View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4689_high_1 (Length: 913)

Name: NF4689_high_1
Description: NF4689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4689_high_1
NF4689_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-894)||(6316321-6317206)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 851; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 851; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 894
Target Start/End: Original strand, 6316321 - 6317206
Alignment:
Q  12 atcatcacaatactttgtgtaaagctagttcctccatcatactaaatacacaaaatggacattacactcaaggcagaggcatgaaatcaacacataaatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316321 atcatcacaatactttgtgtaaagctagttcctccatcatactaaatacacaaaatggacattacactcaaggcagaggcatgaaatcaacacataaatc 6316420  T
Q  112 acaattaaaatgatttatccaaccatattagttaaaaaatgagccaccgttttgtacatatcttgcaacataaggttgtttattaccgatggttttatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316421 acaattaaaatgatttatccaaccatattagttaaaaaatgagccaccgttttgtacatatcttgcaacataaggttgtttattaccgatggttttatta 6316520  T
Q  212 gttatctacattcagatctctgctggaaactaaagattcaaagagtaagagtatggatatatctatcaatcatcacccaccaaatcaaacagagatatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6316521 gttatctacattcagatctctgctggaaactaaagattcaaagagtaagagtatggatatatctatcaatcatcacccaccaaatcaagcagagatatca 6316620  T
Q  312 tatcagactttataaataggaaactaaagatcaatgcaaatagagaaaaataaccatattcactgccgaaaactatatcataacctcagtctgcatcata 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316621 tatcagactttataaataggaaactaaagatcaatgcaaatagagaaaaataaccatattcactgccgaaaactatatcataacctcagtctgcatcata 6316720  T
Q  412 ttgaaaccatattaaccccagacacgtatcgg--ttgtattgtgtcctggtctattttaatctaaaacatgaaagtagtaacggaattatataagtaagt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316721 ttgaaaccatattaaccccagacacgtatcggtattgtattgtgtcttggtctattttaatctaaaacatgaaagtagtaacggaattatataagtaagt 6316820  T
Q  510 gaaaaagaagttttggttcttagtgtagtcagttcaaaaactacgagaaaaaccatagtggccttcatttttatgaaatgctatatgtatcatattctat 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316821 gaaaaagaagttttggttcttagtgtagtcagttcaaaaactacgagaaaaaccatagtggccttcatttttatgaaatgctatatgtatcatattctat 6316920  T
Q  610 catcattgaatagaagtcgaaataggtcaaaatcagaacacattggcaagataaagaaatggaaaaagtcagaacagcacctaacaacccttaacatctt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6316921 catcattgaatagaagtcgaaataggtcaaaatcagaacacattggcaagataaagaaatggaaaaagtcagaacagcacctaacaacccttaacatctt 6317020  T
Q  710 tgatgccttaaggcttcaaagttacgactatatcatagaaaggtttcaaagtttgtctgtctttttagcttcagagcaacaagagttatctcttaaagaa 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6317021 tgatgccttaaggcttcaaagttacgactatatcatagaaaggctgcaaagtttgtctgtctttttagcttcagagcaacaagagttatctcttaaagaa 6317120  T
Q  810 atgttattctacaagagcatttaaataaagaataaa-cttgagttccacaatatctaagtctcagtaagagtattattattcatta 894  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6317121 atgttattctacaagagcatttaaataaagaataaagcttgagttccacaatatctaagtctcagtaagagtattattattcatta 6317206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University