View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4687_low_2 (Length: 598)

Name: NF4687_low_2
Description: NF4687
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4687_low_2
NF4687_low_2
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (21-576)||(5553273-5553826)
chr4 (21-576)||(5852596-5853151)
chr4 (21-576)||(5570713-5571268)
chr4 (21-534)||(5582962-5583475)
chr4 (37-576)||(5559087-5559626)
chr4 (38-486)||(5538940-5539388)
chr4 (21-576)||(5564862-5565417)
chr4 (303-576)||(5885937-5886210)
chr4 (86-576)||(5858191-5858681)
chr4 (54-485)||(5605212-5605644)
chr4 (365-576)||(3749358-3749569)
chr4 (349-566)||(5894792-5895009)
chr4 (349-576)||(5847722-5847949)
chr4 (21-216)||(252287-252482)
chr4 (77-189)||(3749070-3749182)
chr4 (134-247)||(5895111-5895224)
chr4 (528-576)||(252010-252058)
chr4 (482-558)||(5613629-5613705)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (400-576)||(1485695-1485871)
chr8 (145-200)||(1483241-1483296)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (400-576)||(876-1053)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 576
Target Start/End: Original strand, 5553273 - 5553826
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553273 cacttaaactattataagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtatcggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 5553372  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatg 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5553373 acttagttctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattatattgagaattagaaagatccaat--atataagtgcctcatcttaccaatgatg 5553470  T
Q  221 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553471 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgt 5553570  T
Q  321 gtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553571 gtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttg 5553670  T
Q  421 gaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggc 520  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553671 aaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggc 5553770  T
Q  521 cctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5553771 cctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacacagcggcaacaa 5553826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 5853151 - 5852596
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853151 cacttaaactattataagataggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtatcggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 5853052  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatg 220  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5853051 acttagttctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgcctcatcttaccaatgatg 5852952  T
Q  221 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgt 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5852951 tgtggaattgctccagaaaagtttgtgaaacttacccttaaggtctggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgctgttgt 5852852  T
Q  321 gtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttg 420  Q
     || || ||||||||| || ||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  5852851 atgttatgtcaataacagacagtgttccaatctgaaagatcttctgtggaaatgtaccagtcaatccacaatctgaaagactaagggtggtcaggttttg 5852752  T
Q  421 gaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggc 520  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5852751 aaaattagcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgactgataggttccttagttttgatagggaagaatcaagtggc 5852652  T
Q  521 cctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  5852651 cctgctagatcacatttatacaagctcaacatttgtagttcacgcagtggcaacaa 5852596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 5571268 - 5570713
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||| |||| |||| | ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  ||  | ||| |||||||||| | | |    
T  5571268 cacttaaacgattatgagaaaggtctaggtggataagatatttggacatgccaaatgatggcattggaccagcaaagttattagatgacaaatcaatgca 5571169  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatg 220  Q
     || |  ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||        
T  5571168 tctaagctctgtaaggtttgacagtgaattgggaagtgttccattaaatttacaatttaaaagatccaattcagataaatgcctcatgttaccaatagaa 5571069  T
Q  221 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgt 320  Q
    | ||||| | ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||     
T  5571068 tatggaaatgctccagaaaagcttgtgttacttacccttaaggtatggagagatccactcagcggaaattccggaaatgaaccatggagattgtagttga 5570969  T
Q  321 gtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttg 420  Q
     || ||| |||||||  || | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||     
T  5570968 atgataaatcaataaatgacaatgttccaatttgaaagatattttgtggaaatgtacctgtcaatccacaagatgaaagactgagggtggttagtttttt 5570869  T
Q  421 gaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggc 520  Q
     ||||||| |||||||||||| ||  |||| || |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||   || ||     
T  5570868 aaaattggaaaatgtttctggcactagggatgagaaatagttcccatcaagaataatgactgataggttctttagtcttgttagggaagaagaaaggggt 5570769  T
Q  521 cctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    |||| ||||||||| | | |||| |||||  |||| || | ||||||||| |||||    
T  5570768 cctgatagatcacaataagacatactcaatacttggaggttacgcagcggaaacaa 5570713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 5583475 - 5582962
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||| ||| | |||||||| ||   || |||||||||||||||| | ||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||    
T  5583475 cacttaaacgattatgagaaaggtttagacgggtaaggtttttggccatcccaaatggtggcatttgacctgtgaaactattagatgacaaatccatgta 5583376  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatg 220  Q
     || | || ||| |||||||| | ||||  ||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||   |    
T  5583375 tctcagttttgtgaggtttgacagtgaaaagggaagtgttccattaagttcacaattcgaaagatccaattcagataaatgccccatgttaccaatagag 5583276  T
Q  221 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgt 320  Q
    | ||||| | ||||||||||| |||||   |||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||     
T  5583275 tatggaaatgctccagagaagcttgtgttccttatccttaaggtttggagagatccacccagcagaaattccggaatcgaaccatggagattgtagttga 5583176  T
Q  321 gtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttg 420  Q
      | |||||||||||  ||||   || |||||||||||||  ||| ||||||| |||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||     
T  5583175 aggataagtcaataaatgagaacgttccaatttgaaagatggtttttggaaatttaccagtcaatccacaagatgcaagactgagggtggttaatttttt 5583076  T
Q  421 gaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggc 520  Q
    |||||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| || ||     
T  5583075 gaaattggaaaatgtttgtggcactggggatgaaaaattgttcccatcaagaataatgactgataggttctttagtcttgttagggaagaatcaagggga 5582976  T
Q  521 cctgctagatcaca 534  Q
    |||| |||||||||    
T  5582975 cctgatagatcaca 5582962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 576
Target Start/End: Original strand, 5559087 - 5559626
Alignment:
Q  37 agaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttagg 136  Q
    ||||||||||| |||| ||||  |||||||| | | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || | |||||| |||    
T  5559087 agaaaggtctaggtggataagacttttggccttgcaaaatgatggcattggacctgtgaagctgttaaatgacaaatctatgtatctaagttctgtaagg 5559186  T
Q  137 tttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccag 236  Q
     |||| | |||||||||||||| |||||||| |  |  ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||  ||||||||||| |||| |    
T  5559187 attgagagtgaattgggaagtggtccattaagtgtactattagaaagatccaattcagataagttcctcatgttactaattgtgtgtggaattgctcccg 5559286  T
Q  237 agaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgtgtgctaagtcaataac 336  Q
    ||||| |||||  || | |||| ||||| |||| |||| ||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||   || |||||||||||     
T  5559287 agaagattgtgttacctgccctaaaggtatggatagatacactcaatggaaattctggaaatgaactatggagatttttgtttaatgttaagtcaataaa 5559386  T
Q  337 ggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtt 436  Q
     || | | || ||||||| |||||||| |||||||||||| | || |||| ||||| || |||||||||||| ||||  |||  |||||||| |||||||    
T  5559387 tgacaatgttccaatttggaagatcttatgtggaaatgtatcagtcaatctacaagctgcaagactaagggttgtcaaatttctgaaattggaaaatgtt 5559486  T
Q  437 tctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagt 536  Q
    || || || ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  || |||||| |||| || || ||||| || || |||| || ||  ||||    
T  5559487 tcaggcaccggggaagaaaaattgtttccatcaagaataatgatcgataaattctttagtcttgacagagatgaatcaaggggtcctgttaaattgcagt 5559586  T
Q  537 tatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    || ||||| |||  |||| |||  |||||| |||||||||    
T  5559587 tagacatggtcagttcttctagaccacgcaacggcaacaa 5559626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 5539388 - 5538940
Alignment:
Q  38 gaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggt 137  Q
    |||||||||| |||   ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || | |||| | ||||    
T  5539388 gaaaggtctaagtgtgcaaggttttttgccatgccaaatgatggtattggacctgtgaagctgttaaatgacaaatctatgtatctaagttctataaggt 5539289  T
Q  138 ttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccaga 237  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| |    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | | ||||| | |||||||    
T  5539288 ttgacaatgaattgggaagtattccattaaaattgctattagaaagatccaattcagataagtgcctcatgttaccaatggtatatggaaatgctccaga 5539189  T
Q  238 gaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatggagattgttgttgtgtgctaagtcaataacg 337  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||| ||||||  ||||||     ||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||      
T  5539188 gaagcttgtcatacttacccttaaggtctggagatctccactggatggaaattccggaaatgaaccgtggagattggtgttgaatgttaagtcaataaat 5539089  T
Q  338 gagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgttt 437  Q
    || | | || |   ||| ||||| || || |||||  |||| || |||||||| |||  |||||||||||| ||||  |||  |||||||| ||||||||    
T  5539088 gacaatgttccccgttggaagattttctgcggaaacttaccagtcaatccacatgattcaagactaagggtagtcaaatttctgaaattggaaaatgttt 5538989  T
Q  438 ctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgatag 486  Q
    | || || ||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  5538988 caggcactggggaagaaaaattgtttccatcgagaataatgatcgatag 5538940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 21 - 576
Target Start/End: Original strand, 5564862 - 5565417
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||| |||| ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||    
T  5564862 cacttaaactattatctgaaaggtctaggtggataaggtttttgaccatgccaaatggtggcattggacctgtgaaactattgtttgacaaatccaagta 5564961  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatg 220  Q
    ||| |  | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| | ||||||||| ||  || |||||   |    
T  5564962 actgaggtgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagtgttccattaaattgacaactggaaagatccaatttagataagtgcctcaatttgccaatagag 5565061  T
Q  221 tgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatt-tctggaaatgaaccatggagattgttgttg 319  Q
       || | | ||||||||||||||||| |||| ||  | | | | || |||||| |||| || ||| |  ||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  5565062 ctaggtaatgctccagagaagtttgtgtaactcactataatgctatgaagagattcacttag-tgagtagtctgggaatgaaccatggagattgtagtta 5565160  T
Q  320 tgtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggtttt 419  Q
      || |||||||||||| || | | ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||  |  |||||| ||||||||||||||||    
T  5565161 aatgataagtcaataacagacaatgtttcaatctgaaaaatattttgtggaaatgtaccggtcaacccacaatctacaagactgagggtggtcaggtttt 5565260  T
Q  420 ggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtgg 519  Q
      |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||   | ||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||    
T  5565261 taaaattggcaaatgtttgtggcactggggatgaaaaattattgtcaccaagaataatgactgataggttctctagttttgaaagggaagaatcaagggg 5565360  T
Q  520 ccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
     ||||  ||| ||||| |  ||||||  || |||||||| ||||| | |||||||||    
T  5565361 tcctgaaagaccacagcttgacatgcctaattcttgtaggtcacggaacggcaacaa 5565417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 303 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 5886210 - 5885937
Alignment:
Q  303 catggagattgttgttgtgtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagact 402  Q
    |||||||||||  |||||  | |||||||||||  || ||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |  |||| |    
T  5886210 catggagattggggttgtcagataagtcaataattgacagtgttctaatttggaagatcttttgtggaaatgtatctgtcaatccgcaattttgaagatt 5886111  T
Q  403 aagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgat 502  Q
     |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||    |||||||||||||||||||||| | |||||||||     
T  5886110 gagggtggttaggtttttaaaattggcaaatgtttgtggcactggggatgaaaaattgttctcgccaagaataatgaccgataggttctctagttttgaa 5886011  T
Q  503 agggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||||| ||||| || || |||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  5886010 agggaggaatcaaggggtcctgatagactacagttatacatgctcaactcttgcaagtcacgcagcggtaacaa 5885937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 86 - 576
Target Start/End: Original strand, 5858191 - 5858681
Alignment:
Q  86 ggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagat 185  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||||| |  | ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  5858191 ggaccagtgaatttgttagatgacagatccaagtaactgaggtgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagggttccattaaattgacaaaaagaaagat 5858290  T
Q  186 ccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctg 285  Q
    |||||||| |||| |||| || ||| |||||   |   || | |  ||||||||||||||||  ||| || || |   | || |||||| |||| || ||    
T  5858291 ccaattcagataactgcctcaagttgccaatagagctaggtaatggtccagagaagtttgtgtcactcactctaattctatgaagagattcacttag-tg 5858389  T
Q  286 aatt-tctggaaatgaaccatggagattgttgttgtgtgctaagtcaataacggagagtttttcaatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaa 384  Q
    | |  | ||||||||||||| ||||||| | ||||     ||||||||| || || | | || |||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  5858390 agtagtttggaaatgaaccacggagattttcgttggaaaataagtcaatcacagacaatgttccaatctgaaagatcttctgtggaaatgtaccggataa 5858489  T
Q  385 tccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgat 484  Q
    | ||||| ||| |||||| ||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||| |||    
T  5858490 tgcacaaaatgcaagactgagggtagtcaagtttttaaaatttgcaaatgtttcaggaactggggatgaaaaatagttctcatcaagaataatgactgat 5858589  T
Q  485 aggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||||| || || |||  |||| |||||  | |||||||||| |||||||| |  |||| |||||||||    
T  5858590 aggttctctagttttgttagggaagaatcaaggggacctaatagaccacaggaagacatgctcaattcttgtaggtttcgcaacggcaacaa 5858681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 485
Target Start/End: Original strand, 5605212 - 5605644
Alignment:
Q  54 taaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattggg 153  Q
    ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||  || | || ||| |||||||| ||||||||||     
T  5605212 taaggtttttgaccatgccaaatggtggcattggacctgtgaaattattatttgacaaatccaagtccctgagttgtgtgaggtttgacaatgaattgga 5605311  T
Q  154 aagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtgaaactt 253  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| ||||||||| || ||| |||||   |   || | | ||||||||||| |||||  |||     
T  5605312 aagtgttccattaaattgacaactggaaagatacaattcagataagtgcctcaagttgccaatagagctaggtaatgctccagagaagcttgtgttactc 5605411  T
Q  254 acccttaaggtgtggagagatccactcagctgaat-ttctgg-aaatgaaccatggagattgttgttgtgtgctaagtcaataacggagagtttttcaat 351  Q
     || | | | |||| |||||| |||| || ||| |  ||||| |||  ||||||| || ||   |||||  | |||||||||| | || ||| ||  |||    
T  5605412 gccataatgctgtgaagagattcactaag-tgagtagtctggaaaaaaaaccatgaaggttagggttgtcagataagtcaatatctgacagtgttctaat 5605510  T
Q  352 ttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaa 451  Q
    |||||| || |||||||||||||| || || |||||||||    ||||| | |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||     
T  5605511 ttgaaatatattttgtggaaatgttccagtcaatccacaatcgttaagattgagggtggttaggtttttaaaattggcaaatgtttctggcactggggat 5605610  T
Q  452 gaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgata 485  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  5605611 gaaaaattgttcccatcaagaagaatgacagata 5605644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 365 - 576
Target Start/End: Original strand, 3749358 - 3749569
Alignment:
Q  365 tgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcc 464  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||   | |||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || || || || |||||||||||||    
T  3749358 tgtggaaatgtaccggtcaattcacaaagcgcaagactgagggtggtcaagtttttaaaattggcaaatgttttcggcactggtgatgaaaaattgttcc 3749457  T
Q  465 tatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacg 564  Q
     ||||||||||||||| |||||||| | |||| ||| |||||||||||| || || |||| || |||||||| | |||||||||| ||||| |  |||||    
T  3749458 catcaagaataatgactgataggttctctagtcttgttagggaagaatcaaggggtcctgataaatcacagtaagacatgctcaattcttgcaagtcacg 3749557  T
Q  565 cagcggcaacaa 576  Q
    || |||||||||    
T  3749558 caacggcaacaa 3749569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 349 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 5895009 - 5894792
Alignment:
Q  349 aatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggg 448  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||   |  |||| | |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |  | |    
T  5895009 aatttggaagatcttttgtggaaatgtaccgatcaatccacactttcgaagattgagggtggttaggtttttaaaattggcaaatgtttctggcaatgag 5894910  T
Q  449 gaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctca 548  Q
    || ||||||||||| | || |||||||||||| || ||||| | |||| |||||||||||||||| || |  ||||  | |||||| ||| |||||||||    
T  5894909 gatgaaaaattgtttcgataaagaataatgactgacaggttctgtagtcttgatagggaagaatcaagggatcctgacaaatcacaattagacatgctca 5894810  T
Q  549 actcttgtagttcacgca 566  Q
    | |||||||| |||||||    
T  5894809 attcttgtaggtcacgca 5894792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 349 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 5847949 - 5847722
Alignment:
Q  349 aatttgaaagatcttttgtggaaatgtacctgttaatccacaagatgtaagactaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggg 448  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||   |  |||| | |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||| || |||    
T  5847949 aatttggaagatattttgtggaaatgtaccgatcaatccacactttcgaagattgagggtggttaggtttttaaaattggcaaatgtttgtggcactggg 5847850  T
Q  449 gaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctca 548  Q
    || ||||| ||||||  | |||||| ||||||||  ||||| | |||| ||| |||||||||||| || || |||| ||||||||| | | |||||||||    
T  5847849 gatgaaaagttgttctcaccaagaacaatgaccgtcaggttctctagtcttgttagggaagaatcaaggggtcctgatagatcacaatcagacatgctca 5847750  T
Q  549 actcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||| ||| || |||||||  ||||||||    
T  5847749 acttttgcaggtcacgcaaaggcaacaa 5847722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 252482 - 252287
Alignment:
Q  21 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 120  Q
    ||||||||| ||||| | |||||| || |||| | || ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||| |||||||||| ||||| | ||     
T  252482 cacttaaaccattttgaaaaaggtgtaggtgggtgagttttttggccatgccaaatgatggcaacggaccagtgaaattgttaaatgaaaaatctaggtg 252383  T
Q  121 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaat 216  Q
    | | | || ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| || |||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  252382 attgagttttgtgaggtttgacaatgaattgggaagtgtaccattaaattgacagtgagaaaggtctaattcagataagtgcctcaagttgccaat 252287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 77 - 189
Target Start/End: Original strand, 3749070 - 3749182
Alignment:
Q  77 gatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaat 176  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||| |  ||| || ||||||||| | || ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||     
T  3749070 gatggcattggaccggtaaaactgttagaccacagattcaagtaactcagttgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagtgttccattgaattgacaaa 3749169  T
Q  177 tagaaagatccaa 189  Q
     ||||||||||||    
T  3749170 aagaaagatccaa 3749182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 5895224 - 5895111
Alignment:
Q  134 aggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctc 233  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||  | |||| | | |||||||||||||||  ||||||    ||||||||| ||| ||||||||| |  ||    
T  5895224 aggtttgacagtgaattgggaagtgttccatatagttgacagtaagaaagatccaattccaataagtttgtcatgttaccgatgttgtgtggaagtggtc 5895125  T
Q  234 cagagaagtttgtg 247  Q
    |||||||| |||||    
T  5895124 cagagaagcttgtg 5895111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 528 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 252058 - 252010
Alignment:
Q  528 gatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  252058 gatcacagttagacatgctcaactcttgcagatcacacagcggcaacaa 252010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 482 - 558
Target Start/End: Original strand, 5613629 - 5613705
Alignment:
Q  482 gataggttttttagttttgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtag 558  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||| ||||||| |||||||||  ||||||||    
T  5613629 gataggttctctagttttgaaagggaagaatcaagaggtcctgatagattacagttagacatgctcagttcttgtag 5613705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 400 - 576
Target Start/End: Original strand, 1485695 - 1485871
Alignment:
Q  400 actaagggtggtcaggttttggaaattggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagtttt 499  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  || || |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||| | |||||||    
T  1485695 actaaggatggtcaggtttttaaaattggtaaatgtttctggaattggcgatgaaagattgttcttatcaagaataatgatggttaggttctctagtttt 1485794  T
Q  500 gatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    || ||||| ||||| |  || |||| ||||  ||| ||   |||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  1485795 gaaagggaggaatcaacgggtcctgatagactacaattgctcatgctcaacacttgcagctcacgcagcggcaacaa 1485871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 200
Target Start/End: Original strand, 1483241 - 1483296
Alignment:
Q  145 tgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||| ||||||    
T  1483241 tgaattgggaagtgttccattaaattgacagtaaggaagatccaattcagataagt 1483296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 400 - 576
Target Start/End: Original strand, 876 - 1053
Alignment:
Q  400 actaagggtggtcaggttttggaaatt-ggcaaatgtttctggaacgggggaagaaaaattgttcctatcaagaataatgaccgataggttttttagttt 498  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||  || || |||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||| | ||||||    
T  876 actaaggatggtcaggtttttaaaattaggtaaatgtttctggaattggcgatgaaagattgttcttatcaagaataatgatggttaggttctctagttt 975  T
Q  499 tgatagggaagaatctagtggccctgctagatcacagttatacatgctcaactcttgtagttcacgcagcggcaacaa 576  Q
    ||| ||||| ||||| |  || |||| ||||  ||| ||   |||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  976 tgaaagggaggaatcaacgggtcctgatagactacaattgctcatgctcaacacttgcagctcacgcagcggcaacaa 1053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University