttaactgccctagacctttcatataacaacatatcaatcaatgtgaatgttgaaaatgctgatcatacttccttttccaat 488  Q
    ||||||  |||| |  | ||||| ||   ||||||||||||  || ||| |||| ||||||||||| ||   | ||| ||||    |||   || ||||     
T  3748736 gcttttaaagctcaaaaatttaagtgaattagacctttcattcaataacttatcgatcaatgtgaacgtgccacatgttgatttgtcttttattcccaac 3748637  T
Q  489 attagtactctaatgttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaa 588  Q
    |||||   |||||  ||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |  | | ||||| |   |||||||||||| |||| || |    
T  3748636 attagctttctaaaattggcacgctgcaacttgaaaacttttcctagtttcttgataaaccatacaacattgatccaactagacctttcagataaccaga 3748537  T
Q  589 ttcaaggaaaagtgcccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgcaaaa 688  Q
    ||||||||| ||| || || ||| | ||||| || | | ||||  ||   |||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3748536 ttcaaggaatagtaccaaattgggtttggaaactgccatatctagaagctcttaatatttctcacaatcttctcactcatttggaaggacctttgcaaaa 3748437  T
Q  689 cctcacttc 697  Q
     ||||||||    
T  3748436 tctcacttc 3748428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 505 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 5564432 - 5564253
Alignment:
Q  505 tggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgcc 604  Q
    ||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||| |||| ||    |||||| | | || |||||||||||||| || |||||||||| ||| ||    
T  5564432 tggcatcttgcaacttgaaatttttccctagtttcttgaaaaaccaaaatcaattgagcgtgcttgacctttcaaataaccagattcaaggaatagtacc 5564333  T
Q  605 caactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaatatggtcacttatttggaaagacctttgc 684  Q
     || ||||| |||||  | |||   ||| ||| ||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||    
T  5564332 aaattggatttggaaaatgcaagggcttgaaatccttaatatttctcacaattttctcactgatttggaaggacctttgc 5564253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5564667 - 5564618
Alignment:
Q  270 cttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatctt 319  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5564667 cttgatttaagcagcaatcatctatctggtccttttccaacatctatctt 5564618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 504 - 624
Target Start/End: Original strand, 5853580 - 5853700
Alignment:
Q  504 ttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgc 603  Q
    ||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||  ||| ||||| |||||     ||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| |    
T  5853580 ttggcatcctgcaactttaaaacatttcctagtttcttgattaaccaatccgaattgggttatctagacctttcagataaccagattcatggaatagtac 5853679  T
Q  604 ccaactggatatggaagctac 624  Q
    | |||||||| ||||| ||||    
T  5853680 caaactggatttggaaactac 5853700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 504 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 5552844 - 5552692
Alignment:
Q  504 ttggcatcctgcaacctgaaaactttccctagtttcttgagaaacaaatccaaattgaacattctagacctttcaaataatcaaattcaaggaaaagtgc 603  Q
    ||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||  ||| |||||  ||||  |  ||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| |    
T  5552844 ttggcatcctgcaactttaaaacatttcctaatttcttgattaaccaatccggattgggctctctagacctttcagataaccagattcatggaatagtac 5552745  T
Q  604 ccaactggatatggaagctacaaaatcttcaaagccttaatgtttctcacaat 656  Q
    | |||||||| ||||| |||| | ||||| | |  || ||| |||||||||||    
T  5552744 caaactggatttggaaactaccatatcttgataagctaaatatttctcacaat 5552692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 1483181 - 1483017
Alignment:
Q  158 cattccttcatccctttttgcactcccctcactgcagaatattcagctttcatccaaccggtttagtaaatttgacgaattcaaaaacgtgtcttcctct 257  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||| |||  |||| ||| ||||  ||||| |||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  1483181 cattccttcatccctttttacactcccatcaatagagaagattttgcttgcattcaacaagtttattaaacttgatgaattcataaatgtgtcttcctct 1483082  T
Q  258 gtaattaacagccttgatttaagtagcaataatctatcagggccttttccaacatctatcttcca 322  Q
     || | |||   |||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  1483081 atattaaactctcttgatttgagttacaatgatctatcagggccttttccaatatttatcttcca 1483017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University