View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4689-Insertion-7 (Length: 499)
Name: NF4689-Insertion-7
Description: NF4689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4689-Insertion-7 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 8718828 - 8718341
Alignment:
| Q |
8 |
gcttcaatcaagctgattcatttttccatgacatagctgctgctgtttttatcgtcagaacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaatagaggat |
107 |
Q |
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| T |
8718828 |
gcttcaatcaagctgattcatttttccatgacatagctgctgctgtttttatcgtcagaacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaatagaggat |
8718729 |
T |
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| Q |
108 |
tattggtatcattattattatacatttattctcttggtatttagtcaaatatttgtgtattttcttttttacacacattatttatttcatgtcacaaaac |
207 |
Q |
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| T |
8718728 |
tattggtatcattattattatacatttattctcttggtatttagtcaaatatttgtgtattttcttttttacacacattatttatttcatgtcccaaaac |
8718629 |
T |
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| Q |
208 |
ctcttaatgatgcttagatggaccatgactcctatgaaatacaaattgcctccctcaaactccatacgtccttatagaatattatcaatgacaacaaata |
307 |
Q |
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| T |
8718628 |
ctcttaatgatgcttagatggaccatgactcctatgaaatacaaatcgcctccctcaaactccatatgtccttatagaatattatcaatgacaacaaata |
8718529 |
T |
|
| Q |
308 |
aaaatgccaacacaaattccacaacaacagccaacacttattcttcgaaatgcatacttggattaggccagtaccaatccacaaatgccagctaaataac |
407 |
Q |
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| T |
8718528 |
aaaatgccaacacaaattccacaacaacagccaacacttattcgtcgaaatgcagacttggattaggcc---accaatccacaaatgccagctaaataac |
8718432 |
T |
|
| Q |
408 |
gcgaattggaatcccacgatattttcacgacgtgttttccatcaaaagcagacttggattaggcaccctcctcttgtttgttgttgtttcc |
498 |
Q |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8718431 |
gggaattggaatcccacgatattttcacgacgtgttttccatcaaaagcagacttggattaggccccctcctcttgtttgttgttgtttcc |
8718341 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 8672518 - 8672078
Alignment:
| Q |
8 |
gcttcaatcaagctgattcatttttccatgacatagctgctgctgtttttat--cgtcagaacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaatagagg |
105 |
Q |
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| T |
8672518 |
gcttcaatcaagctgattcatttttccatgacatagctgctgctgtttttatatcgtcagaacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaatagagg |
8672419 |
T |
|
| Q |
106 |
attattggtatcattattattatacatttattctcttggtatttagtcaaatatttgtgtattttcttttttacacacattatttatttcatgtcacaaa |
205 |
Q |
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| T |
8672418 |
attattggtatcattattattatacatttattctcttggtatttagtcaaatatttgtgtattttcttttttacacacattatttatttcatgtcacaaa |
8672319 |
T |
|
| Q |
206 |
acctcttaatgatgcttagatggaccatgactcctatgaaatacaaattgcctccctcaaactccatacgtccttatagaatattatcaatgacaacaaa |
305 |
Q |
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| T |
8672318 |
acctcttaatggttcttagatggaccatgactcctatgaaatacaaattgcctccctcaaactccatatgtccttatagaatattgtcaacgacaacaaa |
8672219 |
T |
|
| Q |
306 |
taaaaatgccaacacaaattccacaacaacagccaacacttattcttcgaaatgcatacttggattaggccagtaccaatccacaaatgccagctaaata |
405 |
Q |
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| T |
8672218 |
taaaaatgccaacacaaattccacaacaacagctaacacttattcgtcgaaatgcagactaggattaggcc---accaatccttaaatgcaggctaaata |
8672122 |
T |
|
| Q |
406 |
acgcgaattggaatcccacgatattttcacgacgtgttttccat |
449 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8672121 |
acgcgaattggaatcccacgatattttcacgacgtgtttcccat |
8672078 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 97 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 8590909 - 8590843
Alignment:
| Q |
97 |
aaatagaggattattggtatcattattattatacatttattctcttggtatttagtcaaatatttgtgta |
166 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |
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|
| T |
8590909 |
aaatagagggttattggtatcattattag---acatttattctcttgttattaagtcaaatatttctgta |
8590843 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 66 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 8590958 - 8590925
Alignment:
| Q |
66 |
aacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaa |
99 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8590958 |
aacatgatagttctaatttatttggagtgaaaaa |
8590925 |
T |
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Back To:
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